What mass spectrometry can reveal about protein function

Analyst

Volumn 129, Issue 4, 2004, Pages 290-296

  Wu, Yan ^a,b   Engen, John R ^{a,c,d,e,f,g,h,i}  

^a UNIVERSITY OF NEW MEXICO   (United States)

^b BEIJING NORMAL UNIVERSITY   (China)

^c UNION COLLEGE   (United States)

^d UNIVERSITY OF NEBRASKA LINCOLN   (United States)

^e EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY   (Germany)

^f LOS ALAMOS NATIONAL LABORATORY   (United States)

^g Los Alamos National Laboratory ^*  (United States)

^h UNIVERSITY OF NEW MEXICO SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

ⁱ UNIVERSITY OF NEW MEXICO   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CROSS LINKING; ENZYME KINETICS; MASS SPECTROMETRY; PROTEIN DEGRADATION; PROTEIN FOLDING; PROTEIN FUNCTION; PROTEIN INTERACTION; PROTEIN PROCESSING; PROTEIN STRUCTURE; PROTEIN SYNTHESIS; REVIEW; STRUCTURE ANALYSIS;

EID: 2042514320     PISSN: 00032654     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b316341e     Document Type: Review

References (98)

1. A. P. Jonsson, Cell. Mol. Life Sci., 2001, 58(7), 868-884.
2. M. Mann, R. C. Hendrickson and A. Pandey, Annu. Rev. Biochem., 2001, 70, 437-473.
3. R. Aebersold and M. Mann, Nature, 2003, 422(6928), 198-207.
4. P. L. Ferguson and R. D. Smith, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct., 2003, 32, 399-424.
5. S. D. Patterson and R. H. Aebersold, Nat. Genet., 2003, 33(Suppl.), 311-323.
6. J. P. Whitelegge, S. M. Gomez and K. F. Faull, Adv. Protein Chem., 2003, 65, 271-307.
7. H. Zhu, M. Bilgin and M. Snyder, Annu. Rev. Biochem., 2003, 72, 783-812.
8. D. Lin, D. L. Tabb and J. R. Yates, 3rd, Biochim. Biophys. Acta, 2003, 1646(1-2), 1-10.
9. C. C. Wu and J. R. Yates, 3rd, Nat. Biotechnol., 2003, 21(3), 262-267.
10. C. C. Wu, M. J. MacCoss, K. E. Howell and J. R. Yates, Nat. Biotechnol., 2003, 21(5), 532-538.
11. S. Sechi and Y. Oda, Curr. Opin. Chem. Biol., 2003, 7(1), 70-77.
12. M. R. Chance, Biochem. Biophys. Res. Commun., 2001, 287(3), 614-621.
13. S. C. Goldsmith, J. Q. Guan, S. Almo and M. Chance, J. Biomol. Struct. Dyn., 2001, 19(3), 405-418.
14. J. Q. Guan, S. C. Almo, E. Reisler and M. R. Chance, Biochemistry, 2003, 42(41), 11992-12000.
15. J. G. Kiselar, S. D. Maleknia, M. Sullivan, K. M. Downard and M. R. Chance, Int. J. Radiat. Biol., 2002, 78(2), 101-114.
16. L. N. Johnson and D. Barford, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct., 1993, 22, 199-232.
17. S. R. Hubbard and J. H. Till, Annu. Rev. Biochem., 2000, 69, 373-398.
18. T. P. Conrads, H. J. Issaq and T. D. Veenstra, Biochem. Biophys. Res. Commun., 2002, 290(3), 885-890.
19. W. Shou, R. Verma, R. S. Annan, M. J. Huddleston, S. L. Chen, S. A. Carr and R. J. Deshaies, Methods Enzymol., 2002, 351, 279-296.
20. D. E. Kalume, H. Molina and A. Pandey, Curr. Opin. Chem. Biol., 2003, 7(1), 64-39.
