Erratum: Comprehensive Benchmark of Association (Free) Energies of Realistic Host-Guest Complexes (J. Chem. Theory Comput. (2015) 11:8 (3785-3801) DOI: 10.1021/acs.jctc.5b00296);Comprehensive Benchmark of Association (Free) Energies of Realistic Host-Guest Complexes

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 11, Issue 8, 2015, Pages 3785-3801

  Sure, Rebecca ^a   Grimme, Stefan ^a  

^a UNIVERSITY OF BONN   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

1,3-DICYANOBENZENE; 4 CHLORO 7 NITROBENZOFURAZAN; FLUORENE DERIVATIVE; HALOGEN; NITRILE; TETRACYANOQUINODIMETHANE;

CHEMISTRY; ELECTRON; HYDROGEN BOND; MOLECULAR DYNAMICS; QUANTUM THEORY; THERMODYNAMICS;

4-CHLORO-7-NITROBENZOFURAZAN; ELECTRONS; FLUORENES; HALOGENS; HYDROGEN BONDING; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; NITRILES; QUANTUM THEORY; THERMODYNAMICS;

EID: 84938912898     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.jctc.5b01016     Document Type: Erratum

References (148)

1. Kim, K. S.; Tarakeshwar, P.; Lee, J. Y. Chem. Rev. 2000, 100, 4145-4186
2. Riley, K. E.; Hobza, P. WIREs Comput. Mol. Sci. 2011, 1, 3-17
3. Hohenstein, E. G.; Sherrill, C. D. WIREs Rev. Comput. Mol. Sci. 2012, 2, 304-326
4. Lehn, J.-M. Supramolecular Chemistry: Concepts and Perspectives; VCH: Weinheim, Germany, 1995.
5. Atwood, J. L.; Steed, J. Supramolecular Chemistry, 2 nd ed.; Wiley: West Sussex, U.K., 2009.
6. Stone, A. J. The Theory of Intermolecular Forces; Oxford University Press: Oxford, U.K., 1997.
7. Lehn, J.-M. Angew. Chem., Int. Ed. 1988, 27, 89-112
8. Cram, D. J. Angew. Chem., Int. Ed. 1988, 27, 1009-1020
9. Lehn, J. Science 1993, 260, 1762-1763
10. Kristyán, S.; Pulay, P. Chem. Phys. Lett. 1994, 229, 175-180
11. Hobza, P.; Šponer, J.; Reschel, T. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1315-1325
12. Pérez-Jordá, J.; Becke, A. Chem. Phys. Lett. 1995, 233, 134-137
13. Grimme, S. WIREs Comput. Mol. Sci. 2011, 1, 211-228
14. Jiri, K.; Michaelides, A. J. Chem. Phys. 2012, 137, 120901
15. Burns, L. A.; Vázquez-Mayagoitia, A.; Sumpter, B. G.; Sherrill, C. D. J. Chem. Phys. 2011, 134, 084107
16. Goerigk, L. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 968-980
17. Grimme, S.; Antony, J.; Ehrlich, S.; Krieg, H. J. Chem. Phys. 2010, 132, 154104
18. Grimme, S. Chem.-Eur. J. 2012, 18, 9955-9964
19. Risthaus, T.; Grimme, S. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 1580-1591
20. Antony, J.; Sure, R.; Grimme, S. Chem. Commun. 2015, 51, 1764-1774
21. Ohlendorf, G.; Mahler, C. W.; Jester, S.-S.; Schnakenburg, G.; Grimme, S.; Höger, S. Angew. Chem., Int. Ed. 2013, 52, 12086-12090
22. Heßelmann, A.; Korona, T. J. Chem. Phys. 2014, 141, 094107
23. Ambrosetti, A.; Alfè, D.; DiStasio, R. A.; Tkatchenko, A. J. Phys. Chem. Lett. 2014, 5, 849-855
24. Sedlak, R.; Janowski, T.; Pitoňák, M.; Rezáč, J.; Pulay, P.; Hobza, P. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 3364-3374
25. Tao, J.; Perdew, J.; Staroverov, V.; Scuseria, G. Phys. Rev. Lett. 2003, 91, 146401
26. Weigend, F.; Ahlrichs, R. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 3297-305
