Construction and characterization of Cy3- or Cy5-conjugated hairpin pyrrole-imidazole polyamides binding to DNA in the nucleosome

Biomaterials Science

Volumn 2, Issue 3, 2014, Pages 297-307

  Han, Yong Woon ^a,b   Tsunaka, Yasuo ^a,b   Yokota, Hiroaki ^a   Matsumoto, Tomoko ^a,c   Kashiwazaki, Gengo ^d   Morinaga, Hironobu ^d   Hashiya, Kaori ^d   Bando, Toshikazu ^d   Sugiyama, Hiroshi ^a,b,d   Harada, Yoshie ^a  

^a KYOTO UNIVERSITY   (Japan)

^b JAPAN SCIENCE AND TECHNOLOGY AGENCY   (Japan)

^c DOSHISHA WOMEN'S COLLEGE OF LIBERAL ARTS   (Japan)

^d KYOTO UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CYANINE DYES; DYNAMIC INTERACTION; FLUORESCENCE INTENSITIES; METHYLIMIDAZOLE; N-METHYLPYRROLES; PROTEIN-DNA COMPLEXES; PYRROLE-IMIDAZOLE POLYAMIDES; RESONANCE ENERGY TRANSFER;

ENERGY TRANSFER; FLUORESCENCE; ORGANIC POLYMERS; POLYAMIDES;

DNA;

1 METHYLIMIDAZOLE; 1 METHYLPYRROLE; CYANINE DYE; DNA FRAGMENT; POLYAMIDE;

ARTICLE; DNA BINDING; DNA HAIRPIN; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER; GENE TARGETING; NUCLEOSOME; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN DNA INTERACTION; SURFACE PLASMON RESONANCE;

EID: 84893319992     PISSN: 20474830     EISSN: 20474849     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3bm60202h     Document Type: Article

References (58)

