Chemical biology-based approaches on fluorescent labeling of proteins in live cells

Molecular BioSystems

Volumn 9, Issue 5, 2013, Pages 862-872

  Jung, Deokho ^a   Min, Kyoungmi ^a   Jung, Juyeon ^b   Jang, Wonhee ^a   Kwon, Youngeun ^a  

^a Dongguk University   (South Korea)

^b Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology (KRIBB)   (South Korea)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

FLUORESCENT DYE; PROTEIN;

BIOLOGICAL MODEL; CHEMICAL MODEL; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; CYTOPHOTOMETRY; CYTOSOL; HUMAN; METABOLISM; METHODOLOGY; REPRODUCIBILITY; REVIEW; STAINING;

CYTOPHOTOMETRY; CYTOSOL; FLUORESCENT DYES; HUMANS; MODELS, BIOLOGICAL; MODELS, CHEMICAL; MOLECULAR STRUCTURE; PROTEINS; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; STAINING AND LABELING;

EID: 84875871080     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2mb25422k     Document Type: Review

References (104)

1. I. Chen A. Y. Ting Curr. Opin. Biotechnol. 2005 16 35 40
2. L. W. Miller V. W. Cornish Curr. Opin. Chem. Biol. 2005 9 56 61
3. N. Doi H. Takashima M. Kinjo K. Sakata Y. Kawahashi Y. Oishi R. Oyama E. Miyamoto-Sato T. Sawasaki Y. Endo H. Yanagawa Genome Res. 2002 12 487 492
4. J. Fei J. Wang S. H. Sternberg D. D. MacDougall M. M. Elvekrog D. K. Pulukkunat M. T. Englander R. L. Gonzalez Jr. Methods Enzymol. 2010 472 221 259
5. D. Jung K. Min Y. Jeon W. Jang Y. Kwon BioChip J. 2012 6 293 298
6. N. A. O'Rourke T. Meyer G. Chandy Curr. Opin. Chem. Biol. 2005 9 82 87
7. E. Haustein P. Schwille Curr. Opin. Struct. Biol. 2004 14 531 540
8. B. N. Giepmans S. R. Adams M. H. Ellisman R. Y. Tsien Science 2006 312 217 224
9. E. M. Peterson J. M. Harris Anal. Chem. 2010 82 189 196
10. H. Yang Curr. Opin. Chem. Biol. 2010 14 3 9
11. H. Gong J. L. Kovar B. Baker A. Zhang L. Cheung D. R. Draney I. R. Correa Jr. M. Q. Xu D. M. Olive PLoS one 2012 7 e34003
12. E. V. Volpi J. M. Bridger BioTechniques 2008 45 385 386
13. A. Pinidiyaarachchi A. Zieba A. Allalou K. Pardali C. Wahlby Cytometry, Part A 2009 75 319 328
14. T. Quan H. Zhu X. Liu Y. Liu J. Ding S. Zeng Z. L. Huang Opt. Express 2011 19 16963 16974
15. C. Coralli M. Cemazar C. Kanthou G. M. Tozer G. U. Dachs Cancer Res. 2001 61 4784 4790
16. M. J. Moreau I. Morin P. M. Schaeffer Mol. BioSyst. 2010 6 1285 1292
17. D. C. Prasher V. K. Eckenrode W. W. Ward F. G. Prendergast M. J. Cormier Gene 1992 111 229 233
18. M. Chalfie Y. Tu G. Euskirchen W. W. Ward D. C. Prasher Science 1994 263 802 805
19. N. C. Shaner P. A. Steinbach R. Y. Tsien Nat. Methods 2005 2 905 909
20. R. Heim R. Y. Tsien Curr. Biol. 1996 6 178 182
