Top-down structural analysis of an intact monoclonal antibody by electron capture dissociation-fourier transform ion cyclotron resonance-mass spectrometry

Analytical Chemistry

Volumn 85, Issue 9, 2013, Pages 4239-4246

  Mao, Yuan ^a   Valeja, Santosh G ^a   Rouse, Jason C ^b   Hendrickson, Christopher L ^a,c   Marshall, Alan G ^a,c  

^a FLORIDA STATE UNIVERSITY   (United States)

^b PFIZER INC   (United States)

^c FLORIDA STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COLLISION-INDUCED DISSOCIATION; ELECTRON CAPTURE DISSOCIATION; ELECTRON-TRANSFER DISSOCIATION; FOURIER TRANSFORM ION CYCLOTRON RESONANCE; HEAVY AND LIGHT CHAINS; INTERCHAIN DISULFIDE BONDS; QUADRUPOLE-TIME OF FLIGHTS; STRUCTURAL CHARACTERIZATION;

COVALENT BONDS; ELECTRON CYCLOTRON RESONANCE; MASS SPECTROMETRY; MONOCLONAL ANTIBODIES; STRUCTURAL ANALYSIS;

DISSOCIATION;

MONOCLONAL ANTIBODY;

ARTICLE; ELECTRON; FOURIER ANALYSIS; MASS SPECTROMETRY; PROTEIN CONFORMATION;

ANTIBODIES, MONOCLONAL; ELECTRONS; FOURIER ANALYSIS; MASS SPECTROMETRY; PROTEIN CONFORMATION;

EID: 84877328542     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac303525n     Document Type: Article

References (72)

