SCOPUS 정보 검색 플랫폼

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 14, Issue 36, 2012, Pages 12580-12591

Understanding the role of base stacking in nucleic acids. MD and QM analysis of tandem GA base pairs in RNA duplexes

(4) Morgado, Claudio A a Svozil, Daniel b,c Turner, Douglas H d Šponer, Jiří c,e

a DEPARTAMENTO DE FÍSICA (Chile)

b INSTITUTE OF CHEMICAL TECHNOLOGY (Czech Republic)

c INSTITUTE OF BIOPHYSICS (Czech Republic)

d UNIVERSITY OF ROCHESTER (United States)

e MASARYK UNIVERSITY (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

RNA;

ARTICLE; BASE PAIRING; CHEMISTRY; MOLECULAR DYNAMICS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; QUANTUM THEORY; THERMODYNAMICS;

BASE PAIRING; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, BIOMOLECULAR; QUANTUM THEORY; RNA; THERMODYNAMICS;

EID: 84865455751 PISSN: 14639076 EISSN: None Source Type: Journal
DOI: 10.1039/c2cp40556c Document Type: Article

Times cited : (23)

References (108)

1
- 78650096290
- J. Šponer J. E. Šponer A. I. Petrov N. B. Leontis J. Phys. Chem. B 2011 114 15723
- (2011) J. Phys. Chem. B , vol.114 , pp. 15723
- Šponer, J.¹ Šponer, J.E.² Petrov, A.I.³ Leontis, N.B.⁴

2
- 0035010211
- N. B. Leontis E. Westhof RNA 2001 7 499
- (2001) RNA , vol.7 , pp. 499
- Leontis, N.B.¹ Westhof, E.²

3
- 2442626706
- D. H. Mathews M. D. Disney J. L. Childs S. J. Schroeder M. Zuker D. H. Turner Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 7287
- (2004) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. , vol.101 , pp. 7287
- Mathews, D.H.¹ Disney, M.D.² Childs, J.L.³ Schroeder, S.J.⁴ Zuker, M.⁵ Turner, D.H.⁶

4
- 0027956537
- D. Gautheret D. Konings R. R. Gutell J. Mol. Biol. 1994 242 1
- (1994) J. Mol. Biol. , vol.242 , pp. 1
- Gautheret, D.¹ Konings, D.² Gutell, R.R.³

5
- 0026539417
- R. R. Gutell M. N. Schnare M. W. Gray Nucleic Acids Res. 1992 20 2095
- (1992) Nucleic Acids Res. , vol.20 , pp. 2095
- Gutell, R.R.¹ Schnare, M.N.² Gray, M.W.³

6
- 0027225783
- R. R. Gutell M. W. Gray M. N. Schnare Nucleic Acids Res. 1993 21 3055
- (1993) Nucleic Acids Res. , vol.21 , pp. 3055
- Gutell, R.R.¹ Gray, M.W.² Schnare, M.N.³

7
- 0028296359
- S. Ebel T. Brown A. N. Lane Eur. J. Biochem. 1994 220 703
- (1994) Eur. J. Biochem. , vol.220 , pp. 703
- Ebel, S.¹ Brown, T.² Lane, A.N.³

8
- 0027146665
- J. SantaLucia D. H. Turner Biochemistry 1993 32 12612
- (1993) Biochemistry , vol.32 , pp. 12612
- Santalucia, J.¹ Turner, D.H.²

9
- 0029744135
- M. Wu D. H. Turner Biochemistry 1996 35 9677
- (1996) Biochemistry , vol.35 , pp. 9677
- Wu, M.¹ Turner, D.H.²

10
- 0025082690
- J. SantaLucia Jr. R. Kierzek D. H. Turner Biochemistry 1990 29 8813
- (1990) Biochemistry , vol.29 , pp. 8813
- Santalucia Jr., J.¹ Kierzek, R.² Turner, D.H.³

11
- 0028085964
- A. E. Walter M. Wu D. H. Turner Biochemistry 1994 33 11349
- (1994) Biochemistry , vol.33 , pp. 11349
- Walter, A.E.¹ Wu, M.² Turner, D.H.³