21. J. Zhang R. E. Campbell A. Y. Ting R. Y. Tsien Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2002 3 906 918
22. Y. Yan G. Marriott Curr. Opin. Chem. Biol. 2003 7 635 640
23. M. G. Erickson B. A. Alseikhan B. Z. Peterson D. T. Yue Neuron 2001 31 973 985
24. M. A. Rizzo G. H. Springer B. Granada D. W. Piston Nat. Biotechnol. 2004 22 445 449
25. A. G. Evdokimov M. E. Pokross N. S. Egorov A. G. Zaraisky I. V. Yampolsky E. M. Merzlyak A. N. Shkoporov I. Sander K. A. Lukyanov D. M. Chudakov EMBO Rep. 2006 7 1006 1012
26. A. M. Loening T. D. Fenn S. S. Gambhir J. Mol. Biol. 2007 374 1017 1028
27. M. Ormo A. B. Cubitt K. Kallio L. A. Gross R. Y. Tsien S. J. Remington Science 1996 273 1392 1395
28. M. Prescott M. Ling T. Beddoe A. J. Oakley S. Dove O. Hoegh-Guldberg R. J. Devenish J. Rossjohn Structure 2003 11 275 284
29. P. G. Wilmann J. Battad J. Petersen M. C. Wilce S. Dove R. J. Devenish M. Prescott J. Rossjohn J. Mol. Biol. 2006 359 890 900
30. E. Y. Kwok M. R. Hanson BMC Plant Biol. 2004 4 2
31. G. N. Naumov S. M. Wilson I. C. MacDonald E. E. Schmidt V. L. Morris A. C. Groom R. M. Hoffman A. F. Chambers J. Cell Sci. 1999 112 Pt 12 1835 1842
32. B. E. Chen B. Lendvai E. A. Nimchinsky B. Burbach K. Fox K. Svoboda Learn. Mem. 2000 7 433 441
33. K. Faire C. M. Waterman-Storer D. Gruber D. Masson E. D. Salmon J. C. Bulinski J. Cell Sci. 1999 112 Pt 23 4243 4255
34. S. H. Haddock N. Mastroianni L. M. Christianson Proc. R. Soc. B 2010 277 1155 1160
35. P. Ray H. Pimenta R. Paulmurugan F. Berger M. E. Phelps M. Iyer S. S. Gambhir Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 3105 3110
36. C. S. Lisenbee S. K. Karnik R. N. Trelease Traffic 2003 4 491 501
37. D. M. Chudakov M. V. Matz S. Lukyanov K. A. Lukyanov Physiol. Rev. 2010 90 1103 1163
38. M. Z. Lin L. Wang Physiology 2008 23 131 141
39. N. Soh Sensors 2008 8 1004 1024
40. K. M. Marks G. P. Nolan Nat. Methods 2006 3 591 596
41. B. A. Griffin S. R. Adams R. Y. Tsien Science 1998 281 269 272
42. S. R. Adams R. E. Campbell L. A. Gross B. R. Martin G. K. Walkup Y. Yao J. Llopis R. Y. Tsien J. Am. Chem. Soc. 2002 124 6063 6076
43. V. V. Rostovtsev L. G. Green V. V. Fokin K. B. Sharpless Angew. Chem., Int. Ed. 2002 41 2596 2599
44. H. C. Kolb M. G. Finn K. B. Sharpless Angew. Chem., Int. Ed. 2001 40 2004 2021
45. T. R. Chan R. Hilgraf K. B. Sharpless V. V. Fokin Org. Lett. 2004 6 2853 2855
46. M. J. Hangauer C. R. Bertozzi Angew. Chem., Int. Ed. 2008 47 2394 2397
47. J. M. Baskin J. A. Prescher S. T. Laughlin N. J. Agard P. V. Chang I. A. Miller A. Lo J. A. Codelli C. R. Bertozzi Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 16793 16797