1. Adams, G. P.; Weiner, L. M. Nat. Biotechnol. 2005, 23, 1147-1157
2. Ludwig, D. L.; Pereira, D. S.; Zhu, Z.; Hicklin, D.; Bohlen, P. Oncogene 2003, 22, 9097-9106
3. Zhang, Z.; Pan, H.; Chen, X. Mass Spectrom. Rev. 2009, 28, 147-176
4. Dillon, T. M.; Bondarenko, P. V.; Ricci, M. S. J. Chromatogr., A 2004, 1053, 299-305
5. Gadgil, H. S.; Pipes, G. D.; Dillon, T. M.; Treuheit, M. J.; Bondarenko, P. V. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006, 17, 867-872
6. Liu, H.; Gaza-Bulseco, G.; Faldu, D.; Chumsae, C.; Sun, J. J. Pharm. Sci. 2008, 97, 2426-2447
7. Mukherjee, R.; Adhikary, L.; Khedkar, A.; Iyer, H. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2010, 24, 879-884
8. Srebalus Barnes, C. A.; Lim, A. Mass Spectrom. Rev. 2007, 26, 370-388
9. Wang, L.; Amphlett, G.; Lambert, J. M.; Blattler, W.; Zhang, W. Pharm. Res. 2005, 22, 1338-1349
10. Wang, W.; Singh, S.; Zeng, D. L.; King, K.; Nema, S. J. Pharm. Sci. 2007, 96, 1-26
11. Beck, A.; Wagner-Rousset, E.; Ayoub, D.; Dorsselaer, A. V.; Sanglier-Cianférani, S. Anal. Chem. 2013, 85, 715-736
12. Lim, A.; Bogan, A. R.; Harmon, B. J. Anal. Biochem. 2008, 375, 163-172
13. Hansen, R.; Dickson, A. J.; Goodacre, R.; Stephens, G. M.; Sellick, C. A. Biotechnol. Bioeng. 2010, 107, 902-908
14. Mohr, J.; Swart, R.; Samonig, M.; Bohm, G.; Huber, C. Proteomics 2010, 10, 3598-3609
15. Zhang, J.; Liu, H.; Katta, V. J. Mass Spectrom. 2010, 45, 112-120
16. Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2004, 76, 196 A-203 A
17. Kelleher, N. L.; Lin, H. Y.; Valaskovic, G. A.; Aaserud, D. J.; Fridriksson, E. K.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 806-812
18. McLafferty, F. W.; Fridriksson, E. K.; Horn, D. M.; Lewis, M. A.; Zubarev, R. A. Science 1999, 284, 1289-1290
19. Parks, B. A.; Jiang, L.; Thomas, P. M.; Wenger, C. D.; Roth, M. J.; Boyne, M. T.; Burke, P. V.; Kwast, K. E.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2007, 79, 7984-7991
20. Tran, J. C.; Zamdborg, L.; Ahlf, D. R.; Lee, J. E.; Catherman, A. D.; Durbin, K. R.; Tipton, J. D.; Vellaichamy, A.; Kellie, J. F.; Li, M.; Wu, C.; Sweet, S. M.; Early, B. P.; Siuti, N.; Leduc, R. D.; Campton, P. D.; Thomas, P. M.; Kelleher, N. L. Nature 2011, 480, 254-258
21. Zhang, Z.; Shah, B. Anal. Chem. 2007, 79, 5723-5729
22. Bondarenko, P. V.; Second, T. P.; Zabrouskov, V.; Makarov, A. A.; Zhang, Z. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 1415-1424
23. Forbes, A. J.; Mazur, M. T.; Patel, H. M.; Walsh, C. T.; Kelleher, N. L. Proteomics 2001, 1, 927-933
24. Zubarev, R. A.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3265-3266
25. Syka, J. E. P.; Coon, J. J.; Schroeder, M. J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 9528-9533
26. Cooper, H. J.; HaÌŠkansson, K.; Marshall, A. G. Mass Spectrom. Rev. 2005, 24, 201-222
27. Kruger, N. A.; Zubarev, R. A.; Horn, D. M.; McLafferty, F. W. Int. J. Mass Spectrom. 1999, 185-187, 787-793
28. Nair, S. S.; Nilsson, C. L.; Emmett, M. R.; Schaub, T. M.; Gowd, K. H.; Thakur, S. S.; Krishnan, K. S.; Balaram, P.; Marshall, A. G. Anal. Chem. 2006, 78, 8082-8088
29. Sze, S. K.; Ge, Y.; Oh, H.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2002, 99, 1774-1779
30. Tsybin, Y. O.; Witt, M.; Baykut, G.; Hakansson, P. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004, 18, 1607-1613
31. Zubarev, R. A. Mass Spectrom. Rev. 2003, 22, 57-77
32. Laskin, J.; Futrell, J. H. Mass Spectrom. Rev. 2003, 22, 158-181
33. Senko, M. W.; Speir, J. P.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 1994, 66, 2801-2808
34. Little, D. P.; Speir, J. P.; Senko, M. W.; O'Connor, P. B.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 1994, 66, 2809-2815
35. Tsybin, Y. O.; Fornelli, L.; Stoermer, C.; Lubeck, M.; Parra, J.; Nallet, S.; Wurm, F. M.; Hartmer, R. Anal. Chem. 2011, 83, 8919-8927
36. Fornelli, L.; Damoc, E.; Thomas, P. M.; Kelleher, N. L.; Aizikov, K.; Denisov, E.; Makarov, A.; Tsybin, Y. O. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, 1758-1767
37. Bogdanov, B.; Smith, R. D. Mass Spectrom. Rev. 2005, 24, 168-200
38. Ge, Y.; ElNaggar, M.; Sze, S. K.; Oh, H. B.; Begley, T. P.; McLafferty, F. W.; Boshoff, H.; Barry, C. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003, 14, 253-261