12
- 34547357210
- G. Chen R. Kierzek I. Yildirim T. R. Krugh D. H. Turner S. D. Kennedy J. Phys. Chem. B 2007 111 6718
- (2007) J. Phys. Chem. B , vol.111 , pp. 6718
- Chen, G.¹ Kierzek, R.² Yildirim, I.³ Krugh, T.R.⁴ Turner, D.H.⁵ Kennedy, S.D.⁶

13
- 0033591465
- D. H. Mathews J. Sabina M. Zuker D. H. Turner J. Mol. Biol. 1999 288 911
- (1999) J. Mol. Biol. , vol.288 , pp. 911
- Mathews, D.H.¹ Sabina, J.² Zuker, M.³ Turner, D.H.⁴

14
- 33744956966
- G. Chen S. D. Kennedy J. Qiao T. R. Krugh D. H. Turner Biochemistry 2006 45 6889
- (2006) Biochemistry , vol.45 , pp. 6889
- Chen, G.¹ Kennedy, S.D.² Qiao, J.³ Krugh, T.R.⁴ Turner, D.H.⁵

15
- 0028063567
- H. W. Pley K. M. Flaherty D. B. McKay Nature 1994 372 68
- (1994) Nature , vol.372 , pp. 68
- Pley, H.W.¹ Flaherty, K.M.² McKay, D.B.³

16
- 0028037302
- H. W. Pley K. M. Flaherty D. B. McKay Nature 1994 372 111
- (1994) Nature , vol.372 , pp. 111
- Pley, H.W.¹ Flaherty, K.M.² McKay, D.B.³

17
- 0028301674
- F. L. Murphy T. R. Cech J. Mol. Biol. 1994 236 49
- (1994) J. Mol. Biol. , vol.236 , pp. 49
- Murphy, F.L.¹ Cech, T.R.²

18
- 0028105601
- V. Biou A. Yaremchuk M. Tukalo S. Cusack Science 1994 263 1404
- (1994) Science , vol.263 , pp. 1404
- Biou, V.¹ Yaremchuk, A.² Tukalo, M.³ Cusack, S.⁴

19
- 0034602926
- S. Rüdisser I. Tinoco Jr. J. Mol. Biol. 2000 295 1211
- (2000) J. Mol. Biol. , vol.295 , pp. 1211
- Rüdisser, S.¹ Tinoco, Jr.I.²

20
- 75749098085
- W. Wang J. Zhao Q. Han G. Wang G. Yang A. J. Shallop J. Liu B. L. Gaffney R. A. Jones Nucleosides, Nucleotides Nucleic Acids 2009 28 424
- (2009) Nucleosides, Nucleotides Nucleic Acids , vol.28 , pp. 424
- Wang, W.¹ Zhao, J.² Han, Q.³ Wang, G.⁴ Yang, G.⁵ Shallop, A.J.⁶ Liu, J.⁷ Gaffney, B.L.⁸ Jones, R.A.⁹

21
- 0026694666
- C. Zwieb J. Biol. Chem. 1992 267 15650
- (1992) J. Biol. Chem. , vol.267 , pp. 15650
- Zwieb, C.¹

22
- 0034509631
- I. Vidovic S. Nottrott K. Hartmuth R. Lührmann R. Ficner Mol. Cell 2000 6 1331
- (2000) Mol. Cell , vol.6 , pp. 1331
- Vidovic, I.¹ Nottrott, S.² Hartmuth, K.³ Lührmann, R.⁴ Ficner, R.⁵

23
- 0040449337
- in, Marcel Dekker, Inc, New York
- J. N. M. Mol and A. R. van der Krol, in Antisense Nucleic Acids and Proteins, Fundamentals and Applications, Marcel Dekker, Inc, New York, 1991
- (1991) Antisense Nucleic Acids and Proteins, Fundamentals and Applications
- Mol, J.N.M.¹ Van Der Krol, A.R.²

