Chaperone probes and bead-based enhancement to improve the direct detection of mRNA using silicon photonic sensor arrays

Analytical Chemistry

Volumn 84, Issue 18, 2012, Pages 8067-8074

  Kindt, Jared T ^a   Bailey, Ryan C ^a  

^a UNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA CHAMPAIGN   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANALYTES; BINDING KINETICS; BIOMOLECULAR BINDING; CHAPERONE MOLECULES; DIRECT DETECTION; DYNAMIC RANGE; EXPRESSION PROFILING; HL-60 CELL LINE; MICRORINGS; ORDERS OF MAGNITUDE; RESONANT WAVELENGTHS; SECONDARY STRUCTURES; SENSING PLATFORMS; SENSITIVE ANALYSIS; SIGNAL ENHANCEMENT; SILICON PHOTONICS; SIMPLIFIED ANALYSIS; TEMPERATURE RAMPING;

CELL CULTURE; PHOTONIC DEVICES; POLYMERASE CHAIN REACTION; REFRACTIVE INDEX; RNA; SENSORS;

PROBES;

MESSENGER RNA; MICROSPHERE; NANOPARTICLE; SILICON;

ARTICLE; CELL STRAIN HL 60; CHEMISTRY; GENETIC PROCEDURES; HUMAN; KINETICS; MICROARRAY ANALYSIS; MOLECULAR PROBE; PHOTON;

BIOSENSING TECHNIQUES; HL-60 CELLS; HUMANS; KINETICS; MICROARRAY ANALYSIS; MICROSPHERES; MOLECULAR PROBES; NANOPARTICLES; PHOTONS; RNA, MESSENGER; SILICON;

EID: 84866419569     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac3019813     Document Type: Article

References (57)

