Hydration and stability of nucleic acid bases and base pairs

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 9, Issue 8, 2007, Pages 903-917

  Kabeláč, Martin ^a   Hobza, Pavel ^a  

^a INSTITUTE OF ORGANIC CHEMISTRY AND BIOCHEMISTRY   (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84962376447     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b614420a     Document Type: Article

References (178)

1. C. F. Guerra F. M. Bickelhaupt J. G. Snijders E. J. Baerends Chem.-Eur. J. 1999 5 12 3581 3594
2. C. F. Guerra T. van der Wijst F. M. Bickelhaupt Chem.-Eur. J. 2006 12 11 3032 3042
3. M. Rueda S. G. Kalko F. J. Luque M. Orozco J. Am. Chem. Soc. 2003 125 8007 8014
4. M. Rueda S. G. Kalko F. J. Luque M. Orozco J. Am. Chem. Soc. 2006 128 3608 3619
5. W. Saenger, in Book Principles of Nucleic Acid Structure, Springer-Verlag, New York, 1983
6. O. Kennard J. Biomol. Struct. Dyn. 1985 3 2 205 226
7. W. B. T. Cruse P. Saludjian E. Biala P. Strazewski T. Prange O. Kennard Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1994 91 10 4160 4164
8. Z. Morávek S. Neidle B. Schneider Nucleic Acids Res. 2002 30 5 1182 1191
9. B. Schneider D. M. Cohen L. Schleifer A. R. Srinivasan W. K. Olson H. M. Berman Biophys. J. 1993 65 6 2291 2303
10. B. Schneider D. Cohen H. M. Berman Biopolymers 1992 32 7 725 750
11. B. Schneider H. M. Berman Biophys. J. 1995 69 6 2661 2669
12. C. Plutzer I. Hunig K. Kleinermanns E. Nir M. S. de Vries ChemPhysChem 2003 4 8 838 842
13. C. Plutzer I. Hunig K. Kleinermanns Phys. Chem. Chem. Phys. 2003 5 6 1158 1163
14. E. Nir C. Plutzer K. Kleinermanns M. de Vries Eur. Phys. J. D 2002 20 3 317 329
15. M. Mons I. Dimicoli F. Piuzzi B. Tardivel M. Elhanine J. Phys. Chem. A 2002 106 20 5088 5094
16. E. Nir C. Janzen P. Imhof K. Kleinermanns M. S. de Vries Phys. Chem. Chem. Phys. 2002 4 5 732 739
17. E. Nir C. Janzen P. Imhof K. Kleinermanns M. S. de Vries Phys. Chem. Chem. Phys. 2002 4 5 740 750
18. F. Piuzzi M. Mons I. Dimicoli B. Tardivel Q. Zhao Chem. Phys. 2001 270 1 205 214
19. E. Nir K. Kleinermanns M. S. de Vries Nature 2000 408 6815 949 951
20. B. Crews A. Abo-Riziq L. Grace M. Callahan M. Kabeláč P. Hobza M. S. de Vries Phys. Chem. Chem. Phys. 2005 7 16 3015 3020
21. A. Abo-Riziq B. Crews L. Grace M. S. de Vries J. Am. Chem. Soc. 2005 127 8 2374 2375
22. A. Abo-Riziq L. Grace E. Nir M. Kabeláč P. Hobza M. S. de Vries Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 1 20 23
23. W. Chin M. Mons F. Piuzzi B. Tardivel I. Dimicoli L. Gorb J. Leszczynski J. Phys. Chem. A 2004 108 40 8237 8243
24. I. Hunig C. Plutzer K. A. Seefeld D. Lowenich M. Nispel K. Kleinermanns ChemPhysChem 2004 5 9 1427 1431
25. M. Kabeláč C. Plutzer K. Kleinermanns P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2004 6 10 2781 2785
26. Y. G. He C. Y. Wu W. Kong J. Phys. Chem. A 2004 108 6 943 949
27. M. Y. Choi R. E. Miller Phys. Chem. Chem. Phys. 2005 7 20 3565 3573
28. M. Y. Choi F. Dong R. E. Miller Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. A 2005 363 1827 393 412
