Specific conformational states of ras GTPase upon effector binding

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 9, Issue 1, 2013, Pages 738-749

  Baussand, Julie ^a   Kleinjung, Jens ^a  

^a NATIONAL INSTITUTE FOR MEDICAL RESEARCH   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84872129937     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct3007265     Document Type: Article

References (54)

1. Schubbert, S.; Shannon, K.; Bollag, G. Nat. Rev. Cancer 2007, 7, 295-308
2. Corbett, K.; Alber, T. Trends Biochem. Sci. 2001, 26, 710-716
3. Spoerner, M.; Herrmann, C.; Vetter, I. R.; Kalbitzer, H. R.; Wittinghofer, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001, 98, 4944-4949
4. Shima, F.; Ijiri, Y.; Muraoka, S.; Liao, J.; Ye, M.; Araki, M.; Matsumoto, K.; Yamamoto, N.; Sugimoto, T.; Yoshikawa, Y.; Kumasaka, T.; Yamamoto, M.; Tamura, A.; Kataoka, T. J. Biol. Chem. 2010, 285, 22696-22705
5. Grant, B. J.; Gorfe, A. A.; McCammon, J. A. PLoS Comput. Biol. 2009, 5, e1000325
6. Abankwa, D.; Hanzal-Bayer, M.; Ariotti, N.; Plowmanmpm, S. J.; Gorfe, A. A.; Parton, R. G.; McCammon, J. A. EMBO J. 2008, 27, 727-735
7. Abankwa, D.; Gorfe, A. A.; Hancock, J. F. Cell Cycle 2008, 7, 2667-2673
8. Abankwa, D.; Gorfe, A. A.; Inder, K.; Hancock, J. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010, 107, 1130-1135
9. Ponting, C. P.; Benjamin, D. R. Trends Biochem. Sci. 1996, 21, 422-425
10. Rodriguez-Viciana, P.; Sabatier, C.; McCormick, F. Mol. Cell. Biol. 2004, 24, 4943-4954
11. Wohlgemuth, S.; Kiel, C.; Krämer, A.; Serrano, L.; Wittinghofer, F.; Herrmann, C. J. Mol. Biol. 2005, 348, 741-758
12. Kiel, C.; Wohlgemuth, S.; Rousseau, F.; Schymkowitz, J.; Ferkinghoff-Borg, J.; Wittinghofer, F.; Serrano, L. J. Mol. Biol. 2005, 348, 759-775
13. Akasaka, K.; Tamada, M.; Wang, F.; Kariya, K.; Shima, F.; Kikuchi, A.; Yamamoto, M.; Shirouzu, M.; Yokoyama, S.; Kataoka, T. J. Biol. Chem. 1996, 271, 5353-5360
14. Heo, W. D.; Meyer, T. Cell 2003, 113, 315-328
15. Gohlke, H.; Kuhn, L. A.; Case, D. A. Proteins 2004, 56, 322-337
16. Gohlke, H.; Kiel, C.; Case, D. A. J. Mol. Biol. 2003, 330, 891-913
17. Tomić, S.; Bertosa, B.; Wang, T.; Wade, R. C. Proteins 2007, 67, 435-447
18. Rudolph, M. G.; Linnemann, T.; Grünewald, P.; Wittinghofer, A.; Vetter, I. R.; Herrmann, C. J. Biol. Chem. 2001, 276, 23914-23921
19. Kiel, C.; Serrano, L.; Herrmann, C. J. Mol. Biol. 2004, 340, 1039-1058
20. Vetter, I. R.; Linnemann, T.; Wohlgemuth, S.; Geyer, M.; Kalbitzer, H. R.; Herrmann, C.; Wittinghofer, A. FEBS Lett. 1999, 451, 175-180
21. Wittinghofer, A.; Waldmann, H. Angew. Chem., Int. Ed. 2000, 39, 4192-4214
22. Pacold, M. E.; Suire, S.; Perisic, O.; Lara-Gonzalez, S.; Davis, C. T.; Walker, E. H.; Hawkins, P. T.; Stephens, L.; Eccleston, J. F.; Williams, R. L. Cell 2000, 103, 931-943
23. Scheffzek, K.; Grünewald, P.; Wohlgemuth, S.; Kabsch, W.; Tu, H.; Wigler, M.; Wittinghofer, A.; Herrmann, C. Structure 2001, 9, 1043-1050
24. Fuentes, G.; Valencia, A. Trends Biochem. Sci. 2009, 34, 533-539
