Integral membrane proteins and bilayer proteomics

Analytical Chemistry

Volumn 85, Issue 5, 2013, Pages 2558-2568

  Whitelegge, Julian P ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

MEMBRANE PROTEIN;

AMINO ACID SEQUENCE; ANIMAL; ARTICLE; CELL MEMBRANE; CHEMISTRY; LIPID BILAYER; MASS SPECTROMETRY; METABOLISM; METHODOLOGY; MOLECULAR GENETICS; PROTEIN PROCESSING; PROTEOMICS;

AMINO ACID SEQUENCE; ANIMALS; CELL MEMBRANE; LIPID BILAYERS; MASS SPECTROMETRY; MEMBRANE PROTEINS; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PROTEIN PROCESSING, POST-TRANSLATIONAL; PROTEOMICS;

EID: 84874602863     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac303064a     Document Type: Article

References (113)

1. Whitelegge, J. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99 (18) 11564-11566
2. Fagerberg, L.; Jonasson, K.; von Heijne, G.; Uhlén, M.; Berglund, L. Proteomics 2010, 10 (6) 1141-1149
3. Weinglass, A. B.; Whitelegge, J. P.; Kaback, H. R. Curr. Opin. Drug Discovery Dev. 2004, 7 (5) 589-599
4. von Heijne, G. Annu. Rev. Biochem. 2011, 80, 157-160
5. von Heijne, G. Biochem. Soc. Trans. 2011, 39 (3) 747-750
6. White, S. H. Nature 2009, 459 (7245) 344-346
7. Krishnamurthy, H.; Piscitelli, C. L.; Gouaux, E. Nature 2009, 459 (7245) 347-355
8. Rosenbaum, D. M.; Rasmussen, S. G.; Kobilka, B. K. Nature 2009, 459 (7245) 356-363
9. Barber, J. Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol. 2012, 10.1101/sqb.2012.77.014472
10. Junge, W.; Sielaff, H.; Engelbrecht, S. Nature 2009, 459 (7245) 364-370
11. Boyer, P. D. Mol. Cell 2001, 8 (2) 246-247
12. Watt, I. N.; Montgomery, M. G.; Runswick, M. J.; Leslie, A. G.; Walker, J. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107 (39) 16823-16827
13. Erez, E.; Fass, D.; Bibi, E. Nature 2009, 459 (7245) 371-378
14. Hsin, J.; LaPointe, L. M.; Kazy, A.; Chipot, C.; Senes, A.; Schulten, K. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133 (35) 14071-14081
15. Khalili-Araghi, F.; Tajkhorshid, E.; Roux, B.; Schulten, K. Biophys. J. 2012, 102 (2) 258-267
16. Gilmore, J. M.; Washburn, M. P. J. Proteomics 2010, 73 (11) 2078-2091
17. Blonder, J.; Goshe, M. B.; Moore, R. J.; Pasa-Tolic, L.; Masselon, C. D.; Lipton, M. S.; Smith, R. D. J. Proteome Res. 2002, 1 (4) 351-360
18. Kadiyala, C. S.; Tomechko, S. E.; Miyagi, M. PLoS One 2010, 5 (12) e15332
19. Mitra, S. K.; Gantt, J. A.; Ruby, J. F.; Clouse, S. D.; Goshe, M. B. J. Proteome Res. 2007, 6 (5) 1933-1950
20. Zhang, N.; Chen, R.; Young, N.; Wishart, D.; Winter, P.; Weiner, J. H.; Li, L. Proteomics 2007, 7 (4) 484-493
21. Yu, Y. Q.; Gilar, M.; Lee, P. J.; Bouvier, E. S.; Gebler, J. C. Anal. Chem. 2003, 75 (21) 6023-6028
22. Masuda, T.; Tomita, M.; Ishihama, Y. J. Proteome Res. 2008, 7 (2) 731-740
23. Manza, L. L.; Stamer, S. L.; Ham, A. J.; Codreanu, S. G.; Liebler, D. C. Proteomics 2005, 5 (7) 1742-1745
24. Wiśniewski, J. R.; Zougman, A.; Nagaraj, N.; Mann, M. Nat. Methods 2009, 6 (5) 359-362