29. M. Y. Choi R. E. Miller J. Am. Chem. Soc. 2006 128 22 7320 7328
30. F. Dong R. E. Miller Science 2002 298 5596 1227 1230
31. H. H. Ritze H. Lippert E. Samoylova V. R. Smith I. V. Hertel W. Radloff T. Schultz J. Chem. Phys. 2005 122 22 1 9
32. N. J. Kim Y. S. Kim G. Jeong T. K. Ahn T. K. Kim Int. J. Mass Spectrom. 2002 120 1 11
33. C. Canuel M. Mons F. Piuzzi B. Tardivel I. Dimicoli M. Elhanine J. Chem. Phys. 2005 1223
34. C. Desfrancois S. Carles J. P. Schermann Chem. Rev. 2000 100 11 3943 3962
35. B. Yanson I. K. Teplitsky L. F. Sukhodub Biopolymers 1979 18 1149
36. L. F. Sukhodub Chem. Rev. 1987 87 3 589 606
37. L. F. Sukhodub A. B. Teplitsky J. Biomol. Struct. Dyn. 1991 8 4 889 907
38. L. F. Sukhodub A. B. Teplitsky Y. M. Lodjanoi Biofizika 1989 34 2 181 186
39. L. F. Sukhodub V. S. Shelkovski K. L. Wierzchowski Biophys. Chem. 1984 19 3 191 200
40. L. F. Sukhodub I. K. Yanson Nature 1976 264 5583 245 247
41. L. F. Sukhodub I. K. Yanson V. S. Shelkovski K. L. Wierzchowski Biophys. Chem. 1982 15 2 149 155
42. A. B. Teplitsky L. F. Sukhodub Biofizika 1987 32 3 398 401
43. S. E. Harris Proc. IEEE 1969 57 2096 2113
44. N. E. Schultz Y. Zhao D. G. Truhlar J. Phys. Chem. A 2005 109 49 11127 11143
45. Y. Zhao N. E. Schultz D. G. Truhlar J. Chem. Phys. 2005 123 16 1 4
46. Y. Zhao D. G. Truhlar J. Phys. Chem. A 2005 109 25 5656 5667
47. M. P. Waller A. Robertazzi J. A. Platts D. E. Hibbs P. A. Williams J. Comput. Chem. 2006 27 4 491 504
48. S. Grimme J. Comput. Chem. 2004 25 12 1463 1473
49. M. Elstner P. Hobza T. Frauenheim S. Suhai E. Kaxiras J. Chem. Phys. 2001 114 12 5149 5155
50. P. Jurečka P. Nachtigall P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2001 3 20 4578 4582
51. M. Feyereisen G. Fitzgerald A. Komornicki Chem. Phys. Lett. 1993 208 5-6 359 363
52. F. Weigend M. Haser Theor. Chem. Acc. 1997 97 1-4 331 340
53. M. Kabeláč P. Hobza J. Phys. Chem. B 2001 105 24 5804 5817
54. M. Kabeláč P. Hobza Chem.-Eur. J. 2001 7 10 2067 2074
55. L. Zendlová P. Hobza M. Kabeláč ChemPhysChem 2006 7 2 439 447
56. F. G. Amar R. S. Berry J. Chem. Phys. 1986 85 10 5943 5954
57. P. Hobza M. Kabeláč J. Šponer P. Mejzlík Vondrášek J. Comput. Chem. 1997 18 9 1136 1150
58. P. Hobza F. Hubálek M. Kabeláč P. Mejzlík J. Šponer J. Vondrášek Chem. Phys. Lett. 1996 257 1-2 31 35
59. W. D. Cornell P. Cieplak C. I. Bayly I. R. Gould K. M. Merz D. M. Ferguson D. C. Spellmeyer T. Fox J. W. Caldwell P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 1995 117 19 5179 5197
60. J. G. Kirkwood J. Chem. Phys. 1934 2 351
61. S. Miertus E. Scrocco J. Tomasi Chem. Phys. 1981 55 117 129
62. S. Miertus J. Tomasi Chem. Phys. 1982 65 239 245
63. M. J. Frisch, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr, T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez and J. A. Pople, GAUSSIAN 03 (Revision A.1), Gaussian Inc., Pittsburgh, PA, 2003
64. M. Cossi N. Rega G. Scalmani V. Barone J. Comput. Chem. 2003 24 6 669 681
65. V. Barone M. Cossi J. Tomasi J. Comput. Chem. 1998 19 4 404 417
