-
1
-
-
0034958341
-
-
Allen, F.; Almasi, G.; Andreoni, W.; Beece, D.; Berne, B. J.; Bright, A.; Brunheroto, J.; Cascaval, C.; Castanos, J.; Coteus, P.; et al. IBM Syst. J. 2001, 40, 310-327.
-
(2001)
IBM Syst. J.
, vol.40
, pp. 310-327
-
-
Allen, F.1
Almasi, G.2
Andreoni, W.3
Beece, D.4
Berne, B.J.5
Bright, A.6
Brunheroto, J.7
Cascaval, C.8
Castanos, J.9
Coteus, P.10
-
3
-
-
35948963714
-
-
Stone, J. E.; Phillips, J. C.; Freddolino, P. L.; Hardy, D. J.; Trabuco, L. G.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2007, 28, 2618-2640.
-
(2007)
J. Comput. Chem.
, vol.28
, pp. 2618-2640
-
-
Stone, J.E.1
Phillips, J.C.2
Freddolino, P.L.3
Hardy, D.J.4
Trabuco, L.G.5
Schulten, K.6
-
4
-
-
41249087856
-
-
Anderson, J. A.; Lorenz, C. D.; Travesset, A. J. Comput. Phys. 2008, 227, 5342-5359.
-
(2008)
J. Comput. Phys.
, vol.227
, pp. 5342-5359
-
-
Anderson, J.A.1
Lorenz, C.D.2
Travesset, A.3
-
6
-
-
67650500988
-
-
Brooks, B. R.; Brooks, C. L.; Mackerell, A. D.; Nilsson, L.; Petrella, R. J.; Roux, B.; Won, Y.; Archontis, G.; Bartels, C.; Boresch, S.; et al. J. Comput. Chem. 2009, 30, 1545-1614.
-
(2009)
J. Comput. Chem.
, vol.30
, pp. 1545-1614
-
-
Brooks, B.R.1
Brooks, C.L.2
Mackerell, A.D.3
Nilsson, L.4
Petrella, R.J.5
Roux, B.6
Won, Y.7
Archontis, G.8
Bartels, C.9
Boresch, S.10
-
7
-
-
77957937199
-
-
Shaw, D. E.; Maragakis, P.; Lindorff-Larsen, K.; Piana, S.; Dror, R. O.; Eastwood, M. P.; Bank, J. A.; Jumper, J. M.; Salmon, J. K.; Shan, Y.; et al. Science 2010, 330, 341-346.
-
(2010)
Science
, vol.330
, pp. 341-346
-
-
Shaw, D.E.1
Maragakis, P.2
Lindorff-Larsen, K.3
Piana, S.4
Dror, R.O.5
Eastwood, M.P.6
Bank, J.A.7
Jumper, J.M.8
Salmon, J.K.9
Shan, Y.10
-
8
-
-
77958019726
-
-
Zhmurov, A.; Dima, R. I.; Kholodov, Y.; Barsegov, V. Proteins 2010, 78, 2984-2999.
-
(2010)
Proteins
, vol.78
, pp. 2984-2999
-
-
Zhmurov, A.1
Dima, R.I.2
Kholodov, Y.3
Barsegov, V.4
-
10
-
-
84861367246
-
-
Dror, R. O.; Dirks, R. M.; Grossman, J. P.; Xu, H.; Shaw, D. E. Annu. Rev. Biophys. 2012, 41, 429-452.
-
(2012)
Annu. Rev. Biophys.
, vol.41
, pp. 429-452
-
-
Dror, R.O.1
Dirks, R.M.2
Grossman, J.P.3
Xu, H.4
Shaw, D.E.5
-
11
-
-
0000533961
-
-
Clementi, C.; Maritan, A.; Banavar, J. R. Phys. Rev. Lett. 1998, 81, 3287-3290.
-
(1998)
Phys. Rev. Lett.
, vol.81
, pp. 3287-3290
-
-
Clementi, C.1
Maritan, A.2
Banavar, J.R.3
-
14
-
-
34247098754
-
-
Ayton, G. S.; Noid, W. G.; Voth, G. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2007, 17, 192-198.
-
(2007)
Curr. Opin. Struct. Biol.