48. L. K. Mahal K. J. Yarema C. R. Bertozzi Science 1997 276 1125 1128
49. L. W. Miller J. Sable P. Goelet M. P. Sheetz V. W. Cornish Angew. Chem., Int. Ed. 2004 43 1672 1675
50. A. Gautier A. Juillerat C. Heinis I. R. Correa Jr. M. Kindermann F. Beaufils K. Johnsson Chem. Biol. 2008 15 128 136
51. X. Sun A. Zhang B. Baker L. Sun A. Howard J. Buswell D. Maurel A. Masharina K. Johnsson C. J. Noren M. Q. Xu I. R. Correa Jr. ChemBioChem 2011 12 2217 2226
52. I. Chen M. Howarth W. Lin A. Y. Ting Nat. Methods 2005 2 99 104
53. C. Uttamapinant K. A. White H. Baruah S. Thompson M. Fernandez-Suarez S. Puthenveetil A. Y. Ting Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 10914 10919
54. S. A. Slavoff D. S. Liu J. D. Cohen A. Y. Ting J. Am. Chem. Soc. 2011 133 19769 19776
55. R. Borra D. Dong A. Y. Elnagar G. A. Woldemariam J. A. Camarero J. Am. Chem. Soc. 2012 134 6344 6353
56. B. A. Griffin S. R. Adams J. Jones R. Y. Tsien Methods Enzymol. 2000 327 565 578
57. K. Stroffekova C. Proenza K. G. Beam Eur. J. Appl. Physiol. 2001 442 859 866
58. S. Kottegoda P. C. Aoto C. E. Sims N. L. Allbritton Anal. Chem. 2008 80 5358 5366
59. C. Hoffmann G. Gaietta A. Zurn S. R. Adams S. Terrillon M. H. Ellisman R. Y. Tsien M. J. Lohse Nat. Protocols 2010 5 1666 1677
60. S. C. Das D. Panda D. Nayak A. K. Pattnaik J. Virol. 2009 83 2611 2622
61. Y. Taguchi Z. D. Shi B. Ruddy D. W. Dorward L. Greene G. S. Baron Mol. Biol. Cell 2009 20 233 244
62. S. H. Uchinomiya H. Nonaka S. H. Fujishima S. Tsukiji A. Ojida I. Hamachi Chem. Commun. 2009 5880 5882
63. E. G. Guignet R. Hovius H. Vogel Nat. Biotechnol. 2004 22 440 444
64. C. R. Goldsmith J. Jaworski M. Sheng S. J. Lippard J. Am. Chem. Soc. 2006 128 418 419
65. C. T. Hauser R. Y. Tsien Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 3693 3697
66. A. Ojida K. Honda D. Shinmi S. Kiyonaka Y. Mori I. Hamachi J. Am. Chem. Soc. 2006 128 10452 10459
67. K. Honda S. H. Fujishima A. Ojida I. Hamachi ChemBioChem 2007 8 1370 1372
68. H. Nonaka S. Tsukiji A. Ojida I. Hamachi J. Am. Chem. Soc. 2007 129 15777 15779
69. M. Robers P. Pinson L. Leong R. H. Batchelor K. R. Gee T. Machleidt Cytometry, Part A 2009 75 207 224
70. A. Keppler C. Arrivoli L. Sironi J. Ellenberg BioTechniques 2006 41 167 170
71. K. Stohr D. Siegberg T. Ehrhard K. Lymperopoulos S. Oz S. Schulmeister A. C. Pfeifer J. Bachmann U. Klingmuller V. Sourjik D. P. Herten Anal. Chem. 2010 82 8186 8193
72. M. K. So H. Yao J. Rao Biochem. Biophys. Res. Commun. 2008 374 419 423
73. G. V. Los L. P. Encell M. G. McDougall D. D. Hartzell N. Karassina C. Zimprich M. G. Wood R. Learish R. F. Ohana M. Urh D. Simpson J. Mendez K. Zimmerman P. Otto G. Vidugiris J. Zhu A. Darzins D. H. Klaubert R. F. Bulleit K. V. Wood ACS Chem. Biol. 2008 3 373 382
