Electrochemistry at the DNA/electrode interface: New approaches to nucleic acids biosensing

Bioinorganic Electrochemistry

Volumn , Issue , 2008, Pages 129-160

  Hill, Michael G ^a   Kelley, Shana O ^b  

^a OCCIDENTAL COLLEGE   (United States)

^b BOSTON COLLEGE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84885798418     PISSN: None     EISSN: None     Source Type: Book    
DOI: 10.1007/978-1-4020-6500-2_5     Document Type: Chapter

References (86)

1. Palecek, E., J. Mol. Biol. 1966, 20, 263.
2. Millan, K. M.; Mikkelsen, S. R., Anal. Chem. 1993, 65, 2317.
3. Millan, K. M.; Mikkelsen, S. R., Anal. Chem. 1994, 66, 2943.
4. Xu, X.-H.; Bard, A. J., J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 2627.
5. Wang, J.; Palecek, E.; Nielsen, P. E.; Rivas, G.; Cai, X.; Shiraishi, H.; Dontha, N.; Luo, D.; Farias, P. A. M., J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 7667.
6. Hashimoto, K.; Ito, K.; Ishimori, Y., Anal. Chim. Acta 1994, 286, 219.
7. Ju, H.-X.; Ye, Y. K.; Zhao, J.-H.; Zhu, Y.-L., Anal. Biochem. 2003, 313, 255.
8. Maruyama, K.; Mishima, Y.; Minagawa, K.; Motonaka, J., Anal. Chem. 2002, 74, 3698.
9. Steel, A. B.; Herne, T. M.; Tarlov, M. J., Anal. Chem. 1998, 70, 4670.
10. Steel, A. B.; Levicky, R. L.; Herne, T. M.; Tarlov, M. J., Biophys. J. 2000, 79, 975.
11. Lapierre, M. A.; O'Keefe, M. M.; Taft, B. J.; Kelley, S. O., Anal. Chem. 2003, 75, 6327.
12. Kelley, S. O.; Boon, E. M.; Barton, J. K.; Jackson, N. M.; Hill, M. G.; Nucl. Acids Res. 1999, 27, 4830-4837.
13. Boon, E. M.; Ceres, D. M.; Drummond, T. G.; Hill, M. G.; Barton, J. K., Nature Biotech. 2000, 18, 1096-1100.
14. Johnston, D. H.; Glasgow, K. C.; Thorp, H. H., J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 8933.
15. Ropp, P. A.; Thorp, H. H., Chem. Biol. 1999, 6, 599.
16. Armistead, P. M.; Thorp, H. H., Anal. Chem. 2000, 72, 3764.
17. Armistead, P. M.; Thorp, H. H., Bioconjugate Chem. 2002, 13, 172.
18. Holmberg, R. C.; Thorp, H. H., Anal. Chem. 2003, 75, 1851.
19. Li, J.; Ng, H. T.; Cassell, A.; Fan, W.; Chen, H.; Ye, Q.; Koehne, J.; Han, J.; Meyyappan, M., Nano Lett. 2003, 3, 597.
20. Wang J.; Cai X.; Rivas G.; Shiraishi, H.; Farias, P. A.; Dontha, N., Anal. Chem. 1996, 68, 2629.
21. Tarlov, M. J.; Steele, A. B. In Biomolecular Films: Design, Function, and Applications, Rusling, J. F., Ed., Marcel Dekker, Inc.: New York, 2003, Chap. 12, pp. 545-608.
22. Thorp, H. H., Trends Biotech. 1998, 16, 117.
23. Palecek, E.; Jelen, F., Crit. Rev. Anal. Chem. 2002, 32, 261.
24. Pividori, M. I.; Merkoçi, A.; Alegret, S., Biosens. Bioelect. 2000, 15, 291.
25. Wang, J., Anal. Chim. Acta 2002, 469, 63.
26. Drummond, T. G.; Hill, M. G.; Barton, J. K., Nat. Biotech. 2003, 21, 1192.
27. Murphy, L. Curr. Op. Chem. Biol. 2006, 10, 177.
28. Katz, E.; Willner, I., ChemPhysChem 2004, 5, 1085.
29. Yu, H.-Z.; Luo, C.-Y.; Sankar, C. G.; Sen, D., Anal. Chem. 2003, 75, 3902.