27. Johnson, E. R.; Becke, A. D. J. Chem. Phys. 2005, 123, 24101
28. Becke, A. D.; Johnson, E. R. J. Chem. Phys. 2005, 123, 154101
29. Grimme, S.; Ehrlich, S.; Goerigk, L. J. Comput. Chem. 2011, 32, 1456-1465
30. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. J. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 5656-5667
31. Tkatchenko, A.; Alfè, D.; Kim, K. S. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 4317-4322
32. DiStasio, R. A., Jr.; Gobre, V. V.; Tkatchenko, A. J. Phys.: Condens. Matter 2014, 26, 213202
33. Kennedy, M. R.; McDonald, A. R.; DePrince, A. E.; Marshall, M. S.; Podeszwa, R.; Sherrill, C. D. J. Chem. Phys. 2014, 140, 121104
34. Tkatchenko, A. Adv. Funct. Mater. 2014, 25, 1054-2061
35. Dobson, J. F. Int. J. Quantum Chem. 2014, 114, 1157-1161
36. Tkatchenko, A.; DiStasio, R. A.; Car, R.; Scheffler, M. Phys. Rev. Lett. 2012, 108, 236402
37. Moellmann, J.; Grimme, S. J. Phys. Chem. C 2014, 118, 7615-7621
38. Brandenburg, J. G.; Maas, T.; Grimme, S. J. Chem. Phys. 2015, 142, 124104
39. Qu, Z.-W.; Hansen, A.; Grimme, S. J. Chem. Theory Comput. 2015, 11, 1037-1045
40. Bannwarth, C.; Hansen, A.; Grimme, S. Isr. J. Chem. 2015, 55, 235-242
41. Hansen, A.; Bannwarth, C.; Grimme, S.; Petrović, P.; Werlé, C.; Djukic, J.-P. ChemistryOpen 2014, 3, 177-189
42. Stewart, J. J. P. J. Mol. Model. 2007, 13, 1173-1213
43. Elstner, M.; Porezag, D.; Jungnickel, G.; Elsner, J.; Haugk, M.; Frauenheim, T.; Suhai, S.; Seifert, G. Phys. Rev. B 1998, 58, 7260-7268
44. Sure, R.; Grimme, S. J. Comput. Chem. 2013, 34, 1672-1685
45. Kruse, H.; Grimme, S. J. Chem. Phys. 2012, 136, 154101
46. Klamt, A. J. Phys. Chem. 1995, 99, 2224-2235
47. Eckert, F.; Klamt, A. AIChE J. 2002, 48, 369-385
48. Marenich, A. V.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 6378-6396
49. Kloss, T.; Heil, J.; Kast, S. M. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 4337-4343
50. Hoffgaard, F.; Heil, J.; Kast, S. M. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 4718-4726
51. Fenley, A. T.; Henriksen, N. M.; Muddana, H. S.; Gilson, M. K. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 4069-4078
52. Nguyen, C. N.; Cruz, A.; Gilson, M. K.; Kurtzman, T. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 2769-2780
53. See http://sampl.eyesopen.com/.
54. Sure, R.; Antony, J.; Grimme, S. J. Phys. Chem. B 2014, 118, 3431-3440
55. Muddana, H. S.; Fenley, A. T.; Mobley, D. L.; Gilson, M. K. J. Comput.-Aided Mol. Des. 2014, 28, 305-17
56. Ehrlich, S.; Moellmann, J.; Grimme, S. Acc. Chem. Res. 2013, 46, 916-926
57. Kamieth, M.; Burkert, U.; Corbin, P. S.; Dell, S. J.; Zimmerman, S. C.; Klärner, F.-G. Eur. J. Org. Chem. 1999, 2741-2749
58. Graton, J.; le Questel, J.-Y.; Legouin, B.; Uriac, P.; van de Weghe, P.; Jacquemin, D. Chem. Phys. Lett. 2012, 522, 11-16
59. Petitjean, A.; Khoury, R. G.; Kyritsakas, N.; Lehn, J.-M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 6637-6647
60. Kawase, T.; Nishiyama, Y.; Nakamura, T.; Ebi, T.; Matsumoto, K.; Kurata, H.; Oda, M. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46, 1086-8