24
- 0012073837
- in, Humana Press, Totowa, NJ
- S. Agrawal, in Methods in Molecular Medicine: Antisense Therapeutics, Humana Press, Totowa, NJ, 1995
- (1995) Methods in Molecular Medicine: Antisense Therapeutics
- Agrawal, S.¹

25
- 77949512140
- C. F. Bennett E. E. Swayze Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol. 2010 50 259
- (2010) Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol. , vol.50 , pp. 259
- Bennett, C.F.¹ Swayze, E.E.²

26
- 26444452030
- I. Yildirim D. H. Turner Biochemistry 2005 44 13225
- (2005) Biochemistry , vol.44 , pp. 13225
- Yildirim, I.¹ Turner, D.H.²

27
- 33744790273
- D. H. Mathews D. H. Turner Curr. Opin. Struct. Biol. 2006 16 270
- (2006) Curr. Opin. Struct. Biol. , vol.16 , pp. 270
- Mathews, D.H.¹ Turner, D.H.²

28
- 0025728614
- J. Pranata S. G. Wierschke W. L. Jorgensen J. Am. Chem. Soc. 1991 113 2810
- (1991) J. Am. Chem. Soc. , vol.113 , pp. 2810
- Pranata, J.¹ Wierschke, S.G.² Jorgensen, W.L.³

29
- 0011824888
- J. Šponer J. Leszczynski P. Hobza J. Phys. Chem. 1996 100 1965
- (1996) J. Phys. Chem. , vol.100 , pp. 1965
- Šponer, J.¹ Leszczynski, J.² Hobza, P.³

30
- 0024325247
- C. Switzer S. E. Moroney S. A. Benner J. Am. Chem. Soc. 1989 111 8322
- (1989) J. Am. Chem. Soc. , vol.111 , pp. 8322
- Switzer, C.¹ Moroney, S.E.² Benner, S.A.³

31
- 0344851941
- A. A. Henry F. E. Romesberg Curr. Opin. Chem. Biol. 2003 7 727
- (2003) Curr. Opin. Chem. Biol. , vol.7 , pp. 727
- Henry, A.A.¹ Romesberg, F.E.²

32
- 1242309517
- P. F. Agris Nucleic Acids Res. 2004 32 223
- (2004) Nucleic Acids Res. , vol.32 , pp. 223
- Agris, P.F.¹

33
- 0035925122
- X. Chen R. Kierzek D. H. Turner J. Am. Chem. Soc. 2001 123 1267
- (2001) J. Am. Chem. Soc. , vol.123 , pp. 1267
- Chen, X.¹ Kierzek, R.² Turner, D.H.³

34
- 0034254780
- X. Chen J. A. McDowell R. Kierzek T. R. Krugh D. H. Turner Biochemistry 2000 39 8970
- (2000) Biochemistry , vol.39 , pp. 8970
- Chen, X.¹ McDowell, J.A.² Kierzek, R.³ Krugh, T.R.⁴ Turner, D.H.⁵

35
- 0347482479
- C. R. Geyer T. R. Battersby S. A. Benner Structure 2003 11 1485
- (2003) Structure , vol.11 , pp. 1485
- Geyer, C.R.¹ Battersby, T.R.² Benner, S.A.³

36
- 0031660471
- X.-L. Yang H. Sugiyama S. Ikeda I. Saito A. H.-J. Wang Biophys. J. 1998 75 1163
- (1998) Biophys. J. , vol.75 , pp. 1163
- Yang, X.-L.¹ Sugiyama, H.² Ikeda, S.³ Saito, I.⁴ Wang, A.H.-J.⁵

37
- 84962467372
- J. R. Blas F. J. Luque M. Orozco J. Am. Chem. Soc. 2004 126 154
- (2004) J. Am. Chem. Soc. , vol.126 , pp. 154
- Blas, J.R.¹ Luque, F.J.² Orozco, M.³

38
- 0030929777
- M. Wu SantaLucia D. H. Turner Biochemistry 1997 36 4449
- (1997) Biochemistry , vol.36 , pp. 4449
- Wu, M.¹ Santalucia, D.² Turner, D.H.³

