G-quadruplexes can maintain their structure in the gas phase

Journal of the American Chemical Society

Volumn 128, Issue 11, 2006, Pages 3608-3619

  Rueda, Manuel ^a,b   Luque, F Javier ^b   Orozco, Modesto ^a,b,c  

^a INSTITUTE FOR RESEARCH IN BIOMEDICINE   (Spain)

^b UNIVERSITY OF BARCELONA   (Spain)

^c BARCELONA SUPERCOMPUTING CENTER   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; DNA; PHYSIOLOGY; POSITIVE IONS; SOLUTIONS; TRAJECTORIES; WATER;

G-QUADRUPLEXES; GAS PHASE; QUADRUPLEX STRUCTURES;

MOLECULAR DYNAMICS;

DNA;

ARTICLE; DNA DETERMINATION; GAS ANALYSIS; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR STABILITY; PHASE TRANSITION; SIMULATION; STRUCTURE ANALYSIS;

EID: 33645401742     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja055936s     Document Type: Article

References (85)

1. Watson, J. D.; Crick, F. H. C. Nature 1953, 171, 1303-1324.
2. Saenger, W. Principles of Nucleic Acid Structure; Springer-Verlag: New York, 1984; pp 2-457.
3. Bloomfield, V. A.; Crothers, D. M.; Tinoco, I. Nucleic Acids: Structures, Properties, and Functions; University Science Books: Sausalito, CA, 2000; pp 165-217.
4. Levine, L.; Gordon, J. A.; Jeneks, W. P. Biochemistry 1963, 2, 168-175.
5. Turner, D. H. Nucleic Acids: Structures, Properties, und Functions; Bloomfield, V. A., Crothers, D. M., Tinoco, I., Eds.; University Science Books: Sausalito, CA, 2000; pp 308-310.
6. Gale, D. C.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 1154-1164.
7. Hofstadler, S. A.; Griffey, R. H. Chem. Rev. 2001, 101, 377-390.
8. Gabelica, V.; De Pauw, E.; Int. J. Mass Spectrom. 2002, 219, 151-159.
9. Gabelica, V.; De Pauw, E.; Rosu, F. J. Mass Spectrom. 1999, 34, 1328-1337.
10. Wan, K. X.; Shibue, T.; Gro, M. L. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 300-307.
11. Reyzer, M. L.; Brodbelt, J. S.; Kerwin, S. M.; Kuman, D. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 103-116.
12. Gabelica, V.; Rosu, R.; Houssier, C.; De Pauw, E. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000, 14, 464-467.
13. Rosu, F.; Valerica, G.; Houssier, C.; De Pauw, E. Nucleic Acids Res. 2002, 30, e82.
14. Gabelica, V.; De Pauw, E. J. Mass Spectrom. 2001, 36, 397-402.
15. Gidden, J.; Ferzoco, A.; Baker, E. S.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 15132-15140.
16. Gidden, J.; Baker, E. S.; Ferzoco, A.; Bowers, M. T. Int. J. Mass. Spectrom. 2005, 240, 183-193.
17. Gabelica, V.; Rosu, F.; Witt, M.; Baykul, G.; De Pauw, E. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2005, 19, 201-208.
18. Rosu, F.; Gabelica, V.; Houssier, C.; Colson, P.; De Pauw, E. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2002, 16, 1729-1736.
19. Vairamani, M.; Gross, M. L. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 42-43.
20. Rueda, M.; Kalko, S. G.; Luque, F. J.; Orozco, M. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8007-8014.
21. Rueda, M.; Luque, F. J.; Orozco, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 11690-11698.
22. Wang, Y.; Patel, D. J. Structure 1993, 1, 263-282.
23. Parkinson, G. N.; Lee, M. P. H.; Neidle, S. Nature 2002, 417, 876-880.
24. Gowan, S. M.; Harrison, J. R.; Patterson, L.; Valenti, M.; Read, M. A.; Neidle, S.; Kelland, S. Mol. Pharmacol. 2002, 61, 1154-1162.
25. Schnier, P. D.; Klassen, J. S.; Strittmatter, E. F.; Williams, E. R. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 9605-9613.
26. Williamson, J. R.; Raghuraman, M. K.; Cech, T. R. Cell 1989, 59, 871-880.
27. Neidle, S.; Read, M. A. Biopolymers 2000, 56, 195-208.
28. Sen, D.; Gilbert, W. Nature. 1988, 334, 364-366.
29. Alberti, P.; Mergny, J. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 1569-1573.
30. Bonazzi, S.; Capobianco, M.; DeMorais, M. M.; Garbesi, A.; Gottarelli, G.; Mariani, P.; Ponzi, B.; Maria, G.; Spada, G. P.; Tondelli, L. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 5809-5816.
31. Forman, S. L.; Fettinger, J. C.; Pieraccini, S.; Gottareli, G.; Davis, J. T. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 4060-4067.
32. Mergny, J.-L.; DeCian, A.; Ghelab, A.; Saccà, B.; Lacroix, L. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 81-94.
33. Kumar, N.; Maiti, S. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2004, 319, 759-767.
34. Phillips, K.; Dauter, Z.; Murchie, A. I. H.; Lilley, D. M. J.; Luisi, B. J. Mol. Biol. 1997, 273, 171-182.
35. Laughlan, G.; Murchie, A. I. H.; Norman, D. G.; Moore, M. H.; Moody, P. C. E.; Lilley, D. M. J.; Luisi, B. Science 1994, 265, 520-524.
36. Aboul-ela, P.; Murchie, A. I. H.; Lilley, D. M. J. Nature 1992, 360, 280-282.
37. Aboul-ela, F.; Murchie, A. I. H.; Norman, D. G.; Lilley, D. M. J. J. Mol. Biol. 1994, 243, 458-471.