61. Mück-Lichtenfeld, C.; Grimme, S.; Kobryn, L.; Sygula, A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 7091-7097
62. Georghiou, P. E.; Tran, A. H.; Mizyed, S.; Bancu, M.; Scott, L. T. J. Org. Chem. 2005, 70, 6158-63
63. Hornung, J.; Fankhauser, D.; Shirtcliff, L. D.; Praetorius, A.; Schweizer, W. B.; Diederich, F. Chem.-Eur. J. 2011, 17, 12362-71
64. Jungbauer, S. H.; Bulfield, D.; Kniep, F.; Lehmann, C. W.; Herdtweck, E.; Huber, S. M. J. Am. Chem. Soc. 2014, 136, 16740-3
65. Allott, C.; Adams, H.; Hunter, C. A.; Thomas, J. A.; Bernad, P. L., Jr.; Rotger, C. Chem. Commun. 1998, 2449-2450
66. Liu, Y.; Yang, E.-C.; Yang, Y.-W.; Zhang, H.-Y.; Fan, Z.; Ding, F.; Cao, R. J. Org. Chem. 2004, 69, 173-80
67. Moghaddam, S.; Yang, C.; Rekharsky, M.; Ko, Y. H.; Kim, K.; Inoue, Y.; Gilson, M. K. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 3570-81
68. Park, T.; Zimmerman, S. C.; Nakashima, S. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 6520-1
69. Blight, B. A.; Hunter, C. A.; Leigh, D. A.; McNab, H.; Thomson, P. I. T. Nat. Chem. 2011, 3, 244-48
70. Cao, L.; Sekutor, M.; Zavalij, P. Y.; Mlinarić-Majerski, K.; Glaser, R.; Isaacs, L. Angew. Chem., Int. Ed. 2014, 53, 988-93
71. Juríček, M.; Barnes, J. C.; Dale, E. J.; Liu, W.-G.; Strutt, N. L.; Bruns, C. J.; Vermeulen, N. A.; Ghooray, K. C.; Sarjeant, A. A.; Stern, C. L.; Botros, Y. Y.; Goddard, W. A.; Stoddart, J. F. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 12736-46
72. Mock, W. L.; Shih, N. Y. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 2697-2699
73. Chang, K.-C.; Minami, T.; Koutnik, P.; Savechenkov, P. Y.; Liu, Y.; Anzenbacher, P. J. Am. Chem. Soc. 2014, 136, 1520-5
74. Feringa, B. L. Molecular Switches, 2 nd ed.; Wiley-VCH: Weinheim, Germany, 2011.
75. Ugarte, D. Nature 1992, 359, 707-9
76. Smith, B. W.; Monthioux, M.; Luzzi, D. E. Nature 1998, 396, 323-324.
77. Kroto, H. W.; McKay, K. Nature 1988, 331, 328-331
78. Kawase, T.; Tanaka, K.; Fujiwara, N.; Darabi, H. R.; Oda, M. Angew. Chem. Int. Ed. 2003, 42, 1624-8
79. Wolters, L. P.; Schyman, P.; Pavan, M. J.; Jorgensen, W. L.; Bickelhaupt, F. M.; Kozuch, S. WIREs Comput. Mol. Sci. 2014, 4, 523-540
80. Riley, K. E.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2013, 15, 17742-51
81. Kozuch, S.; Martin, J. M. L. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 1918-1931
82. Rekharsky, M. V.; Inoue, Y. Chem. Rev. 1998, 98, 1875-1918
83. Lee, J. W.; Samal, S.; Selvapalam, N.; Kim, H.-J.; Kim, K. Acc. Chem. Res. 2003, 36, 621-30
84. Lagona, J.; Mukhopadhyay, P.; Chakrabarti, S.; Isaacs, L. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 4844-70
85. Liu, S.; Ruspic, C.; Mukhopadhyay, P.; Chakrabarti, S.; Zavalij, P. Y.; Isaacs, L. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 15959-67
86. Rekharsky, M. V.; Mori, T.; Yang, C.; Ko, Y. H.; Selvapalam, N.; Kim, H.; Sobransingh, D.; Kaifer, A. E.; Liu, S.; Isaacs, L.; Chen, W.; Moghaddam, S.; Gilson, M. K.; Kim, K.; Inoue, Y. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 20737-42
