Chemoproteomic profiling of lysine acetyltransferases highlights an expanded landscape of catalytic acetylation

Journal of the American Chemical Society

Volumn 136, Issue 24, 2014, Pages 8669-8676

  Montgomery, David C ^a   Sorum, Alexander W ^a   Meier, Jordan L ^a  

^a NATIONAL CANCER INSTITUTE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACETYLATION; AMINO ACIDS; GENE EXPRESSION;

ACETYLTRANSFERASES; CELLULAR FUNCTION; CHEMICAL AFFINITIES; COVALENT LABELING; FUTURE APPLICATIONS; HUMAN GENOMES; MULTI-PROTEIN COMPLEX; SELECTIVITY AND SENSITIVITY;

PROBES;

ACYLTRANSFERASE; LYSINE ACETYLTRANSFERASE; UNCLASSIFIED DRUG; LYSINE;

ACETYLATION; ARTICLE; CATALYSIS; CELL FUNCTION; ENZYME ACTIVITY; ENZYME ANALYSIS; ENZYME INHIBITION; GENE EXPRESSION REGULATION; HELA CELL LINE; LIQUID CHROMATOGRAPHY; METABOLIC REGULATION; PROTEOMICS; TANDEM MASS SPECTROMETRY; ANTAGONISTS AND INHIBITORS; BIOCATALYSIS; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; HUMAN; METABOLISM; TUMOR CELL CULTURE;

ACETYLATION; ACETYLTRANSFERASES; BIOCATALYSIS; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; HELA CELLS; HUMANS; LYSINE; MOLECULAR STRUCTURE; PROTEOMICS; TANDEM MASS SPECTROMETRY; TUMOR CELLS, CULTURED;

EID: 84902682678     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja502372j     Document Type: Article

References (56)

