Accuracy of quantum chemical methods for large noncovalent complexes

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 9, Issue 8, 2013, Pages 3364-3374

  Sedlak, Robert ^a,b   Janowski, Tomasz ^c   Pitoňák, Michal ^d,e   Řezáč, Jan ^a   Pulay, Peter ^c   Hobza, Pavel ^a,f  

^a INSTITUTE OF ORGANIC CHEMISTRY AND BIOCHEMISTRY   (Czech Republic)

^b CHARLES UNIVERSITY   (Czech Republic)

^c UNIVERSITY OF ARKANSAS   (United States)

^d Physics and Informatics   (Slovakia)

^e INSTITUTE OF CHEMISTRY   (Slovakia)

^f PALACKÝ UNIVERSITY   (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84882394229     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct400036b     Document Type: Article

References (92)

1. Riley, K. E.; Hobza, P. Acc. Chem. Res. 2013, 46, 927-936
2. Hohenstein, E. G.; Sherrill, C. D. Wiley Interdiscip. Rev.: Comput. Mol. Sci. 2012, 2, 304-326
3. Vondrášek, J.; Kubař, T.; Jenney, F. E.; Adams, M. W. W.; Kožíšek, M.; Černý, J.; Sklenář, V.; Hobza, P. Chem.-Eur. J. 2007, 13, 9022-9027
4. Šponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. Biopolymers 2001, 61, 3-36
5. Šponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Mol. Struct (THEOCHEM) 2001, 573, 43-53
6. Kristyán, S.; Pulay, P. Chem. Phys. Lett. 1994, 229, 175-180
7. Perez-Jorda, J. M.; Becke, A. D. Chem. Phys. Lett. 1995, 233, 134-137
8. Hobza, P.; Šponer, J.; Reschel, T. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1315-1325
9. Janowski, T.; Pulay, P. Chem. Phys. Lett. 2007, 447, 27-32
10. Sinnocrot, M. O.; Valeev, E. F.; Sherrill, C. D. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 10887-10893
11. Riley, K. E.; Pitoňák, M.; Jurečka, P.; Hobza, P. Chem. Rev. 2010, 110, 5023-5063
12. Grimme, S. J. Chem. Phys. 2003, 118, 9095-9102
13. Marchelli, O.; Werner, H.-J. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 11580-11585
14. Distasio, A. R., Jr.; Head-Gordon, M. Mol. Phys. 2007, 105, 1073-1083
15. Takatani, T.; Hohenstein, E. G.; Sherrill, C. D. J. Chem. Phys. 2008, 128, 124111/1-7
16. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. Acc. Chem. Res. 2008, 41, 157-167
17. Hesselmann, A. J. Chem. Phys. 2008, 128, 144112
18. Chermak, E.; Mussard, B.; Angyan, Jj. G.; Reinhardt, P. Chem. Phys. Lett. 2012, 550, 162-169
19. Grimme, S.; Antony, J.; Ehrlich, S.; Krieg, H. J. Chem. Phys. 2010, 132, 154104/1-17
20. Schütz, M.; Werner, H.-J. Chem. Phys. Lett. 2000, 318, 370-378
21. Jeziorski, B.; Moszynski, R.; Szalewicz, K. Chem. Rev. 1994, 94, 1887-1930
22. Misquitta, A. J.; Szalewicz, K. Chem. Phys. Lett. 2002, 357, 301-306
23. Hesselmann, A.; Jansen, G. Chem. Phys. Lett. 2002, 357, 464-470
24. von Lilienfeld, O. A.; Tavernelli, I.; Rothlisberger, U.; Sebastiani, D. Phys. Rev. Lett. 2004, 93, 153004/1-4
25. DiLabio, G. A. Chem. Phys. Lett. 2008, 455, 348-353
26. Dion, M.; Rydberg, H.; Schröder, E.; Langreth, D. C.; Lundqvist, B. I. Phys. Rev. Lett. 2004, 92, 246401/1-4
27. Dion, M.; Rydberg, H.; Schröder, E.; Langreth, D. C.; Lundqvist, B. I. Phys. Rev. Lett. 2005, 95, 109902/1
28. Becke, A. D.; Johnson, E. R. J. Chem. Phys. 2007, 127, 154108/1-6
29. Pitoňák, M.; Neogrády, P.; Černý, J.; Grimme, S.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 10, 282-289
30. Riley, E. K.; Řezáč, J.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 21121-21125
31. Grimme, S. J. Comput. Chem. 2006, 27, 1787-1799
32. Jurečka, P.; Černý, J.; Hobza, P.; Salahub, D. R. J. Comput. Chem. 2007, 28, 555-569
33. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. Theor. Chem. Acc. 2008, 120, 215-241