87. Liu, S.; Ruspic, C.; Mukhopadhyay, P.; Chakrabarti, S.; Zavalij, P. Y.; Isaacs, L. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 15959-67
88. Klamt, A.; Schüürmann, G. J. Chem. Soc. Perkin Trans. 2 1993, 799-805
89. Benitez, D.; Tkatchouk, E.; Yoon, I.; Stoddart, J. F.; Goddard, W. A. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 14928-9
90. Iali, W.; Petrović, P.; Pfeffer, M.; Grimme, S.; Djukic, J.-P. Dalton trans. 2012, 41, 12233-122343
91. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648
92. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785-789
93. Vosko, S. H.; Wilk, L.; Nusair, M. Can. J. Phys. 1980, 58, 1200-1211
94. Stephens, P. J.; Devlin, F. J.; Chabalowski, C. F.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 11623-11627
95. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098-3100
96. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 3865-3868
97. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1997, 78, 1396-1396
98. Lin, Y.-S.; Li, G.-D.; Mao, S.-P.; Chai, J.-D. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 263-272
99. Peterson, K. A.; Figgen, D.; Goll, E.; Stoll, H.; Dolg, M. J. Chem. Phys. 2003, 119, 11113-11123
100. Ahlrichs, R.; Armbruster, M. K.; Bär, M.; Baron, H.-P.; Bauernschmitt, R.; Crawford, N.; Deglmann, P.; Ehrig, M.; Eichkorn, K.; Elliott, S.; Furche, F.; Haase, F.; Häser, M.; Hättig, C.; Hellweg, A.; Horn, H.; Huber, C.; Huniar, U.; Kattannek, M.; Kölmel, C.; Kollwitz, M.; May, K.; Nava, P.; Ochsenfeld, C.; Öhm, H.; Patzelt, H.; Rappoport, D.; Rubner, O.; Schäfer, A.; Schneider, U.; Sierka, M.; Treutler, O.; Unterreiner, B.; von Arnim, M.; Weigend, F.; Weis, P.; Weiss, H. TURBOMOLE 6.4; Universität Karlsruhe: Karlsruhe, Germany, 2012.
101. See also: http://www.turbomole.com.
102. Furche, F.; Ahlrichs, R.; Hättig, C.; Klopper, W.; Sierka, M.; Weigend, F. WIREs Comput. Mol. Sci. 2014, 4, 91-100
103. Neese, F. ORCA: An ab Initio, Density Functional and Semiempirical Program Package, version 3.0 (Current Development Version); Max Planck Institute for Chemical Energy Conversion: Mülheim, Germany, 2014.
104. Neese, F. WIREs Comput. Mol. Sci. 2012, 2, 73-78
105. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. Theor. Chem. Acc. 2008, 120, 215-241
106. Eichkorn, K.; Treutler, O.; Öhm, H.; Häser, M.; Ahlrichs, R. Chem. Phys. Lett. 1995, 242, 652-660
107. Weigend, F. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 1057-65
108. Treutler, O.; Ahlrichs, R. J. Chem. Phys. 1995, 102, 346-354
109. See http://www.thch.uni-bonn.de/tc/.
110. Kind, C.; Reiher, M.; Neugebauer, J.; Hess, B. A. SNF, version 2.2.1; Universität Erlangen: Erlangen, Germany, 2002.
111. Aradi, B.; Hourahine, B.; Frauenheim, T. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 5678-84
112. Yang, Y.; Yu, H.; York, D.; Cui, Q.; Elstner, M. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 10861-73
113. Elstner, M. Theor. Chem. Acc. 2005, 116, 316-325
114. Elstner, M. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 5614-21
115. Elstner, M. See http://www.dftb.org/.
116. Brandenburg, J. G.; Grimme, S. J. Phys. Chem. Lett. 2014, 5, 1785-1789