25. Wiśniewski, J. R.; Nagaraj, N.; Zougman, A.; Gnad, F.; Mann, M. J. Proteome Res. 2010, 9 (6) 3280-3289
26. Wu, C. C.; MacCoss, M. J.; Howell, K. E.; Yates, J. R., 3rd Nat. Biotechnol. 2003, 21 (5) 532-538
27. Blackler, A. R.; Speers, A. E.; Ladinsky, M. S.; Wu, C. C. J. Proteome Res. 2008, 7 (7) 3028-3034
28. Speers, A. E.; Blackler, A. R.; Wu, C. C. Anal. Chem. 2007, 79 (12) 4613-4620
29. Taylor, S. W.; Fahy, E.; Zhang, B.; Glenn, G. M.; Warnock, D. E.; Willy, S.; Murphy, A. N.; Gaucher, S. P.; Capaldi, R. A.; Gibson, B. W.; Ghos, S. S. Nat. Biotechnol. 2003, 21 (3) 281-286
30. Lundby, A.; Olsen, J. V. Methods Mol. Biol. 2011, 753, 143-155
31. Li, Y.; Yu, J.; Wang, Y.; Griffin, N. M.; Long, F.; Shore, S.; Oh, P.; Schnitzer, J. E. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8 (6) 1219-1235
32. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R., 3rd Nat. Biotechnol. 2001, 19 (3) 242-247
33. Mitra, S. K.; Goshe, M. B. Methods Mol. Biol. 2009, 528, 311-326
34. Beausoleil, S. A.; Villén, J.; Gerber, S. A.; Rush, J.; Gygi, S. P. Nat. Biotechnol. 2006, 24 (10) 1285-1292
35. Nagaraj, N.; D'Souza, R. C.; Cox, J.; Olsen, J. V.; Mann, M. J. Proteome Res. 2010, 9 (12) 6786-6794
36. Nagaraj, N.; D'Souza, R. C.; Cox, J.; Olsen, J. V.; Mann, M. J. Proteome Res. 2012, 11 (6) 3506-3508
37. Frese, C. K.; Altelaar, A. F.; Hennrich, M. L.; Nolting, D.; Zeller, M.; Griep-Raming, J.; Heck, A. J.; Mohammed, S. J. Proteome Res. 2011, 10 (5) 2377-2388
38. Phanstiel, D. H.; Brumbaugh, J.; Wenger, C. D.; Tian, S.; Probasco, M. D.; Bailey, D. J.; Swaney, D. L.; Tervo, M. A.; Bolin, J. M.; Ruotti, V.; Stewart, R.; Thomson, J. A.; Coon, J. J. Nat. Methods 2011, 8 (10) 821-827
39. Michalski, A.; Damoc, E.; Hauschild, J. P.; Lange, O.; Wieghaus, A.; Makarov, A.; Nagaraj, N.; Cox, J.; Mann, M.; Horning, S. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10 (9) M111.011015
40. Cox, J.; Neuhauser, N.; Michalski, A.; Scheltema, R. A.; Olsen, J. V.; Mann, M. J. Proteome Res. 2011, 10 (4) 1794-1805
41. Baliban, R. C.; Dimaggio, P. A.; Plazas-Mayorca, M. D.; Garcia, B. A.; Floudas, C. A. J. Proteome Res. 2012, 11 (9) 4615-4629
42. Cao, L.; Yu, K.; Banh, C.; Nguyen, V.; Ritz, A.; Raphael, B. J.; Kawakami, Y.; Kawakami, T.; Salomon, A. R. J. Immunol. 2007, 179 (9) 5864-5876
43. Tobe, B. T.; Hou, J.; Crain, A. M.; Singec, I.; Snyder, E. Y.; Brill, L. M. Stem Cell Rev. 2012, 8 (1) 16-31
44. Svensson, M.; Boren, M.; Sköld, K.; Fälth, M.; Sjögren, B.; Andersson, M.; Svenningsson, P.; Andren, P. E. J. Proteome Res. 2009, 8 (2) 974-981
45. Stengel, A.; Keire, D.; Goebel, M.; Evilevitch, L.; Wiggins, B.; Taché, Y.; Reeve, J. R., Jr. Endocrinology 2009, 150 (11) 5113-5118
46. Strahl, B. D.; Allis, C. D. Nature 2000, 403 (6765) 41-45
47. Gardner, K. E.; Allis, C. D.; Strahl, B. D. J. Mol. Biol. 2011, 409 (1) 36-46
