Reduced dimensionality in ligand-protein structure prediction: Covalent inhibitors of serine proteases and design of site-directed combinatorial libraries

ACS Symposium Series

Volumn 719, Issue , 1999, Pages 292-311

  Gehlhaar, Daniel K ^a   Bouzida, Djamal ^a   Rejto, Paul A ^a  

^a AGOURON PHARMACEUTICALS INC   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0039012103     PISSN: 00976156     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1021/bk-1999-0719.ch019     Document Type: Article

References (33)

1. Kuntz, I. D.; Meng, E. C; Shoichet, B. K. Accts. Chem. Res. 1994, 27, 117-123.
2. Jones, G.; Willett, P., Glen, R. C.; Leach, A. R.; Taylor, R. J. Mol. Biol. 1997, 267, 727-748.
3. Kuntz, I. D.; Makino, S. J. Comp. Chem, 1997, 18, 1812-1825.
4. Desmet, J.; Wilson, I. A.; Joniau, M.; DeMaeyer, M.; Lasters, I. FASEB J. 1997, 11, 164-172.
5. Welch, W.; Ruppert, J.; Jain, A. N. Chem. Biol. 1996, 3, 449-463.
6. Rarey, M.; Kramer, B.; Lengauer, T.; Klebe, G. J. Mol. Biol. 1996, 267, 470-489.
7. Gehlhaar, D. K.; Verkhivker, G. M.; Rejto, P. A.; Sherman, C. J.; Fogel, D. B.; Fogel, L. J.; Freer, S. T. Chem. Biol. 1995, 2, 317-324.
8. Chen P.; Tsuge, H.; Almassy, R. J.; Gribskov, C. L.; Katoh, S.; Vanderpool, D. L.; Margosiak, S. A.; Pinko, C.; Matthews, D. A.; Kan, C.-C. Cell 1996, 86, 835-843.
9. Love, R. A.; Parge, H. E.; Wickersham, J. A.; Hostomsky, Z.; Habuka, N.; Moomaw, E. W.; Adachi, T.; Hostomska, Z. Cell 1996, 86, 331-342.
10. Kim, J. L. Morgenstern, K. A.; Lin, C.; Fox, T.; Dwyer, M. D.; Landro, J. A.; Chambers, S. P.; Markland, W.; Lepre, C. A.; O'Malley, E. T.; Harbeson, S. 1.; Rice, C. M.; Murcko, M. A.; Caron, P. R.; Thomson, J. A. Cell 1996, 87, 343-355.
11. Babine, R. E.; Bender, S. L. Chem. Rev. 1997, 97, 1359-1472.
12. Wlodawer, A.; Erickson, J. W. Annu. Rev. Biochem. 1993, 62, 543-585.
13. Appelt, K.; Bacquet, R. J.; Bartlett, C. A.; Booth, C. L.; Freer, S. T.; Fuhry, M. A. M.; Gehring, M. R.; Herrmann, S. M.; Howland, E. F.; Janson, C. A.; Jones, T. R.; Kan, C.; Kathardekar, V.; Lewis, K. K.; Marzoni, G. P.; Matthews, D. A.; Mohr, C.; Moomaw, E. W.; Morse, C. A.; Oatley, S. J.; Ogden, R. C.; Reddy, M. R.; Reich, S. H.; Schoettlin, W. S.; Smith, W. W.; Varney, M. D.; Villafranca, J. E.; Ward, R. W.; Webber, S.; Webber, S. E.; Welsh, K. M.; White, J. J. Med. Chem. 1991, 34, 1925-1934.
14. LaFemina, R. L.; Bakshi, K.; Long, W. J.; Pramanik, B.; Veloski, C. A.; Wolanski, B. S.; Marcy, A.; Hazuda, D. J. J. Virology 1996, 70, 4819-4824.
15. Thompson, L.A.; Ellman, J.A. Chem. Rev. 1996, 96, 555-600.
16. Gordon, E. M.; Barrett, R. W.; Dower, W. J.; Fodor, S. P. A.; Gollop, M. A. J. Med. Chem. 1994, 37, 1385-1401.
17. Yu, H.; Chen, J. K.; Feng, S.; Dalgamo, D. C.; Brauer, A. W.; Schreiber, S. L. Cell 1994, 76, 933-945.
18. Wiley, R. A.; Rich, D. H. Med. Res. Rev. 1993, 13, 327-384.
19. Kick, E. K.; Roe, D. C.; Skillman, A. G.; Liu, G.; Ewing, T. J.; Sun, Y.; Kuntz, I.D.; Ellman, J .A. Chem. Biol. 1997, 4, 297-307.
20. Salemme, F. R.; Spurlino, J.; Bone, R. Structure 1997, 4, 319-324.
21. Mayo, S. L.; Olafson, B. D.; Goddard, W. A. J. Phys. Chem. 1990, 94, 8897-8909.
22. Fogel, D.B. Evolutionary Computation: Towards a New Philosophy of Machine Intelligence. IEEE Press: New York, NY, 1995; 75-155.
23. Hall, S. R.; Allen, F. H.; Brown, I. D. Acta Cryst. 1991, A47, 655-685.
24. Mohamadi, F.; Richards, N. G. J.; Guida, W. C.; Kiskamp, M.; Caufield, C.; Chang, G.; Hendrickson, T.; Still, W. C. J. Comput. Chem. 1990, 11, 440-467.
25. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Case, D. A.; Singh, U. C.; Ghio, C.; Algona, G.; Profeta, S. Jr.; Weiner, P. J. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 765-784.
26. Bernstein, F. C.; Koetzle, T. F.; Williams, G. J.; Meyer, E. F. Jr.; Brice, M. D.; Rodgers, J. R.; Kennard, O.; Shimanouchi, T.; Tasumi, M. J. Mol. Biol. 1977, 112, 535-542.
27. Appelt, K.; Perspect. Drug Discovery Des. 1993, 7, 23-48.
28. Van Duyne, G. D.; Standaert, R. F.; Karplus, P. A; Schreiber, S. L.; Clardy, J. J. Mol. Biol. 1993, 229, 105-124.
29. Rose, P. W. In Computer-Assisted Molecular Design Course, UCSF; San Francisco, CA, 1997; Chapter 12.
30. Bohm, H. J. J. Comput. Aided Mol. Des. 1994, 8, 243-256.
31. McDonald, I. K.; Thornton, J. M. J. Mol. Biol. 1994, 255, 777-793.
32. Bolin, J. T.; Filman, D. J.; Matthews, D. A.; Hamlin, R. C.; Kraut, J. J. Biol. Chem. 1982, 257, 13650-13662.
33. Polinsky, A.; Feinstein, R. D.; Kuki, A. In Molecular Diversity and Combinatorial Chemistry: Libraries and Drug Discovery; Chaiken, I. M., Janda, K. D., Eds.; Conference Proceedings Series; American Chemical Society: Washington, D.C. 1996; Chapter 20, 219-232.