38. Bouaziz, S.; Kettani, A.; Patel, D. J. J. Mol. Biol. 1998, 282, 637-652.
39. Horvath, M. P.; Schultz, S. C. J. Mol. Biol. 2001, 310, 367-377.
40. Hud, N. V.; Smith, F. W.; Anet, F. A. L.; Feigon, J. J. Mol. Biol. 1999, 285, 233-243.
41. Haider, S.; Parkinson, G. N.; Neidle, S. J. Mol. Biol. 2002, 320, 189-200.
42. Marathias, V. M.; Wang, K. Y.; Kumar, S.; Pham, T. Q.; Swaminathan, S.; Bolton, P. H. J. Mol. Biol. 1996, 260, 378-394.
43. Marathias, V. M.; Bolton, P. H. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 1969-1977.
44. Schultze, P.; Smith, F. W.; Feigon, J. Structure 1994, 2, 221-223.
45. Smith, F. W.; Feigon, J. Nature 1992, 356, 164-168.
46. Strahan, G. D.; Keniry, M. A.; Shafer, R. H. Biophys. J. 1998, 75, 968-981.
47. Smirnov, I.; Shafer, R. H. Biochemistry 2000, 39, 1462-1468.
48. Hazel, P.; Huppert, J.; Balasubramanian, S.; Neidle, S. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 16405-16415.
49. Fadrna, E.; Spackova, N.; Stefl, R.; Koca, J.; Cheatham, T. E.; Sponer, J. Biophys. J. 2004, 87, 227-242.
50. Spackova, N.; Berger, I.; Sponer, J. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 5519-5334.
51. Spackova, N.; Berger, I.; Sponer, J. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 3295-3307.
52. Stefl, R. Cheatham, T. E.; Spackova, N.; Fadrna, E.; Berger, I.; Koca, J.; Sponer, J. Biophys. J. 2003, 85, 1787-1804.
53. Stefl, R.; Spackova, N.; Berger, I.; Koca, J.; Sponer, J. Biophys. J. 2001, 80, 455-468.
54. Spackova, N.; Cubero, E.; Sponer, J.; Orozco, M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 14642-14650.
55. Vairamani, M.; Gross, M. L. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 42-43.
56. Gabelica, V.; Rosu, P.; Witt, M.; Baykut, G.; DePauw, E. Rapid Commun. Mass Spectrosc. 2005, 19, 201-208.
57. Schultze, P.; Macaya, R. F.; Feigon, J. J. Mol. Biol. 1994, 335, 1532-1547.
58. Lin, C. H.; Patei, D. J. Chem. Biol. 1997, 4, 817-832.
59. Caceres, C.; Wright, G.; Gouyette, C.; Parkinson, G.; Subirana, J. A. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 1097-1102.
60. Gelpí, J. L.; Kalko, S. G.; Barril, X.; Cirera, J.; de la Cruz, X.; Luque, F. J.; Orozco, M. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2001, 45, 428-437.
61. Shields, G. C.; Laughton, C. A.; Orozco, M. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 7563-7469.
62. (a) Soliva, R.; Laughton, C. A.; Luque, F. J.; Orozco, M. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 11226-11233.
63. (b) Shields, G. C.; Laughton, C. A.; Orozco, M. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 5895-5904.
64. Darden, T. A.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092.
65. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341.
66. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 11946-11975.
67. Cheatham, T. E.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Biomol. Struct. Dyn. 1999, 16, 845-862.
68. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.
69. Case, D. A.; et al. AMBER 8; University of California: San Francisco, CA, 2004.
70. Hubbard, S. J.; Thornton, J. M. NACCESS Computer Program; University College London: London, UK, 1993.
71. Sherer, E.; Harris, S. A.; Soliva, R.; Orozco, M.; Laughton, C. A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 5981-5991.
72. Orozco, M.; Perez; A.; Noy, A.; Luque, F. J. Chem. Soc. Rev. 2003, 32, 350-364.
73. Pérez, A.; Blas, J. R.; López-Bes, J. M.; de la Cruz, X.; Orozco, M. J. Chem. Theor. Comput. 2005, 1, 790-800.
74. Hess, B. Phys. Rev. E 2000, 62, 8438-8448.
75. Noy, A.; Pérez, A.; Lankas, F.; Luque, F. J.; Orozco, M. J. Mol. Biol. 2004, 343, 627-638.
76. Pérez, A.; Noy, A.; Lankas, F.; Luque, F. J.; Orozco, M. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 6144-6151.
77. Schlitter, J. Chem. Phys. Lett. 1993, 215, 617-621.
78. Andricioaci, I.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 2001, 115, 6289-6292.
79. Harris, S.; Gavathiotis, E.; Searle, M. S.; Orozco, M.; Laughton, C. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12658-12663.
80. Von Helden, G.; Hsu, M.; Gotts, N.; Bowers, M. T. J. Phys. Chem. 1993, 97, 8182-8192.
81. Wyttenbach, T.; von Helden, G.; Batka, J. J.; Carlat, D.; Bowers, M. T. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1997, 8, 275-282.
82. Wyttenbach, T.; Witt, M.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2000, 121, 3458-3464.
83. Shvartsburg, A. A.; Jarrold, F. Chem. Phys. Lett. 1996, 261, 86-91.
84. Mesleh, M. F.; Hunter, J. M.; Shvurtsburg, A. A.; Schwartz, G. C.; Jarrold, M. F. J. Phys. Chem. 1996, 100, 16082-16086.
85. Hoaglund, C. S.; Liu, Y.; Ellington, A. D.; Pagel, M.; Clemmer, D. E. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 9051-9052.