21. M. Mann, S. E. Ong, M. Gronborg, H. Steen, O. N. Jensen and A. Pandey, Trends Biotechnol., 2002, 20(6), 261-268.
22. J. J. Gorman, T. P. Wallis and J. J. Pitt, Mass Spectrom. Rev., 2002, 21(3), 183-216.
23. Y. Yang, J. Wu and J. T. Watson, J. Biol. Chem., 1999, 274(53), 37598-37604.
24. J. Wu, Y. Yang and J. T. Watson, Protein Sci., 1998, 7(4), 1017-1028.
25. J. T. Watson, Y. Yang and J. Wu, J. Mol. Graph. Model., 2001, 19(1), 119-128.
26. S. R. Hanson, A. Hasan, D. L. Smith and J. B. Smith, Exp. Eye Res., 2000, 71(2), 195-207.
27. J. W. Heinecke, FASEB J., 1999, 13(10), 1113-1120.
28. A. Dell and H. R. Morris, Science, 2001, 291(5512), 2351-2356.
29. A. L. Burlingame, Curr. Opin. Biotechnol., 1996, 7(1), 4-10.
30. V. N. Lapko, D. L. Smith and J. B. Smith, Protein Sci., 2001, 10(6), 1130-1136.
31. V. N. Lapko, D. L. Smith and J. B. Smith, Biochemistry, 2002, 41(50), 14645-14651.
32. V. N. Lapko, D. L. Smith and J. B. Smith, Protein Sci., 2003, 12(8), 1762-1774.
33. S. R. Hanson, D. L. Smith and J. B. Smith, Exp. Eye Res., 1998, 67(3), 301-312.
34. P. P. Lin, R. C. Barry, D. L. Smith and J. B. Smith, Protein Sci., 1998, 7(6), 1451-1457.
35. D. B. Northrop and F. B. Simpson, Bioorg. Med. Chem., 1997, 5(4), 641-644.
36. J. Gao, X. Cheng, R. Chen, G. B. Sigal, J. E. Bruce, B. L. Schwartz, S. A. Hofstadler, G. A. Anderson, R. D. Smith and G. M. Whitesides, J. Med. Chem., 1996, 39(10), 1949-1955.
37. M. A. Kelly, H. Liang, I. I. Sytwu, I. Vlattas, N. L. Lyons, B. R. Bowen and L. P. Wennogle, Biochemistry, 1996, 35(36), 11747-11755.
38. Z. Li, A. K. Sau, S. Shen, C. Whitehouse, T. Baasov and K. S. Anderson, J. Am. Chem. Soc., 2003, 125(33), 9938-9939.
39. M. T. Mazur, C. T. Walsh and N. L. Kelleher, Biochemistry, 2003, 42(46), 13393-13400.
40. M. M. Young, N. Tang, J. C. Hempel, C. M. Oshiro, E. W. Taylor, I. D. Kuntz, B. W. Gibson and G. Dollinger, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2000, 97(11), 5802-5806.
41. G. H. Dihazi and A. Sinz, Rapid Commun. Mass Spectrom., 2003, 17(17), 2005-2014.
42. G. H. Kruppa, J. Schoeniger and M. M. Young, Rapid Commun. Mass Spectrom., 2003, 17(2), 155-162.
43. A. C. Gavin, M. Bosche, R. Krause, P. Grandi, M. Marzioch, A. Bauer, J. Schultz, J. M. Rick, A. M. Michon, C. M. Cruciat, M. Remor, C. Hofert, M. Schelder, M. Brajenovic, H. Ruffner, A. Merino, K. Klein, M. Hudak, D. Dickson, T. Rudi, V. Gnau, A. Bauch, S. Bastuck, B. Huhse, C. Leutwein, M. A. Heurtier, R. R. Copley, A. Edelmann, E. Querfurth, V. Rybin, G. Drewes, M. Raida, T. Bouwmeester, P. Bork, B. Seraphin, B. Kuster, G. Neubauer and G. Superti-Furga, Nature, 2002, 415(6868), 141-147.
44. D. Forler, T. Kocher, M. Rode, M. Gentzel, E. Izaurralde and M. Wilm, Nat. Biotechnol., 2003, 21(1), 89-92.
45. A. Shevchenko, D. Schaft, A. Roguev, W. W. Pijnappel and A. F. Stewart, Mol. Cell. Proteomics, 2002, 1(3), 204-212.