25. Arai, Y.; Iwane, A. H.; Wazawa, T.; Yokota, H.; Ishii, Y.; Kataoka, T.; Yanagida, T. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2006, 343, 809-815
26. Hota, P. K.; Buck, M. Protein Sci. 2009, 18, 1060-1071
27. Filchtinski, D.; Sharabi, O.; Rüppel, A.; Vetter, I. R.; Herrmann, C.; Shifman, J. M. J. Mol. Biol. 2010, 399, 422-435
28. Scheidig, A. J.; Burmester, C.; Goody, R. S. Structure 1999, 7, 1311-1324
29. Huang, L.; Hofer, F.; Martin, G. S.; Kim, S. H. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 422-426
30. Bunney, T. D.; Harris, R.; Gandarillas, N. L.; Josephs, M. B.; Roe, S. M.; Sorli, S. C.; Paterson, H. F.; Rodrigues-Lima, F.; Esposito, D.; Ponting, C. P.; Gierschik, P.; Pearl, L. H.; Driscoll, P. C.; Katan, M. Mol. Cell 2006, 21, 495-507
31. Sali, A.; Blundell, T. L. J. Mol. Biol. 1993, 234, 779-815
32. Shen, M.-Y.; Sali, A. Protein Sci. 2006, 15, 2507-2524
33. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435-447
34. Berweger, D.; van Gunsteren, W. F.; Müller-Plathe, F. Chem. Phys. Lett. 1995, 232, 429-436
35. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; Di Nola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690
36. Ryckaert, J.-P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Chem. Phys. 1977, 23, 327-341
37. Gorfe, A. A.; Grant, B. J.; McCammon, J. A. Structure 2008, 16, 885-896
38. Pandini, A.; Fornili, A.; Kleinjung, J. BMC Bioinf. 2010, 11, 97
39. Pirovano, W.; Feenstra, K. A.; Heringa, J. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 6540-6548
40. Michener, C.; Sokal, R. Evolution 1957, 11, 490-499
41. R: A Language and Environment for Statistical Computing; R Foundation for Statistical Computing: Vienna, Austria, 2010.
42. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33-38
43. Ito, Y.; Yamasaki, K.; Iwahara, J.; Terada, T.; Kamiya, A.; Shirouzu, M.; Muto, Y.; Kawai, G.; Yokoyama, S.; Laue, E.; Wülchli, M.; Shibata, T.; Nishimura, S.; Miyazawa, T. Biochemistry 1997, 36, 9109-9119
44. Ma, J.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997, 94, 11905-11910
45. Linnemann, T.; Kiel, C.; Herter, P.; Herrmann, C. J. Biol. Chem. 2002, 277, 7831-7837
46. Schultz, J.; Milpetz, F.; Bork, P.; Ponting, C. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998, 95, 5857-5864
47. Letunic, I.; Doerks, T.; Bork, P. Nucleic Acids Res. 2009, 37, D229-D232
48. White, M.; Nicolette, C.; Minden, A.; Polverino, A.; Van Aelst, L.; Karin, M.; Wigler, M. Cell 1995, 80, 533-541
49. Rodriguez-Viciana, P.; Warne, P. H.; Khwaja, A.; Marte, B. M.; Pappin, D.; Das, P.; Waterfield, M. D.; Ridley, A.; Downward, J. Cell 1997, 89, 457-467
50. Geyer, M.; Herrmann, C.; Wohlgemuth, S.; Wittinghofer, A.; Kalbitzer, H. R. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 694-699
51. Huber, F.; Grrünewald, P.; Sprörner, M.; Wohlgemuth, S.; Herrmann, C.; Kalbitzer, H. R. Structure 2001, 9, 1029-1041
52. Grant, B. J.; McCammon, J. A.; Gorfe, A. A. Biophys. J. 2010, 99, L87-L89
53. Kobayashi, C.; Saito, S. Biophys. J. 2010, 99, 3726-3734
54. Spoerner, M.; Hozsa, C.; Poetzl, J. A.; Reiss, K.; Ganser, P.; Geyer, M.; Kalbitzer, H. R. J. Biol. Chem. 2010, 285, 39768-39778