Different spectral signatures of octapeptide 310- and α-helices revealed by two-dimensional infrared spectroscopy

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 12, 2006, Pages 5834-5837

  Maekawa, Hiroaki ^a   Toniolo, Claudio ^b   Moretto, Alessandro ^b   Broxterman, Quirinus B ^c   Ge, Nien Hui ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^b UNIVERSITY OF PADOVA   (Italy)

^c DSM RESEARCH   (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ESTERS; ETHANOL; INFRARED SPECTROSCOPY; MATHEMATICAL MODELS; MOLECULAR STRUCTURE;

1,1,1,3,3,3-HEXAFLUORO-2-PROPANOL (HFIP); IR PULSES; PEPTIDE ESTER; TRIFLUOROETHANOL (TFE);

PROTEINS;

EID: 33645815471     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp057472q     Document Type: Article

References (46)

1. Toniolo, C.; Benedetti, E. Trends Biochem. Sci. 1991, 16, 350.
2. Bolin, K. A.; Millhauser, G. L. Acc. Chem. Res. 1999, 32, 1027.
3. Barlow, D. J.; Thornton, J. M. J. Mol. Biol. 1988, 201, 601.
4. De Guzman, R. N.; Wu, Z. R.; Stalling, C. C.; Pappalardo, L.; Borer, P. N.; Summers, M. F. Science 1998, 279, 384.
5. Hashimoto, Y.; Kohri, K.; Kaneko, Y.; Morisaki, H.; Kato, T.; Ikeda, K.; Nakanishi, M. J. Biol. Chem. 1998, 273, 16544.
6. Matsushima, N.; Enkhbayar, P.; Kamiya, M.; Osaki, M.; Kretsinger, R. H. Drug Des. Rev. 2005, 2, 305.
7. Nagaraj, R.; Balaram, P. Acc. Chem. Res. 1981, 14, 356.
8. Shea, J. E.; Brooks, C. L. Annu. Rev. Phys. Chem. 2001, 52, 499.
9. Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. Biochemistry 1991, 30, 3864.
10. Soman, K. V.; Karimi, A.; Case, D. A. Biopolymers 1991, 31, 1351.
11. Sauer, K. Methods Enzymol. 1995, 246, 1.
12. Toniolo, C.; Polese, A.; Formaggio, F.; Crisma, M.; Kamphuis, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 2788.
13. Yoder, G.; Polese, A.; Silva, R. A. G. D.; Formaggio, F.; Crisma, M.; Broxterman, Q. B.; Kamphuis, J.; Toniolo, C.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 10278.
14. Mammi, S.; Rainaldi, M.; Bellanda, M.; Schievano, E.; Peggion, E.; Broxterman, Q. B.; Formaggio, F.; Crisma, M.; Toniolo, C. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 11735.
15. Pengo, P.; Pasquato, L.; Moro, S.; Brigo, A.; Fogolari, F.; Broxterman, Q. B.; Kaptein, B.; Scrimin, P. Angew. Chem., Int. Ed. 2003, 42, 3388.
16. Martinez, G.; Millhauser, G. J. Struct. Biol. 1995, 114, 23.
17. Silva, R. A. G. D.; Yasui, S. C.; Kubelka, J.; Formaggio, F.; Crisma, M.; Toniolo, C.; Keiderling, T. A. Biopolymers 2002, 65, 229.
18. Kubelka, J.; Silva, R. A. G. D.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 5325.
19. Mukamel, S. Annu. Rev. Phys. Chem. 2000, 51, 691.
20. Hamm, P.; Lim, M.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 6123.
21. Asplund, M. C.; Zanni, M. T.; Hochstrasser, R. M. Proc. Atad. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 8219.
22. Zanni, M. T.; Ge, N.-H.; Kim, Y. S.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 11265.
23. Woutersen, S.; Pfister, R.; Hamm, P.; Mu, Y.; Kosov, D. S.; Stock, G. J. Chem. Phys. 2002, 117, 6833.
24. Fang, C.; Wang, J.; Kim, Y. S.; Charnley, A. K.; Barber-Armstrong, W.; Smith, A. B., III; Decatur, S. M.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B2004, 108, 10415.
25. Rubtsov, I. V.; Wang, J.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 5601.
26. Mukherjee, P.; Krummel, A. T.; Fulmer, E. C.; Kass, I.; Arkin, I. T.; Zanni, M. T. J. Chem. Phys. 2004, 120, 10215.
27. Demirdöven, N.; Cheatum, C. M.; Chung, H. S.; Khalil, M.; Knoester, J.; Tokmakoff, A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 7981.
28. Chung, H. S.; Khalil, M.; Tokmakoff, A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 15332.
29. Bredenbeck, J.; Helbing, J.; Behrendt, R.; Renner, C.; Moroder, L.; Wachtveitl, J.; Hamm, P. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 8654.
30. Moran, A. M.; Park, S.-M.; Dreyer, J.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 2003, 118, 3651.
31. Wang, J.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. 2004, 297, 195.
32. Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. 2001, 266, 273.
33. Khalil, M.; Demirdöven, N.; Tokmakoff, A. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 5258.
34. Asbury, J. B.; Steinel, T.; Kwak, K.; Corcelli, S. A.; Lawrence, C. P.; Skinner, J. L.; Fayer, M. D. J. Chem. Phys. 2004, 121, 12431.
35. Cowan, M. L.; Bruner, B. D.; Huse, N.; Dwyer, J. R.; Chugh, B.; Nibbering, E. T. J.; Elsaesser, T.; Miller, R. J. D. Nature (London) 2005, 434, 199.
36. Krimm, S.; Bandekar, J. Adv. Protein Chem. 1986, 38, 181.
37. Toni, H.; Tasumi, M. J. Raman Spectrosc. 1998, 29, 81.
38. Polese, A.; Formaggio, F.; Crisma, M.; Valle, G.; Toniolo, C.; Bonora, G. M.; Broxterman, Q. B.; Kamphuis, J. Chem.-Eur. J. 1996, 2, 1104.
39. Kennedy, D. F.; Crisma, M.; Toniolo, C.; Chapman, D. Biochemistry 1991, 30, 6541.
40. Yasui, S. C.; Keiderling, T. A.; Formaggio, F.; Bonora, G. M.; Toniolo, C. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 4988.
41. Plass, M.; Griehl, C.; Kolbe, A. J. Mol. Struct. 2001, 570, 203.
42. Toniolo, C.; Moretto, A.; Formaggio, F.; Crisma, M.; Broxterman, Q. B.; Keiderling, T. A. Manuscript in preparation.
43. Manning, M. C.; Woody, R. W. Biopolymers 1991, 31, 569.
44. Wallimann, P.; Kennedy, R. J.; Miller, J. S.; Shalongo, W.; Kemp, D. S. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 1203.
45. Sreerama, N.; Woody, R. W. In Circular Dichroism: Principles and Applications, 2nd ed.; Berova, N., Nakanishi, K., Woody, R. W., Eds.; Wiley: New York, 2000; pp 601-620.
46. Toniolo, C.; Crisma, M.; Formaggio, F.; Peggion, C. Biopolymers 2001, 60, 396 and references therein.