39
- 0038690207
- J. Sponer A. Mokdad J. E. Sponer N. Spacková J. Leszczynski N. B. Leontis J. Mol. Biol. 2003 330 967
- (2003) J. Mol. Biol. , vol.330 , pp. 967
- Sponer, J.¹ Mokdad, A.² Sponer, J.E.³ Spacková, N.⁴ Leszczynski, J.⁵ Leontis, N.B.⁶

40
- 0037974284
- G. Villescas-Diaz M. Zacharias Biophys. J. 2003 85 416
- (2003) Biophys. J. , vol.85 , pp. 416
- Villescas-Diaz, G.¹ Zacharias, M.²

41
- 73549094953
- I. Yildirim H. A. Stern J. Sponer N. Spackova D. H. Turner J. Chem. Theory Comput. 2009 5 2088
- (2009) J. Chem. Theory Comput. , vol.5 , pp. 2088
- Yildirim, I.¹ Stern, H.A.² Sponer, J.³ Spackova, N.⁴ Turner, D.H.⁵

42
- 0034625886
- N. Špačková I. Berger J. Šponer J. Am. Chem. Soc. 2000 122 7564
- (2000) J. Am. Chem. Soc. , vol.122 , pp. 7564
- Špačková, N.¹ Berger, I.² Šponer, J.³

43
- 58149486275
- J. Berashevich T. Chakraborty J. Chem. Phys. 2009 130 015101
- (2009) J. Chem. Phys. , vol.130 , pp. 015101
- Berashevich, J.¹ Chakraborty, T.²

44
- 59449095246
- H. Kopitz A. Zivkovic J. W. Engels H. Gohlke ChemBioChem 2008 9 2619
- (2008) ChemBioChem , vol.9 , pp. 2619
- Kopitz, H.¹ Zivkovic, A.² Engels, J.W.³ Gohlke, H.⁴

45
- 0033954256
- H. M. Berman J. Westbrook Z. Feng G. Gilliland T. N. Bhat H. Weissig I. N. Shindyalov P. E. Bourne Nucleic Acids Res. 2000 28 235
- (2000) Nucleic Acids Res. , vol.28 , pp. 235
- Berman, H.M.¹ Westbrook, J.² Feng, Z.³ Gilliland, G.⁴ Bhat, T.N.⁵ Weissig, H.⁶ Shindyalov, I.N.⁷ Bourne, P.E.⁸

46
- 0345059376
- H. Berman K. Henrick H. Nakamura Nat. Struct. Biol. 2003 10 980
- (2003) Nat. Struct. Biol. , vol.10 , pp. 980
- Berman, H.¹ Henrick, K.² Nakamura, H.³

47
- 0029633162
- R. Lavery K. Zakrzewska H. Sklenar Comput. Phys. Commun. 1995 91 135
- (1995) Comput. Phys. Commun. , vol.91 , pp. 135
- Lavery, R.¹ Zakrzewska, K.² Sklenar, H.³

48
- 9244260409
- University of California, San Francisco
- D. A. Case, T. A. Darden, T. E. Cheatham III, C. L. Simmerling, J. Wang, R. E. Duke, R. Luo, K. M. Merz, B. Wang, D. A. Pearlman, M. Crowley, S. Brozell, V. Tsui, H. Gohlke, J. Mongan, V. Hornak, G. Cui, P. Beroza, C. Schafmeister, J. W. Caldwell, W. S. Ross and P. A. Kollman, AMBER, 8, University of California, San Francisco, 2004
- (2004) AMBER, 8
- Case, D.A.¹ Darden, T.A.² Cheatham Iii, T.E.³ Simmerling, C.L.⁴ Wang, J.⁵ Duke, R.E.⁶ Luo, R.⁷ Merz, K.M.⁸ Wang, B.⁹ Pearlman, D.A.¹⁰ Crowley, M.¹¹ Brozell, S.¹² Tsui, V.¹³ Gohlke, H.¹⁴ Mongan, J.¹⁵ Hornak, V.¹⁶ Cui, G.¹⁷ Beroza, P.¹⁸ Schafmeister, C.¹⁹ Caldwell, J.W.²⁰ Ross, W.S.²¹ Kollman, P.A.²² more..