48. Young, N. L.; DiMaggio, P. A.; Plazas-Mayorca, M. D.; Baliban, R. C.; Floudas, C. A.; Garcia, B. A. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8 (10) 2266-2284
49. Bonet-Costa, C.; Vilaseca, M.; Diema, C.; Vujatovic, O.; Vaquero, A.; Omeñac, N.; Castejón, L.; Bernués, J.; Giralt, E.; Azorín, F. J. Proteomics 2012, 75 (13) 4124-4138
50. Wu, S.; Lourette, N. M.; Tolić, N.; Zhao, R.; Robinson, E. W.; Tolmachev, A. V.; Smith, R. D.; Pasa-Tolić, L. J. Proteome Res. 2009, 8 (3) 1347-1357
51. Nobles, K. N.; Xiao, K.; Ahn, S.; Shukla, A. K.; Lam, C. M.; Rajagopal, S.; Strachan, R. T.; Huang, T. Y.; Bressler, E. A.; Hara, M. R.; Shenoy, S. K.; Gygi, S. P.; Lefkowitz, R. J. Sci. Signal. 2011, 4 (185) ra51
52. Loo, J. A.; Edmonds, C. G.; Smith, R. D. Anal. Chem. 1991, 63 (21) 2488-2499
53. Mørtz, E.; O'Connor, P. B.; Roepstorff, P.; Kelleher, N. L.; Wood, T. D.; McLafferty, F. W.; Mann, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93 (16) 8264-8267
54. Kelleher, N. L.; Lin, H. Y.; Valaskovic, G. A.; Aaserud, D. J.; Fridriksson, E. K.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121 (4) 806-812
55. Henry, K. D.; Williams, E. R.; Wang, B. H.; McLafferty, F. W.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86 (23) 9075-9078
56. Schindler, P. A.; Van Dorsselaer, A.; Falick, A. M. Anal. Biochem. 1993, 213 (2) 256-263
57. Fearnley, I. M.; Walker, J. E. Biochem. Soc. Trans. 1996, 24 (3) 912-917
58. Hufnagel, P.; Schweiger, U.; Eckerskorn, C.; Oesterhelt, D. Anal. Biochem. 1996, 243 (1) 46-54
59. Sharma, J.; Panico, M.; Shipton, C. A.; Nilsson, F.; Morris, H. R.; Barber, J. J. Biol. Chem. 1997, 272 (52) 33158-33166
60. Whitelegge, J. P.; Gundersen, C.; Faull, K. F. Protein Sci. 1998, 7 (6) 1423-1430
61. Whitelegge, J. P.; le Coutre, J.; Lee, J. C.; Engel, C. K.; Privé, G. G.; Faull, K. F.; Kaback, H. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96 (19) 10695-10698
62. Whitelegge, J. P.; Aguilera, R.; Zhang, H.; Taylor, R.; Cramer, W. A. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1 (10) 816-827
63. le Coutre, J.; Whitelegge, J. P.; Gross, A.; Turk, E.; Wright, E. M.; Kaback, H. R.; Faull, K. F. Biochemistry 2000, 39 (15) 4237-4242
64. Gómez, S. M.; Nishio, J. N.; Faull, K. F.; Whitelegge, J. P. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1 (1) 45-59
65. Gómez, S. M.; Bil', K. Y.; Aguilera, R.; Nishio, J. N.; Faull, K. F.; Whitelegge, J. P. Mol. Cell. Proteomics 2003, 2 (10) 1068-85
66. Carroll, J.; Fearnley, I. M.; Walker, J. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103 (44) 16170-16175
67. Whitelegge, J. P. Plant Physiol. Biochem. 2004, 42 (12) 919-927
68. Whitelegge, J. P. Trends Anal. Chem. 2005, 24 (7) 576-582
69. Whitelegge, J. P. Photosyn. Res. 2003, 78 (3) 265-277
70. Whitelegge, J. P.; Halgand, F.; Souda, P.; Zabrouskov, V. Expert Rev. Proteomics 2006, 3 (6) 585-596
71. Zabrouskov, V.; Whitelegge, J. P. J. Proteome Res. 2007, 6 (6) 2205-2210
