Two-Site Evaluation of the Repeatability and Precision of an Automated Dual-Column Hydrogen/Deuterium Exchange Mass Spectrometry Platform

Analytical Chemistry

Volumn 88, Issue 12, 2016, Pages 6607-6614

  Cummins, David J ^a   Espada, Alfonso ^b   Novick, Scott J ^c   Molina Martin, Manuel ^b   Stites, Ryan E ^a   Espinosa, Juan Felix ^b   Broughton, Howard ^b   Goswami, Devrishi ^c   Pascal, Bruce D ^c   Dodge, Jeffrey A ^a   Chalmers, Michael J ^a   Griffin, Patrick R ^c  

^a ELI LILLY AND COMPANY   (United States)

^b ELI LILLY AND COMPANY   (Spain)

^c SCRIPPS RESEARCH INSTITUTE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AUTOMATION; ERRORS; LABORATORIES; LIGANDS; MASS SPECTROMETRY; PROTEINS; SPECTROMETRY; SYSTEMATIC ERRORS;

AUTOMATED SYSTEMS; BIOPHYSICAL METHODS; EXPERIMENTAL CONDITIONS; HYDROGEN/DEUTERIUM EXCHANGE; MANUAL PROCESSING; REMOTE LABORATORIES; SINGLE-DIFFERENTIAL; SYSTEMATIC EVALUATION;

RANDOM ERRORS;

CALCITRIOL RECEPTOR; DEUTERIUM; HYDROGEN; LIGAND; PEPTIDE; PROTEIN;

ANALYSIS OF VARIANCE; CHEMISTRY; DEUTERIUM HYDROGEN EXCHANGE; DEVICES; HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; PROCEDURES; REPRODUCIBILITY;

ANALYSIS OF VARIANCE; CHROMATOGRAPHY, HIGH PRESSURE LIQUID; DEUTERIUM; DEUTERIUM EXCHANGE MEASUREMENT; HYDROGEN; LIGANDS; MASS SPECTROMETRY; PEPTIDES; PROTEINS; RECEPTORS, CALCITRIOL; REPRODUCIBILITY OF RESULTS;

EID: 84975789783     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.6b01650     Document Type: Article

References (36)

