Middle-down analysis of monoclonal antibodies with electron transfer dissociation orbitrap fourier transform mass spectrometry

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 6, 2014, Pages 3005-3012

  Fornelli, Luca ^a   Ayoub, Daniel ^a   Aizikov, Konstantin ^b   Beck, Alain ^c   Tsybin, Yury O ^a  

^a EPFL   (Switzerland)

^b THERMO FISHER SCIENTIFIC   (Germany)

^c Centre d'Immunologie Pierre Fabre   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; DISSOCIATION; ELECTRON TRANSITIONS; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; MONOCLONAL ANTIBODIES;

COMPLEMENTARITY-DETERMINING REGIONS; CURRENT PERFORMANCE; ELECTRON-TRANSFER DISSOCIATION; FOURIER TRANSFORM MASS SPECTROMETERS; FOURIER TRANSFORM MASS SPECTROMETRY; PROTEOLYTIC FRAGMENTS; REVERSED-PHASE LIQUID CHROMATOGRAPHY; STREPTOCOCCUS PYOGENES;

QUALITY CONTROL;

MONOCLONAL ANTIBODY;

AMINO ACID SEQUENCE; CHEMISTRY; ELECTRON TRANSPORT; FOURIER ANALYSIS; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR GENETICS; PROCEDURES; STREPTOCOCCUS PYOGENES;

AMINO ACID SEQUENCE; ANTIBODIES, MONOCLONAL; ELECTRON TRANSPORT; FOURIER ANALYSIS; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR SEQUENCE DATA; STREPTOCOCCUS PYOGENES;

EID: 84896536985     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac4036857     Document Type: Article

References (38)

