Anti-DNA:RNA antibodies and silicon photonic microring resonators: Increased sensitivity for multiplexed microRNA detection

Analytical Chemistry

Volumn 83, Issue 15, 2011, Pages 5949-5956

  Qavi, Abraham J ^a   Kindt, Jared T ^a   Gleeson, Martin A ^b   Bailey, Ryan C ^a  

^a UNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA CHAMPAIGN   (United States)

^b Genalyte Inc   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANTIBODY CONCENTRATION; BUFFER SOLUTIONS; FUNCTIONALIZED; HIGH-THROUGHPUT; INTRINSIC SENSITIVITY; MICRORING RESONATOR; MICRORING RESONATOR ARRAYS; MICRORNAS; SENSITIVE DETECTION; SILICON PHOTONICS; SOLUTION PHASE;

ANTIBODIES; DNA; MULTIPLEXING; OPTICAL RESONATORS; PHOTONIC DEVICES; RNA;

CHEMICAL DETECTION;

ANTIBODY; DNA; MICRORNA; OLIGORIBONUCLEOTIDE; RNA; SILICON;

ANIMAL; ARTICLE; BRAIN; CHEMISTRY; IMMUNOASSAY; IMMUNOLOGY; METABOLISM; METHODOLOGY; MOUSE; NUCLEIC ACID HYBRIDIZATION; NUCLEOTIDE SEQUENCE;

ANIMALS; ANTIBODIES; BASE SEQUENCE; BRAIN; DNA; IMMUNOASSAY; MICE; MICRORNAS; NUCLEIC ACID HYBRIDIZATION; OLIGORIBONUCLEOTIDES; RNA; SILICON;

EID: 79960975346     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac201340s     Document Type: Article

References (58)