1. Pogo, B. G.; Allfrey, V. G.; Mirsky, A. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1966, 55, 805
2. Dey, A.; Chitsaz, F.; Abbasi, A.; Misteli, T.; Ozato, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 8758
3. Schwer, B.; Bunkenborg, J.; Verdin, R. O.; Andersen, J. S.; Verdin, E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 10224
4. Lin, R.; Tao, R.; Gao, X.; Li, T.; Zhou, X.; Guan, K. L.; Xiong, Y.; Lei, Q. Y. Mol. Cell 2013, 51, 506
5. Yang, X. J. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 959
6. Huntly, B. J.; Shigematsu, H.; Deguchi, K.; Lee, B. H.; Mizuno, S.; Duclos, N.; Rowan, R.; Amaral, S.; Curley, D.; Williams, I. R.; Akashi, K.; Gilliland, D. G. Cancer Cell 2004, 6, 587
7. Dawson, M. A.; Kouzarides, T. Cell 2012, 150, 12
8. Choudhary, C.; Kumar, C.; Gnad, F.; Nielsen, M. L.; Rehman, M.; Walther, T. C.; Olsen, J. V.; Mann, M. Science 2009, 325, 834
9. Zhao, S.; Xu, W.; Jiang, W.; Yu, W.; Lin, Y.; Zhang, T.; Yao, J.; Zhou, L.; Zeng, Y.; Li, H.; Li, Y.; Shi, J.; An, W.; Hancock, S. M.; He, F.; Qin, L.; Chin, J.; Yang, P.; Chen, X.; Lei, Q.; Xiong, Y.; Guan, K. L. Science 2010, 327, 1000
10. Liu, Z.; Cao, J.; Gao, X.; Zhou, Y.; Wen, L.; Yang, X.; Yao, X.; Ren, J.; Xue, Y. Nucleic Acids Res. 2011, 39, D1029
11. Arrowsmith, C. H.; Bountra, C.; Fish, P. V.; Lee, K.; Schapira, M. Nat. Rev. Drug Discovery 2012, 11, 384
12. Lee, K. K.; Workman, J. L. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2007, 8, 284
13. Thompson, P. R.; Wang, D.; Wang, L.; Fulco, M.; Pediconi, N.; Zhang, D.; An, W.; Ge, Q.; Roeder, R. G.; Wong, J.; Levrero, M.; Sartorelli, V.; Cotter, R. J.; Cole, P. A. Nat. Struct. Mol. Biol. 2004, 11, 308
14. Cai, L.; Sutter, B. M.; Li, B.; Tu, B. P. Mol. Cell 2011, 42, 426
15. Wellen, K. E.; Hatzivassiliou, G.; Sachdeva, U. M.; Bui, T. V.; Cross, J. R.; Thompson, C. B. Science 2009, 324, 1076
16. Evans, M. J.; Cravatt, B. F. Chem. Rev. 2006, 106, 3279
17. Salisbury, C. M.; Cravatt, B. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 1171
18. Bantscheff, M.; Hopf, C.; Savitski, M. M.; Dittmann, A.; Grandi, P.; Michon, A. M.; Schlegl, J.; Abraham, Y.; Becher, I.; Bergamini, G.; Boesche, M.; Delling, M.; Dumpelfeld, B.; Eberhard, D.; Huthmacher, C.; Mathieson, T.; Poeckel, D.; Reader, V.; Strunk, K.; Sweetman, G.; Kruse, U.; Neubauer, G.; Ramsden, N. G.; Drewes, G. Nat. Biotechnol. 2011, 29, 255
19. Yu, M.; de Carvalho, L. P.; Sun, G.; Blanchard, J. S. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 15356
20. Hwang, Y.; Thompson, P. R.; Wang, L.; Jiang, L.; Kelleher, N. L.; Cole, P. A. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46, 7621
21. Berndsen, C. E.; Albaugh, B. N.; Tan, S.; Denu, J. M. Biochemistry 2007, 46, 623
22. Lau, O. D.; Kundu, T. K.; Soccio, R. E.; Ait-Si-Ali, S.; Khalil, E. M.; Vassilev, A.; Wolffe, A. P.; Nakatani, Y.; Roeder, R. G.; Cole, P. A. Mol. Cell 2000, 5, 589
23. Zheng, Y.; Balasubramanyam, K.; Cebrat, M.; Buck, D.; Guidez, F.; Zelent, A.; Alani, R. M.; Cole, P. A. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 17182
24. Xie, N.; Elangwe, E. N.; Asher, S.; Zheng, Y. G. Bioconjugate Chem. 2009, 20, 360
25. Wu, J.; Xie, N.; Wu, Z.; Zhang, Y.; Zheng, Y. G. Bioorg. Med. Chem. 2009, 17, 1381
26. Speers, A. E.; Cravatt, B. F. Chem. Biol. 2004, 11, 535
27. Dorman, G.; Prestwich, G. D. Biochemistry 1994, 33, 5661
28. Sieber, S. A.; Niessen, S.; Hoover, H. S.; Cravatt, B. F. Nat. Chem. Biol. 2006, 2, 274
29. Leung, D.; Hardouin, C.; Boger, D. L.; Cravatt, B. F. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 687