30. Anson, F. C.; Osteryoung, R. A., J. Chem. Ed. 1983, 60, 293.
31. Bard, A. J.; Faulkner, L. R., Electrochemical Methods: Fundamentals and Applications, John Wiley & Sons: New York, NY, 1980.
32. Connors, K. A. Binding Constants: The Measurement of Molecular Complex Stability, Wiley-Interscience: New York, NY, 1987.
33. Su, L.; Sen, D.; Yu, H.-Z., Analyst 2006, 131, 317.
34. Ceres, D.; Udit, A. K.; Hill, H. D.; Hill, M. G.; Barton, J. K., J. Phys. Chem. B 2007, 111, 663-668.
35. Heaton, R. J.; Peterson, A. W.; Georgiadis, R. M., Proc. Natl. Acad. Sci., U. S. A. 2001, 98, 3701.
36. Peterson, A. W.; Heaton, R. J.; Georgiadis, R. M., Nucleic Acids Res. 2001, 29, 5163.
37. Peterson, A. W.; Wolf, L. K.; Georgiadis, R. M., J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14601.
38. Blaser, M. J., J. Infect. Dis. 1990, 161, 626.
39. Versalovic, J.; Shortridge, D.; Kibler, K.; Griffy, M. V.; Beyer, J.; Flamm, R. K.; Tanaka, S. K.; Graham, D. Y.; Go, M. F., Antimicrob. Agents Chemother. 1996, 40, 477.
40. Kelley, S. O.; Jackson, N. M.; Hill, M. G.; Barton, J. K., Angew. Chem. Int. Ed. 1999, 38, 941.
41. Hartwich, G.; Caruana, D. J.; de Lumley-Woodyear, T.; Wu, Y.; Campbell, C. N.; Heller, A., J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 10803.
42. Jackson, N. M.; Hill, M. G., Curr. Op. Chem. Biol. 2001, 5, 209.
43. Kelley, S. O.; Barton, J. K.; Jackson, N. M.; Hill, M. G., Bioconj. Chem. 1997, 8, 31.
44. Kimura-Suda, H.; Petrovykh, D. Y.; Tarlov, M. J.; Whitman, L. J., J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 9014.
45. Poirier, G. E.; Pylant, E. D., Science 1996, 272, 1145.
46. Xu, S.; Liu, G.-Y., Langmuir 1997, 13, 127.
47. Xu, S.; Cruchon-Dupeyrat, S. J. N.; Garno, J. C.; Liu, G.-Y.; Jennings, G. K.; Yong, T.-H.; Laibinis, P. E., J. Chem. Phys. 1998, 108, 5002.
48. Boon, E. M.; Salas, J. E.; Barton, J. K., Nature Biotech. 2001, 20, 282.
49. Kelley, S. O.; Barton, J. K.; Jackson, N. M.; McPherson, L. D.; Potter, A. B.; Spain, E. M.; Allen, M. J.; Hill, M. G., Langmuir 1998, 14, 6781.
50. Boon, E. M.; Barton, J. K.; Sam, M.; Hill, M. G.; Spain, E. M., Langmuir 2001, 17, 5727.
51. SPM is considered to be a robust technique for accurate height measurement of features on a surface. See, for example: Lillehei, P. T.; Bottomley, L. A., Anal. Chem. 2000, 72, 189R.
52. Jackson, N. M.; McPherson, L. D.; Hill, M. G.; Spain, E. M., Unpublished results.
53. Rant, U.; Arinaga, K.; Fujita, S.; Yokoyama, N.; Abstreiter, G.; Tornow, M., Nano Lett. 2004, 4, 2441.
54. Ceres, D.; Barton, J. K., J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 14964.
55. Wierzbinski, E.; Arndt, J.; Hammond, W.; Slowinski, K., Langmuir 2006, 22, 2426.
56. Naegeli, R.; Redepenning, J.; Anson, F. C., J. Phys. Chem. 1986, 90, 6227.