1. Yu, X.; Schneiderhan-Marra, N.; Joos, T. O. Clin. Chem. 2010, 56, 376
2. Robin, X.; Turck, N.; Hainard, A.; Lisacek, F.; Sanchez, J. C.; Muller, M. Expert Rev. Proteomics 2009, 6, 675
3. Ginsburg, G. S.; Haga, S. B. Expert Rev. Mol. Diagn. 2006, 6, 179
4. McKee, A. E.; Silver, P. A. Cell Res. 2007, 17, 581
5. Ideker, T.; Galitski, T.; Hood, L. Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 2001, 2, 343
6. Weston, A. D.; Hood, L. J. Proteome Res. 2004, 3, 179
7. Kitano, H. Science 2002, 295, 1662
8. Sunde, R. A. J. Nutr. Biochem. 2010, 21, 665
9. Chung, C. H.; Bernard, P. S.; Perou, C. M. Nat. Genet. 2002, 32, 533
10. Ramaswamy, S.; Tamayo, P.; Rifkin, R.; Mukherjee, S.; Yeang, C. H.; Angelo, M.; Ladd, C.; Reich, M.; Latulippe, E.; Mesirov, J. P.; Poggio, T.; Gerald, W.; Loda, M.; Lander, E. S.; Golub, T. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 15149
11. Giaever, G.; Chu, A. M.; Ni, L.; Connelly, C.; Riles, L.; Veronneau, S.; Dow, S.; Lucau-Danila, A.; Anderson, K.; Andre, B.; Arkin, A. P.; Astromoff, A.; El-Bakkoury, M.; Bangham, R.; Benito, R.; Brachat, S.; Campanaro, S.; Curtiss, M.; Davis, K.; Deutschbauer, A.; Entian, K. D.; Flaherty, P.; Foury, F.; Garfinkel, D. J.; Gerstein, M.; Gotte, D.; Guldener, U.; Hegemann, J. H.; Hempel, S.; Herman, Z.; Jaramillo, D. F.; Kelly, D. E.; Kelly, S. L.; Kotter, P.; LaBonte, D.; Lamb, D. C.; Lan, N.; Liang, H.; Liao, H.; Liu, L.; Luo, C.; Lussier, M.; Mao, R.; Menard, P.; Ooi, S. L.; Revuelta, J. L.; Roberts, C. J.; Rose, M.; Ross-Macdonald, P.; Scherens, B.; Schimmack, G.; Shafer, B.; Shoemaker, D. D.; Sookhai-Mahadeo, S.; Storms, R. K.; Strathern, J. N.; Valle, G.; Voet, M.; Volckaert, G.; Wang, C. Y.; Ward, T. R.; Wilhelmy, J.; Winzeler, E. A.; Yang, Y.; Yen, G.; Youngman, E.; Yu, K.; Bussey, H.; Boeke, J. D.; Snyder, M.; Philippsen, P.; Davis, R. W.; Johnston, M. Nature 2002, 418, 387
12. Gardner, T. S.; di Bernardo, D.; Lorenz, D.; Collins, J. J. Science 2003, 301, 102
13. Bollag, G.; Hirth, P.; Tsai, J.; Zhang, J.; Ibrahim, P. N.; Cho, H.; Spevak, W.; Zhang, C.; Zhang, Y.; Habets, G.; Burton, E. A.; Wong, B.; Tsang, G.; West, B. L.; Powell, B.; Shellooe, R.; Marimuthu, A.; Nguyen, H.; Zhang, K. Y.; Artis, D. R.; Schlessinger, J.; Su, F.; Higgins, B.; Iyer, R.; DAndrea, K.; Koehler, A.; Stumm, M.; Lin, P. S.; Lee, R. J.; Grippo, J.; Puzanov, I.; Kim, K. B.; Ribas, A.; McArthur, G. A.; Sosman, J. A.; Chapman, P. B.; Flaherty, K. T.; Xu, X.; Nathanson, K. L.; Nolop, K. Nature 2010, 467, 596
14. Druker, B. J.; Lydon, N. B. J. Clin. Invest. 2000, 105, 3
15. Mdivani, N.; Li, H.; Akhalaia, M.; Gegia, M.; Goginashvili, L.; Kernodle, D. S.; Khechinashvili, G.; Tang, Y. W. Clin. Chem. 2009, 55, 1694
16. Hudis, C. A. N. Engl. J. Med. 2007, 357, 39
17. Carrascosa, L. G.; Gomez-Montes, S.; Avino, A.; Nadal, A.; Pla, M.; Eritja, R.; Lechuga, L. M. Nucleic Acids Res. 2012, 40
18. Saiki, R. K.; Gelfand, D. H.; Stoffel, S.; Scharf, S. J.; Higuchi, R.; Horn, G. T.; Mullis, K. B.; Erlich, H. A. Science 1988, 239, 487
19. Lockhart, D. J.; Winzeler, E. A. Nature 2000, 405, 827
20. Nolan, T.; Hands, R. E.; Bustin, S. A. Nat. Protoc. 2006, 1, 1559
21. Velculescu, V. E.; Zhang, L.; Vogelstein, B.; Kinzler, K. W. Science 1995, 270, 484
22. Takahashi, H.; Matsumoto, A.; Sugiyama, S.; Kobori, T. Anal. Biochem. 2010, 401, 242
23. Jin-Lee, H.; Goodrich, T. T.; Corn, R. M. Anal. Chem. 2001, 73, 5525
24. Lee, A. C.; Dai, Z.; Chen, B.; Wu, H.; Wang, J.; Zhang, A.; Zhang, L.; Lim, T. M.; Lin, Y. Anal. Chem. 2008, 80, 9402
25. Wu, M. S.; Qian, G. S.; Xu, J. J.; Chen, H. Y. Anal. Chem. 2012, 84, 5407
26. Fang, Z.; Kelley, S. O. Anal. Chem. 2009, 81, 612
27. Chen, X.; Roy, S.; Peng, Y.; Gao, Z. Anal. Chem. 2010, 82, 5958
28. Qavi, A. J.; Mysz, T. M.; Bailey, R. C. Anal. Chem. 2011, 83, 6827