117. Korth, M.; Pitoňák, M.; Rezáč, J.; Hobza, P. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 344-352
118. Stewart, J. J. P. J. Mol. Model. 2013, 19, 1-32
119. Stewart, J. J. P. MOPAC2012; Stewart Computational Chemistry: Colorado Springs, CO, 2012.
120. See http://OpenMOPAC.net.
121. Korth, M. J. Chem. Theory Comp. 2010, 6, 3808-3816
122. Řezáč, J.; Hobza, P. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 141-151
123. Weber, W.; Thiel, W. Theor. Chem. Acc. 2000, 103, 495-506
124. Thiel, W. MNDO2005, version 7.0; MPI für Kohlenforschung: Mülheim, Germany, 2005.
125. Eckert, F.; Klamt, A. COSMOtherm, version C3.0, release 14.01; COSMOlogic GmbH & Co. KG: Leverkusen, Germany, 2014.
126. Perdew, J. P. Phys. Rev. B 1986, 33, 8822-8824
127. Schäfer, A.; Huber, C.; Ahlrichs, R. J. Chem. Phys. 1994, 100, 5829-5235
128. Rappoport, D.; Furche, F. J. Chem. Phys. 2010, 133, 134105
129. Valiev, M.; Bylaska, E. J.; Govind, N.; Kowalski, K.; Straatsma, T. P.; Van Dam, H. J. J.; Wang, D.; Nieplocha, J.; Apra, E.; Windus, T. L.; De Jong, W. a Comput. Phys. Commun. 2010, 181, 1477-1489
130. Pettersen, E. F.; Goddard, T. D.; Huang, C. C.; Couch, G. S.; Greenblatt, D. M.; Meng, E. C.; Ferrin, T. E. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1605-12
131. Williams, T.; Kelley, C., et al., Gnuplot 4.4: An interactive plotting program, 2011.
132. See also: http://www.gnuplot.info/.
133. Gilson, M. K.; Irikura, K. K. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 16304-16317
134. Goerigk, L.; Grimme, S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 6670-6688
135. Fogueri, U. R.; Kozuch, S.; Karton, A.; Martin, J. M. L. J. Phys. Chem. A 2013, 117, 2269-2277
136. Goerigk, L.; Kruse, H.; Grimme, S. ChemPhysChem 2011, 12, 3421-3433
137. Liu, J.; Kelly, C. P.; Goren, A. C.; Marenich, A. V.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G.; Zhan, C.-G. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 1109-1117
138. Ruzsinszky, A.; Perdew, J. P.; Tao, J.; Csonka, G. I.; Pitarke, J. M. Phys. Rev. Lett. 2012, 109, 233203
139. Perdew, J. P.; Ruzsinszky, A.; Sun, J.; Glindmeyer, S.; Csonka, G. I. Phys. Rev. A 2012, 86, 062714
140. Antony, J.; Brüske, B.; Grimme, S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 8440-8447
141. Jurečka, P.; Šponer, J.; Černy, J.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 1985-93
142. Řezáč, J.; Riley, K. E.; Hobza, P. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 2427-2438
143. Li, A.; Muddana, H. S.; Gilson, M. K. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 1563-1575
144. Hostaš, J.; Řezáč, J.; Hobza, P. Chem. Phys. Lett. 2013, 568-569, 161-166
145. Li, A.; Muddana, H. S.; Gilson, M. K. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 1563-1575
146. Witte, J.; Goldey, M.; Neaton, J. B.; Head-Gordon, M. J. Chem. Theory Comput. 2015, 11, 150317130807007
147. Grimme, S.; Steinmetz, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2013, 15, 16031-16042
148. Goerigk, L.; Reimers, J. R. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 3240-3251