Computational linear and nonlinear IR spectroscopy of amide i vibrations in proteins

Advances in Biomedical Spectroscopy

Volumn 2, Issue , 2009, Pages 224-260

  Choi, Jun Ho ^a   Cho, Minhaeng ^a  

^a Korea University   (South Korea)

Author keywords

2D IR; amide I vibration; IR; peptide; protein

Indexed keywords

EID: 84865483775     PISSN: 18750656     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: 10.3233/978-1-60750-045-2-224     Document Type: Article

References (103)

1. W. K. Surewicz and H. H. Mantsch, Biochim. Biophys. Acta 952(1988), 115-130.
2. J. Bandekar, Biochim. Biophys. Acta 1120(1992), 123-143.
3. H. Susi and D. M. Byler, Methods Enzymol. 130(1986), 290-311.
4. R. C. Lord, Appl. Spectrosc. 31(1977), 187-194.
5. M. R. Oboodi, C. Alva and M. Diem, J. Phys. Chem. 88(1984), 501-505.
6. G. M. Roberts, O. Lee, J. Calienni and M. Diem, J. Am. Chem. Soc. 110(1988), 1749-1752.
7. S. A. Asher, A. Ianoul, G. Mix, M. N. Boyden, A. Karnoup, M. Diem and R. Schweitzer-Stenner, J. Am. Chem. Soc. 123(2001), 11775-11781.
8. R. Schweitzer-Stenner, F. Eker, Q. Huang, K. Griebenow, P. A. Mroz and P. M. Kozlowski, J. Phys. Chem. B 106(2002), 4294-4304.
9. A. V. Mikhonin, S. V. Bykov, N. S. Myshakina and S. A. Asher, J. Phys. Chem. B 110(2006), 1928-1943.
10. A. V. Mikhonin, N. S. Myshakina, S. V. Bykov and S. A. Asher, J. Am. Chem. Soc. 127(2005), 7712-7720.
11. S. Krimm and J. Bandekar, Adv. Protein Chem. 38(1986), 181-364.
12. A. Barth and C. Zscherp, Q. Rev. Biophys. 35(2002), 369-430.
13. W. K. Surewicz, H. H. Mantsch and D. Chapman, Biochemistry 32(1993), 389-394.
14. J. W. Brauner, C. R. Flach and R. Mendelsohn, J. Am. Chem. Soc. 127(2005), 100-109.
15. J. Kubelka, J. Kim, P. Bour and T. A. Keiderling, Vib. Spectrosc. 42(2006), 63-73.
16. R. Schweitzer-Stenner, Vib. Spectrosc. 42(2006), 98-117.
17. A. Dong, P. Huang and W. S. Caughey, Biochemistry 29(1990), 3303-3308.
18. J. L. R. Arrondo and F. M. Goni, Prog. Biophys. Mol. Biol. 72(1999), 367-405.
19. M. Simonetti and C. D. Bello, Biopolymers 62(2001), 95-108.
20. R. Moritz, H. Fabian, U. Hahn, M. Diem and D. Naumann, J. Am. Chem. Soc. 124(2002), 6259-6264.
21. S. M. Decatur and J. Antonic, J. Am. Chem. Soc. 121(1999), 11914-11915.
22. S. M. Decatur, Acc. Chem. Res. 39(2006), 169-175.
23. D. M. Byler and H. Susi, Biopolymers 25(1986), 469-487.
24. H. Susi and D. M. Byler, Biochem. Biophys. Res. Commun. 115(1983), 391-397.
25. M. Jackson, P. I. Haris and D. Chapman, J. Mol. Struct. 214(1989), 329-355.
26. S. J. Prestrelski, D. M. Byler and M. P. Thompson, Biochemistry 30(1991), 8797-8804.
27. D. C. Lee, P. I. Haris, D. Chapman and R. C. Mitchell, Biochemistry 29(1990), 9185-9193.
28. S. Ham, S. Cha, J.-H. Choi and M. Cho, J. Chem. Phys. 119(2003), 1451-1461.
29. J.-H. Choi, S. Ham and M. Cho, J. Phys. Chem. B 107(2003), 9132-9138.
30. J.-H. Choi, H. Lee, K.-K. Lee, S. Hahn and M. Cho, J. Chem. Phys. 126(2007), 045102.
31. Circular Dichroism: Principles and Applications, N. Berova, K. Nakanishi and R. W. Woody, ed., Wiley-VCH, New York, 2000.