57. Akkermans, R. P.; Roberts, S. L.; Marken, F.; Coles, B. A.; Wilkins, S. J.; Cooper, J. A.; Woodhouse, K. E.; Compton, R. G., J. Phys. Chem. 1999, 103, 9987.
58. Crothers, D. M., Biopolymers 1968, 6, 575.
59. Boon, E. M.; Barton, J. K.; Baghat, V.; Nersissian, M.; Wang, W.-D.; Hill, M. G., Langmuir, 2003, 19, 9255.
60. Bhugun, I.; Anson, F. C., J. Electroanal. Chem. 1997, 439, 1.
61. Bourdillon, C.; Demaille, C.; Moiroux, J.; Saveant, J.-M., J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2401.
62. Boon, E. M.; Wightman, M. D.; Kelley, S. O.; Hill, M. G.; Barton, J. K., J. Phys. Chem. B, 2003, 107, 11805.
63. Drummond, T. G.; Hill, M. G.; Barton, J. K., J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 15010.
64. Laviron, E., J. Electroanal. Chem. 1979, 101, 19.
65. Smalley, J. F.; Finklea, H. O.; Chidsey, C. E. D.; Linford, M. R.; Creager, S. E.; Ferrais, J. P.; Chalfant, K.; Zawodzinsk, T.; Feldberg, S. W.; Newton, M. D., J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 2004.
66. Niki, K.; Hardy, W. R.; Hill, M. G.; Li, H.; Sprinkel, J. R.; Margoliash, E.; Fujita, K.; Tanimura, R.; Nakamura, N.; Ohno, H.; Richars, J. H.; Gray, H. B., J. Phys. Chem. B 2003, 107, 9947.
67. Chi, Q. J.; Zhang, J.; Andersen, J. E. T.; Ulstrup, J., J. Phys. Chem. B 2001, 105, 4669.
68. Wang, A. H.-J.; Gao, Y.-G.; Liaw, Y.-C.; Li, Y.-K., Biochemistry 1991, 30, 3812.
69. Heller, A., Faraday Discuss. 2000, 116, 1.
70. Kittel, C., Introduction to Solid State Physics, 5th ed.; Wiley: New York, NY, 1976.
71. Boon, E. M.; Barton, J. K.; Pradeepkumar, P. I.; Isaksson, J.; Petit, C.; Chattopadhyay, J., Angew. Chem. Int. Ed. 2002, 41, 3402.
72. Friedman, K. A.; Heller, A., J. Phys. Chem. B 2001, 105, 11859.
73. De Lumley-Woodyear, T,; Campbell, C. N.; Heller, A., J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 5504.
74. Campbell, C. N.; Gal, D.; Cristler, N.; Banditrat, C.; Heller, A., Anal. Chem. 2002, 74, 158.
75. Wang, J.; Liu, G.; Merkoci, A., J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 3214.
76. Jovanovic, S. V.; Simic, M. G., J. Phys. Chem. 1986, 90, 974.
77. Ozkan, D.; Erdem, A.; Kara, P.; Kerman, K.; Meric, B.; Hassmann, J.; Ozsoz, M., Anal. Chem. 2002, 74, 5931.
78. Asbury, C. L.; van den Engh, G., Biophys. J. 1998, 74, 1024.
79. Deamer, D. W.; Branton, D., Acc. Chem. Res. 2002, 35, 817.
80. Chen, C.-H.; Peng, E.-H., Appl. Phys. Lett. 2003, 82, 1308.
81. Park, S.-J.; Taton, T. A.; Mirkin, C. A., Science 2002, 295, 1503.
82. Fink, H. W.; Schonenberger, C., Nature 1999, 398, 407.
83. Porath, D.; Bezryadin, A.; de Vries, S.; Dekker, C., Nature 2000, 403, 635.
84. De Pablo, P. J.; Moreno-Herrero, F.; Colchero, J.; Herrero, J. G.; Herrero, P.; Baro, A. M.; Ordejon, P.; Soler, J. M.; Artacho, E., Phys. Rev. Lett. 2000, 85, 4992.
85. Storm, A. J.; van Noort, J.; de Vries, S.; Dekker, C., Appl. Phys. Lett. 2001, 79, 3881.
86. Kelley, S. O.; Barton, J. K., Science, 1999, 283, 375.