Dipeptide structure determination by vibrational circular dichroism combined with quantum chemistry calculations

ChemPhysChem

Volumn 8, Issue 15, 2007, Pages 2218-2226

  Lee, Kyung Koo ^a   Oh, Kwang Im ^a   Lee, Hochan ^a   Joo, Cheonik ^a   Han, Hogyu ^a   Cho, Minhaeng ^a,b  

^a Korea University   (South Korea)

^b Korea Basic Science Institute (KBSI)   (South Korea)

Author keywords

Circular dichroism; Density functional calculations; IR spectroscopy; Peptides; Structure elucidation

Indexed keywords

AMIDES; AMINO ACIDS; CIRCULAR DICHROISM SPECTROSCOPY; DICHROISM; INFRARED SPECTROSCOPY; MOLECULES; PEPTIDES; QUANTUM CHEMISTRY; SOLUTION MINING; SOLVATION;

ALANINE DIPEPTIDES; COUPLED OSCILLATORS; QUANTUM CHEMISTRY CALCULATIONS; ROTATIONAL STRENGTH; SOLUTION STRUCTURES; STRUCTURE DETERMINATION; STRUCTURE ELUCIDATION; VIBRATIONAL CIRCULAR DICHROISM;

DENSITY FUNCTIONAL THEORY;

ALANYLALANINE; DIPEPTIDE;

ARTICLE; CHEMISTRY; CIRCULAR DICHROISM; INFRARED SPECTROPHOTOMETRY; METHODOLOGY; PROTEIN CONFORMATION; QUANTUM THEORY; VIBRATION;

CIRCULAR DICHROISM; DIPEPTIDES; PROTEIN CONFORMATION; QUANTUM THEORY; SPECTROPHOTOMETRY, INFRARED; VIBRATION;

EID: 35648983933     PISSN: 14394235     EISSN: 14397641     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cphc.200700352     Document Type: Article

References (51)

