Protein and small molecule microarrays: Powerful tools for high-throughput proteomics

Molecular BioSystems

Volumn 2, Issue 1, 2006, Pages 58-68

  Uttamchandani, Mahesh ^a   Wang, Jun ^a   Yao, Shao Q ^a,b  

^a NATIONAL UNIVERSITY OF SINGAPORE   (Singapore)

^b Department of Biological Sciences ^*  (Singapore)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PEPTIDE; PROTEIN;

CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; GENE EXPRESSION PROFILING; GENETICS; METHODOLOGY; PROTEIN MICROARRAY; PROTEOMICS; REVIEW;

GENE EXPRESSION PROFILING; MODELS, MOLECULAR; PEPTIDES; PROTEIN ARRAY ANALYSIS; PROTEINS; PROTEOMICS;

EID: 33645527760     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b513935j     Document Type: Review

References (101)

1. M. Schena D. Shalon R. W. Davis P. O. Brown Science 1995 270 467
2. G. Y. J. Chen M. Uttamchandani R. Y. P. Lue M. Lesaicherre S. Q. Yao Curr. Top. Med. Chem. 2003 3 705
3. J. LaBaer N. Ramachandran Curr. Opin. Chem. Biol. 2005 9 14
4. K. Y. Tomizaki K. Usui H. Mihara ChemBioChem 2005 6 782
5. D. Wilson S. Nock Angew. Chem., Int. Ed. 2003 42 494
6. D. S. Yeo R. C. Panicker L. P. Tan S. Q. Yao Comb. Chem. High Throughput Screening 2004 7 213
7. G. MacBeath A. N. Koehler S. L. Schreiber J. Am. Chem. Soc. 1999 121 7967
8. G. MacBeath S. L. Schreiber Science 2000 289 1760
9. Y. Fang A. G. Frutos J. Lahiri J. Am. Chem. Soc. 2002 124 2394
10. I. Shin J. W. Cho D. W. Boo Comb. Chem. High Throughput Screening 2004 7 565
11. K. S. Ko F. A. Jaipuri N. L. Pohl J. Am. Chem. Soc. 2005 127 13162
12. D. H. Min M. Mrksich Curr. Opin. Chem. Biol. 2004 8 554
13. J. Kononen L. Bubendorf A. Kallioniemi M. Barlund P. Schraml S. Leighton J. Torhost M. J. Mihatsch G. Sauter O. P. Kallioniemi Nat. Med. 1998 4 844
14. J. Ziauddin D. M. Sabatini Nature 2001 411 107
15. A. Dove Nat. Methods 2005 2 709
16. M. Uttamchandani D. P. Walsh S. Q. Yao Y. T. Chang Curr. Opin. Chem. Biol. 2005 9 4
17. S. Bodovitz T. Joos J. Bachmann Drug Discovery Today 2005 10 283
18. H. Zhu M. Bilgin R. Bangham D. Hall A. Casamayor P. Bertone N. Lan R. Jansen S. Bidlingmaier T. Houfek T. Mitchell P. Miller R. A. Dean M. Gerstein M. Snyder Science 2001 293 2101
19. M. G. Smith G. Jona J. Ptacek G. Devgan H. Zhu X. Zhu M. Snyder Mech. Ageing Dev. 2005 126 171
20. J. S. Merkel G. A. Michaud M. Salcius B. Schweitzer P. F. Predki Curr. Opin. Biotechnol. 2005 16 447
21. M. L. Lesaicherre Y. P. R. Lue G. Y. J. Chen Q. Zhu S. Q. Yao J. Am. Chem. Soc. 2002 124 8768
22. R. Y. P. Lue G. Y. J. Chen Y. Hu Q. Zhu S. Q. Yao J. Am. Chem. Soc. 2004 126 1055
23. A. Girish H. Sun D. S. Y. Yeo G. Y. J. Chen T.-K. Chua S. Q. Yao Bioorg. Med. Chem. Lett. 2005 15 2447
24. J. A. Camarero Y. Kwon M. A. Coleman J. Am. Chem. Soc. 2004 126 14730
25. K. Zhang M. R. Diehl D. A. Tirell J. Am. Chem. Soc. 2005 127 10136
26. Y. Hong B. L. Webb H. Sui E. J. Mozdy Y. Fang Q. Wu L. Liu J. Beck A. M. Ferrie S. Raghavan J. Mauro A. Carre D. Mueller F. Lai J. Lahiri J. Am. Chem. Soc. 2005 127 15350
27. S. Weng K. Gu P. W. Hammond P. Lohse C. Rise R. W. Wagner M. C. Wright R. G. Kuimelis Proteomics 2002 2 48
28. Y. S. Choi S. P. Pack Y. J. Yoo Biochem. Biophys. Res. Commun. 2005 329 1315
29. N. Ramachandran E. Hainsworth B. Bhullar S. Eisenstein B. Rosen A. Y. Lau J. C. Walter J. LaBaer Science 2004 305 86