66. A. Klamt G. J. P. Krooshof R. Taylor AIChE J. 2002 48 10 2332 2349
67. P. Claverie J. P. Daudey J. Langlet B. Pullman D. Piazzola M. J. Huron J. Phys. Chem. 1978 82 405 418
68. J. D. Watson F. H. C. Crick Nature 1953 171 737 738
69. M. D. Topal J. R. Fresco Nature 1976 263 5575 285 289
70. M. Piacenza S. Grimme J. Comput. Chem. 2004 25 1 83 98
71. A. Alparone A. Millefiori S. Millefiori Chem. Phys. 2005 312 1-3 261 274
72. S. Millefiori A. Alparone Chem. Phys. 2004 303 1-2 27 36
73. G. Chung H. Oh D. Lee J. Mol. Struct. 2005 730 1-3 241 249
74. M. Hanus M. Kabeláč J. Rejnek F. Ryjáček P. Hobza J. Phys. Chem. B 2004 108 6 2087 2097
75. M. Hanus F. Ryjáček M. Kabeláč T. Kubař T. V. Bogdan S. A. Trygubenko P. Hobza J. Am. Chem. Soc. 2003 125 25 7678 7688
76. J. Rejnek M. Hanus M. Kabeláč F. Ryjáček P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2005 7 9 2006 2017
77. S. A. Trygubenko T. V. Bogdan M. Rueda M. Orozco F. J. Luque J. Šponer P. Slaváček P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2002 4 17 4192 4203
78. S. Carles F. Lecomte J. P. Schermann C. Desfrancois J. Phys. Chem. A 2000 104 46 10662 10668
79. N. U. Zhanpeisov J. Leszczynski Struct. Chem. 2001 12 2 121 126
80. A. F. Jalbout L. Adamowicz J. Phys. Chem. A 2001 105 6 1033 1038
81. H. T. Kim J. Mol. Struct. 2004 673 1-3 121 126
82. B. Mennucci A. Toniolo J. Tomasi J. Phys. Chem. A 2001 105 19 4749 4757
83. J. E. Delbene J. Mol. Struct. 1984 17 3-4 179 197
84. G. Port FEBS Lett. 1973 31 70
85. K. C. Hunter S. D. Wetmore Chem. Phys. Lett. 2006 422 4-6 500 506
86. K. C. Hunter L. R. Rutledge S. D. Wetmore J. Phys. Chem. A 2005 109 42 9554 9562
87. O. V. Shishkin L. Gorb J. Leszczynski J. Phys. Chem. B 2000 104 22 5357 5361
88. M. K. Shukla J. Leszczynski J. Phys. Chem. A 2002 106 46 11338 11346
89. G. Fogarasi P. G. Szalay Chem. Phys. Lett. 2002 356 3-4 383 390
90. L. Gorb J. Leszczynski Int. J. Quantum Chem. 1998 70 4-5 825 830
91. P. U. Civcir J. Mol. Struct. 2000 532 157 169
92. T. van Mourik D. M. Benoit S. L. Price D. C. Clary Phys. Chem. Chem. Phys. 2000 2 6 1281 1290
93. J. E. Delbene J. Comput. Chem. 1983 4 2 226 233
94. A. Pullman Theor. Chim. Acta 1978 48 29
95. L. Gorb J. Leszczynski Int. J. Quantum Chem. 1997 65 5 759 765
96. L. Gorb J. Leszczynski J. Am. Chem. Soc. 1998 120 20 5024 5032
97. V. B. Delchev H. Mikosch J. Mol. Model. 2006 12 2 229 236
98. T. van Mourik Phys. Chem. Chem. Phys. 2001 3 14 2886 2892
99. T. van Mourik S. L. Price D. C. Clary J. Phys. Chem. A 1999 103 11 1611 1618
100. E. S. Kryachko M. T. Nguyen T. Zeegers-Huyskens J. Phys. Chem. A 2001 105 10 1934 1943
101. J. Smets W. J. McCarthy L. Adamowicz J. Phys. Chem. 1996 100 35 14655 14660
102. M. P. Gaigeot M. Ghomi J. Phys. Chem. B 2001 105 21 5007 5017
103. M. P. Gaigeot C. Kadri M. Ghomi J. Mol. Struct. 2001 565 469 473
104. X. G. Bao H. Sun N. B. Wong J. D. Gu J. Phys. Chem. B 2006 110 12 5865 5874
105. M. Di Laudo S. R. Whittleton S. D. Wetmore J. Phys. Chem. A 2003 107 48 10406 10413