74. M. Fernandez-Suarez H. Baruah L. Martinez-Hernandez K. T. Xie J. M. Baskin C. R. Bertozzi A. Y. Ting Nat. Biotechnol. 2007 25 1483 1487
75. Z. Chen C. Jing S. S. Gallagher M. P. Sheetz V. W. Cornish J. Am. Chem. Soc. 2012 134 13692 13699
76. C. W. Lin A. Y. Ting J. Am. Chem. Soc. 2006 128 4542 4543
77. S. Tsukiji T. Nagamune ChemBioChem 2009 10 787 798
78. N. George H. Pick H. Vogel N. Johnsson K. Johnsson J. Am. Chem. Soc. 2004 126 8896 8897
79. L. Vivero-Pol N. George H. Krumm K. Johnsson N. Johnsson J. Am. Chem. Soc. 2005 127 12770 12771
80. J. Yin F. Liu X. Li C. T. Walsh J. Am. Chem. Soc. 2004 126 7754 7755
81. L. W. Miller Y. Cai M. P. Sheetz V. W. Cornish Nat. Methods 2005 2 255 257
82. N. T. Calloway M. Choob A. Sanz M. P. Sheetz L. W. Miller V. W. Cornish ChemBioChem 2007 8 767 774
83. A. Keppler S. Gendreizig T. Gronemeyer H. Pick H. Vogel K. Johnsson Nat. Biotechnol. 2003 21 86 89
84. A. E. Pegg Mutat. Res. 2000 462 83 100
85. T. Gronemeyer C. Chidley A. Juillerat C. Heinis K. Johnsson Protein Eng., Des. Sel. 2006 19 309 316
86. A. Juillerat C. Heinis I. Sielaff J. Barnikow H. Jaccard B. Kunz A. Terskikh K. Johnsson ChemBioChem 2005 6 1263 1269
87. T. Komatsu K. Johnsson H. Okuno H. Bito T. Inoue T. Nagano Y. Urano J. Am. Chem. Soc. 2011 133 6745 6751
88. H. Haruki M. R. Gonzalez K. Johnsson PLoS one 2012 7 e37598
89. U. T. Nguyen J. Cramer J. Gomis R. Reents M. Gutierrez-Rodriguez R. S. Goody K. Alexandrov H. Waldmann ChemBioChem 2007 8 408 423
90. B. P. Duckworth Z. Zhang A. Hosokawa M. D. Distefano ChemBioChem 2007 8 98 105
91. W. P. Heal S. R. Wickramasinghe R. J. Leatherbarrow E. W. Tate Org. Biomol. Chem. 2008 6 2308 2315
92. D. Beckett E. Kovaleva P. J. Schatz Protein Sci. 1999 8 921 929
93. M. G. Cull P. J. Schatz Methods Enzymol. 2000 326 430 440
94. Y. Kwon M. A. Coleman J. A. Camarero Angew. Chem., Int. Ed. 2006 45 1726 1729
95. J. Shi T. W. Muir J. Am. Chem. Soc. 2005 127 6198 6206
96. T. Kurpiers H. D. Mootz ChemBioChem 2008 9 2317 2325
97. H. D. Mootz ChemBioChem 2009 10 2579 2589
98. G. Volkmann H. Iwai Mol. BioSyst. 2010 6 2110 2121
99. A. S. Aranko S. Zuger E. Buchinger H. Iwai PLoS one 2009 4 e5185
100. L. Berrade Y. Kwon J. A. Camarero ChemBioChem 2010 11 1368 1372
101. D. Maurel S. Banala T. Laroche K. Johnsson ACS Chem. Biol. 2010 5 507 516
102. S. Mizukami S. Watanabe Y. Hori K. Kikuchi J. Am. Chem. Soc. 2009 131 5016 5017
103. Y. Hori H. Ueno S. Mizukami K. Kikuchi J. Am. Chem. Soc. 2009 131 16610 16611
104. S. Mizukami S. Watanabe Y. Akimoto K. Kikuchi J. Am. Chem. Soc. 2012 134 1623 1629