30. Balasubramanyam, K.; Altaf, M.; Varier, R. A.; Swaminathan, V.; Ravindran, A.; Sadhale, P. P.; Kundu, T. K. J. Biol. Chem. 2004, 279, 33716
31. Bowers, E. M.; Yan, G.; Mukherjee, C.; Orry, A.; Wang, L.; Holbert, M. A.; Crump, N. T.; Hazzalin, C. A.; Liszczak, G.; Yuan, H.; Larocca, C.; Saldanha, S. A.; Abagyan, R.; Sun, Y.; Meyers, D. J.; Marmorstein, R.; Mahadevan, L. C.; Alani, R. M.; Cole, P. A. Chem. Biol. 2010, 17, 471
32. Lin, H.; Su, X.; He, B. ACS Chem. Biol. 2012, 7, 947
33. Albaugh, B. N.; Arnold, K. M.; Denu, J. M. ChemBioChem 2011, 12, 290
34. Leemhuis, H.; Packman, L. C.; Nightingale, K. P.; Hollfelder, F. ChemBioChem 2008, 9, 499
35. Martinez, E.; Palhan, V. B.; Tjernberg, A.; Lymar, E. S.; Gamper, A. M.; Kundu, T. K.; Chait, B. T.; Roeder, R. G. Mol. Cell. Biol. 2001, 21, 6782
36. Carlson, D. A.; Franke, A. S.; Weitzel, D. H.; Speer, B. L.; Hughes, P. F.; Hagerty, L.; Fortner, C. N.; Veal, J. M.; Barta, T. E.; Zieba, B. J.; Somlyo, A. V.; Sutherland, C.; Deng, J. T.; Walsh, M. P.; MacDonald, J. A.; Haystead, T. A. ACS Chem. Biol. 2013, 8, 2715
37. Bachovchin, D. A.; Brown, S. J.; Rosen, H.; Cravatt, B. F. Nat. Biotechnol. 2009, 27, 387
38. Patricelli, M. P.; Szardenings, A. K.; Liyanage, M.; Nomanbhoy, T. K.; Wu, M.; Weissig, H.; Aban, A.; Chun, D.; Tanner, S.; Kozarich, J. W. Biochemistry 2007, 46, 350
39. Sadler, N. C.; Angel, T. E.; Lewis, M. P.; Pederson, L. M.; Chauvigne-Hines, L. M.; Wiedner, S. D.; Zink, E. M.; Smith, R. D.; Wright, A. T. PLoS One 2012, 7, e47996
40. George Cisar, E. A.; Nguyen, N.; Rosen, H. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 4676
41. Fu, D.; Collins, K. Mol. Cell 2007, 28, 773
42. Larrieu, D.; Britton, S.; Demir, M.; Rodriguez, R.; Jackson, S. P. Science 2014, 344, 527
43. Pimenta-Marques, A.; Tostoes, R.; Marty, T.; Barbosa, V.; Lehmann, R.; Martinho, R. G. Dev. Biol. 2008, 323, 197
44. Hou, F.; Chu, C. W.; Kong, X.; Yokomori, K.; Zou, H. J. Cell Biol. 2007, 177, 587
45. Hou, F.; Chu, C. W.; Kong, X.; Yokomori, K.; Zou, H. J. Cell Biol. 2007, 177, 587
46. Foyn, H.; Jones, J. E.; Lewallen, D.; Narawane, R.; Varhaug, J. E.; Thompson, P. R.; Arnesen, T. ACS Chem. Biol. 2013, 8, 1121
47. Evjenth, R.; Hole, K.; Karlsen, O. A.; Ziegler, M.; Arnesen, T.; Lillehaug, J. R. J. Biol. Chem. 2009, 284, 31122
48. Butkinaree, C.; Cheung, W. D.; Park, S.; Park, K.; Barber, M.; Hart, G. W. J. Biol. Chem. 2008, 283, 23557
49. Sheppard, H. M.; Harries, J. C.; Hussain, S.; Bevan, C.; Heery, D. M. Mol. Cell. Biol. 2001, 21, 39
50. Jessani, N.; Niessen, S.; Wei, B. Q.; Nicolau, M.; Humphrey, M.; Ji, Y.; Han, W.; Noh, D. Y.; Yates, J. R., 3rd; Jeffrey, S. S.; Cravatt, B. F. Nat. Methods 2005, 2, 691
51. Bantscheff, M.; Eberhard, D.; Abraham, Y.; Bastuck, S.; Boesche, M.; Hobson, S.; Mathieson, T.; Perrin, J.; Raida, M.; Rau, C.; Reader, V.; Sweetman, G.; Bauer, A.; Bouwmeester, T.; Hopf, C.; Kruse, U.; Neubauer, G.; Ramsden, N.; Rick, J.; Kuster, B.; Drewes, G. Nat. Biotechnol. 2007, 25, 1035
52. Candiano, G.; Bruschi, M.; Musante, L.; Santucci, L.; Ghiggeri, G. M.; Carnemolla, B.; Orecchia, P.; Zardi, L.; Righetti, P. G. Electrophoresis 2004, 25, 1327
53. Fanslau, C.; Pedicord, D.; Nagulapalli, S.; Gray, H.; Pang, S.; Jayaraman, L.; Lippy, J.; Blat, Y. Anal. Biochem. 2010, 402, 65
54. Trievel, R. C.; Li, F. Y.; Marmorstein, R. Anal. Biochem. 2000, 287, 319
55. Sievers, F.; Wilm, A.; Dineen, D.; Gibson, T. J.; Karplus, K.; Li, W.; Lopez, R.; McWilliam, H.; Remmert, M.; Soding, J.; Thompson, J. D.; Higgins, D. G. Mol. Syst. Biol. 2011, 7, 539
56. Bingham, J.; Sudarsanam, S. Bioinformatics 2000, 16, 660