Elucidation of epithelial-mesenchymal transition-related pathways in a triple-negative breast cancer cell line model by multi-omics interactome analysis

Integrative Biology

Volumn 6, Issue 11, 2014, Pages 1058-1068

  Pauling, Josch K ^a   Christensen, Anne G ^a   Batra, Richa ^a   Alcaraz, Nicolas ^a   Barbosa, Eudes ^a   Larsen, Martin R ^a,b   Beck, Hans C ^b   Leth Larsen, Rikke ^a   Azevedo, Vasco ^c   Ditzel, Henrik J ^a,b   Baumbach, Jan ^a  

^a UNIVERSITY OF SOUTHERN DENMARK   (Denmark)

^b ODENSE UNIVERSITY HOSPITAL   (Denmark)

^c FEDERAL UNIVERSITY OF MINAS GERAIS   (Brazil)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AKT1 ENZYME; BETA CATENIN; CAVEOLIN 1; CHECKPOINT KINASE 1; CORTACTIN; CSNK2A1 PROTEIN; CYCLIN DEPENDENT KINASE 1; CYCLIN DEPENDENT KINASE 2; ESTROGEN RECEPTOR ALPHA; FOCAL ADHESION KINASE; GLYCOGEN SYNTHASE KINASE 3; LIPOCORTIN 2; MITOGEN ACTIVATED PROTEIN KINASE 1; MITOGEN ACTIVATED PROTEIN KINASE 3; MUCIN 1; PAXILLIN; PRKACA ENZYME; PROTEIN; PROTEIN KINASE C ALPHA; PROTEIN KINASE C DELTA; PROTEIN P53; PROTEIN SERINE THREONINE KINASE; SMAD2 PROTEIN; SRC PROTEIN; UNCLASSIFIED DRUG; VASCULOTROPIN RECEPTOR; YWHAG PROTEIN; ZYXIN;

ACTIN FILAMENT; ACTIN POLYMERIZATION; AMINO TERMINAL SEQUENCE; ARTICLE; AUTOPHOSPHORYLATION; BIOMICS; BREAST CANCER CELL LINE; CELL ADHESION; CELL DIFFERENTIATION; CELL INVASION; CELL MIGRATION; CELL MOTILITY; CELL SPREADING; CONTROLLED STUDY; ENZYME PHOSPHORYLATION; EPITHELIAL MESENCHYMAL TRANSITION; FOCAL ADHESION; GENE EXPRESSION; HUMAN; HUMAN CELL; MULTI OMICS INTERACTOME ANALYSIS; PHENOTYPE; PROTEIN EXPRESSION; PROTEIN PHOSPHORYLATION; PROTEIN PROTEIN INTERACTION; QUANTITATIVE ANALYSIS; SIGNAL TRANSDUCTION; TANDEM MASS SPECTROMETRY; TRIPLE NEGATIVE BREAST CANCER; BIOLOGY; FEMALE; GENE EXPRESSION REGULATION; GENETICS; GENOMICS; PHOSPHORYLATION; PROCEDURES; PROTEIN PROCESSING; PROTEOMICS; TUMOR CELL LINE;

CELL LINE, TUMOR; COMPUTATIONAL BIOLOGY; EPITHELIAL-MESENCHYMAL TRANSITION; FEMALE; GENE EXPRESSION REGULATION, NEOPLASTIC; GENOMICS; HUMANS; PHOSPHORYLATION; PROTEIN PROCESSING, POST-TRANSLATIONAL; PROTEOMICS; SIGNAL TRANSDUCTION; TRIPLE NEGATIVE BREAST NEOPLASMS;

EID: 84908179703     PISSN: 17579694     EISSN: 17579708     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4ib00137k     Document Type: Article

References (63)