1. P. B. Dervan B. S. Edelson Curr. Opin. Struct. Biol. 2003 13 284
2. P. B. Dervan A. T. Poulin-Kerstien E. J. Fechter B. S. Edelson Top. Curr. Chem. 2005 253 1
3. J. M. Turner S. E. Swalley E. E. Baird P. B. Dervan J. Am. Chem. Soc. 1998 120 6219
4. C. C. Wang U. Ellervik P. B. Dervan Bioorg. Med. Chem. 2001 9 653
5. J. M. Gottesfeld J. M. Turner P. B. Dervan Gene Expr. 2000 9 77
6. E. J. Fechter P. B. Dervan J. Am. Chem. Soc. 2003 125 8476
7. M. S. Murty H. Sugiyama Biol. Pharm. Bull. 2004 27 468
8. N. G. Nickols P. B. Dervan Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 10418
9. D. M. Chenoweth D. A. Harki J. W. Phillips C. Dose P. B. Dervan J. Am. Chem. Soc. 2009 131 7182
10. A. K. Mapp A. Z. Ansari M. Ptashne P. B. Dervan Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 3930
11. A. Z. Ansari A. K. Mapp D. H. Nguyen P. B. Dervan M. Ptashne Chem. Biol. 2001 8 583
12. P. S. Arora A. Z. Ansari T. P. Best M. Ptashne P. B. Dervan J. Am. Chem. Soc. 2002 124 13067
13. Y. Kwon H. D. Arndt Q. Mao Y. Choi Y. Kawazoe P. B. Dervan M. Uesugi J. Am. Chem. Soc. 2004 126 15940
14. T. Bando H. Sugiyama Acc. Chem. Res. 2006 39 935
15. T. Bando S. Sasaki M. Minoshima C. Dohno K. Shinohara A. Narita H. Sugiyama Bioconjugate Chem. 2006 17 715
16. S. Sasaki T. Bando M. Minoshima T. Shimizu K. Shinohara T. Takaoka H. Sugiyama J. Am. Chem. Soc. 2006 128 12162
17. M. Minoshima T. Bando S. Sasaki K. Shinohara T. Shimizu J. Fujimoto H. Sugiyama J. Am. Chem. Soc. 2007 129 5384
18. G. Kashiwazaki T. Bando K. Shinohara M. Minoshima H. Kumamoto S. Nishijima H. Sugiyama Bioorg. Med. Chem. 2010 18 2887
19. M. Minoshima T. Bando K. Shinohara G. Kashiwazaki S. Nishijima H. Sugiyama Bioorg. Med. Chem. 2010 18 1236
20. S. Park T. Bando K. Shinohara S. Nishijima H. Sugiyama Bioconjugate Chem. 2011 22 120
21. V. C. Rucker S. Foister C. Melander P. B. Dervan J. Am. Chem. Soc. 2003 125 1195
22. E. J. Fechter B. Olenyuk P. B. Dervan J. Am. Chem. Soc. 2005 127 16685
23. T. Bando J. Fujimoto M. Minoshima K. Shinohara S. Sasaki G. Kashiwazaki M. Mizumura H. Sugiyama Bioorg. Med. Chem. 2007 15 6937
24. J. Fujimoto T. Bando M. Minoshima G. Kashiwazaki S. Nishijima K. Shinohara H. Sugiyama Bioorg. Med. Chem. 2008 16 9741
25. T. Vaijayanthi T. Bando G. N. Pandian H. Sugiyama ChemBioChem 2012 13 2170
26. T. Vaijayanthi T. Bando K. Hashiya G. N. Pandian H. Sugiyama Bioorg. Med. Chem. 2013 21 852
27. K. Luger Curr. Opin. Genet. Dev. 2003 13 127
28. K. Ohta A. Nicolas M. Furuse A. Nabetani H. Ogawa T. Shibata Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 646
29. P. B. Becker W. Horz Annu. Rev. Biochem. 2002 71 247
30. C. R. Clapier B. R. Cairns Annu. Rev. Biochem. 2009 78 273
31. B. D. Price A. D. D'Andrea Cell 2013 152 1344
32. J. Gottesfeld C. Melander R. Suto H. Raviol K. Luger P. Dervan J. Mol. Biol. 2001 309 615
33. R. K. Suto R. S. Edayathumangalam C. L. White C. Melander J. M. Gottesfeld P. B. Dervan K. Luger J. Mol. Biol. 2003 326 371
34. R. S. Edayathumangalam P. Weyermann J. M. Gottesfeld P. B. Dervan K. Luger Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 6864
35. P. T. Lowary J. Widom J. Mol. Biol. 1998 276 19
36. M. Minoshima T. Bando S. Sasaki J. Fujimoto H. Sugiyama Nucleic Acids Res. 2008 36 2889
37. Y. Tsunaka J. Toga H. Yamaguchi S. Tate S. Hirose K. Morikawa J. Biol. Chem. 2009 284 24610
38. P. N. Dyer R. S. Edayathumangalam C. L. White Y. Bao S. Chakravarthy U. M. Muthurajan K. Luger Methods Enzymol. 2004 375 23
39. W. Zhang T. Bando H. Sugiyama J. Am. Chem. Soc. 2006 128 8766
40. Y. W. Han T. Matsumoto H. Yokota G. Kashiwazaki H. Morinaga K. Hashiya T. Bando Y. Harada H. Sugiyama Nucleic Acids Res. 2012 40 11510
41. Y. W. Han G. Kashiwazaki H. Morinaga T. Matsumoto K. Hashiya T. Bando Y. Harada H. Sugiyama Bioorg. Med. Chem. 2013 21 5436
42. P. Wu L. Brand Anal. Biochem. 1994 218 1
43. J. G. Yang T. S. Madrid E. Sevastopoulos G. J. Narlikar Nat. Struct. Mol. Biol. 2006 13 1078
44. T. R. Blosser J. G. Yang M. D. Stone G. J. Narlikar X. Zhuang Nature 2009 462 1022
45. M. G. Poirier E. Oh H. S. Tims J. Widom Nat. Struct. Mol. Biol. 2009 16 938
46. M. R. Duan M. J. Smerdon J. Biol. Chem. 2010 285 26295
47. Y. J. Park P. N. Dyer D. J. Tremethick K. Luger J. Biol. Chem. 2004 279 24274
48. K. S. Matthews Microbiol. Rev. 1992 56 123
49. R. Schleif Annu. Rev. Biochem. 1992 61 199
50. R. Craigie K. Mizuuchi Cell 1986 45 793
51. K. Adzuma K. Mizuuchi Cell 1989 57 41
52. D. C. van Gent K. Mizuuchi M. Gellert Science 1996 271 1592
53. A. Engelman K. Mizuuchi R. Craigie Cell 1991 67 1211
54. M. Heilemann R. Kasper P. Tinnefeld M. Sauer J. Am. Chem. Soc. 2006 128 16864
55. A. L. Benvin Y. Creeger G. W. Fisher B. Ballou A. S. Waggoner B. A. Armitage J. Am. Chem. Soc. 2007 129 2025
56. J. K. Hannestad P. Sandin B. Albinsson J. Am. Chem. Soc. 2008 130 15889
57. W. Su M. Schuster C. R. Bagshaw U. Rant G. A. Burley Angew. Chem., Int. Ed. 2011 50 2712
58. D. Vasudevan E. Y. Chua C. A. Davey J. Mol. Biol. 2010 403 1