106. A. K. Chandra M. T. Nguyen T. Zeegers-Huyskens J. Phys. Chem. A 1998 102 29 6010 6016
107. O. V. Shishkin L. Gorb J. Leszczynski Int. J. Mol. Sci. 2000 1 2 17 27
108. J. E. Delbene J. Chem. Phys. 1982 76 2 1058 1063
109. J. E. Delbene J. Comput. Chem. 1981 2 4 416 421
110. J. E. Delbene J. Comput. Chem. 1981 2 2 188 199
111. B. Pullman Theor. Chim. Acta 1979 50 317
112. M. Sabio S. Topiol W. C. Lumma J. Phys. Chem. 1990 94 1366 1372
113. P. Jurečka P. Hobza J. Am. Chem. Soc. 2003 125 50 15608 15613
114. J. E. Eksterowicz J. L. Miller P. A. Kollman J. Phys. Chem. B 1997 101 50 10971 10975
115. J. L. Miller P. A. Kollman J. Phys. Chem. 1996 100 20 8587 8594
116. M. Orozco C. Colominas F. J. Luque Chem. Phys. 1996 209 1 19 29
117. A. H. Elcock W. G. Richards J. Am. Chem. Soc. 1993 115 17 7930 7931
118. J. Gao Biophys. Chem. 1994 51 2-3 253 261
119. A. Shestopalova Eur. Phys. J. D 2002 20 3 331 337
120. R. Amutha V. Subramanian B. U. Nair Chem. Phys. Lett. 2001 335 5-6 489 495
121. M. Monajjemi S. Ketabi M. Hashemian Zadeh A. Amiri Biochemistry (Moscow) 2006 71 SUPPL. 1 S1 S8
122. P. E. Young I. H. Hillier Chem. Phys. Lett. 1993 215 405 408
123. C. J. Cramer D. G. Truhlar Chem. Phys. Lett. 1992 198 1-2 74 80
124. V. Mohan M. E. Davis J. A. McCammon B. M. Pettitt J. Phys. Chem. 1992 96 6428 6431
125. R. Fazaeli M. Monajjemi F. Ataherian K. Zare J. Mol. Struct. 2002 581 51 58
126. J. R. Sambrano A. R. de Souza J. J. Queralt J. Andres Chem. Phys. Lett. 2000 317 3-5 437 443
127. I. R. Gould D. V. S. Green P. Young I. H. Hillier J. Org. Chem. 1992 57 16 4434 4437
128. B. Mennucci A. Toniolo J. Tomasi J. Phys. Chem. A 2001 105 29 7126 7134
129. P. Cieplak P. Bash U. C. Singh P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 1987 109 21 6283 6289
130. C. Aleman Chem. Phys. Lett. 1999 302 5-6 461 470
131. C. Aleman Chem. Phys. 1999 244 2-3 151 162
132. C. Aleman Chem. Phys. 2000 253 1 13 19
133. L. Gorb Y. Podolyan J. Leszczynski J. Mol. Struct. 1999 487 1-2 47 55
134. O. V. Shishkin O. S. Sukhanov L. Gorb J. Leszczynski Phys. Chem. Chem. Phys. 2002 4 21 5359 5364
135. J. Fanfrlík J. Rejnek M. Hanus P. Hobza Collect. Czech. Chem. Commun. 2005 70 11 1756 1768
136. K. Muller-Dethlefs P. Hobza Chem. Rev. 2000 100 1 143 167
137. P. Hobza R. Zahradník K. Muller-Dethlefs Collect. Czech. Chem. Commun. 2006 71 4 443 531
138. J. Sponer P. Hobza Collect. Czech. Chem. Commun. 2003 68 12 2231 2282
139. P. Hobza J. Šponer Chem. Rev. 1999 99 11 3247 3276
140. Y. Kyogoku R. C. Lord A. Rich J. Am. Chem. Soc. 1967 89 3 496 504
141. J. Binford D. M. Hollowary J. Mol. Biol. 1968 31 91
142. J. H. Miller H. M. Sobell J. Mol. Biol. 1967 24 2 345 350
143. J. Sartorius H. J. Schneider Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1996 35 21 1446 1452
144. M. P. Schweizer A. D. Broom P. O. Ts'o D. P. Hollis J. Am. Chem. Soc. 1968 90 4 1042 1055
145. P. O. P. Ts'o I. S. Melvin A. C. Olson J. Am. Chem. Soc. 1963 85 1289
146. L. Katz S. Penman J. Mol. Biol. 1966 15 1 220 231
