Editing streptomycete genomes in the CRISPR/Cas9 age

Natural Product Reports

Volumn 36, Issue 9, 2019, Pages 1237-1248

  Alberti, Fabrizio ^a   Corre, Christophe ^a  

^a UNIVERSITY OF WARWICK   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BACTERIAL GENOME; CRISPR CAS SYSTEM; GENE EDITING; GENETICS; PROCEDURES; STREPTOMYCES;

CRISPR-ASSOCIATED PROTEIN 9; CRISPR-CAS SYSTEMS; GENE EDITING; GENOME, BACTERIAL; STREPTOMYCES;

EID: 85063233714     PISSN: 02650568     EISSN: 14604752     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c8np00081f     Document Type: Article

References (68)

1. O. Genilloud Nat. Prod. Rep. 2017 34 1203 1232
2. R. D. Arbeit D. Maki F. P. Tally E. Campanaro B. I. Eisenstein Clin. Infect. Dis. 2004 38 1673 1681
3. V. G. Fowler H. W. Boucher G. R. Corey E. Abrutyn A. W. Karchmer M. E. Rupp D. P. Levine H. F. Chambers F. P. Tally G. A. Vigliani C. H. Cabell A. S. Link I. DeMeyer S. G. Filler M. Zervos P. Cook J. Parsonnet J. M. Bernstein C. S. Price G. N. Forrest G. Fätkenheuer M. Gareca S. J. Rehm H. R. Brodt A. Tice S. E. Cosgrove N. Engl. J. Med. 2006 355 653 665
4. R. W. Burg B. M. Miller E. E. Baker J. Birnbaum S. A. Currie R. Hartman Y.-L. Kong R. L. Monaghan G. Olson I. Putter J. B. Tunac H. Wallick E. O. Stapley R. Oiwa S. Omura Antimicrob. Agents Chemother. 1979 15 361 367
5. E. Bayer K. H. Gugel K. Hägele H. Hagenmaier S. Jessipow W. A. König H. Zähner Helv. Chim. Acta 1972 55 224 239
6. P. J. Rutledge G. L. Challis Nat. Rev. Microbiol. 2015 13 509
7. T. Kieser, M. J. Bibb, M. J. Buttner, K. F. Chater and D. A. Hopwood, Practical Streptomyces Genetics, John Innes Foundation, Norwich, U.K., 2000
8. Y. Zhang J. P. P. Muyrers G. Testa F. Stewart Nat. Biotechnol. 2000 18 1314 1317
9. B. Gust G. L. Challis K. Fowler T. Kieser K. F. Chater Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 1541 1546
10. M. Jinek K. Chylinski I. Fonfara M. Hauer J. A. Doudna E. Charpentier Science 2012 337 816 821
11. Y. Tong T. Weber S. Y. Lee Nat. Prod. Rep. 2019 10.1039/c8np00089a
12. R. E. Cobb Y. Wang H. Zhao ACS Synth. Biol. 2015 4 723 728
13. H. Huang G. Zheng W. Jiang H. Hu Y. Lu Acta Biochim. Biophys. Sin. 2015 47 231 243
14. Y. Tong P. Charusanti L. Zhang T. Weber S. Y. Lee ACS Synth. Biol. 2015 18 1020 1029
15. H. Zeng S. Wen W. Xu Z. He G. Zhai Y. Liu Z. Deng Y. Sun Appl. Microbiol. Biotechnol. 2015 99 10575 10585
16. T. Siegl L. Petzke E. Welle A. Luzhetskyy Appl. Microbiol. Biotechnol. 2010 87 1525 1532
17. L. T. Fernández-Martínez M. J. Bibb Sci. Rep. 2014 4 7100
18. M. Myronovskyi E. Welle V. Fedorenko A. Luzhetskyy Appl. Environ. Microbiol. 2011 77 5370 5383
19. M. Myronovskyi B. Rosenkränzer S. Nadmid P. Pujic P. Normand A. Luzhetskyy Metab. Eng. 2018 49 316 324