49
- 0029011701
- W. D. Cornell P. Cieplak C. I. Bayly I. R. Gould K. M. Merz D. M. Ferguson D. C. Spellmeyer T. Fox J. W. Caldwell P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 1995 117 5179
- (1995) J. Am. Chem. Soc. , vol.117 , pp. 5179
- Cornell, W.D.¹ Cieplak, P.² Bayly, C.I.³ Gould, I.R.⁴ Merz, K.M.⁵ Ferguson, D.M.⁶ Spellmeyer, D.C.⁷ Fox, T.⁸ Caldwell, J.W.⁹ Kollman, P.A.¹⁰

50
- 34250318638
- A. Pérez I. Marchán D. Svozil J. Sponer T. E. Cheatham III C. A. Laughton M. Orozco Biophys. J. 2007 92 3817
- (2007) Biophys. J. , vol.92 , pp. 3817
- Pérez, A.¹ Marchán, I.² Svozil, D.³ Sponer, J.⁴ Cheatham Iii, T.E.⁵ Laughton, C.A.⁶ Orozco, M.⁷

51
- 28444490422
- S. B. Dixit D. L. Beveridge D. A. Case T. E. Cheatham 3rd. E. Giudice F. Lankas R. Lavery J. H. Maddocks R. Osman H. Sklenar K. M. Thayer P. Varnai Biophys. J. 2005 89 3721
- (2005) Biophys. J. , vol.89 , pp. 3721
- Dixit, S.B.¹ Beveridge, D.L.² Case, D.A.³ Cheatham III, T.E.⁴ Giudice, E.⁵ Lankas, F.⁶ Lavery, R.⁷ Maddocks, J.H.⁸ Osman, R.⁹ Sklenar, H.¹⁰ Thayer, K.M.¹¹ Varnai, P.¹²

52
- 70549103338
- I. BeŠŠeová M. Otyepka K. Réblová J. Šponer Phys. Chem. Chem. Phys. 2009 11 10701
- (2009) Phys. Chem. Chem. Phys. , vol.11 , pp. 10701
- Beššeová, I.¹ Otyepka, M.² Réblová, K.³ Šponer, J.⁴

53
- 80052820313
- M. Zgarbová M. Otyepka J. Sponer A. Mládek P. BanáŠ T. E. Cheatham 3rd. P. Jurečka J. Chem. Theory Comput. 2011 7 2886
- (2011) J. Chem. Theory Comput. , vol.7 , pp. 2886
- Zgarbová, M.¹ Otyepka, M.² Sponer, J.³ Mládek, A.⁴ Banáš, P.⁵ Cheatham III, T.E.⁶ Jurečka, P.⁷

54
- 78651294111
- P. BanáŠ D. Hollas M. Zgarbová P. Jurečka M. Orozco T. E. Cheatham J. Šponer M. Otyepka J. Chem. Theory Comput. 2011 6 3836
- (2011) J. Chem. Theory Comput. , vol.6 , pp. 3836
- Banáš, P.¹ Hollas, D.² Zgarbová, M.³ Jurečka, P.⁴ Orozco, M.⁵ Cheatham, T.E.⁶ Šponer, J.⁷ Otyepka, M.⁸

55
- 3042524904
- C. I. Bayly P. Cieplak W. Cornell P. A. Kollman J. Phys. Chem. 1993 97 10269
- (1993) J. Phys. Chem. , vol.97 , pp. 10269
- Bayly, C.I.¹ Cieplak, P.² Cornell, W.³ Kollman, P.A.⁴

56
- 4243539377
- R. Ahlrichs M. Bar M. Haser H. Horn C. Kolmel Chem. Phys. Lett. 1989 162 165
- (1989) Chem. Phys. Lett. , vol.162 , pp. 165
- Ahlrichs, R.¹ Bar, M.² Haser, M.³ Horn, H.⁴ Kolmel, C.⁵