46. Y. Ho, A. Gruhler, A. Heilbut, G. D. Bader, L. Moore, S. L. Adams, A. Millar, P. Taylor, K. Bennett, K. Boutilier, L. Yang, C. Wolting, I. Donaldson, S. Schandorff, J. Shewnarane, M. Vo, J. Taggart, M. Goudreault, B. Muskat, C. Alfarano, D. Dewar, Z. Lin, K. Michalickova, A. R. Willems, H. Sassi, P. A. Nielsen, K. J. Rasmussen, J. R. Andersen, L. E. Johansen, L. H. Hansen, H. Jespersen, A. Podtelejnikov, E. Nielsen, J. Crawford, V. Poulsen, B. D. Sorensen, J. Matthiesen, R. C. Hendrickson, F. Gleeson, T. Pawson, M. F. Moran, D. Durocher, M. Mann, C. W. Hogue, D. Figeys and M. Tyers, Nature, 2002, 415(6868), 180-183.
47. A. A. Rostom and C. V. Robinson, J. Am. Chem. Soc., 1999, 121(19), 4718-4719.
48. D. R. Benjamin, C. V. Robinson, J. P. Hendrick, F. U. Hartl and C. M. Dobson, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1998, 95(13), 7391-7395.
49. A. A. Rostom, P. Fucini, D. R. Benjamin, R. Juenemann, K. H. Nierhaus, F. U. Hartl, C. M. Dobson and C. V. Robinson, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2000, 97(10), 5185-5190.
50. C. L. Hanson, P. Fucini, L. L. Ilag, K. H. Nierhaus and C. V. Robinson, J. Biol. Chem., 2003, 278(2), 1259-1267.
51. J. A. Aquilina, J. L. Benesch, O. A. Bateman, C. Slingsby and C. V. Robinson, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2003, 100(19), 10611-10616.
52. F. Sobott, J. L. Benesch, E. Vierling and C. V. Robinson, J. Biol. Chem., 2002, 277(41), 38921-38929.
53. S. J. Shields, O. Oyeyemi, F. C. Lightstone and R. Balhorn, J. Am. Soc. Mass Spectrom., 2003, 14(5), 460-470.
54. T. Imre, F. Zsila and P. T. Szabo, Rapid Commun. Mass Spectrom., 2003. 17(22), 2464-2470.
55. E. Nimmesgern, T. Fox, M. A. Fleming and J. A. Thomson, J. Biol. Chem., 1996, 271(32), 19421-19427.
56. T. E. Creighton, Protein Folding, W. H. Freeman and Co., New York, NY, 2nd edn., 1992.
57. I. A. Wilson and R. L. Stanfield, Curr. Opin. Struct. Biol., 1994, 4(6), 857-867.
58. R. S. Spolar and M. T. Record, Jr, Science, 1994, 263, 777-784.
59. R. W. Kriwacki, L. Hengst, L. Tennent, S. I. Reed and P. E. Wright, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1996, 93, 11504-11509.
60. F. Shen, S. J. Triezenberg, P. Hensley, D. Porter and J. Knutson, J. Biol. Chem., 1996, 271, 4827-4837.
61. A. N. Hoofnagle, K. A. Resing, E. J. Goldsmith and N. G. Ahn, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2001, 98(3), 956-961.
62. D. W. Miller and K. A. Dill, Protein Sci., 1995, 4, 1860-1873.
63. K.-S. Kim, J. A. Fuchs and C. K. Woodward, Biochemistry, 1993, 32, 9600-9608.
64. Y. W. Bai, J. S. Milne, L. Mayne and S. W. Englander, Proteins: Struct. Funct. Genet., 1994, 20(1), 4-14.
65. C. Woodward, I. Simon and E. Tüchsen, Mol. Cell. Biochem., 1982, 48, 135-160.
66. S. W. Englander and N. R. Kallenbach, Q. Rev. Biophys., 1984, 16, 521-655.
67. J. R. Engen and D. L. Smith, Anal. Chem., 2001, 73(9), 256A-265A.
68. J. R. Engen and D. L. Smith, Methods Mol. Biol., 2000, 146, 95-112.