29. Qavi, A. J.; Bailey, R. C. Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 49, 4608
30. Qavi, A. J.; Kindt, J. T.; Gleeson, M. A.; Bailey, R. C. Anal. Chem. 2011, 83, 5949
31. Xu, D. X.; Densmore, A.; Delage, A.; Waldron, P.; McKinnon, R.; Janz, S.; Lapointe, J.; Lopinski, G.; Mischki, T.; Post, E.; Cheben, P.; Schmid, J. H. Opt. Express 2008, 16, 15137
32. Claes, T.; Molera, J. G.; De Vos, K.; Schacht, E.; Baets, R.; Bienstman, P. IEEE Photonics J. 2009, 1, 197
33. De Vos, K.; Girones, J.; Claes, T.; De Koninck, Y.; Popelka, S.; Schacht, E.; Baets, R.; Bienstman, P. IEEE Photonics J. 2009, 1, 225
34. Xu, D. X.; Vachon, M.; Densmore, A.; Ma, R.; Delâge, A.; Janz, S.; Lapointe, J.; Li, Y.; Lopinski, G.; Zhang, D.; Liu, Q. Y.; Cheben, P.; Schmid, J. H. Opt. Lett. 2010, 35, 2771
35. Kirk, J. T.; Fridley, G. E.; Chamberlain, J. W.; Christensen, E. D.; Hochberg, M.; Ratner, D. M. Lab Chip 2011, 11, 1372
36. Luchansky, M. S.; Washburn, A. L.; Martin, T. A.; Iqbal, M.; Gunn, L. C.; Bailey, R. C. Biosens. Bioelectron. 2010, 26, 1283
37. Washburn, A. L.; Gomez, J.; Bailey, R. C. Anal. Chem. 2011, 83, 3572
38. Luchansky, M. S.; Bailey, R. C. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 20500
39. Washburn, A. L.; Luchansky, M. S.; Bowman, A. L.; Bailey, R. C. Anal. Chem. 2010, 82, 69
40. Washburn, A. L.; Gunn, L. C.; Bailey, R. C. Anal. Chem. 2009, 81, 9499
41. Ramachandran, A.; Wang, S.; Clarke, J.; Ja, S. J.; Goad, D.; Wald, L.; Flood, E. M.; Knobbe, E.; Hryniewicz, J. V.; Chu, S. T.; Gill, D.; Chen, W.; King, O.; Little, B. E. Biosens. Bioelectron. 2008, 23, 939
42. McClellan, M. S.; Domier, L. L.; Bailey, R. C. Biosens. Bioelectron. 2012, 31, 388
43. Bonello, T. T.; Stehn, J. R.; Gunning, P. W. Future Med. Chem. 2009, 1, 1311
44. Gearhart, J.; Pashos, E. E.; Prasad, M. K. N. Engl. J. Med. 2007, 357, 1469
45. Shahzad, A.; Knapp, M.; Lang, I.; Kohler, G. Int. Arch. Med. 2010, 3, 11
46. Pelengaris, S.; Khan, M.; Evan, G. I. Cell 2002, 109, 321
47. Iqbal, M.; Gleeson, M. A.; Spaugh, B.; Tybor, F.; Gunn, W. G.; Hochberg, M.; Baehr-Jones, T.; Bailey, R. C.; Gunn, L. C. IEEE J. Sel. Top. Quantum Electron. 2010, 16, 654
48. Sayers, E. W.; Barrett, T.; Benson, D. A.; Bolton, E.; Bryant, S. H.; Canese, K.; Chetvernin, V.; Church, D. M.; DiCuccio, M.; Federhen, S.; Feolo, M.; Fingerman, I. M.; Geer, L. Y.; Helmberg, W.; Kapustin, Y.; Krasnov, S.; Landsman, D.; Lipman, D. J.; Lu, Z. Y.; Madden, T. L.; Madej, T.; Maglott, D. R.; Marchler-Bauer, A.; Miller, V.; Karsch-Mizrachi, I.; Ostell, J.; Panchenko, A.; Phan, L.; Pruitt, K. D.; Schuler, G. D.; Sequeira, E.; Sherry, S. T.; Shumway, M.; Sirotkin, K.; Slotta, D.; Souvorov, A.; Starchenko, G.; Tatusova, T. A.; Wagner, L.; Wang, Y. L.; Wilbur, W. J.; Yaschenko, E.; Ye, J. Nucleic Acids Res. 2012, 40, D13
49. Wei, T.; Pearson, M. N.; Armstrong, K.; Blohm, D.; Liu, J. Mol. BioSyst. 2012, 8, 1325
50. Squires, T. M.; Messinger, R. J.; Manalis, S. R. Nat. Biotechnol. 2008, 26, 417
51. Zuker, M. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 3406
52. Collins, S. J.; Ruscetti, F. W.; Gallagher, R. E.; Gallo, R. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1978, 75, 2458
53. Colbert, D. A.; Fontana, J. A.; Bode, U.; Deisseroth, A. B. Cancer Res. 1983, 43, 229
54. Collins, S. J. Blood 1987, 70, 1233
55. van de Corput, M. P.; Dirks, R. W.; van Gijlswijk, R. P.; van Binnendijk, E.; Hattinger, C. M.; de Paus, R. A.; Landegent, J. E.; Raap, A. K. J. Histochem. Cytochem. 1998, 46, 1249
56. Shagin, D. A.; Rebrikov, D. V.; Kozhemyako, V. B.; Altshuler, I. M.; Shcheglov, A. S.; Zhulidov, P. A.; Bogdanova, E. A.; Staroverov, D. B.; Rasskazov, V. A.; Lukyanov, S. Genome Res. 2002, 12, 1935
57. Nelson, P. T.; Baldwin, D. A.; Scearce, L. M.; Oberholtzer, J. C.; Tobias, J. W.; Mourelatos, Z. Nat. Methods 2004, 1, 155