A rapid identification of hit molecules for target proteins via physico-chemical descriptors

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 15, Issue 23, 2013, Pages 9107-9116

  Mukherjee, Goutam ^a   Jayaram, B ^a  

^a INDIAN INSTITUTE OF TECHNOLOGY DELHI   (India)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

LIGAND; PROTEIN;

ALGORITHM; ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; DRUG DEVELOPMENT; ENZYME ACTIVE SITE; FACTUAL DATABASE; METABOLISM; PROTEIN BINDING; QUANTITATIVE STRUCTURE ACTIVITY RELATION; THERMODYNAMICS;

ALGORITHMS; CATALYTIC DOMAIN; DATABASES, FACTUAL; DRUG DISCOVERY; LIGANDS; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN BINDING; PROTEINS; QUANTITATIVE STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP; THERMODYNAMICS;

EID: 84878060867     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3cp44697b     Document Type: Article

References (79)

1. B. Hileman Chem. Eng. News. 2006 84 50 51
2. R. E. Hubbard Mol. BioSyst. 2005 1 391 406
3. S. A. Shaikh T. Jain G. Sandhu N. Latha B. Jayaram Curr. Pharm. Des. 2007 13 3454 3470
4. A. Soni K. Menaria P. Ray B. Jayaram Curr. Pharm. Des. 2013 19
5. H. Baumann S. Ohrman Y. Shinohara O. Ersoy D. Choudhury A. Axen U. Tedebark E. Carredano Protein Sci. 2003 12 784 793
6. M. M. Gromiha S. Ahmad Curr. Comput.-Aided Drug Des. 2005 1 223 235
7. N. M. Levinson O. Kuchment K. Shen M. A. Young M. Koldobskiy M. Karplus P. A. Cole J. Kuriyan PLoS Biol. 2006 4 e144
8. H. Geppert M. Vogt J. Bajorath J. Chem. Inf. Model. 2010 50 205 216
9. N. Huang C. Kalyanaraman K. Bernacki M. P. Jacobson Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 5166 5177
10. S. Ekins J. Bradford K. Dole A. Spektor K. Gregory D. Blondeau M. Hohman B. A. Bunin Mol. BioSyst. 2010 6 840 851
11. D. E. Clark D. R. Westhead R. A. Sykes C. W. Murray J. Comput. Aided Mol. Des. 1996 10 397 416
12. S.-S. Chang H.-J. Huang C. Y.-C. Chen Mol. BioSyst. 2011 7 3366 3374
13. Á. Peragovics Z. Simon I. Brandhuber B. Jelinek P. Hári C. Hetényi P. Czobor A. A. Csizmadia J. Chem. Inf. Model. 2012 52 1733 1744
14. K. Świderek S. Martí V. Moliner Phys. Chem. Chem. Phys. 2012 14 12614 12624
15. S. W. Muchmore D. A. Debe J. T. Metz S. P. Brown Y. C. Martin P. J. Hajduk J. Chem. Inf. Model. 2008 48 941 948
16. S. A. Shaikh B. Jayaram J. Med. Chem. 2007 50 2240 2244
17. T. Jain B. Jayaram FEBS Lett. 2005 579 6659 6666
18. T. Jain B. Jayaram Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2007 67 1167 1178
19. S. A. Shaikh S. R. Ahmed B. Jayaram Arch. Biochem. Biophys. 2004 429 81 99
20. A. Gupta A. Gandhimathi P. Sharma B. Jayaram Protein Pept. Lett. 2007 14 632 646
21. B. Jayaram T. Singh G. Mukherjee A. Mathur S. Shekhar V. Shekhar BMC Bioinf. 2012 13 S7