1. T. Ideker N. J. Krogan Mol. Syst. Biol. 2012 8 565
2. T. Ideker O. Ozier B. Schwikowski A. F. Siegel Bioinformatics 2002 18 suppl 1 S233 S240
3. I. Ulitsky R. Shamir BMC Syst. Biol. 2007 1 8
4. T. Ideker R. Sharan Genome Res. 2008 18 644 652
5. F. Vandin P. Clay E. Upfal B. J. Raphael Pac. Symp. Biocomput. 2012 55 66
6. N. Alcaraz H. Kücük J. Weile A. Wipat J. Baumbach Internet Math. 2011 7 4 299 313
7. J. Baumbach, T. Friedrich, T. Kötzing, A. Krohmer, J. Müller and J. Pauling, Proceedings of the 14th Annual Conference on Genetic and Evolutionary Computation, 2012, pp. 169-176
8. C. Stark B.-J. Breitkreutz T. Reguly L. Boucher A. Breitkreutz M. Tyers Nucleic Acids Res. 2006 34 D535 D539
9. T. S. K. Prasad K. Kandasamy A. Pandey Methods Mol. Biol. 2009 577 67 79
10. K. Tarassov V. Messier C. R. Landry S. Radinovic M. M. Serna Molina I. Shames Y. Malitskaya J. Vogel H. Bussey S. W. Michnick Science 2008 320 1465 1470
11. U. Stelzl U. Worm M. Lalowski C. Haenig F. H. Brembeck H. Goehler M. Stroedicke M. Zenkner A. Schoenherr S. Koeppen J. Timm S. Mintzlaff C. Abraham N. Bock S. Kietzmann A. Goedde E. Toksöz A. Droege S. Krobitsch B. Korn W. Birchmeier H. Lehrach E. E. Wanker Cell 2005 122 957 968
12. A.-C. Gavin P. Aloy P. Grandi R. Krause M. Boesche M. Marzioch C. Rau L. J. Jensen S. Bastuck B. Dümpelfeld A. Edelmann M.-A. Heurtier V. Hoffman C. Hoefert K. Klein M. Hudak A.-M. Michon M. Schelder M. Schirle M. Remor T. Rudi S. Hooper A. Bauer T. Bouwmeester G. Casari G. Drewes G. Neubauer J. M. Rick B. Kuster P. Bork R. B. Russell G. Superti-Furga Nature 2006 440 631 636
13. N. J. Krogan G. Cagney H. Yu G. Zhong X. Guo A. Ignatchenko J. Li S. Pu N. Datta A. P. Tikuisis T. Punna J. M. Peregrn-Alvarez M. Shales X. Zhang M. Davey M. D. Robinson A. Paccanaro J. E. Bray A. Sheung B. Beattie D. P. Richards V. Canadien A. Lalev F. Mena P. Wong A. Starostine M. M. Canete J. Vlasblom S. Wu C. Orsi S. R. Collins S. Chandran R. Haw J. J. Rilstone K. Gandi N. J. Thompson G. Musso P. St Onge S. Ghanny M. H. Y. Lam G. Butland A. M. Altaf-Ul S. Kanaya A. Shilatifard E. O'Shea J. S. Weissman C. J. Ingles T. R. Hughes J. Parkinson M. Gerstein S. J. Wodak A. Emili J. F. Greenblatt Nature 2006 440 637 643
14. M. E. Sowa E. J. Bennett S. P. Gygi J. W. Harper Cell 2009 138 389 403
15. O. Lavi G. Dror R. Shamir J. Comput. Biol. 2012 19 694 709
16. X. Wang P. A. Ward J. Transl. Med. 2012 10 240
17. S. Liu Y. Cong D. Wang Y. Sun L. Deng Y. Liu R. Martin-Trevino L. Shang S. P. McDermott M. D. Landis S. Hong A. Adams R. D'Angelo C. Ginestier E. Charafe-Jauffret S. G. Clouthier D. Birnbaum S. T. Wong M. Zhan J. C. Chang M. S. Wicha Stem Cell Reports 2014 2 78 91
18. I. Ulitsky A. Krishnamurthy R. M. Karp R. Shamir PLoS One 2010 5 e13367
19. C. A. Hudis N. Engl. J. Med. 2007 357 39 51
20. R. Leth-Larsen M. G. Terp A. G. Christensen D. Elias T. Kühlwein O. N. Jensen O. W. Petersen H. J. Ditzel Mol. Med. 2012 18 1109 1121
21. R. Kalluri R. A. Weinberg J. Clin. Invest. 2009 119 1420 1428
22. M. R. Larsen T. E. Thingholm O. N. Jensen P. Roepstorff T. J. D. Jørgensen Mol. Cell. Proteomics 2005 4 873 886
23. K. Engholm-Keller P. Birck J. Støling F. Pociot T. Mandrup-Poulsen M. R. Larsen J. Proteomics 2012 75 5749 5761
24. N. Alcaraz T. Friedrich T. Kötzing A. Krohmer J. Müller J. Pauling J. Baumbach Integr. Biol. 2012 4 756 764
25. J. Hu H.-S. Rho R. H. Newman J. Zhang H. Zhu J. Qian Bioinformatics 2014 30 141 142
26. R. H. Newman J. Hu H.-S. Rho Z. Xie C. Woodard J. Neiswinger C. Cooper M. Shirley H. M. Clark S. Hu W. Hwang J. S. Jeong G. Wu J. Lin X. Gao Q. Ni R. Goel S. Xia H. Ji K. N. Dalby M. J. Birnbaum P. A. Cole S. Knapp A. G. Ryazanov D. J. Zack S. Blackshaw T. Pawson A.-C. Gingras S. Desiderio A. Pandey B. E. Turk J. Zhang H. Zhu J. Qian Mol. Syst. Biol. 2013 9 655