57
- 33846595224
- P. Jurecka J. Cerny P. Hobza D. R. Salahub J. Comput. Chem. 2007 28 555
- (2007) J. Comput. Chem. , vol.28 , pp. 555
- Jurecka, P.¹ Cerny, J.² Hobza, P.³ Salahub, D.R.⁴

58
- 33847348446
- J. Černý P. Jurečka P. Hobza H. Valdés J. Phys. Chem. A 2007 111 1146
- (2007) J. Phys. Chem. A , vol.111 , pp. 1146
- Černý, J.¹ Jurečka, P.² Hobza, P.³ Valdés, H.⁴

59
- 22944484208
- K. Eichkorn O. Treutler H. Ohm M. Haser R. Ahlrichs Chem. Phys. Lett. 1995 240 283
- (1995) Chem. Phys. Lett. , vol.240 , pp. 283
- Eichkorn, K.¹ Treutler, O.² Ohm, H.³ Haser, M.⁴ Ahlrichs, R.⁵

60
- 0038023343
- E. J. Baerends D. E. Ellis P. Ros Chem. Phys. 1973 2 41
- (1973) Chem. Phys. , vol.2 , pp. 41
- Baerends, E.J.¹ Ellis, D.E.² Ros, P.³

61
- 36849099978
- J. L. Whitten J. Chem. Phys. 1973 58 4496
- (1973) J. Chem. Phys. , vol.58 , pp. 4496
- Whitten, J.L.¹

62
- 36749106524
- B. I. Dunlap J. W. D. Connolly J. R. Sabin J. Chem. Phys. 1979 71 3396
- (1979) J. Chem. Phys. , vol.71 , pp. 3396
- Dunlap, B.I.¹ Connolly, J.W.D.² Sabin, J.R.³

63
- 7544226593
- H. B. Jansen P. Ros Chem. Phys. Lett. 1969 3 140
- (1969) Chem. Phys. Lett. , vol.3 , pp. 140
- Jansen, H.B.¹ Ros, P.²

64
- 84890021933
- S. F. Boys F. Bernardi Mol. Phys. 1970 19 553
- (1970) Mol. Phys. , vol.19 , pp. 553
- Boys, S.F.¹ Bernardi, F.²

65
- 0242593713
- J. Tao J. P. Perdew V. N. Staroverov G. E. Scuseria Phys. Rev. Lett. 2003 91 146401
- (2003) Phys. Rev. Lett. , vol.91 , pp. 146401
- Tao, J.¹ Perdew, J.P.² Staroverov, V.N.³ Scuseria, G.E.⁴

66
- 26344435738
- A. Schäfer H. Horn R. Ahlrichs J. Chem. Phys. 1992 97 2571
- (1992) J. Chem. Phys. , vol.97 , pp. 2571
- Schäfer, A.¹ Horn, H.² Ahlrichs, R.³

67
- 0039209924
- A. Schäfer C. Huber R. Ahlrichs J. Chem. Phys. 1994 100 5829
- (1994) J. Chem. Phys. , vol.100 , pp. 5829
- Schäfer, A.¹ Huber, C.² Ahlrichs, R.³

68
- 26844534384
- R. Krishnan J. S. Binkley R. Seeger J. A. Pople J. Chem. Phys. 1980 72 650
- (1980) J. Chem. Phys. , vol.72 , pp. 650
- Krishnan, R.¹ Binkley, J.S.² Seeger, R.³ Pople, J.A.⁴

69
- 84986468715
- T. Clark J. Chandrasekhar G. W. Spitznagel P. V. R. Schleyer J. Comput. Chem. 1983 4 294
- (1983) J. Comput. Chem. , vol.4 , pp. 294
- Clark, T.¹ Chandrasekhar, J.² Spitznagel, G.W.³ Schleyer, P.V.R.⁴