1. Englander, S. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006, 17, 1481-1489 10.1016/j.jasms.2006.06.006
2. Wales, T. E.; Engen, J. R. Mass Spectrom. Rev. 2006, 25, 158-170 10.1002/mas.20064
3. Hebling, C. M.; Morgan, C. R.; Stafford, D. W.; Jorgenson, J. W.; Rand, K. D.; Engen, J. R. Anal. Chem. 2010, 82, 5415-5419 10.1021/ac100962c
4. Konermann, L.; Pan, J.; Liu, Y. H. Chem. Soc. Rev. 2011, 40, 1224-1234 10.1039/C0CS00113A
5. Wei, H.; Mo, J.; Tao, L.; Russell, R. J.; Tymiak, A. A.; Chen, G.; Iacob, R. E.; Engen, J. R. Drug Discovery Today 2014, 19, 95-102 10.1016/j.drudis.2013.07.019
6. Chalmers, M. J.; Busby, S. A.; Pascal, B. D.; West, G. M.; Griffin, P. R. Expert Rev. Proteomics 2011, 8, 43-59 10.1586/epr.10.109
7. Pirrone, G. F.; Iacob, R. E.; Engen, J. R. Anal. Chem. 2015, 87, 99-118 10.1021/ac5040242
8. Percy, A. J.; Rey, M.; Burns, K. M.; Schriemer, D. C. Anal. Chim. Acta 2012, 721, 7-21 10.1016/j.aca.2012.01.037
9. Carson, M. W.; Zhang, J.; Chalmers, M. J.; Bocchinfuso, W. P.; Holifield, K. D.; Masquelin, T.; Stites, R. E.; Stayrook, K. R.; Griffin, P. R.; Dodge, J. A. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2014, 24, 3459-3463 10.1016/j.bmcl.2014.05.070
10. Underbakke, E. S.; Iavarone, A. T.; Chalmers, M. J.; Pascal, B. D.; Novick, S.; Griffin, P. R.; Marletta, M. A. Structure 2014, 22, 602-611 10.1016/j.str.2014.01.008
11. Boerma, L. J.; Xia, G.; Qui, C.; Cox, B. D.; Chalmers, M. J.; Smith, C. D.; Lobo-Ruppert, S.; Griffin, P. R.; Muccio, D. D.; Renfrow, M. B. J. Biol. Chem. 2014, 289, 814-826 10.1074/jbc.M113.476861
12. Landgraf, R. R.; Goswami, D.; Rajamohan, F.; Harris, M. S.; Calabrese, M. F.; Hoth, L. R.; Magyar, R.; Pascal, B. D.; Chalmers, M. J.; Busby, S. A.; Kurumbail, R. G.; Griffin, P. R. Structure 2013, 21, 1942-1953 10.1016/j.str.2013.08.023
13. West, G. M.; Pascal, B. D.; Ng, L. M.; Soon, F. F.; Melcher, K.; Xu, H. E.; Chalmers, M. J.; Griffin, P. R. Structure 2013, 21, 229-235 10.1016/j.str.2012.12.001
14. Chalmers, M. J.; Wang, Y.; Novick, S.; Sato, M.; Bryant, H. U.; Montrose-Rafizdeh, C.; Griffin, P. R.; Dodge, J. A. ACS Med. Chem. Lett. 2012, 3, 207-210 10.1021/ml2002532
15. Devarakonda, S.; Gupta, K.; Chalmers, M. J.; Hunt, J. F.; Griffin, P. R.; Van Duyne, G. D.; Spiegelman, B. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011, 108, 18678-18683 10.1073/pnas.1113813108
16. West, G. M.; Chien, E. Y.; Katritch, V.; Gatchalian, J.; Chalmers, M. J.; Stevens, R. C.; Griffin, P. R. Structure 2011, 19, 1424-1432 10.1016/j.str.2011.08.001
17. Zhang, J.; Chalmers, M. J.; Stayrook, K. R.; Burris, L. L.; Wang, Y.; Busby, S. A.; Pascal, B. D.; Garcia-Ordonez, R. D.; Bruning, J. B.; Istrate, M. A.; Kojetin, D. J.; Dodge, J. A.; Burris, T. P.; Griffin, P. R. Nat. Struct. Mol. Biol. 2011, 18, 556-563 10.1038/nsmb.2046
18. Heidebrecht, T.; Christodoulou, E.; Chalmers, M. J.; Jan, S.; Ter Riet, B.; Grover, R. K.; Joosten, R. P.; Littler, D.; van Luenen, H.; Griffin, P. R.; Wentworth, P., Jr.; Borst, P.; Perrakis, A. Nucleic Acids Res. 2011, 39, 5715-5728 10.1093/nar/gkr125
19. Wang, Y.; Kumar, N.; Solt, L. A.; Richardson, T. I.; Helvering, L. M.; Crumbley, C.; Garcia-Ordonez, R. D.; Stayrook, K. R.; Zhang, X.; Novick, S.; Chalmers, M. J.; Griffin, P. R.; Burris, T. P. J. Biol. Chem. 2010, 285, 5013-5025 10.1074/jbc.M109.080614
20. Dai, S. Y.; Burris, T. P.; Dodge, J. A.; Montrose-Rafizadeh, C.; Wang, Y.; Pascal, B. D.; Chalmers, M. J.; Griffin, P. R. Biochemistry 2009, 48, 9668-9676 10.1021/bi901149t
21. Bruning, J. B.; Chalmers, M. J.; Prasad, S.; Busby, S. A.; Kamenecka, T. M.; He, Y.; Nettles, K. W.; Griffin, P. R. Structure 2007, 15, 1258-1271 10.1016/j.str.2007.07.014
22. Risinger, A. L.; Li, J.; Bennett, M. J.; Rohena, C. C.; Peng, J.; Schriemer, D. C.; Mooberry, S. L. Cancer Res. 2013, 73, 6780-6792 10.1158/0008-5472.CAN-13-1346
23. Li, X.; Khan, M. F.; Schriemer, D. C.; Fliegel, L. J. Mol. Cell. Cardiol. 2013, 61, 153-163 10.1016/j.yjmcc.2013.04.007
24. Huang, H. K.; Taneva, S. G.; Lee, J.; Silva, L. P.; Schriemer, D. C.; Cornell, R. B. J. Mol. Biol. 2013, 425, 1546-1564 10.1016/j.jmb.2012.12.003
25. Ling, J. M.; Silva, L.; Schriemer, D. C.; Schryvers, A. B. Methods Mol. Biol. 2012, 799, 237-252 10.1007/978-1-61779-346-2-15
26. Campobasso, N.; Huddler, D. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2015, 25, 3771-3776 10.1016/j.bmcl.2015.07.007
27. Chalmers, M. J.; Busby, S. A.; Pascal, B. D.; He, Y.; Hendrickson, C. L.; Marshall, A. G.; Griffin, P. R. Anal. Chem. 2006, 78, 1005-1014 10.1021/ac051294f
28. Hamuro, Y.; Coales, S. J.; Southern, M. R.; Nemeth-Cawley, J. F.; Stranz, D. D.; Griffin, P. R. J. Biomol. Tech. 2003, 14, 171-182
29. Woods, V. L., Jr.; Hamuro, Y. J. Cell. Biochem. 2001, Suppl 37, 89-98 10.1002/jcb.10069
30. Chalmers, M. J.; Pascal, B. D.; Willis, S.; Zhang, J.; Iturria, S. J.; Dodge, J. A.; Griffin, P. R. Int. J. Mass Spectrom. 2011, 302, 59-68 10.1016/j.ijms.2010.08.002
31. Burkitt, W.; O'Connor, G. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2008, 22, 3893-3901 10.1002/rcm.3794
32. Houde, D.; Berkowitz, S. A.; Engen, J. R. J. Pharm. Sci. 2011, 100, 2071-2086 10.1002/jps.22432
33. Moroco, J. A.; Engen, J. R. Bioanalysis 2015, 7, 1065-1067 10.4155/bio.15.46
34. Burns, K. M.; Rey, M.; Baker, C. A.; Schriemer, D. C. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 539-548 10.1074/mcp.M112.023770
35. Pascal, B. D.; Willis, S.; Lauer, J. L.; Landgraf, R. R.; West, G. M.; Marciano, D.; Novick, S.; Goswami, D.; Chalmers, M. J.; Griffin, P. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2012, 23, 1512-1521 10.1007/s13361-012-0419-6
36. Zhang, J.; Chalmers, M. J.; Stayrook, K. R.; Burris, L. L.; Garcia-Ordonez, R. D.; Pascal, B. D.; Burris, T. P.; Dodge, J. A.; Griffin, P. R. Structure 2010, 18, 1332-1341 10.1016/j.str.2010.07.007