20. W. Jiang D. Bikard D. Cox F. Zhang L. A. Marraffini Nat. Biotechnol. 2013 31 233 239
21. Z. Bao H. Xiao J. Liang L. Zhang X. Xiong N. Sun T. Si H. Zhao ACS Synth. Biol. 2014 4 585 594
22. D. D. Nayak W. W. Metcalf Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2017 114 2976 2981
23. Q. Shan Y. Wang J. Li Y. Zhang K. Chen Z. Liang K. Zhang J. Liu J. J. Xi J.-L. Qiu C. Gao Nat. Biotechnol. 2013 31 688 691
24. W. Y. Hwang Y. Fu D. Reyon M. L. Maeder S. Q. Tsai J. D. Sander R. T. Peterson J. R. Yeh J. K. Joung Nat. Biotechnol. 2013 31 227 229
25. L. Cong F. A. Ran D. Cox S. Lin R. Barretto N. Habib P. D. Hsu X. Wu W. Jiang L. A. Marraffini F. Zhang Science 2013 339 819 823
26. K. Yamanaka K. A. Reynolds R. D. Kerstena K. S. Ryana D. J. Gonzalez V. Nizete P. C. Dorrestein B. S. Moore Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014 111 1957 1961
27. X. Tang J. Li N. Millán-Aguinãga J. J. Zhang E. C. O'Neill J. A. Ugalde P. R. Jensen S. M. Mantovani B. S. Moore ACS Chem. Biol. 2015 10 2841 2849
28. F. Alberti D. J. Leng I. Wilkening L. Song M. Tosin C. Corre Chem. Sci. 2019 10 453 463
29. S. M. Salem S. Weidenbach J. Rohr ACS Chem. Biol. 2017 12 2529 2534
30. C. Engler R. Kandzia S. Marillonnet PLoS One 2008 3 e3647
31. D. G. Gibson L. Young R. Y. Chuang J. C. Venter C. A. Hutchison III H. O. Smith Nat. Methods 2009 6 343 345
32. G. Muth B. Nußbaumer W. Wohlleben A. Pühler Mol. Gen. Genet. 1989 219 341 348
33. Z. Shao G. Rao C. Li Z. Abil Y. Luo H. Zhao ACS Synth. Biol. 2013 2 662 669
34. C. J. Wilkinson Z. A. Hughes-Thomas C. J. Martin I. Bohm T. Mironenko M. Deacon M. Wheatcroft G. Wirtz J. Staunton P. F. Leadlay J. Mol. Microbiol. Biotechnol. 2002 4 417 426
35. G.-Y. Tan K. Deng X. Liu H. Tao Y. Chang J. Chen K. Chen Z. Sheng Z. Deng T. Liu ACS Synth. Biol. 2017 6 995 1005
36. C. Baia Y. Zhanga X. Zhaoa Y. Hua S. Xianga J. Miaoa C. Loua L. Zhang Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2015 112 12181 12186
37. T. S. Freestone K.-S. Ju B. Wang H. Zhao ACS Synth. Biol. 2017 6 217 223
38. X.-H. Zhang L. Y. Tee X.-G. Wang Q.-S. Huang S.-H. Yang Mol. Ther.-Nucleic Acids 2015 4 e264
39. T. C. McLean P. A. Hoskisson R. F. Seipke mSphere 2016 1 e00305 e00316
40. Y. Zhang C.-Y. Lin X.-M. Li Z.-K. Tang J. Qiao G.-R. Zhao J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 2016 43 1681 1692
41. Z. Qin J. T. Munnoch R. Devine N. A. Holmes R. F. Seipke K. A. Wilkinson B. Wilkinson M. I. Hutchings Chem. Sci. 2017 8 3218 3227
42. H. Jia L. Zhang T. Wang J. Han H. Tang L. Zhang Microbiology 2017 163 1148 1155
43. K. Palmu P. Rosenqvist K. Thapa Y. Ilina V. Siitonen B. Baral J. Mäkinen G. Belogurov P. Virta J. Niemi M. Metsä-Ketela ACS Chem. Biol. 2017 12 1472 1477