1. Walsh, G. Nat. Biotechnol. 2010, 28, 917-924
2. Debaene, F.; Wagner-Rousset, E.; Colas, O.; Ayoub, D.; Corvaia, N.; Van Dorsselaer, A.; Beck, A.; Cianferani, S. Anal. Chem. 2013, 85, 9785-9792
3. Beck, A.; Wagner-Rousset, E.; Ayoub, D.; Van Dorsselaer, A.; Sanglier-Cianferani, S. Anal. Chem. 2013, 85, 715-736
4. Beck, A.; Diemer, H.; Ayoub, D.; Debaene, F.; Wagner-Rousset, E.; Carapito, C.; Van Dorsselaer, A.; Sanglier-Cianférani, S. TrAC, Trends Anal. Chem. 2013, 48, 81-95
5. Weise, M.; Bielsky, M. C.; De Smet, K.; Ehmann, F.; Ekman, N.; Giezen, T. J.; Gravanis, I.; Heim, H. K.; Heinonen, E.; Ho, K.; Moreau, A.; Narayanan, G.; Kruse, N. A.; Reichmann, G.; Thorpe, R.; van Aerts, L.; Vleminckx, C.; Wadhwa, M.; Schneider, C. K. Blood 2012, 120, 5111-5117
6. Ayoub, D.; Jabs, W.; Resemann, A.; Evers, W.; Evans, C.; Main, L.; Baessmann, C.; Wagner, E.; Suckau, D.; Beck, A. mAbs 2013, 5, 699-710
7. Ren, D.; Pipes, G. D.; Liu, D. J.; Shih, L. Y.; Nichols, A. C.; Treuheit, M. J.; Brems, D. N.; Bondarenko, P. V. Anal. Biochem. 2009, 392, 12-21
8. Krokhin, O. V.; Antonovici, M.; Ens, W.; Wilkins, J. A.; Standing, K. G. Anal. Chem. 2006, 78, 6645-6650
9. Fornelli, L.; Parra, J.; Hartmer, R.; Stoermer, C.; Lubeck, M.; Tsybin, Y. O. Anal. Bioanal. Chem. 2013, 405, 8505-8514
10. Kellie, J. F.; Tran, J. C.; Lee, J. E.; Ahlf, D. R.; Thomas, H. M.; Ntai, I.; Catherman, A. D.; Durbin, K. R.; Zamdborg, L.; Vellaichamy, A.; Thomas, P. M.; Kelleher, N. L. Mol. Biosyst. 2010, 6, 1532-1539
11. Tran, J. C.; Zamdborg, L.; Ahlf, D. R.; Lee, J. E.; Catherman, A. D.; Durbin, K. R.; Tipton, J. D.; Vellaichamy, A.; Kellie, J. F.; Li, M. X.; Wu, C.; Sweet, S. M. M.; Early, B. P.; Siuti, N.; LeDuc, R. D.; Compton, P. D.; Thomas, P. M.; Kelleher, N. L. Nature 2011, 480, 254-U141
12. Syka, J. E. P.; Coon, J. J.; Schroeder, M. J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 9528-9533
13. Zubarev, R. A.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3265-3266
14. Zubarev, R. A.; Horn, D. M.; Fridriksson, E. K.; Kelleher, N. L.; Kruger, N. A.; Lewis, M. A.; Carpenter, B. K.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 2000, 72, 563-573
15. Tsybin, Y. O.; Fornelli, L.; Stoermer, C.; Luebeck, M.; Parra, J.; Nallet, S.; Wurm, F. M.; Hartmer, R. Anal. Chem. 2011, 83, 8919-8927
16. Mao, Y.; Valeja, S. G.; Rouse, J. C.; Hendrickson, C. L.; Marshall, A. G. Anal. Chem. 2013, 85, 4239-4246
17. Fornelli, L.; Damoc, E.; Thomas, P. M.; Kelleher, N. L.; Aizikov, K.; Denisov, E.; Makarov, A.; Tsybin, Y. O. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, 1758-1767
18. Zhang, Z.; Pan, H.; Chen, X. Mass Spectrom. Rev. 2009, 28, 147-176
19. Yan, B.; Valliere-Douglass, J.; Brady, L.; Steen, S.; Han, M.; Pace, D.; Elliott, S.; Yates, Z.; Han, Y.; Balland, A.; Wang, W.; Pettit, D. J. Chromatogr., A 2007, 1164, 153-161
20. Gadgil, H. S.; Bondarenko, P. V.; Pipes, G. D.; Dillon, T. M.; Banks, D.; Abel, J.; Kleemann, G. R.; Treuheit, M. J. Anal. Biochem. 2006, 355, 165-174
21. Gadgil, H. S.; Bondarenko, P. V.; Pipes, G.; Rehder, D.; McAuley, A.; Perico, N.; Dillon, T.; Ricci, M.; Treuheit, M. J. Pharm. Sci. 2007, 96, 2607-2621
22. Chevreux, G.; Tilly, N.; Bihoreau, N. Anal. Biochem. 2011, 415, 212-214
23. Ryan, M. H.; Petrone, D.; Nemeth, J. F.; Barnathan, E.; Bjorck, L.; Jordan, R. E. Mol. Immunol. 2008, 45, 1837-1846
24. Wang, B.; Gucinski, A. C.; Keire, D. A.; Buhse, L. F.; Boyne, M. T. Analyst 2013, 138, 3058-3065
25. Michalski, A.; Damoc, E.; Lange, O.; Denisov, E.; Nolting, D.; Muller, M.; Viner, R.; Schwartz, J.; Remes, P.; Belford, M.; Dunyach, J. J.; Cox, J.; Horning, S.; Mann, M.; Makarov, A. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, O111 013698
26. Boyd, D.; Kaschak, T.; Yan, B. J. Chromatogr., B 2011, 879, 955-960
27. Teshima, G.; Li, M. X.; Danishmand, R.; Obi, C.; To, R.; Huang, C.; Kung, J.; Lahidji, V.; Freeberg, J.; Thorner, L.; Tomic, M. J. Chromatogr., A 2011, 1218, 2091-2097
28. Kuo, T. T.; Aveson, V. G. mAbs 2011, 3, 422-430
29. Rosati, S.; Rose, R. J.; Thompson, N. J.; van Duijn, E.; Damoc, E.; Denisov, E.; Makarov, A.; Heck, A. J. Angew. Chem. 2012, 51, 12992-12996
30. Senko, M. W.; Canterbury, J. D.; Guan, S.; Marshall, A. G. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1996, 10, 1839-1844
31. Zamdborg, L.; LeDuc, R. D.; Glowacz, K. J.; Kim, Y. B.; Viswanathan, V.; Spaulding, I. T.; Early, B. P.; Bluhm, E. J.; Babai, S.; Kelleher, N. L. Nucleic Acids Res. 2007, 35, W701-W706
32. Nallet, S.; Fornelli, L.; Schmitt, S.; Parra, J.; Baldi, L.; Tsybin, Y. O.; Wurm, F. M. New Biotechnol. 2012, 29, 471-476
33. Senko, M. W.; Beu, S. C.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 229-233
34. Chen, Y. F.; Chang, C. A.; Lin, Y. H.; Tsay, Y. G. Anal. Biochem. 2013, 440, 108-113
35. Rose, C.; Russell, J.; Ledvina, A.; McAlister, G.; Westphall, M.; Griep-Raming, J.; Schwartz, J.; Coon, J.; Syka, J. P. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2013, 24, 816-827
36. Earley, L.; Anderson, L. C.; Bai, D. L.; Mullen, C.; Syka, J. E. P.; English, A. M.; Dunyach, J.-J.; Stafford, G. C.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F.; Compton, P. D. Anal. Chem. 2013, 85, 8385-8390
37. Olsen, J. V.; Macek, B.; Lange, O.; Makarov, A.; Horning, S.; Mann, M. Nat. Methods 2007, 4, 709-712
38. Zhang, J.; Liu, H.; Katta, V. J. Mass Spectrom. 2010, 45, 112-120