Hydration Gibbs energies of nucleic acid bases determined by Gibbs energy perturbation, continuous and hybrid approaches

Collection of Czechoslovak Chemical Communications

Volumn 70, Issue 11, 2005, Pages 1756-1768

  Fanfrlík, Jindřich ^a   Rejnek, Jaroslav ^a   Hanus, Michal ^a   Hobza, Pavel ^a  

^a INSTITUTE OF ORGANIC CHEMISTRY AND BIOCHEMISTRY   (Czech Republic)

Author keywords

COSMO; Gibbs energy; Hybrid model; Hydration; Molecular dynamics; Nucleobases tautomers; Purines; Pyrimidines; Tautomerism; Thermodynamic integration

Indexed keywords

EID: 33644679292     PISSN: 00100765     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1135/cccc20051756     Document Type: Article

References (32)

1. Zhanpeisov N. U., Leszczynski J.: J. Phys. Chem A 1998, 102, 6167.
2. Zhanpeisov N. U., Leszczynski J.: J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1999, 487, 107.
3. Cossi M., Rega N., Scalmani G., Barone V.: J. Comput. Chem. 20O3, 24, 669.
4. Barone V., Cossi M., Tomasi J.: J. Comput. Chem. 1998, 19, 404.
5. Klamt A., Krooshof G. J. P., Taylor R.: AIChE J. 2002, 48, 2332.
6. Tomasi J., Mennucci B., Cammi R.: Chem. Rev. 2005, 105, 2999.
7. da Silva C. O., Mennucci B., Vreven T.: J. Phys. Chem. A 2003, 107, 6630.
8. Sicinska D., Paneth P., Truhlar D. G.: J. Phys. Chem. B 2002, 106, 2708.
9. Šponer J., Hobza P.: Collect. Czech. Chem. Commun. 2003, 68, 2231.
10. Hanus M., Ryjáček F., Kabeláč M., Kubař T., Bogdan T. V., Trygubenko S. A., Hobza P.: J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 7678.
11. Hanus M., Kabeláč M., Rejnek J., Ryjáček F., Hobza P.: J. Phys. Chem. B 2004, 108, 2087.
12. Rejnek J., Hanus M., Kabeláč M., Ryjáček F., Hobza P.: Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 2006.
13. Trygubenko S. A., Bogdan T. V., Rueda M., Orozco M., Luque F. J., Šponer J., Slavíček P., Hobza P.: Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 4192.
14. Orozco M., Luque F. J.: Chem. Rev. 2001, 101, 203.
15. Aleman C.: Chem. Phys. Lett. 1999, 302, 461.
16. Aleman C.: Chem. Phys. 2000, 253, 13.
17. Pliego J. R., Riveros J. M.: J. Phys. Chem. A 2001, 105, 7241.
18. Pliego J. R., Riveros J. M.: J. Phys. Chem. A 2002, 106, 7434.
19. Feyereisen M., Fitzgerald G., Komornicki A.: Chem. Phys. Lett. 1993, 208, 359.
20. Boys S. F., Bernardi F.: Mol. Phys. 1970, 19, 553.
21. Frisch M. J., Trucks G. W., Schlegel H. B., Scuseria G. E., Robb M. A., Cheeseman J. R., Zakrzewski V. G., Montgomery J. A., Stratmann R. E., Burant J. C., Dapprich S., Millam J. M., Daniels A. D., Kudin K. N., Strain M. C., Farkas O., Tomasi J., Barone V., Cossi M., Cammi R., Mennucci B., Pomelli C., Adamo C., Clifford S., Ochterski J., Petersson G. A., Ayala P. Y., Cui Q., Morokuma K., Malick D. K., Rabuck A. D., Raghavachari K., Foresman J. B., Cioslowski J., Ortiz J. V., Stefanov B. B., Liu G., Liashenko A., Piskorz P., Komaromi I., Gomperts R., Martin R. L., Fox D. J., Keith T., Al-Laham M. A., Peng C. Y., Nanayakkara A., Gonzalez C., Challacombe M., Gill P. W., Johnson B. G., Chen W., Wong M. W., Andres J. L., Head-Gordon M., Replogle E. S., Pople J. A.: Gaussian 03. Gaussian Inc., Pittsburgh (PA) 1998.
22. Frisch M. J., Trucks G. W., Schlegel H. B., Scuseria G. E., Robb M. A., Cheeseman J. R., Montgomery J. A., Vreven T., Jr., Kudin K. N., Burant J. C., Millam J. M., Iyengar S. S., Tomasi J., Barone V., Mennucci B., Cossi M., Scalmani G., Rega N., Petersson G. A., Nakatsuji H., Hada M., Ehara M., Toyota K., Fukuda R., Hasegawa J., Ishida M., Nakajima T., Honda Y., Kitao O., Nakai H., Klene M., Li X., Knox J. E., Hratchian H. P., Cross J. B., Adamo C., Jaramillo J., Gomperts R., Stratmann R. E., Yazyev O., Austin A. J., Cammi R., Pomelli C., Ochterski J. W., Ayala P. Y., Morokuma K., Voth G. A., Salvador P., Dannenberg J. J., Zakrzewski V. G., Dapprich S., Daniels A. D., Strain M. C., Farkas O., Malick D. K., Rabuck A. D., Raghavachari K., Foresman J. B., Ortiz J. V., Cui Q., Baboul A. G., Clifford S., Cioslowski J., Stefanov B. B., Liu G., Liashenko A., Piskorz P., Komaromi I., Martin R. L., Fox D. J., Keith T., Al-Laham M. A., Peng C. Y., Nanayakkara A., Challacombe M., Gill P. M. W., Johnson B., Chen W., Wong M. W., Gonzalez C., Pople J. A.: Gaussian 03. Gaussian, Inc., Pittsburgh (PA) 2003.
23. Ahlrichs R., Bar M., Haser M., Horn H., Kolmel C.: Chem. Phys. Lett. 1989, 162, 165.
24. Kratochvil M., Engkvist O., Sponer J., Jungwirth P., Hobza P.: J. Phys. Chem. A 1998, 102, 6921.
25. Cornell W. D., Cieplak P., Bayly C. I., Gould I. R., Merz K. M., Ferguson D. M., Spellmeyer D. C., Fox T., Caldwell J. W., Kollman P. A.: J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
26. Case D. A., Cheatham III T. E., Simmerling C. L., Wang J., Duke R. E., Luo R., Merz K. M., Wang B., Pearlman D. A., Crowley M., Brozell S., Tsui V., Gohlke H., Mongan J., Hornak V., Cui G., Beroza P., Schafmeister C., Caldwell J. W., Ross W. S., Kollman P. A.: Amber 8: Manual and help page, 2004, http://amber.scripps.edu/.
27. Bayly C. I., Cieplak P., Cornell W. D., Kollman P. A.: J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269.
28. Cornell W. D., Cieplak P., Bayly C. I., Kollman P. A.: J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9620.
29. Gaussian 03 on-line help, http://www.gaussian.eom/g_ur/g03mantop.htm. Accessed 24.1.03.
30. Lindahl E., Hess B., van der Spoel D.: J. Mol. Model. 2001, 7, 306.
31. Berendsen H. J. C., Vanderspoel D., Vandrunen R.: Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 43.
32. Beutler T. C., Mark A. E., Vanschaik R. C., Gerber P. R., Vangunsteren W. F.: Chem. Phys. Lett. 1994, 222, 529.