Correlated ab initio study of nucleic acid bases and their tautomers in the gas phase, in a microhydrated environment and in aqueous solution. Part 4. Uracil and thymine

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 7, Issue 9, 2005, Pages 2006-2017

  Rejnek, Jaroslav ^a   Hanus, Michal ^a   Kabeláč, Martin ^a   Ryjáček, Filip ^a   Hobza, Pavel ^a  

^a INSTITUTE OF ORGANIC CHEMISTRY AND BIOCHEMISTRY   (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

NUCLEIC ACID; SOLVENT; THYMINE; URACIL; WATER;

ARTICLE; BIOPHYSICS; CHEMICAL MODEL; CHEMISTRY; CONFORMATION; FLUOROMETRY; GAS; METHODOLOGY; SPECTROFLUOROMETRY; THERMODYNAMICS;

BIOPHYSICS; FLUOROMETRY; GASES; MODELS, CHEMICAL; NUCLEIC ACID CONFORMATION; NUCLEIC ACIDS; SOLVENTS; SPECTROMETRY, FLUORESCENCE; THERMODYNAMICS; THYMINE; URACIL; WATER;

EID: 18844401860     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b501499a     Document Type: Article

References (60)

1. M. Yamada and I. Honma, ChemPhysChem, 2004, 5, 724-728.
2. V. H. Harris, C. L. Smith, W. J. Cummins, A. L. Hamilton, H. Adams, M. Dickman, D. P. Hornby and D. M. Williams, J. Mol. Biol., 2003, 326, 1389-1401.
3. J. Florian and J. Leszczynski, J. Am. Chem. Soc., 1996, 118, 3010-3017.
4. S. A. Trygubenko, T. V. Bogdan, M. Rueda, M. Orozco, F. J. Luque, J. Sponer, P. Slaviček and P. Hobza, Phys. Chem. Chem. Phys., 2002, 4, 4192-4203.
5. M. Hanus, F. Ryjáček, M. Kabelac, T. Kubar, T. V. Bogdan, S. A. Trygubenko and P. Hobza, J. Am. Chem. Soc., 2003, 125, 7678-7688.
6. P. Hobza and J. Šponer, Chem. Rev., 1999, 99, 3247-3276.
7. J. Sponer, J. Leszczynski and P. Hobza, J. Mol. Struct. (THEOCHEM), 2001, 573, 43-53.
8. M. Ghomi, A. Aamouche, B. Cadioli, G. Berthier, L. Grajcar and M. H. Baron, J. Mol. Struct., 1997, 410, 323-326.
9. A. Les, L. Adamowicz, M. J. Nowak and L. Lapinski, Spectrochim. Acta, Part A, 1992, 48, 1385-1395.
10. A. Y. Ivanov, S. A. Krasnokutski, G. Sheina and Y. P. Blagoi, Spectrochim. Acta, Part A, 2003, 59, 1959-1973.
11. M. A. Palafox, N. Iza and M. Gil, J. Mol. Struct. (THEOCHEM), 2002, 585, 69-92.
12. B. Blicharska and T. Kupka, J. Mol. Struct., 2002, 613, 153-166.
13. G. Ferenczy, L. Harsanyi, B. Rozsondai and I. Hargittai, J. Mol. Struct., 1986, 140, 71-77.
14. A. Aamouche, M. Ghomi, C. Coulombeau, H. Jobic, L. Grajcar, M. H. Baron, V. Baumruk, P. Y. Turpin, C. Henriet and G. Berthier, J. Phys. Chem., 1996, 100, 5224-5234.
15. A. Aamouche, M. Ghomi, C. Coulombeau, L. Grajcar, M. H. Baron, H. Jobic and G. Berthier, J. Phys. Chem. A, 1997, 101, 1808-1817.
16. J. Leszczynski, in Encyclopedia of Computational Chemistry, ed. P. v. R. Schleyer, John Wiley, Chicester, 1998, pp. 2951-2960.