72. Ryan, C. M.; Souda, P.; Bassilian, S.; Ujwal, R.; Zhang, J.; Abramson, J.; Ping, P.; Durazo, A.; Bowie, J. U.; Hasan, S.; Baniulis, D.; Cramer, W. A.; Faull, K. F.; Whitelegge, J. P. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9 (5) 791-803
73. Howery, A. E.; Elvington, S.; Abraham, S. J.; Choi, K.-H.; Philips, S.; Ryan, C. M.; Sanford, R. L.; Simpson-Dworschak, S.; Almqvist, J.; Tran, K.; Chew, T. A.; Zachariae, U.; Andersen, O. S.; Whitelegge, J. P.; Matulef, K.; Du Bois, J.; Maduke, M. Chem. Biol. 2012, 19 (11) 1460-1470
74. Tran, J. C.; Zamdborg, L.; Ahlf, D. R.; Lee, J. E.; Catherman, A. D.; Durbin, K. R.; Tipton, J. D.; Vellaichamy, A.; Kellie, J. F.; Li, M.; Wu, C.; Sweet, S. M.; Early, B. P.; Siuti, N.; LeDuc, R. D.; Compton, P. D.; Thomas, P. M.; Kelleher, N. L. Nature 2011, 480 (7376) 254-258
75. Loo, J. A. Mass Spectrom. Rev. 1997, 16 (1) 1-23
76. Miranker, A. D. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10 (5) 601-606
77. Sobott, F.; Robinson, C. V. Curr. Opin. Struct. Biol. 2002, 12 (6) 729-34
78. Ilag, L. L.; Ubarretxena-Belandia, I.; Tate, C. G.; Robinson, C. V. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126 (44) 14362-14363
79. Barrera, N. P.; Di Bartolo, N.; Booth, P. J.; Robinson, C. V. Science 2008, 321 (5886) 243-246
80. Lin, H. T.; Bavro, V. N.; Barrera, N. P.; Frankish, H. M.; Velamakanni, S.; van Veen, H. W.; Robinson, C. V.; Borges-Walmsley, M. I.; Walmsley, A. R. J. Biol. Chem. 2009, 284 (2) 1145-1154
81. Kleinekofort, W.; Pfenninger, A.; Plomer, T.; Christian, G.; Brutschy, B. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1996, 156 (3) 195-202
82. Morgner, N.; Kleinschroth, T.; Barth, H. D.; Ludwig, B.; Brutschy, B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007, 18 (8) 1429-1438
83. Meier, T.; Morgner, N.; Matthies, D.; Pogoryelov, D.; Keis, S.; Cook, G. M.; Dimroth, P.; Brutschy, B. Mol. Microbiol. 2007, 65 (5) 1181-1192
84. Morgner, N.; Zickermann, V.; Kerscher, S.; Wittig, I.; Abdrakhmanova, A.; Barth, H. D.; Brutschy, B.; Brandt, U. Biochim. Biophys. Acta 2008, 1777 (10) 1384-1391
85. Sokolova, L.; Wittig, I.; Barth, H. D.; Schägger, H.; Brutschy, B.; Brandt, U. Proteomics 2010, 10 (7) 1401-1407
86. Zhou, M.; Morgner, N.; Barrera, N. P.; Politis, A.; Isaacson, S. C.; Matak-Vinković, D.; Murata, T.; Bernal, R. A.; Stock, D.; Robinson, C. V. Science 2011, 334 (6054) 380-385
87. Barrera, N. P.; Robinson, C. V. Annu. Rev. Biochem. 2011, 80, 247-271
88. Laganowsky, A.; Reading, E.; Hopper, J. T. S.; Robinson, C. V. Nat. Protoc. 2012, in press.
89. Weinglass, A.; Whitelegge, J. P.; Hu, Y.; Verner, G.; Faull, K. F.; Kaback, H. R. EMBO J. 2003, 22 (7) 1467-1477
90. Abramson, J.; Smirnova, I.; Kasho, V.; Verner, G.; Kaback, H. R.; Iwata, S. Science 2003, 301 (5633) 610-615
91. Jacobsen, R. B.; Sale, K. L.; Ayson, M. J.; Novak, P.; Hong, J.; Lane, P.; Wood, N. L.; Kruppa, G. H.; Young, M. M.; Schoeniger, J. S. Protein Sci. 2006, 15 (6) 1303-1317
