Cooperativity in noncovalent interactions of biologically relevant molecules

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 11, Issue 38, 2009, Pages 8440-8447

  Antony, Jens ^a   Brüske, Björn ^a   Grimme, Stefan ^a  

^a UNIVERSITY OF MÜNSTER   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

NUCLEIC ACID;

ARTICLE; CHEMICAL MODEL; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; CONFORMATION; HYDROGEN BOND; NUCLEIC ACID DATABASE; THERMODYNAMICS;

COMPUTER SIMULATION; DATABASES, NUCLEIC ACID; HYDROGEN BONDING; MODELS, CHEMICAL; NUCLEIC ACID CONFORMATION; NUCLEIC ACIDS; THERMODYNAMICS;

EID: 70349470778     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b907260h     Document Type: Article

References (60)

1. Analytical Methods in Supramolecular Chemistry, ed., C. Schalley, Wiley-VCH, Weinheim, 2007, ch. 1 Introduction, pp. 1-16
2. Y. Zhao D. G. Truhlar J. Chem. Theory Comput. 2005 1 415
3. P. Jurecka J. Sponer J. Cerny P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 1985
4. M. Kabelác H. Valdes E. C. Sherer C. J. Cramer P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2007 9 5000
5. H. Valdes K. Pluhácková M. Pitonák J. Rezác P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2008 10 2747
6. J. Sponer H. A. Gabb J. Leszczynski P. Hobza Biophys. J. 1997 73 76
7. A. Tkatchenko O. A. von Lilienfeld Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 2008 78 045116
8. M. Kabelác E. C. Sherer C. J. Cramer P. Hobza Chem.-Eur. J. 2007 13 2067
9. S. Grimme J. Comput. Chem. 2006 27 1787
10. N. O. Reich M. J. Danzitz, Jr Nucleic Acids Res. 1991 19 6587
11. T.-K. Man G. D. Stormo Nucleic Acids Res. 2001 29 2471
12. M. L. Bulyk X. Huang Y. Choo G. M. Church Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 7158
13. R. A. O'Flanagan G. Paillard R. Lavery A. M. Sengupta Bioinformatics 2005 21 2254
14. E. M. Moody P. C. Bevilacqua J. Am. Chem. Soc. 2003 125 2032
15. E. M. Moody P. C. Bevilacqua J. Am. Chem. Soc. 2003 125 16285
16. E. M. Moody P. C. Bevilacqua J. Am. Chem. Soc. 2004 126 9570
17. S. S. Pundlik S. R. Gadre J. Phys. Chem. B 1997 101 9657
18. B. Pullman P. Claverie J. Caillet Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1967 57 1663
19. J. Gu J. Wang J. Leszczynski J. Phys. Chem. B 2004 108 8017
20. M. Peters I. Rozas I. Alkorta J. Elguero J. Phys. Chem. B 2003 107 323
21. J. Robles A. Grandas E. Pedroso F. J. Luque R. Eritja M. Orozco Curr. Org. Chem. 2002 6 1333
22. J. Sponer J. V. Burda P. Mejzlik J. Leszczynski P. Hobza J. Biomol. Struct. Dyn. 1997 14 613
23. E. C. Sherer D. M. York C. J. Cramer J. Comput. Chem. 2003 24 57
24. T. J. Giese E. C. Sherer C. J. Cramer D. M. York J. Chem. Theory Comput. 2005 1 1275
25. K. Szalewicz, R. Bukowski and B. Jeziorski, Theory and Applications of Computational Chemistry-The First Forty Years, Elsevier, Amsterdam, 2005, ch. 33 - On the importance of many-body forces in clusters and condensed phase, pp. 919-961
26. C. Biot R. Wintjens M. Rooman J. Am. Chem. Soc. 2004 126 6220
27. P. Mignon S. Loverix F. De Proft P. Geerlings J. Phys. Chem. A 2004 108 6038
28. P. Mignon S. Loverix J. Steyaert P. Geerlings Nucleic Acids Res. 2005 33 1779
29. W. D. Cornell P. Cieplak C. I. Bayly I. R. Gould K. M. Merz D. M. Ferguson D. C. Spellmeyer T. Fox J. W. Caldwell P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 1995 117 5179
30. A. D. Becke J. Chem. Phys. 1997 107 8554
31. S. Grimme J. Comput. Chem. 2004 25 1463
32. K. Eichkorn F. Weigend O. Treutler R. Ahlrichs Theor. Chem. Acc. 1997 97 119
33. M. Sierka A. Hogekamp R. Ahlrichs J. Chem. Phys. 2003 118 9136
34. A. Schäfer H. Horn R. Ahlrichs J. Chem. Phys. 1992 97 2571
35. A. Schäfer C. Huber R. Ahlrichs J. Chem. Phys. 1994 100 5829
36. F. Weigend F. Furche R. Ahlrichs J. Chem. Phys. 2003 119 12753
37. W. J. Hehre R. F. Stewart J. A. Pople J. Chem. Phys. 1969 51 2657
38. W. J. Hehre R. F. Stewart J. A. Pople J. Chem. Phys. 1970 52 2769
39. S. F. Boys F. Bernardi Mol. Phys. 1970 19 553
40. S. Grimme J. Chem. Phys. 2003 118 9095
41. A. D. Becke Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. 1988 38 3098
42. C. Lee W. Yang R. G. Parr Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1988 37 785
43. J. Tao J. P. Perdew V. N. Staroverov G. E. Scuseria Phys. Rev. Lett. 2003 91 146401
44. J. P. Perdew Y. Wang Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1992 45 13244
45. J. P. Perdew K. Burke M. Ernzerhof Phys. Rev. Lett. 1996 77 3865
46. J. P. Perdew Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1986 33 8822
47. A. D. Becke J. Chem. Phys. 1993 98 5648
48. P. J. Stephens F. J. Devlin C. F. Chabalowski M. J. Frisch J. Phys. Chem. 1994 98 11623
49. M. Elstner D. Porezag G. Jungnickel J. Elsner M. Haugk T. Frauenheim S. Suhai G. Seifert Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1998 58 7260
50. G. Chalasiński M. M. Szczesniak R. A. Kendall J. Chem. Phys. 1994 101 8860
51. P. N. M. Pitonák J. Cerný S. Grimme P. Hobza ChemPhysChem 2009 10 282
52. P. Jurecka P. Hobza Chem. Phys. Lett. 2002 365 89
53. K. Kitaura K. Morokuma Int. J. Quantum Chem. 1976 10 325
54. A. Halkier W. Klopper T. Helgaker P. Jørgensen P. R. Taylor J. Chem. Phys. 1999 111 9157
55. H. Valdes J. A. Sordo J. Phys. Chem. A 2002 106 3690
56. P. Tarakeshwar H. S. Choi S. J. Lee J. Y. Lee K. S. Kim T.-K. Ha J. H. Jang J. G. Lee H. Lee J. Chem. Phys. 1999 111 5838
57. M. Kolár P. Hobza J. Phys. Chem. A 2007 111 5851
58. J. Sponer P. Jurecka I. Marchan F. J. Luque M. Orozco P. Hobza Chem.-Eur. J. 2006 12 2854
59. T. P. Tauer C. D. Sherrill J. Phys. Chem. A 2005 109 10475
60. G. J. O. Beran J. Chem. Phys. 2009 130 164115