69. S. N. Loh, C. A. Rohl, T. Kiefhaber and R. L. Baldwin, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1996, 93(5), 1982-1987.
70. Y. Bai, T. R. Sosnick, L. Mayne and S. W. Englander, Science, 1995, 269(5221), 192-197.
71. S. L. Mayo and R. L. Baldwin, Science, 1993, 262, 873-876.
72. K.-S. Kim and C. Woodward, Biochemistry, 1993, 32, 9609-9613.
73. D. L. Smith, Y. Deng and Z. Zhang, J. Mass Spectrom., 1997, 32, 135-146.
74. I. A. Kaltashov and S. J. Eyles, Mass Spectrom. Rev., 2002, 21(1), 37-71.
75. A. N. Hoofnagle, K. A. Resing and N. G. Ahn, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct., 2003, 32, 1-25.
76. Z. Zhang and D. L. Smith, Protein Sci., 1993, 2, 522-531.
77. L. Cravello, D. Lascoux and E. Forest, Rapid Commun. Mass Spectrom., 2003, 17(21), 2387-2393.
78. Y. Hamuro, L. Burns, J. Canaves, R. Hoffman, S. Taylor and V. Woods, J. Mol. Biol., 2002, 321(4), 703-714.
79. Y. Hamuro, L. Wong, J. Shaffer, J. S. Kim, D. D. Stranz, P. A. Jennings, V. L. Woods, Jr and J. A. Adams, J. Mol. Biol., 2002, 323(5), 871-881.
80. G. S. Anand, C. A. Hughes, J. M. Jones, S. S. Taylor and E. A. Komives, J. Mol. Biol., 2002, 323(2), 377-386.
81. K. A. Resing and N. G. Ahn, Biochemistry, 1998, 37(2), 463-475.
82. J. R. Engen, Analyst, 2003, 128, 623-628.
83. J. R. Engen, T. E. Smithgall, W. H. Gmeiner and D. L. Smith, J. Mol. Biol., 1999, 287(3), 645-656.
84. H. Remigy, M. Jaquinod, Y. Petillot, J. Gagnon, H. Cheng, B. Xia, J. L. Markley, J. K. Hurley, G. Tollin and E. Forest, J. Protein Chem., 1997, 16(5), 527-532.
85. A. Hasan, D. L. Smith and J. B. Smith, Biochemistry, 2002, 41(52), 15876-15882.
86. X. Yan, J. Watson, P. S. Ho and M. L. Deinzer, Mol. Cell. Proteomics, 2004, 3(1), 10-23.
87. Y. H. Zhang, X. Yan, C. S. Maier, M. I. Schimerlik and M. L. Deinzer, Biochemistry, 2002, 41(52), 15495-15504.
88. X. Yan, H. Zhang, J. Watson, M. I. Schimerlik and M. L. Deinzer, Protein Sci., 2002, 11(9), 2113-2124.
89. M. Y. Kim, C. S. Maier, D. J. Reed and M. L. Deinzer, Protein Sci., 2002, 11(6), 1320-1329.
90. H. Yang and D. L. Smith, Biochemistry, 1997, 36(48), 14992-14999.
91. J. Chen, S. Walter, A. L. Horwich and D. L. Smith, Nat. Struct. Biol., 2001, 8(8), 721-728.
92. A. Miranker, C. V. Robinson, S. E. Radford and C. M. Dobson, FASEB J., 1996, 10(1), 93-101.
93. A. Miranker, C. V. Robinson, S. E. Radford, R. T. Aplin and C. M. Dobson, Science, 1993, 262, 896-900.
94. M. Gross, C. V. Robinson, H. Mayhew, F. U. Hartl and S. E. Radford, Protein Sci., 1996, 5(12), 2506-2513.
95. C. V. Robinson, M. Gross, S. J. Eyles, J. J. Ewbank, M. Mayhew, F. U. Hartl, C. M. Dobson and S. E. Radford, Nature, 1994, 372(6507), 646-651.
96. A. Bauer and B. Kuster, Eur. J. Biochem., 2003, 270(4), 570-578.
97. S. Ghaemmaghami, M. C. Fitzgerald and T. G. Oas, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2000, 97(15), 8296-8301.
98. J. R. Engen, E. M. Bradbury and X. Chen, Anal. Chem., 2002, 74(7), 1680-1686.