34. Dewar, J. S. M.; Thiel, W. J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 4899-4907
35. Martin, B.; Clark, T. Int. J. Quantum Chem. 2006, 106, 1208-1216
36. Stewart, J. J. P. J. Mol. Model. 2007, 13, 1173-1213
37. Řezáč, J.; Fanfrlik, J.; Salahub, D.; Hobza, P. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1749-1760
38. Řezáč, J.; Hobza, P. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 141-151
39. Jurečka, P.; Šponer, J.; Černý, J.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 1985-1993
40. Gráfová, L.; Pitoňák, M.; Řezáč, J.; Hobza, P. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2365-2376
41. Molnar, L.; He, X.; Wang, B.; Merz, K. J. Chem. Phys. 2009, 131, 065102/1-16
42. Řezáč, J.; Riley, K. E.; Hobza, P. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 2427-2438
43. 3466-3470.
44. Goerigk, L.; Grimme, S. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 107-126
45. Goerigk, L.; Grimme, S. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 291-309
46. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 415-432
47. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 5656-5667
48. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 289-300
49. Berka, K.; Laskowski, R.; Hobza, P.; Vondrášek, J. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2191-2203
50. Risthaus, T.; Grimme, S. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 1580-1591
51. Granatier, J.; Pitoňák, M.; Hobza, P. J. Chem. Theory Comput. 2012, 7, 2282-2292
52. Janowski, T.; Pulay, P. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 17520-17525
53. Pitoňák, M.; Neogrády, P.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 1369-1378
54. Janowski, T.; Ford, A. R.; Pulay, P. Mol. Phys. 2010, 108, 249-257
55. Hays, F. A.; Teegarden, A.; Jones, Z. J.; Harms, M.; Raup, D.; Watson, J.; Cavaliere, E.; Ho, P. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 7157-7162
56. Case, A. D.; Darden, A. T.; Cheatham, E. T., III; Simmerling, L. C.; Wang, J.; Duke, E. R.; Luo, R.; Merz, M. K.; Pearlman, A. D.; Crowley, M.; Walker, C. R.; Zhang, W.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Wong, F. K.; Paesani, F.; Wu, X.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Mathews, H. D.; Schafmeister, C.; Ross, S. W.; Kollman, A. P. AMBER 9; University of California: San Francisco, CA, 2006.
57. Řezáč, J.; Jurečka, P.; Riley, K. E.; Černý, J.; Valdes, H.; Pluháčková, K.; Berka, K.; Řezáč, T.; Pitoňák, M.; Vondrášek, J.; Hobza, P. Collect. Czech. Chem. Commun. 2008, 73, 1261-1270
58. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553-566
59. Baker, J.; Wolinski, K.; Janowski, T.; Saebo, S.; Pulay, P. PQS, version 4.0; Parallel Quantum Solutions: Fayetteville, Arkansas, USA, 2012; www.pqs-chem.com.
60. Janowski, T.; Pulay, P. Chem. Phys. Lett. 2007, 447, 27-32
61. Jurečka, P.; Hobza, P. Chem. Phys. Lett. 2002, 365, 89-94
62. van Lenthe, J. H.; van Duijneveldt-van de Rijdt, J. G. C. M.; van Duijneveldt, F. B. Adv. Chem. Phys. 1987, 69, 521-544
63. Hobza, P.; Šponer J. Chem. Rev. 1999, 99, 3247-3276
64. Svozil, D.; Hobza, P.; Šponer, J. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 1191-1203
65. Riley, E. K.; Řezáč, J.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 21121-21125
66. Halkier, A.; Helgaker, T.; Jorgensen, P.; Klopper, W.; Koch, H. J.; Wilson, K. A. Chem. Phys. Lett. 1998, 286, 243-252
67. Halkier, A.; Helgaker, T.; Jorgensen, P.; Klopper, W.; Olsen, J. Chem. Phys. Lett. 1999, 302, 437-446