1. C. Kolano, J. Helbing, M. Kozinski, W. Sander, P. Hamm, Nature 2006, 444, 469.
2. P. Mukherjee, I. Kass, I. T. Arkin, M. T. Zanni, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2006, 103, 3528.
3. T. Brixner, J. Stenger, H. M. Vaswani, M. Cho, R. E. Blankenship, G. R. Fleming, Nature 2005, 434, 625.
4. H. S. Chung, M. Khalil, A. W. Smith, Z. Ganim, A. Tokmakoff, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2005, 102, 612.
5. Y. S. Kim, R. M. Hochstrasser, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2005, 102, 11185.
6. J. Zheng, K. Kwak, J. Asbury, X. Chen, I. R. Piletic, M. D. Fayer, Science 2005, 309, 1338.
7. S. Woutersen, P. Hamm, J. Phys. Condens. Matter 2002, 14, R1035.
8. M. Khalil, N. Demirdöven, A. Tokmakoff, J. Phys. Chem. A 2003, 107, 5258.
9. S. Mukamel, Annu. Rev. Phys. Chem. 2000, 51, 691.
10. S. Ham, S. Hahn, C. Lee, T.-K. Kim, K. Kwak, M. Cho, J. Phys. Chem. B 2004, 108, 9333.
11. J.-H. Choi, S. Hahn, M. Cho, Int. J. Quantum Chem. 2005, 104, 616.
12. S. Hahn, S. Ham, M. Cho, J. Phys. Chem. B 2005, 109, 11789.
13. S. Hahn, S.-S. Kim, C. Lee, M. Cho, J. Chem. Phys. 2005, 123, 084905.
14. J. Wang, R. M. Hochstrasser, Chem. Phys. 2004, 297, 195.
15. Y. S. Kim, R. M. Hochstrasser, J. Phys. Chem. B 2005, 109, 6884.
16. Y. S. Kim, J. Wang, R. M. Hochstrasser, J. Phys. Chem. B 2005, 109, 7511.
17. S. Woutersen, P. Hamm, J. Chem. Phys. 2001, 114, 2727.
18. F. Eker, K. Griebenow, X. Cao, L. A. Nafie, R. Schweitzer-Stenner, Biochemistry 2004, 43, 613.
19. F. Eker, X. Cao, L. Nafie, R. Schweitzer-Stenner, J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14330.
20. F. Eker, K. Griebenow, X. Cao, L. A. Nafie, R. Schweitzer-Stenner, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2004, 101, 10054.
21. C. F. Weise, J. C. Weisshaar, J. Phys. Chem. B 2003, 107, 3265.
22. J. Graf, P. H. Nguyen, G. Stock, H. Schwalbe, J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 1179.
23. H. Hu, M. Elstner, J. Hermans, Proteins 2003, 50, 451.
24. Y. Mu, D. S. Kosov, G. Stock, J. Phys. Chem. B 2003, 107, 5064.
25. P. Bouř, J. Kapitán, V. Baumruk, J. Phys. Chem. A 2001, 105, 6362.
26. A. N. Drozdov, A. Grossfield, R. V. Pappu, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2574.
27. S. Hahn, H. Lee, M. Cho, J. Chem. Phys. 2004, 121, 1849.
28. K.-K. Lee, S. Hahn, K.-I. Oh, J. S. Choi, C. Joo, H. Lee, H. Han, M. Cho, J. Phys. Chem. B 2006, 110, 18834.
29. K.-I. Oh, J. Han, K.-K. Lee, S. Hahn, H. Han, M. Cho, J. Phys. Chem. A 2006, 110, 13355.
30. S. Ham, S. Cha, J.-H. Choi, M. Cho, J. Chem. Phys. 2003, 119, 1451.
31. K. Kwac, H. Lee, M. Cho, J. Chem. Phys. 2004, 120, 1477.
32. J.-H. Choi, M. Cho, J. Chem. Phys. 2004, 120, 4383.
33. W. Kohn, L. J. Sham, Phys. Rev. 1965, 140, A1133.
34. A. D. Becke, Phys. Rev. A 1988, 38, 3098.
35. A. D. Becke, J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
36. C. Lee, W. Yang, R. G. Parr, Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
37. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Kiene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez, J. A. Pople, Gaussian 03, revision C.02, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2004.
38. J.-H. Choi, S. Ham, M. Cho, J. Phys. Chem. B 2003, 107, 9132.
39. J.-H. Choi, S. Ham, M. Cho, J. Chem. Phys. 2002, 117, 6821.
40. C. Scheurer, A. Piryatinski, S. Mukamel, J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 3114.
41. R. Schweitzer-Stenner, Vib. Spectrosc. 2006, 42, 98.
42. M. Cho, Bull. Korean Chem. Soc. 2006, 27, 1940.
43. N.-H. Ge, M. T. Zanni, R. M. Hochstrasser, J. Phys. Chem. A 2002, 106, 962.
44. T. B. Freedman, L. A. Nafie, T. A. Keiderling, Biopolymers 1995, 37, 265.
45. J. Kubelka, J. Kim, P. Bour, T. A. Keiderling, Vib. Spectrosc. 2006, 42, 63.
46. T. Measey, R. Schweitzer-Stenner, Chem. Phys. Lett. 2005, 408, 123.
47. K.-K. Lee, C. Joo, S. Yang, H. Han, M. Cho, J. Chem. Phys. 2007, 126, 235102.
48. S. Woutersen, R. Pfister, P. Hamm, Y. Mu, D. S. Kosov, G. Stock, J. Chem. Phys. 2002, 117, 6833.
49. S. Ham, J.-H. Kim, H. Lee, M. Cho, J. Chem. Phys. 2003, 118, 3491.
50. J.-H. Choi, H. Lee, K.-K. Lee, S. Hahn, M. Cho, J. Chem. Phys. 2007, 126, 045102.
51. J.-H. Choi, S. Hahn, M. Cho, Biopolymers 2006, 83, 519.