Third-generation hydrogen-bonding corrections for semiempirical QM methods and force fields

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 6, Issue 12, 2010, Pages 3808-3816

  Korth, Martin ^a  

^a UNIVERSITY OF CAMBRIDGE   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 78651286289     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct100408b     Document Type: Article

References (54)

1. Jorgensen, W. L. Acc. Chem. Res. 2009, 42, 724.
2. Jorgensen, W. L. Science 2004, 303, 1813.
3. Klebe, G. Drug DiscoVery Today 2006, 11, 580.
4. Möhle, K.; Hofmann, H.-J.; Thiel, W. J. Comput. Chem. 2001, 22, 509.
5. Elstner, M.; Jalkanen, K. J.; Knapp-Mohammady, M.; Frauenheim, T.; Suhai, S. Chem. Phys. 2001, 263, 203.
6. Nikitina, E.; Sulimov, V.; Zayets, V.; Zaitseva, N. Int. J. Quantum Chem. 2004, 97, 747.
7. Vasilyev, V.; Bliznyuk, A. Theor. Chem. Acc. 2004, 112, 313.
8. Villar, R.; Gil, M. J.; Garcia, J. I.; Martinez-Merino, V. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1347.
9. Raha, K.; Merz, K. M., Jr. J. Med. Chem. 2005, 48, 4558.
10. Nikitina, E.; Sulimov, V.; Grigoriev, F.; Kondakova, O.; Luschekina, S. Int. J. Quantum Chem. 2006, 106, 1943.
11. Raha, K.; Peters, M. B.; Wang, B.; Yu, N.; Wollacott, A. M.; Westerhoff, L. M.; Merz, K. M., Jr. Drug DiscoVery Today 2007, 12, 725.
12. Thiriot, E.; Monard, G. THEOCHEM 2009, 898, 31.
13. Wollacott, A. M.; Merz, K. M., Jr. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1609.
14. van der Vaar, A.; Merz, K. M., Jr. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 9182.
15. Jurecka, P.; Sponer, J.; Cerny, J.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 1985.
16. McNamara, J. P.; Hillier, I. H. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 2362.
17. Grimme, S. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1436.
18. Jurecka, P.; Cerny, J.; Hobza, P.; Salahub, D. R. J. Comput. Chem. 2007, 28, 555.
19. Rao, L.; Ke, H.; Fu, G.; Xu, X.; Yan, Y. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 86.
20. Paton, R. S.; Goodman, J. M. J. Chem. Inf. Model. 2009, 49, 944.
21. Dannenberg, J. J. THEOCHEM 1997, 401, 279.
22. Csonka, G. I.; Angyan, J. G. THEOCHEM 1997, 393, 31.
23. Clark, T. J. THEOCHEM. 2000, 530, 1.
24. Winget, P.; Selcuki, C.; Horn, A. H. C.; Martin, B.; Clark, T. Theor. Chem. Acc. 2003, 110, 254.
25. Bernal-Uruchurtu, M. I.; Ruiz-Lopez, M. F. Chem. Phys. Lett. 2000, 330, 118.
26. Monard, G.; Bernal-Uruchurtu, M. I.; Van Der Vaart, A.; Merz, K. M., Jr.; Ruiz-Lopez, M. F. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 3425.
27. Repasky, M. P.; Chandrasekhar, J.; Jorgensen, W. L. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1601.
28. Yang, Y.; Yu, H.; York, D.; Cui, Q.; Elstner, M. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 10861.
29. Wang, Q.; Bryce, R. A. J. Chem. Theory Comput. 2009, DOI: 10.1021/ct9002674.
30. Stewart, J. J. P. J. Mol. Model. 2007, 13, 1173.
31. Stewart, J. P. J. Mol. Model. 2009, 15, 765.
32. Řezáč, J.; Fanfrlík, J.; Salahub, D.; Hobza, P. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1749.
33. OPENMOPAC. www.openmopac.net (accessed Aug 31, 2009).
34. Korth, M.; Pitonak, M.; Rezac, J.; Hobza, P. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 344.
35. Foster, M. E.; Sohlberg, K. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2153.
36. DFTBplus. http://www.dftb-plus.info (accessed Aug 31, 2009).
37. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
38. Stephens, P. J.; Devlin, F. J.; Chabalowski, C. F.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 11623.
39. Ahlrichs, R.; Bär, M.; Häser, M.; Horn, H.; Kölmel, C. Chem. Phys. Lett. 1989, 162, 165.
40. Schäfer, A.; Huber, C.; Ahlrichs, R. J. Chem. Phys. 1994, 100, 5829.
41. Weigend, F.; Furche, F.; Ahlrichs, R. J. Chem. Phys. 2003, 119, 12753.
42. Eichhorn, K.; Treutler, O.;Öhm, H.; Häser, M.; Ahlrichs, R. Chem. Phys. Lett. 1995, 242, 652.
43. Eichhorn, K.; Weigend, F.; Treutler, O.; Ahlrichs, R. Theor. Chem. Acc. 1997, 97, 119.
44. Riley, K. E.; Hobza, P. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 8257.
45. Allinger, N. L. J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 8127.
46. Allinger, N. L.; Yuh, Y. H.; Lii, J.-H. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 8551.
47. McDonald, D. Q.; Still, W. C. Tetrahedron Lett. 1992, 33, 7743.
48. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Case, D. A.; Singh, U. C.; Ghio, C.; Alagona, G.; Profeta, S., Jr.; Weiner, P. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 765.
49. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Nguyen, D. T.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 1986, 7, 230.
50. Jorgensen, W. L.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 1657.
51. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225.
52. Halgren, T. A. J. Comput. Chem. 1996, 17, 490.
53. Kobko, N.; Paraskevas, L.; del Rio, E.; Dannenberg, J. J. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 4348.
54. Kobko, N.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 10389.