27. P. V. Hornbeck J. M. Kornhauser S. Tkachev B. Zhang E. Skrzypek B. Murray V. Latham M. Sullivan Nucleic Acids Res. 2012 40 D261 D270
28. F. Diella C. M. Gould C. Chica A. Via T. J. Gibson Nucleic Acids Res. 2008 36 D240 D244
29. R. Amanchy B. Periaswamy S. Mathivanan R. Reddy S. G. Tattikota A. Pandey Nat. Biotechnol. 2007 25 285 286
30. M. I. Kokkinos R. Wafai M. K. Wong D. F. Newgreen E. W. Thompson M. Waltham Cells Tissues Organs 2007 185 191 203
31. V. Petit J. P. Thiery Biol. Cell. 2000 92 477 494
32. N. O. Deakin C. E. Turner J. Cell Sci. 2008 121 2435 2444
33. S. N. Nikolopoulos C. E. Turner J. Cell Biol. 2000 151 1435 1448
34. J. Pignatelli S. E. LaLonde D. P. LaLonde D. Clarke C. E. Turner J. Biol. Chem. 2012 287 37309 37320
35. D. M. Clarke M. C. Brown D. P. LaLonde C. E. Turner J. Cell Biol. 2004 166 6 901 912
36. B. G. Neel H. Gu L. Pao Trends Biochem. Sci. 2003 28 284 293
37. S. Maes E. Mira C. Gmez-Mouton Z. J. Zhao R. A. Lacalle C. Martnez-A Mol. Cell. Biol. 1999 19 3125 3135
38. W. Vogel A. Ullrich Cell Growth Differ. 1996 7 1589 1597
39. C. Vindis T. Teli D. P. Cerretti C. E. Turner U. Huynh-Do J. Biol. Chem. 2004 279 27965 27970
40. T. Iwasaki A. Nakata M. Mukai K. Shinkai H. Yano H. Sabe E. Schaefer M. Tatsuta T. Tsujimura N. Terada E. Kakishita H. Akedo Int. J. Cancer 2002 97 330 335
41. Y. Ren S. Meng L. Mei Z. J. Zhao R. Jove J. Wu J. Biol. Chem. 2004 279 8497 8505
42. M. Guarino J. Cell. Physiol. 2010 223 14 26
43. E. L. Mayer I. E. Krop Clin. Cancer Res. 2010 16 3526 3532
44. V. G. Brunton E. Avizienyte V. J. Fincham B. Serrels C. A. Metcalf 3rd T. K. Sawyer M. C. Frame Cancer Res. 2005 65 1335 1342
45. M. Nethe P. L. Hordijk Cell Adh. Migr. 2011 5 59 64
46. J. V. Evans A. G. Ammer J. E. Jett C. A. Bolcato J. C. Breaux K. H. Martin M. V. Culp P. M. Gannett S. A. Weed J. Cell Sci. 2012 125 6185 6197
47. S. Roura S. Miravet J. Piedra A. Garca de Herreros M. Duach J. Biol. Chem. 1999 274 36734 36740
48. Y. Li H. Kuwahara J. Ren G. Wen D. Kufe J. Biol. Chem. 2001 276 6061 6064
49. M. de Graauw I. Tijdens M. B. Smeets P. J. Hensbergen A. M. Deelder B. van de Water Mol. Cell. Biol. 2008 28 1029 1040
50. U. Rescher D. Ruhe C. Ludwig N. Zobiack V. Gerke J. Cell Sci. 2004 117 3473 3480
51. I. Hubaishy P. G. Jones J. Bjorge C. Bellagamba S. Fitzpatrick D. J. Fujita D. M. Waisman Biochemistry 1995 34 14527 14534
52. L. H. Regimbald L. M. Pilarski B. M. Longenecker M. A. Reddish G. Zimmermann J. C. Hugh Cancer Res. 1996 56 4244 4249
53. J. Wesseling S. W. van der Valk H. L. Vos A. Sonnenberg J. Hilkens J. Cell Biol. 1995 129 255 265
54. T. M. Horm J. A. Schroeder Cell Adh. Migr. 2013 7 187 198
55. Q. Shen J. J. Rahn J. Zhang N. Gunasekera X. Sun A. R. E. Shaw M. J. Hendzel P. Hoffman A. Bernier J. C. Hugh Mol. Cancer Res. 2008 6 555 567
56. P. K. Singh M. A. Hollingsworth Trends Cell Biol. 2006 16 467 476
57. M. Yamamoto A. Bharti Y. Li D. Kufe J. Biol. Chem. 1997 272 12492 12494
58. J. A. Schroeder M. C. Adriance M. C. Thompson T. D. Camenisch S. J. Gendler Oncogene 2003 22 1324 1332
59. M. C. Beckerle BioEssays 1997 19 949 957
60. R. Zaidel-Bar C. Ballestrem Z. Kam B. Geiger J. Cell Sci. 2003 116 4605 4613
61. H. Hirata H. Tatsumi M. Sokabe J. Cell Sci. 2008 121 2795 2804
62. J. Fradelizi V. Noireaux J. Plastino B. Menichi D. Louvard C. Sykes R. M. Golsteyn E. Friederich Nat. Cell Biol. 2001 3 699 707
63. E. J. van der Gaag M.-T. Leccia S. K. Dekker N. L. Jalbert D. M. Amodeo H. R. Byers J. Invest. Dermatol. 2002 118 246 254