Local amide I mode frequencies and coupling constants in polypeptides

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 107, Issue 34, 2003, Pages 9132-9138

  Choi, Jun Ho ^a   Ham, Sihyun ^a   Cho, Minhaeng ^a  

^a Korea University   (South Korea)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHEMICAL BONDS; CONFORMATIONS; INFRARED RADIATION; MATHEMATICAL MODELS; MOLECULAR VIBRATIONS; NUMERICAL ANALYSIS; PHASE TRANSITIONS;

AMIDE; COUPLING CONSTANTS; TRANSITION DIPOLE COUPLING MODEL;

POLYPEPTIDES;

EID: 0043195838     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp034835i     Document Type: Article

References (55)

1. Surewicz, W. K.; Mantsch, H. H. In Spectroscopic Methods for Determining Protein Structure in Solution; Havel, H. A. Ed.; VCH: New York, 1996; p 135.
2. Arrondo, J. L. R.; Goni, F. M. Prog. Biophys. Mol. Biol. 1999, 72, 367.
3. Infrared and Raman Spectroscopy of Biological Materials; Gremlich, H.-U., Yan, B., Eds.; Marcel Dekker: New York, 2000.
4. Byler, D. M.; Susi, H. Biopolymer 1986, 25, 469.
5. Susi, H.; Byler, D. M. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1983, 115, 391.
6. Surewicz, W. K.; Mantsch, H. H. Biochim. Biophys. Acta 1988, 952, 115.
7. Jackson, M.; Haris, P. I. Chapman, D. J. Mol. Struct. 1989, 214, 329.
8. Mantsch, H. H.; Casal, H. L.; Jones, R. N. In Spectroscopy of Biological Systems, Advances in Spectroscopy, Vol. 13; Clark R. J. H., Hester, R. E., Eds.; Wiley, New York, 1986; p 1.
9. Mantsch, H. H.; Surewicz, W. K.; Chapman, D. Biochemistry 1993, 32, 389.
10. Prestrelski, S. J.; Byler, D. M.; Thompson, M. P. Biochemistry 1991, 30, 8797.
11. Prestrelski, S. J.; Byler, D. M.; Thompson, M. P. Int. J. Pept. Protein Res. 1991, 37, 508.
12. Torii, H.; Tasumi, M. In Infrared Spectroscopy of Biomolecules; Wiley-Liss: New York, 1996; p 1.
13. Krimm, S.; Bandekar, J. Adv. Protein Chem. 1986, 38, 181.
14. Krimm, S.; Abe, Y. Proc. Natl. Acad. Sci. 1972, 69, 2788.
15. Moore, W. H.; Krimm, S. Proc. Natl. Acad. Sci. 1975, 72, 4933.
16. Chen, X. G.; Asher, S. A.; Schweitzer-Stenner, R.; Mirkin, N. G.; Krimm, S. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 2884.
17. Chi, Z.; Chen, X. G.; Holtz, J. S. W.; Asher, S. A. Biochemistry 1998,37, 2854.
18. Moore, W. H.; Krimm, S. Biopolymers 1976, 15, 2465.
19. Dwivedi, A. M.; Krimm, S. Macromolecules 1982, 15, 186
20. Dwivedi, A. M.; Krimm, S. Macromolecules 1983, 16, 340.
21. Woutersen, S.; Hamm, P. J. Chem. Phys. 2001, 114, 2727.
22. Schweitzer-Stenner, R.; Eker, F.; Huang, Q.; Gribenow, K. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 9628.
23. Schweitzer-Stenner, R. Biophys. J. 2002, 83, 523.
24. Eker, F.; Cao, X.; Nafie, L.; Huang, Q.; Schweitzer-Stenner, R. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 358.
25. Torii, H.; Tasumi, M. J. Chem. Phys. 1992, 96, 3379.
26. Mirkin, N.; Krimm, S. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 9742.
27. Markham, L. M.; Hudson, B. S. J. Phys. Chem. 1996, 100, 2731.
28. Torii, H.; Tatsumi, T.; Kanazawa, T.; Tasumi, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 309.
29. Torii, H.; Tasumi, M. Int. J. Quantum Chem. 1998, 70, 241.
30. Torii, H.; Tatsumi, T.; Tasumi, M. J. Raman Spectrosc. 1998, 29, 537.
31. Kearley, G. J.; Johnson, M. R.; Plazanet, M.; Suard, E. J. Chem. Phys. 2001, 115, 2614.
32. Herrebout, W. A.; Clou, K.; Desseyn, H. O. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 4865.
33. Wang, Y.; Purello, R.; Georgiu, S.; Spiro, T. G. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 6368.
34. Chen, X. G.; Schweitzer-Stenner, R.; Krimm, S.; Mirkin, N. G.; Asher, S. A. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 11141.
35. Chen, X. G.; Schweitzer-Stenner, R.; Asher, S. A.; Mirkin, N. G.; Krimm, S. J. Phys. Chem. 1995, 99, 3074.
36. Han, W.-G.; Suhai, S. J. Phys. Chem. 1996, 100, 3942.
37. Kubelka, J.; Keiderling, T. A. J. Phys. Chem. 2001, 105, 10922.
38. Ham, S.; Kim, J.-H.; Lee, H.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2002, 118, 3491.
39. Ham, S.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2003, 118, 6915.
40. Ham, S.; Cha, S.; Choi, J.-H.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2003, 119, 1451.
41. Krimm, S.; Abe, Y. Proc. Natl. Acad. Sci. 1972, 69, 2788.
42. Moore, W. H.; Krimm, S. Proc. Natl. Acad. Sci. 1975, 72, 4933.
43. Krimm, S.; Bandekar, J. Adv. Protein Chem. 1986, 38, 181.
44. Torii, H.; Tasumi, M. J. Raman Spectrosc. 1998, 29, 81.
45. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A. Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, revision A.7; Gaussian Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
46. Pople, J. A.; Scott, A. P.; Wong, M. W.; Radom, L. Isr. J. Chem. 1994, 33, 345.
47. Choi, J.-H.; Ham, S.; Cho, M. J. Chem. Phys 2002, 117, 6821.
48. Cha, S.; Ham, S.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2002, 117, 740.
49. Kubelka, J.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 6142.
50. Huelsekopt, M.; Ludwig, R. Magn. Reson. Chem. 2001, 39, S127.
51. Brauner, J. W.; Dugan, C.; Mendelsohn, R. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 677.
52. Hamm, P.; Lim, M.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 6123.
53. Scheurer, C.; Piryatinski, A.; Mukamel, S. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 3114.
54. Asplund, M. C.; Zanni, M. T.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Soc. 2000, 97, 8219.
55. Ge, N.-H.; Zanni, M. T.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 962.