147. R. R. Shoup H. T. Miles E. D. Becker Biochem. Biophys. Res. Commun. 1966 23 2 194 201
148. R. A. Newmark C. R. Cantor J. Am. Chem. Soc. 1968 90 18 5010 5017
149. P. Cieplak P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 1988 110 12 3734 3739
150. L. X. Dang P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 1990 112 2 503 507
151. J. Pranata W. L. Jorgensen Tetrahedron 1991 47 14-15 2491 2501
152. J. Pranata S. G. Wierschke W. L. Jorgensen J. Am. Chem. Soc. 1991 113 8 2810 2819
153. A. Pohorille L. R. Pratt S. K. Burt R. D. MacElroy J. Biomol. Struct. Dyn. 1984 1 5 1257 1280
154. A. Pohorille S. K. Burt R. D. MacElroy J. Am. Chem. Soc. 1984 106 2 402 409
155. V. I. Danilov O. N. Slyusarchuk V. I. Poltev J. L. Alderfer J. Biomol. Struct. Dyn. 1997 15 2 347 355
156. V. I. Danilov N. V. Zheltovsky O. N. Slyusarchuk V. I. Poltev J. L. Alderfer J. Biomol. Struct. Dyn. 1997 15 1 69 80
157. V. I. Danilov O. N. Slyusarchuk V. I. Poltev J. L. Alderfer R. M. Wollman J. A. W. Brickmann P. Lautenschlager J. Biomol. Struct. Dyn. 1992 9 6 1239 1252
158. E. Gonzalez A. Deriabina A. Teplukhin A. Hernandez V. I. Poltev Theor. Chem. Acc. 2003 110 6 460 465
159. E. Gonzalez-Jimenez I. Castro-Valdez E. Lopez-Apresa S. V. Filippov A. V. Teplukhin V. I. Poltev J. Mol. Struct. 1999 493 301 308
160. V. I. Poltev G. G. Malenkov E. J. Gonzalez A. V. Teplukhin R. Rein M. Shibata J. H. Miller J. Biomol. Struct. Dyn. 1996 13 4 717 725
161. V. I. Poltev S. V. Steinberg J. Biomol. Struct. Dyn. 1987 5 2 307 312
162. V. I. Poltev T. I. Grokhlina G. G. Malenkov J. Biomol. Struct. Dyn. 1984 2 2 413 429
163. A. V. Teplukhin V. I. Poltev N. V. Shulyupina G. G. Malenkov J. Biomol. Struct. Dyn. 1989 7 1 75 99
164. K. Coutinho V. Ludwig S. Canuto Phys. Rev. E 2004 69 61 061902
165. N. U. Zhanpeisov J. Leszczynski J. Mol. Struct. 1999 487 1-2 107 115
166. N. U. Zhanpeisov J. Leszczynski J. Phys. Chem. A 1998 102 30 6167 6172
167. F. Moroni A. Famulari M. Raimondi J. Phys. Chem. A 2001 105 7 1169 1174
168. J. Langlet C. Giessnerprettre B. Pullman P. Claverie D. Piazzola Int. J. Quantum Chem. 1980 18 2 421 437
169. D. Sivanesan K. Babu S. R. Gadre V. Subramanian T. Ramasami J. Phys. Chem. A 2000 104 46 10887 10894
170. D. Sivanesan I. Sumathi W. J. Welsh Chem. Phys. Lett. 2003 367 3-4 351 360
171. V. Subramanian D. Sivanesan T. Ramasami Chem. Phys. Lett. 1998 290 1-3 189 192
172. M. Kabeláč C. Plutzer K. Kleinermanns P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2004 6 10 2781 2785
173. M. Kabeláč F. Ryjáček P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2000 2 21 4906 4909
174. S. R. Holbrook C. J. Cheong I. Tinoco S. H. Kim Nature 1991 353 6344 579 581
175. M. Brandl M. Meyer J. Suhnel J. Phys. Chem. A 2000 104 47 11177 11187
176. M. Brandl M. Meyer J. Suhnel J. Am. Chem. Soc. 1999 121 11 2605 2606
177. M. Kabeláč L. Zendlová D. Řeha P. Hobza J. Phys. Chem. B 2005 109 24 12206 12213
178. N. Kurita V.I. Danilov V. M. Anisimov Chem. Phys. Lett. 2005 404 1-3 164 170