17. M. Fujii, T. Tamura, N. Mikami and M. Ito, Chem. Phys. Lett., 1986, 126, 583-587.
18. Y. Tsuchiya, T. Tamura, M. Fujii and M. Ito, J. Phys. Chem., 1988, 92, 1760-1765.
19. A. R. Katritsky and A. J. Waring, J. Chem. Soc., 1962, 1540-1544.
20. A. Suwaiyan, M. A. Morsy and K. A. Odah, Chem. Phys. Lett., 1995, 237, 349-355.
21. M. A. Morsy, A. M. Al-Somali and A. Suwaiyan, J. Phys. Chem. B, 1999, 103, 11205-11210.
22. W. Hauswirth, Photochem. Photobiol., 1971, 13, 157.
23. B. B. Brady, L. A. Peteanu and D. H. Levy, Chem. Phys. Lett., 1988, 147, 538-543.
24. A. R. Katritzky, M. Karelson and P. A. Harris, Heterocycles, 1991, 32, 329-369.
25. M. Hanus, M. Kabeláč, J. Rejnek, F. Ryjáček and P. Hobza, J. Phys. Chem. B, 2004, 108, 2087-2097.
26. M. Orozco and F. J. Luque, Chem. Rev., 2001, 101, 203-203.
27. C. Aleman, Chem. Phys. Lett., 1999, 302, 461-470.
28. C. Aleman, Chem. Phys., 2000, 253, 13-19.
29. J. R. Pliego and J. M. Riveros, J. Phys. Chem. A, 2001, 105, 7241-7247.
30. J. R. Pliego and J. M. Riveros, J. Phys. Chem. A, 2002, 106, 7434-7439.
31. M. Cossi, N. Rega, G. Scalmani and V. Barone, J. Comput. Chem., 2003, 24, 669-681.
32. E. S. Kryachko, M. T. Nguyen and T. Zeegers-Huyskens, J. Phys. Chem. A, 2001, 105, 1288-1295.
33. T. van Mourik, Phys. Chem. Chem. Phys., 2001, 3, 2886-2892.
34. M. Hanus, F. Ryjáček, M. Kabeláč, T. Kubař, T. V. Bogdan, S. A. Trygubenko and P. Hobza, J. Am. Chem. Soc., 2003, 125, 7678-7688.
35. M. Feyereisen, G. Fitzgerald and A. Komornicki, Chem. Phys. Lett., 1993, 208, 359-363.
36. W. D. Cornell, P. Cieplak, C. I. Bayly, I. R. Gould, K. M. Merz, D. M. Ferguson, D. C. Spellmeyer, T. Fox, J. W. Caldwell and P. A. Kollman, J. Am. Chem. Soc., 1995, 117, 5179-5197.
37. V. Barone, M. Cossi and J. Tomasi, J. Chem. Phys., 1997, 107, 3210-3221.
38. V. Barone, M. Cossi and J. Tomasi, J. Comput. Chem., 1998, 19, 404-417.
39. A. Klamt, G. J. P. Krooshof and R. Taylor, AIChE J., 2002, 48, 2332-2349.
40. S. F. Boys and F. Bernardi, Mol. Phys., 1970, 19, 553.
41. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, V. G. Zakrzewski, J. A. Montgomery, R. E. Stratmann, J. C. Burant, S. Dapprich, J. M. Millam, A. D. Daniels, K. N. Kudin, M. C. Strain, O. Farkas, J. Tomasi, V. Barone, M. Cossi, R. Cammi, B. Mennucci, C. Pomelli, C. Adamo, S. Clifford, J. Ochterski, G. A. Petersson, P. Y. Ayala, Q. Cui, K. Morokuma, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. Cioslowski, J. V. Ortiz, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. Gomperts, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, C. Gonzalez, M. Challacombe, P. W. Gill, B. G. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, J. L. Andres, M. Head-Gordon, E. S. Replogle and J. A. Pople, GAUSSIAN 98, (Revision A.7), Gaussian, Inc., Pittsburgh PA, 1998.