30. G. A. Michaud M. Salcius F. Zhou R. Bangham J. Bonin H. Guo M. Snyder P. F. Predki B. I. Schweitzer Nat. Biotechnol. 21 1509
31. J. Huang H. Zhu S. J. Haggarty D. R. Spring H. Hwang F. Jin M. Snyder S. L. Schreiber Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2004 101 16594
32. D. A. Hall H. Zhu T. Royce M. Gerstein M. Snyder Science 2004 306 482
33. J. M. Boutell D. J. Hart B. L. J. Godber R. Z. Kozlowski J. M. Blackburn Proteomics 2004 4 1950
34. J. R. Newman A. E. Keating Science 2003 300 2097
35. M. Letarte D. Voulgaraki D. Hatherly M. Foster-Cuevas N. J. Sounders A. N. Barclay BMC Biochem. 2005 6 2
36. O. Poetz R. Ostendorp B. Brocks J. M. Schwenk D. Stoll T. O. Joos M. F. Templin Proteomics 2005 5 2402
37. M. Y. Liu S. Cai A. Espejo M. T. Bedford C. L. Walker Cancer Res. 2002 62 6475
38. S. H. Kim A. Tamrazi K. E. Carlson J. R. Daniels I. Y. Lee J. A. Katzenellenbogen J. Am. Chem. Soc. 2004 126 4754
39. G. Y. J. Chen M. Uttamchandani Q. Zhu G. Wang S. Q. Yao ChemBioChem 2003 4 336
40. R. Srinivasen H. Xuan S. L. Ng S. Q. Yao ChemBioChem 2006 10.1002/cbic200500340
41. J. Eppinger D. P. Funeriu M. Miyake L. Denizot J. Miyake Angew. Chem., Int. Ed. 2004 43 3806
42. D. P. Funeriu J. Eppinger L. Denizot M. Miyake J. Miyake Nat. Biotechnol. 2005 23 622
43. S. A. Sieber T. S. Mondala S. R. Head B. F. Cravatt J. Am. Chem. Soc. 2004 126 15640
44. G. Y. Jung G. Stephanopoulos Science 2004 304 428
45. J. Gu C. M. Yam S. Li C. Cai J. Am. Chem. Soc. 2004 126 8098
46. J.-M. Nam S. W. Han K. B. Lee X. Liu M. A. Ratner C. A. Mirkin Angew. Chem., Int. Ed. 2004 43 1246
47. V. Kanda J. K. Kariuki D. J. Harrison M. T. McDermott Anal. Chem. 2004 76 7257 62
48. K. Usui-Aoki K. Shimada M. Nagano M. Kawai K. Hisashi Proteomics 2005 5 2396
49. J. S. Yuk J.-W. Jung S.-H. Jung J.-A. Han Y.-M. Kim K.-S. Ha Biosens. Bioelectron. 2005 20 2189
50. J. S. Yuk S. H. Jung J. W. Jung D. G. Hong J. A. Han Y. M. Kim K. S. Ha Proteomics 2004 4 3468
51. W.-S. Yeo D.-H. Min R. W. Hsieh G. L. Greene M. Mrksich Angew. Chem., Int. Ed. 2005 44 2
52. Z. Ouyang Z. Takats T. A. Blake B. Gologan A. J. Guymon J. M. Wiseman J. C. Oliver V. J. Davisson R. G. Cooks Science 2003 301 1351
53. T. A. Blank Z. Ouyang J. M. Wiseman Z. Takats A. J. Guymon S. Kothari R. G. Cooks Anal. Chem. 2004 76 6293
54. P. A. Clemons A. N. Koehler B. K. Wagner T. G. Sprigings D. R. Spring R. W. King S. L. Schreiber M. A. Foley Chem. Biol. 2001 8 1183
55. D. Barnes-Seeman S. B. Park A. N. Koehler S. L. Schreiber Angew. Chem., Int. Ed. 2003 42 2376
56. D. Scharn H. Wenschuh U. Reineke J. Schneider-Mergener L. Germeroth J. Comb. Chem. 2000 2 361
57. R. Frank Tetrahedron 1992 48 9217
58. Q. Lin J. C. O'Neill H. E. Blackwell Org. Lett. 2005 7 4455
59. H. E. Blackwell L. Perez R. A. Stavenger J. A. Tallarico E. C. Eatough M. A. Foley S. L. Schreiber Chem. Biol. 2001 8 1167
60. S. M. Sternson J. B. Louca J. C. Wong S. L. Schreiber J. Am. Chem. Soc. 2001 123 1740
61. F. G. Kuruvilla A. F. Shamji S. M. Sternson P. J. Hergenrother S. L. Schreiber Nature 2002 416 653
62. O. Kwon S. B. Park S. L. Schreiber J. Am. Chem. Soc. 2002 124 13402
63. D. R. Spring Org. Biomol. Chem. 2003 1 3867
64. A. N. Koehler A. F. Shamji S. L. Schreiber J. Am. Chem. Soc. 2003 125 8420
65. D. R. Spring S. Krishnan H. E. Blackwell S. L. Schreiber J. Am. Chem. Soc. 2002 124 1354
66. R. A. Stavenger S. L. Schreiber Angew. Chem., Int. Ed. 2001 40 3417