70
- 0000712790
- P. M. W. Gill B. G. Johnson J. A. Pople M. J. Frisch Chem. Phys. Lett. 1992 197 499
- (1992) Chem. Phys. Lett. , vol.197 , pp. 499
- Gill, P.M.W.¹ Johnson, B.G.² Pople, J.A.³ Frisch, M.J.⁴

71
- 36549091139
- M. J. Frisch J. A. Pople J. S. Binkley J. Chem. Phys. 1984 80 3265
- (1984) J. Chem. Phys. , vol.80 , pp. 3265
- Frisch, M.J.¹ Pople, J.A.² Binkley, J.S.³

72
- 0032502389
- A. Halkier T. Helgaker P. Jorgensen W. Klopper H. Koch J. Olsen A. K. Wilson Chem. Phys. Lett. 1998 286 243
- (1998) Chem. Phys. Lett. , vol.286 , pp. 243
- Halkier, A.¹ Helgaker, T.² Jorgensen, P.³ Klopper, W.⁴ Koch, H.⁵ Olsen, J.⁶ Wilson, A.K.⁷

73
- 33645326510
- J. Sponer P. Jurecka I. Marchan F. J. Luque M. Orozco P. Hobza Chem.-Eur. J. 2006 12 2854
- (2006) Chem.-Eur. J. , vol.12 , pp. 2854
- Sponer, J.¹ Jurecka, P.² Marchan, I.³ Luque, F.J.⁴ Orozco, M.⁵ Hobza, P.⁶

74
- 75649121122
- D. Svozil P. Hobza J. Sponer J. Phys. Chem. B 2010 114 1191
- (2010) J. Phys. Chem. B , vol.114 , pp. 1191
- Svozil, D.¹ Hobza, P.² Sponer, J.³

75
- 67650092678
- C. A. Morgado P. Jurecka D. Svozil P. Hobza J. Sponer J. Chem. Theory Comput. 2009 5 1524
- (2009) J. Chem. Theory Comput. , vol.5 , pp. 1524
- Morgado, C.A.¹ Jurecka, P.² Svozil, D.³ Hobza, P.⁴ Sponer, J.⁵

76
- 77950226847
- C. A. Morgado P. Jurecka D. Svozil P. Hobza J. Sponer Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 3522
- (2010) Phys. Chem. Chem. Phys. , vol.12 , pp. 3522
- Morgado, C.A.¹ Jurecka, P.² Svozil, D.³ Hobza, P.⁴ Sponer, J.⁵

77
- 50349085962
- X.-J. Lu W. K. Olson Nat. Protocols 2008 3 1213
- (2008) Nat. Protocols , vol.3 , pp. 1213
- Lu, X.-J.¹ Olson, W.K.²

78
- 0029878720
- W. Humphrey A. Dalke K. Schulten J. Mol. Graphics 1996 14 33
- (1996) J. Mol. Graphics , vol.14 , pp. 33
- Humphrey, W.¹ Dalke, A.² Schulten, K.³

79
- 0000009443
- A. D. McLachlan Acta Crystallogr., Sect. A: Cryst. Phys., Diffr., Theor. Gen. Crystallogr. 1982 38 871
- (1982) Acta Crystallogr., Sect. A: Cryst. Phys., Diffr., Theor. Gen. Crystallogr. , vol.38 , pp. 871
- McLachlan, A.D.¹

80
- 84872664898
- A. C. R. Martin, ProFit software package, http://www.bioinf.org.uk/ software/profit/
- ProFit Software Package
- Martin, A.C.R.¹

81
- 0001246313
- F. B. Van Duijneveldt J. G. C. M. Van Duijneveldt-van de Rijdt J. H. Van Lenthe Chem. Rev. 1994 94 1873
- (1994) Chem. Rev. , vol.94 , pp. 1873
- Van Duijneveldt, F.B.¹ Van Duijneveldt-Van De Rijdt, J.G.C.M.² Van Lenthe, J.H.³

82
- 0342354218
- K. Szalewicz B. Jeziorski J. Chem. Phys. 1998 109 1198
- (1998) J. Chem. Phys. , vol.109 , pp. 1198
- Szalewicz, K.¹ Jeziorski, B.²

