Geometrical and vibrational properties of nucleic acid constituents interacting with explicit water molecules as analyzed by density functional theory calculations. 1. Uracil + nwH2O (nw = 1,⋯7)

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 105, Issue 21, 2002, Pages 5007-5017

  Gaigeot, Marie Pierre ^a   Ghomi, Mahmoud ^a  

^a CNRS   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ELECTRONIC ENERGIES; OPTICAL SPECTROSCOPY; URACIL; VIBRATIONAL ENERGIES;

MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR STRUCTURE; MOLECULES; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; RNA; SPECTROSCOPY;

NUCLEIC ACIDS;

EID: 0037205588     PISSN: 10895647     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0040401     Document Type: Article

References (52)

1. Saenger, W. Principles of Nucleic Acid Structure, Cantor; C. R., Ed., Springer-Verlag: New York 1984.
2. Jeffrey, G. A.; Saenger, W. Hydrogen Bonding in Biological Structures, Springer-Verlag: New York 1991.
3. Westhof, E. Water: An integral part of nucleic acid structure; Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem., 1988, 17, 25.
4. Westhof, E.; Beveridge, D. L. Hydration of nucleic acids; Water Sci. Rev.; 1990, 5, 24.
5. Berman, H. M.; Schneider, B. Nucleic acid hydration in Oxford Handbook of Nucleic Acid Structure, Neidle, S., E.; Oxford University Press: New York, 1999; Chapter 9, p 295.
6. Schneder, B.; Cohen, D.; Berman, H. M. Biopolymers 1992, 32, 725.
7. Guéron, M.; Kochoyan, M.; Leroy, J. L. Nature 1987, 328, 89.
8. Leroy, J. L.; Kochoyan, M.; Huynh-Dinh, T.; Guéron, M. J. Mol. Biol. 1988, 200, 223.
9. Varani, G.; Cheong, C.; Tinoco, I., Jr. Biochemistry 1991, 30, 3280.
10. Varani, G. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1995, 14, 379.
11. Jucker, F. M.; Heus, H. A.; Yip, P. F.; Moors, E. H. M.; Pardi, A. J. Mol. Biol. 1996, 264, 968.
12. Jucker, F. M.; Pardi, A. Biochemistry 1995, 34, 14416.
13. Desiraju, G. R. Acc. Chem. Res. 1996, 29, 441.
14. Wahl, M. C.; Sundaralingam, M. Trends Biochem. Sci. 1997, 22, 97.
15. Auffinger, P.; Westhof, E. J. Mol. Biol. 1997, 274, 54.
16. Pullman, A.; Perahia, D. Theor. Chim. Acta 1978, 48, 29.
17. Smets, J.; McCarthy, W. J.; Adamowicz, L. J. Phys. Chem. 1996, 100, 14655.
18. van Mourik, T.; Price, S. L.; Clary, D. C. J. Phys. Chem. A. 1999, 103, 1611.
19. van Mourik, T.; Benoit, D. M.; Price, S. L.; Clary, D. C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2000, 2, 1281.
20. Nguyen, M. T.; Chandra, A. K.; Zeegers-Huyskens, Th. J. Chem. Soc., Fraday Trans. 1998, 94, 1277.
21. Chandra, A. K.; Nguyen, M. T.; Zeegers-Huyskens, Th. J. Phys. Chem. A. 1998, 102, 6010.
22. Dolgounitcheva, O.; Zakrzewski, V. G.; Ortiz, J. V. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 7912.
23. Ghomi, M.; Aamouche, A.; Cadioli, B.; Berthier, G.; Grajcar. L.; Baron, M. H. J. Mol. Struct. 1997, 411, 323.
24. Aamouche, A.; Berthier, G.; Cadioli, B.; Gallinella, E.; Ghomi, M. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1998, 426, 307.
25. Smets, J.; Smith, D. M.; Elkadi, Y.; Adanowicz, L. J. Phys. Chem. A1997, 101, 9152.
26. Gadre, S. R.; Babu, K.; Rendell, A. P. J. Phys. Chem. A. 2000, 104, 8976.
27. Aamouche, A.; Ghomi, M.; Coulombeau, C.; Jobic, H.; Grajcar, L.; Baron, M. H.; Baumruk, V.; Turpin, P. Y.; Henriet, C.; Berthier, G. J. Phys. Chem. 1996, 100, 5224.
28. Aamouche, A.; Ghomi, M.; Coulombeau, C.; Grajcar, L.; Baron, M. H.; Jobic, H.; Berthier, G. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 1801.
29. Aamouche, A.; Ghomi, M.; Grajcar, L.; Baron, M. H.; Romain, F.; Baumruk, V.; Stepánek, J.; Coulombeau, C.; Jobic, H.; Berthier, G. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 10063.
30. Leulliot, N.; Ghomi, M.; Scalmanti, G.; Berthier, G. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 9716.
31. Leulliot, N.; Ghomi, M.; Jobic, H.; Bouloussa, O.; Baumruk, V.; Coulombeau, C. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 10934.
32. Hocquet, A.; Leulliot, N.; Ghomi, M. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 4560.
33. Gaigeot, M. P.; Leulliot, N.; Ghomi, M.; Jobic, H.; Bouloussa, O.; Coulombeau, C. Chem. Phys. 2000, 261, 217.
34. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montomery, Jr., J. A.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Kamaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Gonzalez, C.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
35. Becke, A. D. J. Chem. Phys. A 1993, 98, 5648.
36. Miehlich, B.; Savin, A.; Stoll, H.; Preuss, H. Chem. Phys. Lett. 1989, 157, 200.
37. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
38. Vosko, S. H.; Wilk, L.; Nusair, M. Can. J. Phys. 1980, 58, 1200.
39. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553.
40. Kestner, N. R.; Combariza, J. E. Reviews in computational chemistry; Lipkowitz, K. B.; Boyd, D. B., Eds.; Wiley-VCH: New York; Vol 13, p 99.
41. Stewart, R. F.; Jensen, L. H. Acta Crystallogr. 1967, 23, 1102.
42. Ferenczy, G.; Harsanyi, L.; Rozsondai, B.; Hargittai, I. J. Mol. Struct. 1986, 140, 71.
43. Kim, K.; Jordan, K. D. J. Phys. Chem. 1994, 98, 10089.
44. Odutola, J. A.; Dyke, T. R. J. Chem. Phys. 1980, 72, 5062.
45. Schere, J. R. In Advances in infrared and Raman spectroscopy; Clark, R. J. H., Hester, R. E., Eds.; Heyden: New York, 1978; Vol. 5.
46. Curtis, L. A.; Frurip, D. J.; Blander, M. J. Chem. Phys. 1979, 71, 2703.
47. Nunziante-Cesaro, S.; unpublished results as quoted in Harzànyi, L.; Csàszàr A.; Boggs, J. E. Int. J. Quantum Chem. 1986, 29, 799.
48. Bardi, G.; Bensivenni, L.; Ferro, D.; Martini, B.; Nunziante-Cesaro; Teghil, R. Thermochim. Acta 1980, 40, 275.
49. Les, A.; Adamowicz, L.; Nowak, M. J.; Lapinski, L. Spectrochim. Acta 1992, 48A, 1385.
50. Tursi, A. J.; Nixon, E. R. J. Chem. Phys. 1970, 52, 1521.
51. Ayers, G. P.; Pullin, A. D. E. Spectrochim. Acta 1976, 23A, 1641.
52. Gaigeot, M. P.; Kadri, C.; Ghomi, M. J. Mol. Struct. 2001, 565-566, 469.