67. M. Uttamchandani D. P. Walsh S. M. Khersonsky X. Huang S. Q. Yao Y. T. Chang J. Comb. Chem. 2004 6 862
68. H. E. Park S. Y. Lee H. Y. Ahn J. C. Shin Y. T. Chang Y. A. Joe J. Appl. Pharmacol. 2003 11 85
69. H. S. Moon E. M. Jacobson S. M. Khersonsky M. R. Luzung D. P. Walsh W. N. Xiong J. W. Lee P. B. Parikh J. C. Lam T. W. Kang G. R. Rosania A. F. Schier Y. T. Chang J. Am. Chem. Soc. 2002 124 11608
70. J. T. Bork J. W. Lee Y. T. Chang Tetrahedron Lett. 2003 44 6141
71. J. T. Bork J. W. Lee S. M. Khersonsky H. S. Moon Y. T. Chang Org. Lett. 2003 5 117
72. N. Winnsinger S. Ficarro P. G. Schultz J. L. Harris Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002 99 11139
73. N. Winnsinger J. L. Harris B. J. Backes P. G. Schultz Angew. Chem., Int. Ed. 2001 40 3152
74. J. S. Kong S. Venkatraman K. Furness S. Nimkar T. A. Shepherd Q. M. Wang J. Aube R. P. Hanzlik J. Med. Chem. 1998 41 2579
75. T. J. Caulfield S. Patel J. M. Salvino L. Liester R. Labaudiniere J. Comb. Chem. 2000 2 600
76. C. Walsh Tetrahedron 1982 38 871
77. M. Kohn R. Wacker C. Peters H. Schroder L. Soulere R. Breinbauer C. M. Niemeyer H. Waldmann Angew. Chem., Int. Ed. 2003 42 5830
78. L. J. Hackler G. Dorman Z. Kele L. Urge F. Durvas L. G. Puskas Mol. Diversity 2003 7 25
79. W. S. Dillmore M. N. Yousaf M. Mrksich Langmuir 2004 20 7223
80. N. Kanoh S. Kumashiro S. Simizu Y. Kondoh S. Hatakeyama H. Tashiro H. Osada Angew. Chem., Int. Ed. 2003 42 5584
81. A. Shaginian M. Patel M.-H. Li S. T. Flickinger C. Kim F. Cerrina P. J. Belshaw J. Am. Chem. Soc. 2004 126 16704
82. S. Li D. Bowerman N. Marthandan S. Klyza K. J. Luebke H. R. Garner T. J. Kodadek J. Am. Chem. Soc. 2004 126 4088
83. S. P. Fodor J. L. Read M. C. Pirrung L. Stryer A. T. Lu D. Solas Science 1991 251 767
84. J. C. Wong S. M. Sternson J. B. Louca R. Hong S. L. Schreiber Chem. Biol. 2004 11 1279
85. M. Takahashi K. Nokihara H. Mihara Chem. Biol. 2003 10 53
86. R. Muralidhar T. Kodadek Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2005 102 12672
87. Q. Zhu M. Uttamchandani D. B. Li M. L. Lesaicherre S. Q. Yao Org. Lett. 2003 5 1257
88. S. M. Salisbury D. Maly J. Ellman J. Am. Chem. Soc. 2002 124 14868
89. D. N. Gosalia S. L. Diamond Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2003 100 8721
90. D. N. Gosalia C. M. Salisbury D. J. Maly J. A. Ellman S. L. Diamond Proteomics 2005 5 1292
91. P. Babiak J.-L. Reymond Anal. Chem. 2005 77 373
92. M. Uttamchandani X. Huang G. Y. J. Chen S. Q. Yao Bioorg. Med. Chem. Lett. 2005 15 2135
93. P. Angenendt H. Lehrach J. Kreutzberger J. Gloker Proteomics 2005 5 420
94. N. Winssinger R. Damoiseaux D. C. Tully B. H. Geierstanger K. Burdick J. L. Harris Chem. Biol. 2004 11 1351
95. J. Harris D. E. Mason J. Li K. W. Burdick B. J. Backes T. Chen A. Shipway G. Van Heeke L. Gough A. Ghaemmaghami F. Shakib F. Debaene N. Winnsinger Chem. Biol. 2004 11 1361
96. Y. Hu G. Y. J. Chen S. Q. Yao Angew. Chem., Int. Ed. 2005 44 1048
97. J. Yin F. Liu M. Schinke C. Daly C. T. Walsh J. Am. Chem. Soc. 2004 126 13570
98. S. Melkko J. Scheuermann C. E. Dumelin D. Neri Nat. Biotechnol. 2004 22 568
99. D. G. Anderson S. Levenberg R. Langer Nat. Biotechnol. 2004 22 863
100. S. N. Bailey D. M. Sabatini B. R. Stockwell Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2004 101 14144
101. M.-Y. Lee C. B. Park J. S. Dordick D. S. Clark Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2005 102 983