32. J.-H. Choi and M. Cho, J. Chem. Phys. 120(2004), 4383-4392.
33. J.-H. Choi, J.-S. Kim and M. Cho, J. Chem. Phys. 122(2005), 174903.
34. P. Hamm, M. Lim and R. M. Hochstrasser, J. Phys. Chem. B 102(1998), 6123-6138.
35. C. Fang, J. Wang, Y. S. Kim, A. K. Charnley, W. Barber-Armstrong, A. B. Smith III, S. M. Decatur and R. M. Hochstrasser, J. Phys. Chem. B 108(2004), 10415-10427.
36. P. Hamm, M. Lim, W. F. DeGrado and R. M. Hochstrasser, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 96(1999), 2036-2041.
37. N. Demirdoven, C. M. Cheatum, H. S. Chung, M. Khalil, J. Knoester and A. Tokmakoff, J. Am. Chem. Soc. 126(2004), 7981-7990.
38. C. Kolano, J. Helbing, M. Kozinski, W. Sander and P. Hamm, Nature 444(2006), 469-472.
39. H. Maekawa, C. Toniolo, A. Moretto, Q. B. Broxterman and N.-H. Ge, J. Phys. Chem. B 110(2006), 5834-5837.
40. P. Mukherjee, I. Kass, I. T. Arkin and M. T. Zanni, J. Phys. Chem. B 110(2006), 24740-24749.
41. S. Woutersen and P. Hamm, J. Chem. Phys. 115(2001), 7737-7743.
42. A. T. Krummel, P. Mukherjee and M. T. Zanni, J. Phys. Chem. B 107(2003), 9165-9169.
43. A. T. Krummel and M. T. Zanni, J. Phys. Chem. B 110(2006), 13991-14000.
44. Y. S. Kim and R. M. Hochstrasser, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 102(2005), 11185-11190.
45. J. Zheng, K. Kwak, J. B. Asbury, X. Chen, I. Piletic and M. D. Fayer, Science 309(2005), 1338-1343.
46. J. Zheng, K. Kwak, X. Chen, J. B. Asbury and M. D. Fayer, J. Am. Chem. Soc. 128(2006), 2977-2987.
47. S. Ham, S. Hahn, C. Lee, T. K. Kim, K. Kwak and M. Cho, J. Phys. Chem. B 108(2004), 9333-9345.
48. J.-H. Choi, S. Hahn and M. Cho, Int. J. Quan. Chem. 104(2005), 616-634.
49. J.-H. Choi, Hahn, S., Cho, M., Biopolymers 83(2006), 519-536.
50. M. Cho, Nature 444(2006), 431.
51. M. Cho, Bull. Kor. Chem. Soc. 27(2006), 1940-1960.
52. S. Krimm and Y. Abe, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 69(1972), 2788-2792.
53. T. C. Cheam and S. Krimm, Chem. Phys. Lett. 107(1984), 613-616.
54. H. Torii and M. Tasumi, J. Chem. Phys. 96(1992), 3379-3387.
55. C. Scheurer, A. Piryatinski and S. Mukamel, J. Am. Chem. Soc. 123(2001), 3114-3124.
56. S. Woutersen and P. Hamm, J. Phys. Chem. B 104(2000), 11316-11320.
57. P. Hamm, M. Lim, W. F. DeGrado and R. M. Hochstrasser, J. Phys. Chem. A 103(1999), 10049-10053.
58. J. W. Brauner, C. Dugan and R. Mendelsohn, J. Am. Chem. Soc. 122(2000), 677-683.
59. M. A. Bryan, J. W. Brauner, G. Anderle, C. R. Flach, B. Brodsky and R. Mendelsohn, J. Am. Chem. Soc. 129(2007), 7877-7884.
60. T. Miyazawa, J. Chem. Phys. 32(1960), 1647-1652.
61. T. Miyazawa and E. R. Blout, J. Am. Chem. Soc. 83(1961), 712-719.
62. Y. N. Chirgadze and N. A. Nevskaya, Biopolymers 15(1976), 607-625.
63. C. M. Cheatum, A. Tokmakoff and J. Knoester, J. Chem. Phys. 120(2004), 8201-8215.
64. H. S. Chung, M. Khalil, A. W. Smith, Z. Ganim and A. Tokmakoff, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 102(2005), 612-617.