42. G. W. T. M. J. Frisch, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery Jr, T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez and J. A. Pople, GAUSSIAN 03, (Revision A.1), 2003, Gaussian Inc., Pittsburgh PA.
43. R. D. Amos, A. Bernhardsson, A. Berning, P. Celani, D. L. Cooper, M. J. O. Deegan, A. J. Dobbyn, F. Eckert, C. Hampel, G. Hetzer, P. J. Knowles, T. Korona, R. Lindh, A. W. Lloyd, S. J. McNicholas, F. R. Manby, W. Meyer, M. E. Mura, A. Nicklass, P. Palmieri, R. Pitzer, G. Rauhut, M. Schütz, U. Schumann, H. Stoll, A. J. Stone, R. Tarroni, T. Thorsteinsson and H.-J. Werner, MOLPRO, a package of ab initio programs designed by H.-J. Werner and P. J. Knowles, Version 2002.1, 2002.
44. R. Ahlrichs, M. Bar, M. Haser, H. Horn and C. Kolmel, Chem. Phys. Lett., 1989, 162, 165-169.
45. T. A. D. D. A. Case, T. E. Cheatham III, C. L. Simmerling, J. Wang, R. E. Duke, R. Luo, K. M. Merz, B. Wang, D. A. Pearlman, M. Crowley, S. Brozell, V. Tsui, H. Gohlke, J. Mongan, V. Hornak, G. Cui, P. Beroza, C. Schafmeister, J. W. Caldwell, W. S. Ross and P. A. Kollman, Amber 8: Manual and help page, 2004, http://amber.scripps.edu/.
46. C. I. Bayly, P. Cieplak, W. D. Cornell and P. A. Kollman, J. Phys. Chem., 1993, 97, 10269-10280.
47. W. D. Cornell, P. Cieplak, C. I. Bayly and P. A. Kollman, J. Am. Chem. Soc., 1993, 115, 9620-9631.
48. GAUSSIAN 03 on-line help.
49. M. P. Gaigeot and M. Sprik, J. Phys. Chem. B, 2004, 108, 7458-7467.
50. M. P. Gaigeot and M. Sprik, J. Phys. Chem. B, 2003, 107, 10344-10358.
51. E. Lindahl, B. Hess and D. van der Spoel, J. Mol. Model., 2001, 7, 306-317.
52. H. J. C. Berendsen, D. Vanderspoel and R. Vandrunen, Comput. Phys. Commun., 1995, 91, 43-56.
53. T. C. Beutler, A. E. Mark, R. C. Vanschaik, P. R. Gerber and W. F. Vangunsteren, Chem. Phys. Lett., 1994, 222, 529-539.
54. W. L. Jorgensen, J. Chandrasekhar, J. D. Madura, R. W. Impey and M. L. Klein, J. Chem. Phys., 1983, 79, 926-935.
55. H. J. C. Berendsen, J. P. M. Postma, W. F. Vangunsteren, A. Dinola and J. R. Haak, J. Chem. Phys., 1984, 81, 3684-3690.
56. J. Leszczynski, J. Phys. Chem., 1992, 96, 1649.
57. T. van Mourik, D. M. Benoit, S. L. Price and D. C. Clary, Phys. Chem. Chem. Phys., 2000, 2, 1281-1290.
58. E. S. Kryachko, M. T. Nguyen and T. Zeegers-Huyskens, J. Phys. Chem. A, 2001, 105, 1934-1943.
59. O. Dolgounitcheva, V. G. Zakrzewski and J. V. Ortiz, J. Am. Chem. Soc., 2000, 122, 12304-12309.
60. A. K. Chandra, M. T. Nguyen and T. Zeegers-Huyskens, J. Phys. Chem. A, 1998, 102, 6010-6016.