1. Bartel, D. P. Cell 2004, 116, 281-297
2. Orom, U. A.; Nielsen, F. C.; Lund, A. H. Mol. Cell 2008, 30, 460-471
3. Chen, C. Z.; Li, L.; Lodish, H. F.; Bartel, D. P. Science 2004, 303, 83-86
4. Lin, C. H.; Jackson, A. L.; Guo, J.; Linsley, P. S.; Eisenman, R. N. EMBO J. 2009, 28, 3157-3170
5. Wang, Y.; Blelloch, R. Cancer Res. 2009, 69, 4093-4096
6. Lim, L. P.; Lau, N. C.; Garrett-Engele, P.; Grimson, A.; Schelter, J. M.; Castle, J.; Bartel, D. P.; Linsley, P. S.; Johnson, J. M. Nature 2005, 433, 769-773
7. Gangaraju, V. K.; Lin, H. Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2009, 10, 116-125
8. Poethig, R. S. Curr. Opin. Genet. Dev. 2009, 19, 374-378
9. Alvarez-Garcia, I.; Miska, E. A. Development 2005, 132, 4653-4662
10. Hornstein, E.; Mansfield, J. H.; Yekta, S.; Hu, J. K.; Harfe, B. D.; McManus, M. T.; Baskerville, S.; Bartel, D. P.; Tabin, C. J. Nature 2005, 438, 671-674
11. Schratt, G. M.; Tuebing, F.; Nigh, E. A.; Kane, C. G.; Sabatini, M. E.; Kiebler, M.; Greenberg, M. E. Nature 2006, 439, 283-289
12. Fineberg, S. K.; Kosik, K. S.; Davidson, B. L. Neuron 2009, 64, 303-309
13. Chan, J. A.; Krichevsky, A. M.; Kosik, K. S. Cancer Res. 2005, 65, 6029-6033
14. Poy, M. N.; Eliasson, L.; Krutzfeldt, J.; Kuwajima, S.; Ma, X.; Macdonald, P. E.; Pfeffer, S.; Tuschl, T.; Rajewsky, N.; Rorsman, P.; Stoffel, M. Nature 2004, 432, 226-230
15. Nicoloso, M. S.; Spizzo, R.; Shimizu, M.; Rossi, S.; Calin, G. A. Nat. Rev. Cancer 2009, 9, 293-302
16. Nicoloso, M. S.; Jasra, B.; Calin, G. A. Cancer Treat. Res. 2009, 145, 169-181
17. Calin, G. A.; Croce, C. M. Cancer Res. 2006, 66, 7390-7394
18. Meola, N.; Gennarino, V. A.; Banfi, S. Pathogenetics 2009, 2, 7
19. Tsai, L. M.; Yu, D. Clin. Exp. Pharmacol. Physiol. 2010, 37, 102-107
20. Lu, J.; Getz, G.; Miska, E. A.; Alvarez-Saavedra, E.; Lamb, J.; Peck, D.; Sweet-Cordero, A.; Ebert, B. L.; Mak, R. H.; Ferrando, A. A.; Downing, J. R.; Jacks, T.; Horvitz, H. R.; Golub, T. R. Nature 2005, 435, 834-838
21. Qavi, A. J.; Kindt, J. T.; Bailey, R. C. Anal. Bioanal. Chem. 2010, 398, 2535-2549
22. Chen, C.; Ridzon, D. A.; Broomer, A. J.; Zhou, Z.; Lee, D. H.; Nguyen, J. T.; Barbisin, M.; Xu, N. L.; Mahuvakar, V. R.; Andersen, M. R.; Lao, K. Q.; Livak, K. J.; Guegler, K. J. Nucleic Acids Res. 2005, 33, e179
23. Varkonyi-Gasic, E.; Wu, R.; Wood, M.; Walton, E. F.; Hellens, R. P. Plant Methods 2007, 3, 12
24. Li, J.; Yao, B.; Huang, H.; Wang, Z.; Sun, C.; Fan, Y.; Chang, Q.; Li, S.; Wang, X.; Xi, J. Anal. Chem. 2009, 81, 5446-5451
25. Streit, S.; Michalski, C. W.; Erkan, M.; Kleeff, J.; Friess, H. Nat. Protoc. 2009, 4, 37-43
26. Ohtsuka, E.; Nishikawa, S.; Fukumoto, R.; Tanaka, S.; Markham, A. F.; Ikehara, M.; Sugiura, M. Eur. J. Biochem. 1977, 81, 285-291
27. Romaniuk, E.; McLaughlin, L. W.; Neilson, T.; Romaniuk, P. J. Eur. J. Biochem. 1982, 125, 639-643
28. Fang, S.; Lee, H. J.; Wark, A. W.; Corn, R. M. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 14044-14046
29. Nelson, P. T.; Baldwin, D. A.; Scearce, L. M.; Oberholtzer, J. C.; Tobias, J. W.; Mourelatos, Z. Nat. Methods 2004, 1, 155-161
30. Friedman, R. C.; Farh, K. K. H.; Burge, C. B.; Bartel, D. P. Genome Res. 2009, 19, 92-105
31. Wu, S.; Huang, S.; Ding, J.; Zhao, Y.; Liang, L.; Liu, T.; Zhan, R.; He, X. Oncogene 2010, 29, 2302-2308
32. Luchansky, M. S.; Bailey, R. C. Anal. Chem. 2010, 82, 1975-1981
33. Qavi, A. J.; Bailey, R. C. Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 49, 4608-4611
