Multiplexed detection and label-free quantitation of microRNAs using arrays of silicon photonic microring resonators

Angewandte Chemie - International Edition

Volumn 49, Issue 27, 2010, Pages 4608-4611

  Qavi, Abraham J ^a   Bailey, Ryan C ^a  

^a UNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA CHAMPAIGN   (United States)

Author keywords

Analytical methods; Biosensors; Oligonucleotides; RNA

Indexed keywords

ANALYTICAL METHOD; ANALYTICAL METHODS; DIRECT PROFILING; LABEL FREE; MICRORINGS; MICRORNAS; MULTIPLEXED DETECTION; SENSITIVE DETECTION; SILICON PHOTONICS;

LABELS; OLIGONUCLEOTIDES; OPTICAL RESONATORS; PHOTONIC DEVICES; RNA;

BIOSENSORS;

MICRORNA; SILICON;

ARTICLE; CHEMISTRY; DNA MICROARRAY; INSTRUMENTATION; METHODOLOGY; PHOTON; SCANNING ELECTRON MICROSCOPY; ULTRASTRUCTURE;

MICRORNAS; MICROSCOPY, ELECTRON, SCANNING; OLIGONUCLEOTIDE ARRAY SEQUENCE ANALYSIS; PHOTONS; SILICON;

EID: 77953923772     PISSN: 14337851     EISSN: 15213773     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/anie.201001712     Document Type: Article

References (44)