, vol.17
, pp. 192-198
-
-
Ayton, G.S.1
Noid, W.G.2
Voth, G.A.3
-
15
-
-
34249930405
-
-
Scheraga, H. A.; Khalili, M.; Liwo, A. Annu. Rev. Phys. Chem. 2007, 58, 57-83.
-
(2007)
Annu. Rev. Phys. Chem.
, vol.58
, pp. 57-83
-
-
Scheraga, H.A.1
Khalili, M.2
Liwo, A.3
-
16
-
-
34147179524
-
-
Stein, M.; Gabdoulline, R. R.; Wade, R. C. Curr. Opin. Struct. Biol. 2007, 17, 166-172.
-
(2007)
Curr. Opin. Struct. Biol.
, vol.17
, pp. 166-172
-
-
Stein, M.1
Gabdoulline, R.R.2
Wade, R.C.3
-
17
-
-
42049109472
-
-
Liwo, A.; Czaplewski, C.; Odziej, S.; Scheraga, H. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2008, 18, 134-139.
-
(2008)
Curr. Opin. Struct. Biol.
, vol.18
, pp. 134-139
-
-
Liwo, A.1
Czaplewski, C.2
Odziej, S.3
Scheraga, H.A.4
-
18
-
-
62349124337
-
-
Murtola, T.; Bunker, A.; Vattulainen, I.; Deserno, M.; Karttunen, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 1869-1892.
-
(2009)
Phys. Chem. Chem. Phys.
, vol.11
, pp. 1869-1892
-
-
Murtola, T.1
Bunker, A.2
Vattulainen, I.3
Deserno, M.4
Karttunen, M.5
-
19
-
-
66249145748
-
-
Balaz, S. Chem. Rev. 2009, 109, 1793-1899.
-
(2009)
Chem. Rev.
, vol.109
, pp. 1793-1899
-
-
Balaz, S.1
-
21
-
-
77952938726
-
-
Bahar, I.; Lezon, T. R.; Yang, L.-W.; Eyal, E. Annu. Rev. Biophys. 2010, 39, 23-42.
-
(2010)
Annu. Rev. Biophys.
, vol.39
, pp. 23-42
-
-
Bahar, I.1
Lezon, T.R.2
Yang, L.-W.3
Eyal, E.4
-
24
-
-
84865383775
-
-
Riniker, S.; Allison, J. R.; van Gunsteren, W. F. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 12423-12430.
-
(2012)
Phys. Chem. Chem. Phys.
, vol.14
, pp. 12423-12430
-
-
Riniker, S.1
Allison, J.R.2
Van Gunsteren, W.F.3
-
27
-
-
84866493817
-
-
Shen, H.; Xia, Z.; Li, G.; Ren, P. Annu. Rep. Comput. Chem. 2012, 8, 129-148.
-
(2012)
Annu. Rep. Comput. Chem.
, vol.8
, pp. 129-148
-
-
Shen, H.1
Xia, Z.2
Li, G.3
Ren, P.4
-
32
-
-
84877765613
-
-
Dama, J. F.; Sinitskiy, A. V.; McCullagh, M.; Weare, J.; Roux, B.; Dinner, A. R.; Voth, G. A. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 2466-2480.
-
(2013)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.9
, pp. 2466-2480
-
-
Dama, J.F.1
Sinitskiy, A.V.2
McCullagh, M.3
Weare, J.4
Roux, B.5
Dinner, A.R.6
Voth, G.A.7
-
33
-
-
0042783950
-
-
Reith, D.; Putz, M.; Muller-Plathe, F. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1624-1636.
-
(2003)
J. Comput. Chem.
, vol.24
, pp. 1624-1636
-
-
Reith, D.1
Putz, M.2
Muller-Plathe, F.3
-
36
-
-
33845204189
-
-
Arkhipov, A.; Freddolino, P. L.; Schulten, K. Structure 2006, 14, 1767-1777.
-
(2006)
Structure
, vol.14
, pp. 1767-1777
-
-
Arkhipov, A.1
Freddolino, P.L.2
Schulten, K.3
-
37
-
-
33847209200
-
-
Murtola, T.; Falck, E.; Karttunen, M.; Vattulainen, I. J. Chem. Phys. 2007, 126, 075101.