34. Washburn, A. L.; Gunn, L. C.; Bailey, R. C. Anal. Chem. 2009, 81, 9499-9506
35. Washburn, A. L.; Luchansky, M. S.; Bowman, A. L.; Bailey, R. C. Anal. Chem. 2010, 82, 69-72
36. Luchansky, M. S.; Washburn, A. L.; Martin, T. A.; Iqbal, M.; Gunn, L. C.; Bailey, R. C. Biosens. Bioelectron. 2010, 26, 1283-1291
37. Byeon, J. Y.; Bailey, R. C. Analyst 2011, DOI: 10.1039/C0AN00853B.
38. Casebolt, D. B.; Stephensen, C. B. J. Clin. Microbiol. 1992, 30, 608-612
39. Fliss, I.; St. Laurent, M.; Emond, E.; Simard, R. E.; Lemieux, R.; Ettriki, A.; Pandian, S. Appl. Microbiol. Biotechnol. 1995, 43, 717-724
40. Lafer, E. M.; Sousa, R.; Ali, R.; Rich, A.; Stollar, B. D. J. Biol. Chem. 1986, 261, 6438-6443
41. Riley, R. L.; Addis, D. J.; Taylor, R. P. J. Immunol. 1980, 124, 1-7
42. Stollar, B. D. FASEB J. 1994, 8, 337-342
43. Stollar, B. D.; Rashtchian, A. Anal. Biochem. 1987, 161, 387-394
44. Hu, Z.; Zhang, A.; Storz, G.; Gottesman, S.; Leppla, S. H. Nucleic Acids Res. 2006, 34, e52
45. Székvölgyi, L.; Rákosy, Z.; Bálint, B. L.; Kókai, E.; Imre, L.; Vereb, G.; Bacsó, Z.; Goda, K.; Varga, S.; Balázs, M.; Dombrádi, V.; Nagy, L.; Szabó, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 14964-14969
46. Kinney, J. S.; Viscidi, R. P.; Vonderfecht, S. L.; Eiden, J. J.; Yolken, R. H. J. Clin. Microbiol. 1989, 27, 6-12
47. Boguslawski, S. J.; Smith, D. E.; Michalak, M. A.; Mickelson, K. E.; Yehle, C. O.; Patterson, W. L.; Carrico, R. J. J. Immunol. Methods 1986, 89, 123-130
48. Šípová, H.; Zhang, S.; Dudley, A. M.; Galas, D.; Wang, K.; Homola, J. Anal. Chem. 2010, 82, 10110-10115
49. Iqbal, M.; Gleeson, M. A.; Spaugh, B.; Tybor, F.; Gunn, W. G.; Hochberg, M.; Baehr-Jones, T.; Bailey, R. C.; Gunn, L. C. IEEE J. Sel. Top. Quantum Electron. 2010, 16, 654-661
50. Babak, T.; Zhang, W.; Morris, Q.; Blencowe, B. J.; Hughes, T. R. RNA 2004, 10, 1813-1819
51. Sempere, L. F.; Freemantle, S.; Pitha-Rowe, I.; Moss, E.; Dmitrovsky, E.; Ambros, V. Genome Biol. 2004, 5.
52. Landgraf, P.; Rusu, M.; Sheridan, R.; Sewer, A.; Iovino, N.; Aravin, A.; Pfeffer, S.; Rice, A.; Kamphorst, A. O.; Landthaler, M.; Lin, C.; Socci, N. D.; Hermida, L.; Fulci, V.; Chiaretti, S.; Foa, R.; Schliwka, J.; Fuchs, U.; Novosel, A.; Muller, R. U.; Schermer, B.; Bissels, U.; Inman, J.; Phan, Q.; Chien, M. C.; Weir, D. B.; Choksi, R.; De Vita, G.; Frezzetti, D.; Trompeter, H. I.; Hornung, V.; Teng, G.; Hartmann, G.; Palkovits, M.; Di Lauro, R.; Wernet, P.; Macino, G.; Rogler, C. E.; Nagle, J. W.; Ju, J. Y.; Papavasiliou, F. N.; Benzing, T.; Lichter, P.; Tam, W.; Brownstein, M. J.; Bosio, A.; Borkhardt, A.; Russo, J. J.; Sander, C.; Zavolan, M.; Tuschl, T. Cell 2007, 129, 1401-1414
53. Chiang, H. R.; Schoenfeld, L. W.; Ruby, J. G.; Auyeung, V. C.; Spies, N.; Baek, D.; Johnston, W. K.; Russ, C.; Luo, S. J.; Babiarz, J. E.; Blelloch, R.; Schroth, G. P.; Nusbaum, C.; Bartel, D. P. Genes Dev. 2010, 24, 992-1009
54. Kaur, H.; Arora, A.; Wengel, J.; Maiti, S. Biochemistry 2006, 45, 7347-7355
55. Castoldi, M.; Schmidt, S.; Benes, V.; Noerholm, M.; Kulozik1, A. E.; Hentze, M. W.; Muckenthaler, M. U. RNA 2006, 12, 913-920
56. Yang, W. J.; Li, X. B.; Li, Y. Y.; Zhao, L. F.; He, W. L.; Gao, Y. Q.; Wan, Y. J.; Xia, W.; Chen, T.; Zheng, H.; Li, M.; Xu, S. Q. Anal. Biochem. 2008, 376, 183-188
57. Luchansky, M. S.; Washburn, A. L.; McClellan, M. S.; Bailey, R. C. Lab Chip 2011, 11, 2042-2044
58. Zhou, W. J.; Chen, Y. L.; Corn, R. M. Anal. Chem. 2011, 83, 3897-3902