1. R. C. Lee, R. L. Feinbaum, V. Ambros, Cell 1993, 75, 843.
2. C. D. Johnson, A. Esquela-Kerscher, G. Stefani, N. Byrom, K Kelnar, D. Ovcharenko, M. Wilson, X. W. Wang, J. Shelton, J Shingara, L. Chin, D. Brown, F. I Slack, Cancer Res. 2007, 67, 7713.
3. M. Jovanovic, M. O. Hengartner, Oncogene 2006, 25, 6176.
4. E. Wienholds, W. P. Kloosterman, E. Miska, E. Alvarez-Saave- dra, E. Berezikov, E. de Bruijn, H. R. Horvitz, S. Kauppinen, R. H. A. Plasterk, Science 2005, 309, 310.
5. P. T. Nelson, W-X. Wang, B. W. Rajeev, Brain Pathol. 2008, 18, 130.
6. I Lu, G. Getz, E. A. Miska, E. Alvarez-Saavedra, I Lamb, D. Peck, A. Sweet-Cordero, B. L. Ebet, R. H. Mak, A. A. Ferrando, I R. Downing, T. Jacks, H. R. Horvitz, T. R. Golub, Nature 2005, 435, 834.
7. C. L. Bartels, G. I Tsongalis, Clin. Chem. 2009, 55, 623.
8. G. A. Calin, C. M. Croce, Nat. Rev. Cancer 2006, 6, 857.
9. S. S. Hebert, B. De Strooper, Science 2007, 377, 1179.
10. D. O. Perkins, C. D. Jeffries, L. F. Jarskog, I M. Thomson, K. Woods, M. A. Newman, J. S. Parker, J. P. Jin, S. M. Hammond, Genome Biol. 2007, 8, R27.
11. A. Schaefer, D. O'Carroll, C. L. Tan, D. Hillman, M. Sugimori, R. Llinas, P. Greengard, J. Exp. Med. 2007, 204, 1553.
12. X. Tang, G. Tang, S. Özcan, Biochim. Biophys. Acta Gene Regul. Meek 2008, 1779, 697.
13. P. Muhonen, H. Holthofer, Nephrol. Dial Transplant 2009, 24, 1088.
14. M. D. Walker, Diabetes 2008, 57, 2567.
15. A. W. Wark, H. J. Lee, R. M. Corn, Angew. Chem. 2008, 120, 654;
16. Angew. Chem. Int. Ed. 2008, 47, 644.
17. I Li, B. Yao, H. Huang, Z. Wang, C. Sun, Y. Fan, Q. Chang, S. Li, X. Wang, I Xi, Anal. Chem. 2009, 81, 5446.
18. C. K. Raymond, B. S. Roberts, P. Garrett-Engele, L. P. Lim, I M. Johnson, RNA 2005, 77,1737.
19. C. F. Chen, D. A. Ridzon, A. J. Broomer, Z. H. Zhou, D. H. Lee, J. T. Nguyen, M. Barbisin, N. L. Xu, V. R. Mahuvakar, M. R. Andersen, K. Q. Lao, K. J. Livak, K. I Guegler, Nucleic Acids Res. 2005, 33, el79.
20. K. A. Cissell, S. Shrestha, S. K. Deo, Anal. Chem. 2007, 79, 4754.
21. R.-Q. Liang, W Li, Y. Li, C.-y. Tan, J.-X. Li, Y-X. Jin, K.-C. Ruan, Nucleic Acids Res. 2005,33, e.17.
22. S. Fang, H.J. Lee, A. W. Wark, R. M. Corn, J. Am. Chem. Soc. 2006,128, 14044.
23. S. P. Jonstrup, I Koch, I Kjems, RNA 2006, 12, 1747.
24. J. Li, S. Schachermeyer, Y. Wang, Y. Yin, W Zhong, Anal. Chem. 2009, 81, 9723.
25. Y. Q. Cheng, X. Zhang, Z. P. Li, X. X. Jiao, Y. C. Wang, Y. L. Zhang, Angew. Chem. 2009, 727, 3318;
26. Angew. Chem. Int. Ed, 2009, 48, 3268.
27. H. Yang, A. Hui, G. Pampalakis, L. Soleymani, F-F. Liu, E. H. Sargent, S. O. Kelley, Angew. Chem. 2009, 121, 8613;
28. Angew. Chem. Int. Ed. 2009, 48, 8461.
29. G. I Zhang, J. H. Chua, R. E. Chee, A. Agarwal, S. M. Wong, Biosens Bioelectron. 2009, 24, 2504.
30. Y. Zhang, Z. Li, Y. Cheng, X. Lv, Chem. Commun. 2009, 3172.
31. A. L. Washburn, L. C. Gunn, R. C. Bailey, Anal. Chem. 2009, 81, 9499.
32. A. L. Washburn, M. S. Luchansky, A. L. Bowman, R. C. Bailey, Anal. Chem. 2010, 82, 69.
33. M. S. Luchansky, R. C. Bailey, Anal. Chem. 2010, 82, 1975.
34. M. Iqbal, M. Gleeson, Ba Spaugh, F. Tybor, W G. Gunn, M. Hochberg, T. Baehr-Jones, R. C. Bailey, L. C. Gunn, IEEEJ. Sel. Top. Quantum Electron. 2010, DOI: 10.1109/ JSTQE.2009.2032510.
35. D. X. Xu, A. Densmore, A. Delage, P. Waldron, R. McKinnon, S. Janz, J. Lapointe, G. Lopinski, T. Mischki, E. Post, P. Cheben, I H. Schmid, Opt. Express 2008, 16, 15137.
36. C. Y. Chao, W Fung, L. J. Guo, IEEE J. Sel. Top. Quantum Electron. 2006, 12, 134.
37. A. Yalcin, K. C. Popat, I C. Aldridge, T A. Desai, I Hryniewicz, N. Chbouki, B. E. Little, O. King, V. Van, S. Chu, D. Gill, M. Anthes-Washburn, M. S. UnIu, IEEE J. Sel. Top. Quantum Electron. 2006, 72,148.
38. K. De Vos, I Girones, S. Popelka, E. Schacht, R. Baets, P. Bienstman, Biosens. Bioelectron. 2009,24, 2528.
39. A. Ramachandran, S. Wang, I Clarke, S. I Ja, D. Goad, L. Wald, E. M. Flood, E. Knobbe, J. V. Hryniewicz, S. T. Chu, D. Gill, W. Chen, O. King, B. E. Little, Biosens. Bioelectron. 2008, 23, 939.
40. M. J. Clark, N. Homer, B. D. O'Connor, Z. G. Chen, A. Eskin, H. Lee, B. Merriman, S. F. Nelson, PLoS Genet. 2010, 6, el000832.
41. http://www.attc.org.
42. A. Valoczi, C. Hornyik, N. Varga, J. Burgyan, S. Kauppinen, Z. Havelda, Nucleic Acids Res. 2004, 32, el.75.
43. P. T. Nelson, D. A. Baldwin, L. M. Scearce, J. C. Oberholtzer, J. W Tobias, Z. Mourelatos, Nat. Methods 2004, 1, 155.
44. I. Bentwich, A. Avniel, Y. Karov, R. Aharonov, S. Gilad, O. Barad, A. Barzilai, P. Einat, U. Einav, E. Meiri, E. Sharon, Y. Spector, Z. Bentwich, Nat. Genet. 2005, 37, 766.