-
(2007)
J. Chem. Phys.
, vol.126
, pp. 075101
-
-
Murtola, T.1
Falck, E.2
Karttunen, M.3
Vattulainen, I.4
-
38
-
-
58149161251
-
-
Lyman, E.; Pfaendtner, J.; Voth, G. A. Biophys. J. 2008, 95, 4183-4192.
-
(2008)
Biophys. J.
, vol.95
, pp. 4183-4192
-
-
Lyman, E.1
Pfaendtner, J.2
Voth, G.A.3
-
39
-
-
46149109506
-
-
Noid, W. G.; Chu, J.-W.; Ayton, G. S.; Krishna, V.; Izvekov, S.; Voth, G. A.; Das, A.; Andersen, H. C. J. Chem. Phys. 2008, 128, 244114.
-
(2008)
J. Chem. Phys.
, vol.128
, pp. 244114
-
-
Noid, W.G.1
Chu, J.-W.2
Ayton, G.S.3
Krishna, V.4
Izvekov, S.5
Voth, G.A.6
Das, A.7
Andersen, H.C.8
-
40
-
-
46149099398
-
-
Noid, W. G.; Liu, P.; Wang, Y.; Chu, J.-W.; Ayton, G. S.; Izvekov, S.; Andersen, H. C.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2008, 128, 244115.
-
(2008)
J. Chem. Phys.
, vol.128
, pp. 244115
-
-
Noid, W.G.1
Liu, P.2
Wang, Y.3
Chu, J.-W.4
Ayton, G.S.5
Izvekov, S.6
Andersen, H.C.7
Voth, G.A.8
-
42
-
-
68849132278
-
-
Murtola, T.; Karttunen, M.; Vattulainen, I. J. Chem. Phys. 2009, 131, 055101.
-
(2009)
J. Chem. Phys.
, vol.131
, pp. 055101
-
-
Murtola, T.1
Karttunen, M.2
Vattulainen, I.3
-
47
-
-
84864213700
-
-
Davtyan, A.; Schafer, N. P.; Zheng, W.; Clementi, C.; Wolynes, P. G.; Papoian, G. A. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 8494-8503.
-
(2012)
J. Phys. Chem. B
, vol.116
, pp. 8494-8503
-
-
Davtyan, A.1
Schafer, N.P.2
Zheng, W.3
Clementi, C.4
Wolynes, P.G.5
Papoian, G.A.6
-
48
-
-
33748248896
-
-
Jayachandran, G.; Vishal, V.; Pande, V. S. J. Chem. Phys. 2006, 124, 164902.
-
(2006)
J. Chem. Phys.
, vol.124
, pp. 164902
-
-
Jayachandran, G.1
Vishal, V.2
Pande, V.S.3
-
49
-
-
34247338100
-
-
Chodera, J. D.; Singhal, N.; Pande, V. S.; Dill, K. A.; Swope, W. C. J. Chem. Phys. 2007, 126, 155101.
-
(2007)
J. Chem. Phys.
, vol.126
, pp. 155101
-
-
Chodera, J.D.1
Singhal, N.2
Pande, V.S.3
Dill, K.A.4
Swope, W.C.5
-
50
-
-
34247339716
-
-
Noé, F.; Horenko, I.; Schütte, C.; Smith, J. C. J. Chem. Phys. 2007, 126, 155102.
-
(2007)
J. Chem. Phys.
, vol.126
, pp. 155102
-
-
Noé, F.1
Horenko, I.2
Schütte, C.3
Smith, J.C.4
-
53
-
-
80755172456
-
-
Lane, T. J.; Bowman, G. R.; Beauchamp, K. A.; Voelz, V. A.; Pande, V. S. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 18413-18419.
-
(2011)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.133
, pp. 18413-18419
-
-
Lane, T.J.1
Bowman, G.R.2
Beauchamp, K.A.3
Voelz, V.A.4
Pande, V.S.5
-
55
-
-
79957488000
-
-
Prinz, J.-H.; Wu, H.; Sarich, M.; Keller, B.; Senne, M.; Held, M.; Chodera, J. D.; Schutte, C.; Noé, F. J. Chem. Phys. 2011, 134, 174105.
-
(2011)
J. Chem. Phys.
, vol.134
, pp. 174105
-
-
Prinz, J.-H.1
Wu, H.2
Sarich, M.3
Keller, B.4
Senne, M.5
Held, M.6
Chodera, J.D.7
Schutte, C.8
Noé, F.9
-
56
-
-
84866599221
-
-
Kellogg, E. H.; Lange, O. F.; Baker, D. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 11405-11413.