65. S. Cha, S. Ham and M. Cho, J. Chem. Phys. 117(2002), 740-750.
66. J.-H. Choi, S. Ham and M. Cho, J. Chem. Phys. 117(2002), 6821-6832.
67. H. Torii and M. Tasumi, J. Raman Spectrosc. 29(1998), 81-86.
68. M. Cho, J. Chem. Phys. 118(2003), 3480-3490.
69. S. Ham and M. Cho, J. Chem. Phys. 118(2003), 6915-6922.
70. H. Lee, S.-S. Kim, J.-H. Choi and M. Cho, J. Phys. Chem. B 109(2005), 5331-5340.
71. S.-H. Lee and S. Krimm, Biopolymers 46(1998), 283-317.
72. A. M. Dwivedi and S. Krimm, Biopolymers 23(1984), 923-943.
73. P. Bour, J. Sopkova, L. Bednarova, P. Malon and T. A. Keiderling, J. Comp. Chem. 18(1997), 646-659.
74. P. Bour, J. Kubelka and T. A. Keiderling, Biopolymers 65(2002), 45-59.
75. J. Kubelka and T. A. Keiderling, J. Am. Chem. Soc. 123(2001), 12048-12058.
76. J. Hilario, J. Kubelka and T. A. Keiderling, J. Am. Chem. Soc. 125(2003), 7562-7574.
77. S. Ham, J.-H. Kim, H. Lee and M. Cho, J. Chem. Phys. 118(2003), 3491-3498.
78. S. Hahn, S. Ham and M. Cho, J. Phys. Chem. B 109(2005), 11789-11801.
79. K. Kwac and M. Cho, J. Chem. Phys. 119(2003), 2247-2255.
80. K. Kwac, H. Lee and M. Cho, J. Chem. Phys. 120(2004), 1477-1490.
81. K.-K. Lee, K.-I. Oh, H. Lee, C. Joo, H. Han and M. Cho, ChemPhysChem. 8(2007), 2218-2226.
82. S. Hahn, H. Lee and M. Cho, J. Chem. Phys. 121(2004), 1849-1865.
83. C. Lee and M. Cho, J. Phys. Chem. B 108(2004), 20397-20407.
84. H. Torii and M. Tasumi, J. Chem. Phys. 97(1992), 92-98.
85. M. Rechsteiner, Ubiquitin, Plenum Press, New York, 1984.
86. Y. Mu and G. Stock, J. Phys. Chem. B 106(2002), 5294-5301.
87. S. Woutersen, R. Pfister, P. Hamm, Y. Mu, D. S. Kosov and G. Stock, J. Chem. Phys. 117(2002), 6833-6840.
88. M. F. DeCamp, L. DeFlores, J. M. McCracken, A. Tokmakoff, K. Kwac and M. Cho, J. Phys. Chem. B 109(2005), 11016-11026.
89. K. Kwac and M. Cho, J. Chem. Phys. 119(2003), 2256-2263.
90. T. M. Watson and J. D. Hirst, Mol. Phys. 103(2005), 1531-1546.
91. P. Bour and T. A. Keiderling, J. Chem. Phys. 119(2003), 11253-11262.
92. P. Bour, D. Michalik and J. Kapitan, J. Chem. Phys. 122(2005), 144501.
93. J. R. Schmidt, S. A. Corcelli and J. L. Skinner, J. Chem. Phys. 121(2004), 8887-8896.
94. G. Eaton, M. C. R. Symons and P. P. Pastogi, J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1 85(1989), 3257-3271.
95. M. Maroncelli and G. R. Fleming, J. Chem. Phys. 86(1987), 6221-6239.
96. M. T. Zanni, M. C. Asplund and R. M. Hochstrasser, J. Chem. Phys. 114(2001), 4579-4590.
97. D. A. McQuarrie, Statistical Mechanics, Harper & Row, New York, 1976.
98. V. Baumruk and T. A. Keiderling, J. Am. Chem. Soc. 115(1993), 6939-6942.
99. G. Shanmugam and P. L. Polavarapu, J. Am. Chem. Soc. 126(2004), 10292-10295.
100. T. Brixner, I. V. Stiopkin and G. R. Fleming, Opt. Lett. 29(2004), 884-886.
101. D. M. Jonas, Annu. Rev. Phys. Chem. 54(2003), 425-463.
102. S. Hahn, S.-S. Kim, C. Lee and M. Cho, J. Chem. Phys. 123(2005), 084905.
103. M. T. Zanni, N.-H. Ge, Y. S. Kim and R. M. Hochstrasser, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 98(2001), 11265-11270.