Theoretical study of Internal field effects on peptide amide I modes

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 109, Issue 11, 2005, Pages 5331-5340

  Lee, Hochan ^a   Kim, Seong Soo ^a   Choi, Jun Ho ^a   Cho, Minhaeng ^a  

^a Korea University   (South Korea)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHARGED TERMINAL GROUPS; CIRCULAR DICHROISM; INTERNAL FIELD EFFECTS; PEPTIDE BONDS;

CHEMICAL BONDS; ELECTROSTATICS; FREQUENCIES; HAMILTONIANS; MOLECULAR VIBRATIONS; OPTIMIZATION; POLYPEPTIDES; PROBABILITY DENSITY FUNCTION;

AMINO ACIDS;

AMIDE; PEPTIDE;

ARTICLE; CHEMISTRY; THEORETICAL MODEL;

AMIDES; MODELS, THEORETICAL; PEPTIDES;

EID: 15744377194     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0461302     Document Type: Article

References (48)

1. Mantsch, H. H.; Casal, H. L.; Jones, R. N. In Spectroscopy of Biological Systems, Advances in Spectroscopy; Clark, R. J. H., Hester, R. E., Eds.; Wiley: New York, 1986; Vol. 13, p 1.
2. Surewicz, W. K.; Mantsch, H. H. In Spectroscopic Methods for Determining Protein Structure in Solution; Havel, H. A., Ed.; VCH: New York, 1996; p 135.
3. Infrared and Raman Spectroscopy of Biological Materials; Gremlich, H.-U., Yan, B., Eds.; Marcel Dekker: New York, 2000.
4. Byler, D. M.; Susi, H. Biopolymers 1986, 25, 469.
5. Susi, H.; Byler, D. M. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1983, 115, 391.
6. Jackson, M.; Haris, P. I.; Chapman, D. J. Mol. Struct. 1989, 214, 329.
7. Arrondo, J. L. R.; Goni, F. M. Prog. Biophys. Mol. Biol. 1999, 72, 367.
8. Prestrelski, S. J.; Byler, D. M.; Thompson, M. P. Biochemistry 1991, 30, 8797.
9. Torii, H.; Tasumi, M. In Infrared Spectroscopy of Biomolecules; Wiley-Liss: New York, 1996; p 1.
10. Krimm, S.; Bandekar, J. Adv. Protein Chem. 1986, 38, 181.
11. Krimm, S.; Abe, Y. Proc. Natl. Mad. Sci. U.S.A. 1972, 69, 2788. Moore, W. H.; Krimm, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1975, 72, 4933.
12. Krimm, S.; Abe, Y. Proc. Natl. Mad. Sci. U.S.A. 1972, 69, 2788. Moore, W. H.; Krimm, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1975, 72, 4933.
13. Moritz, R.; Fabian, H.; Hahn, U.; Diem, M.; Naumann, D. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 6259.
14. Mix, G.; Schweitzer-Stenner, R.; Asher, S. A. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 9028.
15. Asher, S. A.; Mikhonin, A. V.; Bykov, S. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 8433.
16. Hilario, J.; Kubelka, J.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 7562.
17. Huang, R.; Kubelka, J.; Barber-Armstrong, W.; Silva, R. A. G. D.; Decatur, S. M.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2346.
18. Dong, A.; Huang, P.; Caughey, W. S. Biochemstry 1990, 29, 3303.
19. Simonetti, M.; Bello, C. D. Biopolymers 2001, 62, 95.
20. Wi, S.; Pancoska, P.; Keiderling, T. A. Biospectroscopy 1998, 4, 93.
21. Kubelka, J.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12048.
22. Kubelka, J.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 6142.
23. Kubelka, J.; Silva, R. A. G. D.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 5325.
24. Decatur, S. M.; Antonic, J. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 11914.
25. Barber-Armstrong, W.; Donaldson, T.; Wijesooriya, H.; Silva, R. A. G. D.; Decatur, S. M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2339.
26. Ham, S.; Kim, J.-H.; Lee, H.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2002, 118, 3491.
27. Ham, S.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2003, 118, 6915.
28. Kwac, K.; Lee, H.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2004, 120, 1477.
29. Ham, S.; Cha, S.; Choi, J.-H.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2003, 119, 1451.
30. Choi, J.-H.; Ham, S.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 9132.
31. Schweitzer-Stenner, R.; Eker, F.; Huang, Q.; Griebenow, K. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 9628.
32. Eker, F.; Cao, X.; Nafie, L.; Schweitzer-Stenner, R. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14330.
33. Eker, F.; Cao, X.; Nafie, L.; Huang, Q.; Schweitzer-Stenner, R. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 358.
34. Eker, F.; Griebenow, K.; Cao, X.; Nafie, L.; Schweitzer-Stenner, R. Biochemistry 2004, 43, 613.
35. Choi, J.-H.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2004, 120, 4383.
36. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, revision A.7; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
37. Scott, A. P.; Radom, L. J. Phys. Chem. 1996, 100, 16502.
38. Schweitzer-Stenner, R.; Eker, F.; Huang, Q.; Griebenow, K.; Mroz, P. A.; Kozlowski, P. M. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 4294.
39. Sieler, G.; Schweitzer-Stenner, R.; Holtz, J. S. W.; Pajcini, V.; Asher, S. A. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 372.
40. Tajkhorshid, E.; Jalkanen, K. J.; Suhai, S. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 5899.
41. Han, W.; Jalkanen, K. J.; Elstner, M.; Suhai, S. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 2587.
42. Xie, P.; Zhou, Q.; Diem, M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 9502.
43. Xie, P.; Diem, M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 429.
44. Rao, C. P.; Nagaraj, R.; Rao, C. N. R.; Balaram, P. Biochemistry. 1980, 19, 425.
45. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W. et al. AMBER 7; University of California: San Francisco, 2002.
46. Cheeseman, J. R.; Frisch, M. J.; Devlin, F. J.; Stephens, P. J. Chem. Phys. Lett. 1996, 252, 211.
47. Stephens, P. J. J. Phys. Chem. 1987, 91, 1712.
48. Fogarasi, G.; Zhou, X.; Taylor, P. W.; Pulay, P. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 8191.