22. T. Singh D. Biswas B. Jayaram J. Chem. Inf. Model. 2011 51 2515 2527
23. G. Mukherjee N. Patra P. Barua B. Jayaram J. Comput. Chem. 2011 32 893 907
24. M. D. Naidu R. Agarwal L. A. Pena L. Cunha M. Mezei M. Shen D. M. Wilson, III Y. Liu Z. Sanchez P. Chaudhary S. H. Wilson M. J. Waring PLoS One 2011 6 e23679
25. O. V. Stroganov F. N. Novikov V. S. Stroylov V. Kulkov G. G. Chilov J. Chem. Inf. Model. 2008 48 2371 2385
26. R. Abagyan M. Totrov D. Kuznetsov J. Comput. Chem. 1994 15 488 506
27. R. A. Friesner J. L. Banks R. B. Murphy T. A. Halgren J. J. Klicic D. T. Mainz M. P. Repasky E. H. Knoll M. Shelley J. K. Perry D. E. Shaw P. Francis P. S. Shenkin J. Med. Chem. 2004 47 1739 1749
28. R. A. Friesner R. B. Murphy M. P. Repasky L. L. Frye J. R. Greenwood T. A. Halgren P. C. Sanschagrin D. T. Mainz J. Med. Chem. 2004 47 1739 1749
29. R. A. Friesner J. L. Banks R. B. Murphy T. A. Halgren J. J. Klicic D. T. Mainz M. P. Repasky E. H. Knoll M. Shelley J. K. Perry D. E. Shaw P. Francis P. S. Shenkin J. Med. Chem. 2006 49 6177 6196
30. G. Jones P. Willett R. C. Glen J. Mol. Biol. 1995 245 43 53
31. G. Jones P. Willett R. C. Glen A. R. Leach R. Taylor J. Mol. Biol. 1997 267 727 748
32. G. M. Morris D. S. Goodsell R. S. Halliday R. Huey W. E. Hart R. K. Belew A. J. Olson J. Comput. Chem. 1998 19 1639 1662
33. M. Rarey B. Kramer T. Lengauer Proc.-Int. Conf. Intell. Syst. Mol. Biol. 1995 3 300 308
34. M. Rarey B. Kramer T. Lengauer G. Klebe J. Mol. Biol. 1996 261 470 489
35. M. Rarey B. Kramer T. Lengauer J. Comput. Aided Mol. Des. 1997 11 369 384
36. B. Kramer M. Rarey T. Lengauer Proteins: Struct., Funct., Genet. 1999 37 228 241
37. C. Lemmen T. Lengauer G. Klebe J. Med. Chem. 1998 41 4502 4520
38. A. N. Jain J. Med. Chem. 2003 46 499 511
39. A. N. Jain J. Med. Chem. 2004 47 947 961
40. C. M. Oshiro I. D. Kuntz J. S. Dixon J. Comput. Aided. Mol. Des. 1995 9 113 130
41. R. Thomsen M. H. Christensen J. Med. Chem. 2006 49 3315 3321
42. S. Tietze J. Apostolakis J. Chem. Inf. Model. 2007 47 1657 1672
43. D. K. Gehlhaar G. M. Verkhivker P. A. Rejto C. J. Sherman D. B. Fogel L. J. Fogel S. T. Freer Chem. Biol. 1995 2 317 324
44. ed., D. K. Gehlhaar, D. Bouzida, and, P. A. Rejto, L. Parrill, and, M. R. Reddy, Rational Drug Design: Novel Methodology and Practical Applications, American Chemical Society, Washington, DC, 1999, pp. 292-311
45. I. Muegge Y. C. Martin J. Med. Chem. 1999 42 791 804
46. I. Muegge Perspect. Drug Discovery Des. 2000 20 99 114
47. I. Muegge J. Comput. Chem. 2001 22 418 425
48. H. J. Böhm J. Comput. Aided Mol. Des. 1994 8 243 256
49. H. J. Böhm J. Comput. Aided Mol. Des. 1998 12 309 323
50. G. Jones P. Willett R. C. Glen A. R. Leach R. Taylor J. Mol. Biol. 1997 267 727 748