44. M. M. Zhang F. T. Wong Y. Wang S. Luo Y. H. Lim E. Heng W. L. Yeo R. E. Cobb B. Enghiad E. L. Ang H. Zhao Nat. Chem. Biol. 2017 13 607 609
45. T. Wolf T. Gren E. Thieme D. Wibberg T. Zemke A. Pühler J. Kalinowski J. Biotechnol. 2016 231 122 128
46. K. E. Wendt J. Ungerer R. E. Cobb H. Zhao H. B. Pakrasi Microb. Cell Fact. 2016 15 115
47. M. Rütering B. Cress M. Schilling B. Rühmann M. A. G. Koffas V. Sieber J. Schmid Synth. Biol. 2017 2 ysx007
48. M. H. Larson L. A. Gilbert X. Wang W. A. Lim J. S. Weissman L. S. Qi Nat. Protoc. 2013 8 2180 2196
49. T. Murakami T. G. Holt C. J. Thompson J. Bacteriol. 1989 171 1459 1466
50. W. Wang J. Tian L. Li M. Ge H. Zhu G. Zheng H. Huang L. Ruan W. Jiang Y. Lu Appl. Microbiol. Biotechnol. 2015 99 7151 7164
51. J. Meng R. Feng G. Zheng M. Ge Y. Mast W. Wohlleben J. Gao W. Jiang Y. Lu Synth. Syst. Biol. 2017 2 130 136
52. S. Chen G. Zheng H. Zhu H. He L. Chen W. Zhang W. Jiang Y. Lu FEMS Microbiol. Lett. 2016 363 fnw160
53. J. M. He H. Zhu G. S. Zheng P. P. Liu J. Wang G. P. Zhao G. Q. Zhu W. H. Jiang Y. H. Lu J. Biol. Chem. 2016 291 26443 26454
54. Y. Zhang C.-Y. Lin X.-M. Li Z.-K. Tang J. Qiao G.-R. Zhao J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 2016 43 1681 1692
55. B. S. Yun T. Hidaka T. Kuzuyama H. Seto J. Antibiot. 2001 54 375 378
56. L. S. Qi M. H. Larson L. A. Gilbert J. A. Doudna J. S. Weissman A. P. Arkin W. A. Lim Cell 2013 152 1173 1183
57. J. S. Cho K. R. Choi C. P. S. Prabowo J. H. Shin D. Yang J. Jang J S. Y. Lee Metab. Eng. 2017 42 157 167
58. Z. J. Low L. M. Pang Y. Ding Q. W. Cheang K. L. M. Hoang H. T. Tran J. Li X.-W. Liu Y. Kanagasundaram L. Yang Z.-X. Liang Sci. Rep. 2018 8 1584
59. D. R. Cohen C. A. Townsend Nat. Chem. 2018 10 231 236
60. R. Allmansberger B. Braü W. Piepersberg Mol. Gen. Genet. 1985 198 514 520
61. M. P. Dubeau M. G. Ghinet P. E. Jacques N. Clermont C. Beaulieu R. Brzezinski Appl. Environ. Microbiol. 2009 75 1211 1214
62. Y. Liu W. Tao S. Wen Z. Li A. Yang Z. Deng Y. Sun mBio 2015 6 e01714 e01715
63. T. Hamaguchi T. Sudo H. Osada FEBS Lett. 1995 372 54 58
64. S. Huang Y. Zhao Z. Qin X. Wang M. Onega L. Chen J. He Y. Yu H. Deng Process Biochem. 2011 46 811 816
65. Y. Fu J. A. Foden C. Khayter M. L. Maeder D. Reyon J. K. Joung J. D. Sander Nat. Biotechnol. 2013 31 822 826
66. K. Blin L. E. Pederson T. Weber S. Y. Lee Synth. Syst. Biol. 2016 1 118 121
67. B. Zetsche J. S. Gootenberg O. O. Abudayyeh I. M. Slaymaker K. S. Makarova P. Essletzbichler S. E. Volz J. Joung J. van der Oost A. Regev E. V. Koonin F. Zhang Cell 2015 163 759 771
68. L. Li K. Wei G. Zheng X. Liu S. Chen W. Jiang Y. Lu Appl. Environ. Microbiol. 2018 84 e00827-18