-
(2012)
J. Phys. Chem. B
, vol.116
, pp. 11405-11413
-
-
Kellogg, E.H.1
Lange, O.F.2
Baker, D.3
-
58
-
-
84897091038
-
-
Keller, B. G.; Kobitski, A.; Jaschke, A.; Nienhaus, G. U.; Noé, F. J. Am. Chem. Soc. 2014, 136, 4534-4543.
-
(2014)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.136
, pp. 4534-4543
-
-
Keller, B.G.1
Kobitski, A.2
Jaschke, A.3
Nienhaus, G.U.4
Noé, F.5
-
60
-
-
84881076441
-
-
Enciso, M.; Schutte, C.; Delle Site, L. Soft Matter 2013, 9, 6118-6127.
-
(2013)
Soft Matter
, vol.9
, pp. 6118-6127
-
-
Enciso, M.1
Schutte, C.2
Delle Site, L.3
-
61
-
-
28844466824
-
-
Best, R. B.; Chen, Y.-G.; Hummer, G. Structure 2005, 13, 1755-1763.
-
(2005)
Structure
, vol.13
, pp. 1755-1763
-
-
Best, R.B.1
Chen, Y.-G.2
Hummer, G.3
-
65
-
-
84878612608
-
-
Chen, H.; Fallah, M. A.; Huck, V.; Angerer, J. I.; Reininger, A. J.; Schneider, S. W.; Schneider, M. F.; Alexander-Katz, A. Nat. Commun. 2013, 4, 1333.
-
(2013)
Nat. Commun.
, vol.4
, pp. 1333
-
-
Chen, H.1
Fallah, M.A.2
Huck, V.3
Angerer, J.I.4
Reininger, A.J.5
Schneider, S.W.6
Schneider, M.F.7
Alexander-Katz, A.8
-
66
-
-
84867054746
-
-
Chappa, V. C.; Morse, D. C.; Zippelius, A.; Müller, M. Phys. Rev. Lett. 2012, 109, 148302.
-
(2012)
Phys. Rev. Lett.
, vol.109
, pp. 148302
-
-
Chappa, V.C.1
Morse, D.C.2
Zippelius, A.3
Müller, M.4
-
69
-
-
46249092554
-
-
Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435-447.
-
(2008)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.4
, pp. 435-447
-
-
Hess, B.1
Kutzner, C.2
Van Der Spoel, D.3
Lindahl, E.4
-
70
-
-
0029912748
-
-
Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225-11236.
-
(1996)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.118
, pp. 11225-11236
-
-
Jorgensen, W.L.1
Maxwell, D.S.2
Tirado-Rives, J.3
-
71
-
-
0035913529
-
-
Kaminski, G. A.; Friesner, R. A.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6474-6487.
-
(2001)
J. Phys. Chem. B
, vol.105
, pp. 6474-6487
-
-
Kaminski, G.A.1
Friesner, R.A.2
Tirado-Rives, J.3
Jorgensen, W.L.4
-
72
-
-
33846086933
-
-
Bussi, G.; Donadio, D.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 2007, 126, 014101.
-
(2007)
J. Chem. Phys.
, vol.126
, pp. 014101
-
-
Bussi, G.1
Donadio, D.2
Parrinello, M.3
-
73
-
-
77950149115
-
-
Lu, L.; Izvekov, S.; Das, A.; Andersen, H. C.; Voth, G. A. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 954-965.
-
(2010)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.6
, pp. 954-965
-
-
Lu, L.1
Izvekov, S.2
Das, A.3
Andersen, H.C.4
Voth, G.A.5
-
74
-
-
84861716987
-
-
Das, A.; Lu, L.; Andersen, H. C.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2012, 136, 194115.
-
(2012)
J. Chem. Phys.
, vol.136
, pp. 194115
-
-
Das, A.1
Lu, L.2
Andersen, H.C.3
Voth, G.A.4
-
78
-
-
77952398307
-
-
Larini, L.; Lu, L.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2010, 132, 164107.
-
(2010)
J. Chem. Phys.
, vol.132
, pp. 164107
-
-
Larini, L.1
Lu, L.2
Voth, G.A.3
|