51. T. J. A. Ewing S. Makino A. G. Skillman I. D. Kuntz J. Comput. Aided Mol. Des. 2001 15 411 428
52. M. D. Eldridge C. W. Murray T. R. Auton G. V. Paolini R. P. Mee J. Comput. Aided Mol. Des. 1997 11 425 445
53. H. Gohlke M. Hendlich G. Klebe J. Mol. Biol. 2000 295 337 356
54. R. Wang L. Lai S. Wang J. Comput. Aided Mol. Des. 2002 16 11 26
55. H. M. Berman J. Westbrook Z. Feng G. Gilliland T. N. Bhat H. Weissig I. N. Hindyalov P. E. Bourne Nucleic Acids Res. 2000 28 235 242
56. L. Hu M. L. Benson R. D. Smith M. G. Lerner H. A. Carlson Proteins 2005 60 333 340
57. M. L. Benson R. D. Smith N. A. Khazanov B. Dimcheff J. Beaver P. Dresslar J. Nerothin H. A. Carlson Nucleic Acids Res. 2008 36 D674 D678
58. A. Lindstrom L. Edvinsson A. Johansson C. D. Andersson I. E. Andersson F. Raubacher A. Linusson J. Chem. Inf. Model. 2011 51 267 282
59. N. Artemenko J. Chem. Inf. Model. 2008 48 569 574
60. D. S. Wishart C. Knox A. C. Guo S. Shrivastava M. Hassanali P. Stothard Z. Chang J. Woolsey Nucleic Acids Res. 2006 34 D668 D672
61. D. S. Wishart C. Knox A. C. Guo D. Cheng S. Shrivastava D. Tzur B. Gautam M. Hassanali Nucleic Acids Res. 2008 36 D901 D906
62. C. Knox V. Law T. Jewison P. Liu S. Ly A. Frolkis A. Pon K. Banco C. Mak V. Neveu Y. Djoumbou R. Eisner A. C. Guo D. S. Wishart Nucleic Acids Res. 2011 39 D1035 D10341
63. J. J. Irwin B. K. Shoichet J. Chem. Inf. Model. 2005 45 177 182
64. H. Weiner J. Am. Chem. Soc. 1947 69 17 20
65. R. Garca-Domenech J. Glvez J. V. d. Julin-Ortiz L. Pogliani Chem. Rev. 2008 108 1127 1169
66. C. A. Lipinski F. Lombardo B. W. Dominy P. J. Feeney Adv. Drug Delivery Rev. 1997 23 3 25
67. C. A. Lipinski Drug Discovery Today: Technol. 2004 1 337 341
68. S. A. Wildman G. M. Crippen J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1999 39 868 873
69. J. Wang T. Hou J. Chem. Inf. Model. 2010 50 55 67
70. A. Tropsha P. Gramatica V. K. Gombar QSAR Comb. Sci. 2003 22 69 77
71. S. Wold and L. Eriksson, Statistical Validation of QSAR Results, in Chemometric Methods in Molecular Design, ed., H. van de Waterbeemd, Wiley-VCH, Weinheim, 1995, pp. 309-318
72. S. L. Kinnings N. Liu P. J. Tonge R. M. Jackson L. Xie P. E. Bourne J. Chem. Inf. Model. 2011 51 408 419
73. V. D. Mouchlis T. M. Mavromoustakos G. Kokotos J. Chem. Inf. Model. 2010 50 1589 1601
74. L. Xing R. Goulet K. Johnson J. Chem. Inf. Model. 2011 51 1582 1592
75. W. Deng C. Breneman M. J. Embrechts J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2004 44 699 703
76. N. Huang B. K. Shoichet J. J. Irwin J. Med. Chem. 2006 49 6789 6801
77. D. Giganti H. Guillemain J.-L. Spadoni M. Nilges J.-F. Zagury M. Montes J. Chem. Inf. Model. 2010 50 992 1004
78. R. Wang Y. Lu S. Wang J. Med. Chem. 2003 46 2287 2303
79. D. M. Lane, HyperStat Online Textbook http://davidmlane.com/hyperstat/ index.html