39. Ge, Y.; Lawhorn, B. G.; ElNaggar, M.; Strauss, E.; Park, J. H.; Begley, T. P.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 672-678
40. Kaplan, D. A.; Hartmer, R.; Speir, J. P.; Stoermer, C.; Gumerov, D.; Easterling, M. L.; Brekenfeld, A.; Kim, T.; Laukien, F.; Park, M. A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2008, 22, 271-278
41. Leymarie, N.; Berg, E. A.; McComb, M. E.; O'Connor, P. B.; Grogan, J.; Oppenheim, F. G.; Costello, C. E. Anal. Chem. 2002, 74, 4124-4132
42. Marshall, A. G.; Hendrickson, C. L.; Jackson, G. S. Mass Spectrom. Rev. 1998, 17, 1-35
43. McFarland, M. A.; Chalmers, M. J.; Quinn, J. P.; Hendrickson, C. L.; Marshall, A. G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 1060-1066
44. Tsybin, Y. O.; Quinn, J. P.; Tsybin, O. Y.; Hendrickson, C. L.; Marshall, A. G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19, 762-771
45. Ge, Y.; Rybakova, I. N.; Xu, Q.; Moss, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2009, 106, 12658-12663
46. Zhang, H.; Cui, W.; Wen, J.; Blankenship, R. E.; Gross, M. L. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 1966-1968
47. Zhang, H.; Cui, W.; Wen, J.; Blankenship, R. E.; Gross, M. L. Anal. Chem. 2011, 83, 5598-5606
48. Valeja, S. G.; Kaiser, N. K.; Xian, F.; Hendrickson, C. L.; Rouse, J. C.; Marshall, A. G. Anal. Chem. 2011, 83, 8391-8395
49. Kelleher, N. L.; Senko, M. W.; Siegel, M. M.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1997, 8, 380-383
50. Kaiser, N. K.; Quinn, J. P.; Blakney, G. T.; Hendrickson, C. L.; Marshall, A. G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2011, 22, 1343-1351
51. Blakney, G. T.; Hendrickson, C. L.; Marshall, A. G. Int. J. Mass Spetrom. 2011, 306, 246-252
52. Emmett, M. R.; White, F. M.; Hendrickson, C. L.; Shi, S. D. H.; Marshall, A. G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1998, 9, 333-340
53. Häkansson, K.; Chalmers, M. J.; Quinn, J. P.; McFarland, M. A.; Hendrickson, C. L.; Marshall, A. G. Anal. Chem. 2003, 75, 3256-3263
54. Tsybin, Y. O.; He, H.; Emmett, M. R.; Hendrickson, C. L.; Marshall, A. G. Anal. Chem. 2007, 79, 7596-7602
55. Tsybin, Y. O.; Hendrickson, C. L.; Beu, S. C.; Marshall, A. G. Int. J. Mass Spectrom. 2006, 255-256, 144-149
56. Ledford, E. B., Jr.; Rempel, D. L.; Gross, M. L. Anal. Chem. 1984, 56, 2744-2748
57. Shi, S. D. H.; Drader, J. J.; Freitas, M. A.; Hendrickson, C. L.; Marshall, A. G. Int. J. Mass Spectrom. 2000, 195-196, 591-598
58. Horn, D. M.; Zubarev, R. A.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000, 11, 320-332
59. Zamdborg, L.; LeDuc, R. D.; Kevin, J. G.; Kim, Y. B.; Viswanathan, V.; Spaulding, I. T.; Early, B. P.; Bluhm, E. J.; Babai, S.; Kelleher, N. L. Nucleic Acids Res. 2007, 35, W701-W706
60. Jefferis, R. Biotechnol. Prog. 2005, 21, 11-16
61. Takahashi, N.; Ishii, I.; Ishihara, H.; Mori, M.; Tejima, S.; Jefferis, R.; Endo, S.; Arata, Y. Biochemistry 1987, 26, 1137-1144
62. Horn, D. M.; Ge, Y.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 2000, 72, 4778-4784
63. Zabrouskov, V.; Whitelegge, J. P. J. Proteome Res. 2007, 6, 2205-2210
64. Compton, P. D.; Zamdborg, L.; Thomas, P. M.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2011, 83, 6868-6874
65. Liu, H. C.; Hakansson, K. J. Am. Soc. Spectrom. 2007, 18, 2007-2013
66. Mao, Y.; Tipton, J. D.; Blakney, G. T.; Hendrickson, C. L.; Marshall, A. G. Anal. Chem. 2011, 83, 8024-8028
67. Xian, F.; Hendrickson, C. L.; Blakney, G. T.; Beu, S. C.; Marshall, A. G. Anal. Chem. 2010, 82, 8807-8812
68. Breuker, K.; Jin, M.; Han, X.; Jiang, H.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19, 1045-1053
69. Kabat, E. A.; Wu, T. T.; Perry, H. M.; Gottesman, K. S.; Foeller, C. Sequences of Proteins of Immunological Interest; NIH publication no. 91-3242 U.S. Department of Health and Human Services: Bethesda, Maryland, 1991.
70. Tipton, J. D.; Tran, J. C.; Catherman, A. D.; Ahlf, D. R.; Durbin, K. R.; Lee, J. E.; Kellie, J. F.; Kelleher, N. L.; Hendrickson, C. L.; Marshall, A. G. Anal. Chem. 2012, 84, 2111-2117
71. Kellie, J. F.; Catherman, A. D.; Durbin, K. R.; Tran, J. C.; Tipton, J. D.; Norris, J. L.; Witkowski, C. E.; Thomas, P. M.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2012, 84, 209-215
72. Han, X. M.; Jin, M.; Breuker, K.; McLafferty, F. W. Science 2006, 314, 109-112