92. Kawaguchi, R.; Yu, J.; Honda, J.; Hu, J.; Whitelegge, J. P.; Ping, P.; Wiita, P.; Bok, D.; Sun, H. Science 2007, 315 (5813) 820-825
93. Angel, T. E.; Gupta, S.; Jastrzebska, B.; Palczewski, K.; Chance, M. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106 (34) 14367-14372
94. Orban, T.; Jastrzebska, B.; Gupta, S.; Wang, B.; Miyagi, M.; Chance, M. R.; Palczewski, K. Structure 2012, 20 (5) 826-840
95. Hambly, D. M.; Gross, M. L. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16 (12) 2057-2063
96. Pan, Y.; Piyadasa, H.; O'Neil, J. D.; Konermann, L. J. Mol. Biol. 2012, 416 (3) 400-413
97. Pan, Y.; Ruan, X.; Valvano, M. A.; Konermann, L. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2012, 23 (5) 889-988
98. Demmers, J. A.; Haverkamp, J.; Heck, A. J.; Koeppe, R. E., 2nd; Killian, J. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97 (7) 3189-3194
99. Busenlehner, L. S.; Codreanu, S. G.; Holm, P. J.; Bhakat, P.; Hebert, H.; Morgenstern, R.; Armstrong, R. N. Biochemistry 2004, 43 (35) 11145-11152
100. Whitelegge, J. Science 2011, 334 (6054) 320-321
101. Barrera, N. P.; Zhou, M.; Robinson, C. V. Trends Cell Biol. 2013, 23 (1) 1-8
102. le Coutre, J.; Kaback, H. R.; Patel, C. K.; Heginbotham, L.; Miller, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95 (11) 6114-6117
103. Zhang, X.; Chien, E. Y.; Chalmers, M. J.; Pascal, B. D.; Gatchalian, J.; Stevens, R. C.; Griffin, P. R. Anal. Chem. 2010, 82 (3) 1100-1108
104. Chung, K. Y.; Rasmussen, S. G.; Liu, T.; Li, S.; DeVree, B. T.; Chae, P. S.; Calinski, D.; Kobilka, B. K.; Woods, V. L., Jr.; Sunahara, R. K. Nature 2011, 477 (7366) 611-615
105. West, G. M.; Chien, E. Y.; Katritch, V.; Gatchalian, J.; Chalmers, M. J.; Stevens, R. C.; Griffin, P. R. Structure 2011, 19 (10) 1424-1432
106. Westfield, G. H.; Rasmussen, S. G.; Su, M.; Dutta, S.; DeVree, B. T.; Chung, K. Y.; Calinski, D.; Velez-Ruiz, G.; Oleskie, A. N.; Pardon, E.; Chae, P. S.; Liu, T.; Li, S.; Woods, V. L., Jr.; Steyaert, J.; Kobilka, B. K.; Sunahara, R. K.; Skiniotis, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108 (38) 16086-16091
107. Denisov, I. G.; Grinkova, Y. V.; Lazarides, A. A.; Sligar, S. G. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126 (11) 3477-3487
108. Ujwal, R.; Bowie, J. U. Methods 2011, 55 (4) 337-341
109. Hebling, C. M.; Morgan, C. R.; Stafford, D. W.; Jorgenson, J. W.; Rand, K. D.; Engen, J. R. Anal. Chem. 2010, 82 (13) 5415-5419
110. Marty, M. T.; Zhang, H.; Cui, W.; Blankenship, R. E.; Gross, M. L.; Sligar, S. G. Anal. Chem. 2012, 84 (21) 8957-8960
111. Leney, A. C.; McMorran, L. M.; Radford, S. E.; Ashcroft, A. E. Anal. Chem. 2012, 84 (22) 9841-9847
112. Zhang, H.; Shen, W.; Rempel, D.; Monsey, J.; Vidavsky, I.; Gross, M. L.; Bose, R. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10 (6 M110.005678
113. Wen, J.; Zhang, H.; Gross, M. L.; Blankenship, R. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106 (15) 6134-6139