68. Kendall, R. A.; Dunning, T. H., Jr.; Harrison, R. J. J. Chem. Phys. 1992, 96, 6796-806
69. Woon, D. E.; Dunning, T. H., Jr. J. Chem. Phys. 1993, 98, 1358-1371
70. Dunning, T. H., Jr. J. Chem. Phys. 1989, 90, 1007-1023
71. Schwenke, D. W. J. Chem. Phys. 2007, 122, 014107/1-7
72. Pitoňák, M.; Hesselmann, A. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 168-178
73. Pitoňák, M.; Neogrády, P.; Černý, J.; Grimme, S.; Hobza, P. Chem. Phys. Chem. 2009, 10, 282-289
74. Grimme, S.; Ehrlich, S.; Goerigk, L. J. Comput. Chem. 2011, 32, 1456-1465
75. Johnson, E. R.; Becke, A. D. J. Chem. Phys. 2005, 123, 024101/1-7
76. Becke, A. D.; Johnson, E. R. J. Chem. Phys. 2005, 123, 154101/1-9
77. Johnson, E. R.; Becke, A. D. J. Chem. Phys. 2006, 124, 174104/1-9
78. Goerigk, L.; Kruse, H.; Grimme, S. Chem Phys Chem 2011, 12, 3421-3433
79. Korth, M.; Pitoňák, M.; Řezáč, J.; Hobza, P. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 168-178
80. Elstner, M.; Porezag, D.; Jungnickel, G.; Elsner, J.; Haugk, M.; Frauenheim, T.; Suhai, S.; Seifert, G. Phys. Rev. B 1998, 58, 7260-7268
81. Elstner, M.; Hobza, P.; Frauenheim, T.; Suhai, S.; Kaxiras, E. J. Chem. Phys. 2001, 114, 5149-5155
82. Ahlrichs, R.; Bär, M.; Häser, M.; Horn, H.; Kölmel, C. Chem. Phys. Lett. 1989, 162, 165-169
83. Werner, H.-J;; Knowles, P. J.; Lindh, R.; Manby, F. R.; Schütz, M.; Celani, P.; Korona, T.; Mitrushenkov, A.; Rauhut, G.; Adler, T. B.; Amos, R. D.; Bernhardsson, A.; Berning, A.; Cooper, D. L.; Deegan, M. J. O.; Dobbyn, A. J.; Eckert, F.; Goll, E.; Hampel, C.; Hetzer, G.; Hrenar, T.; Knizia, G.; Köppl, C.; Liu, Y.; Lloyd, A. W.; Mata, R. A.; May, A. J.; McNicholas, S. J.; Meyer, W.; Mura, M. E.; Nicklass, A.; Palmieri, P.; Pflüger, K.; Pitzer, R.; Reiher, M.; Schumann, U.; Stoll, H.; Stone, A. J.; Tarroni, R.; Thorsteinsson, T.; Wang, M.; Wolf, A. MOLPRO, A package of ab initio programs, version 2009.1. http://www.molpro.net.
84. Karlstrom, G.; Lindh, R.; Malmqvist, P. A.; Roos, B. O.; Ryde, U.; Veryazov, V.; Widmark, P. O.; Cossi, M.; Schimmelpfennig, B.; Neogrady, P.; Seijo, L. Comput. Mater. Sci. 2003, 28, 222-239
85. Malmqvist, P. A.; Rendell, A.; Roos, B. O. J. Phys. Chem. 1990, 94, 5477-5482
86. Roos, B. O.; Taylor, P. R. Chem. Phys. 1980, 48, 157-173
87. Beebe, N. H. F.; Linderberg, J. Int. J. Quantum Chem. 1977, 12, 683-705
88. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H. P.; Izmaylov, A. F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J. L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J. A., Jr.; Peralta, J. E.; Ogliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J. J.; Brothers, E.; Kudin, K. N.; Staroverov, V. N.; Kobayashi, R.; Normand, J.; Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J. C.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Cossi, M.; Rega, N.; Millam, J. M.; Klene, M.; Knox, J. E.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Martin, R. L.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V. G.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Farkas, O.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cioslowski, J.; Fox, D. J. Gaussian 09, revision A.1; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2009.
89. Stewart, J. J. P. MOPAC2009; Stewart Computational Chemistry: Colorado Springs, CO, U.S.A., 2008; http://OpenMOPAC.net.
90. Antony, J.; Grimme, S. J. Phys. Chem, A 2007, 111, 4862-4868
91. Goerigk, L.; Grimme, S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 6670-6688
92. Antony, J.; Brüske, B.; Grimme, S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 8440-8447