83
- 84961980743
- A. Klamt G. Schüürmann J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1993 799
- (1993) J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 , pp. 799
- Klamt, A.¹ Schüürmann, G.²

84
- 0034656445
- A. Schäfer A. Klamt D. Sattel J. C. W. Lohrenz F. Eckert Phys. Chem. Chem. Phys. 2000 2 2187
- (2000) Phys. Chem. Chem. Phys. , vol.2 , pp. 2187
- Schäfer, A.¹ Klamt, A.² Sattel, D.³ Lohrenz, J.C.W.⁴ Eckert, F.⁵

85
- 44949149185
- L. Bendová-Biedermannová P. Hobza J. VondráŠ ek Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2008 72 402
- (2008) Proteins: Struct., Funct., Bioinf. , vol.72 , pp. 402
- Bendová-Biedermannová, L.¹ Hobza, P.² Vondrášek, J.³

86
- 77949272775
- C. Fonseca Guerra T. Wijst J. Poater M. Swart F. M. Bickelhaupt Theor. Chem. Acc. 2009 125 245
- (2009) Theor. Chem. Acc. , vol.125 , pp. 245
- Fonseca Guerra, C.¹ Wijst, T.² Poater, J.³ Swart, M.⁴ Bickelhaupt, F.M.⁵

87
- 84961981091
- C. J. Cramer D. G. Truhlar Chem. Rev. 1999 99 2161
- (1999) Chem. Rev. , vol.99 , pp. 2161
- Cramer, C.J.¹ Truhlar, D.G.²

88
- 1942456697
- M. Feig C. L. Brooks Curr. Opin. Struct. Biol. 2004 14 217
- (2004) Curr. Opin. Struct. Biol. , vol.14 , pp. 217
- Feig, M.¹ Brooks, C.L.²

89
- 84961980477
- J. Tomasi B. Mennucci R. Cammi Chem. Rev. 2005 105 2999
- (2005) Chem. Rev. , vol.105 , pp. 2999
- Tomasi, J.¹ Mennucci, B.² Cammi, R.³

90
- 84962352796
- A. Klamt Wiley Interdiscip. Rev.: Comput. Mol. Sci. 2011 1 699
- (2011) Wiley Interdiscip. Rev.: Comput. Mol. Sci. , vol.1 , pp. 699
- Klamt, A.¹

91
- 61949188840
- A. Mladek P. Sharma A. Mitra D. Bhattacharyya J. Šponer J. E. Šponer J. Phys. Chem. B 2009 113 1743
- (2009) J. Phys. Chem. B , vol.113 , pp. 1743
- Mladek, A.¹ Sharma, P.² Mitra, A.³ Bhattacharyya, D.⁴ Šponer, J.⁵ Šponer, J.E.⁶

92
- 4043137165
- J. Sponer P. Jurecka P. Hobza J. Am. Chem. Soc. 2004 126 10142
- (2004) J. Am. Chem. Soc. , vol.126 , pp. 10142
- Sponer, J.¹ Jurecka, P.² Hobza, P.³

93
- 0000926037
- A. R. Leach P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 1992 114 3675
- (1992) J. Am. Chem. Soc. , vol.114 , pp. 3675
- Leach, A.R.¹ Kollman, P.A.²

94
- 0031004327
- C. Roberts R. Bandaru C. Switzer J. Am. Chem. Soc. 1997 119 4640
- (1997) J. Am. Chem. Soc. , vol.119 , pp. 4640
- Roberts, C.¹ Bandaru, R.² Switzer, C.³

95
- 0142037913
- D. M. Donaill D. Brocklebank Mol. Phys. 2003 101 2755
- (2003) Mol. Phys. , vol.101 , pp. 2755
- Donaill, D.M.¹ Brocklebank, D.²

96
- 69849114530
- C. L. Zirbel J. E. Šponer J. Šponer J. Stombaugh N. B. Leontis Nucleic Acids Res. 2009 37 4898
- (2009) Nucleic Acids Res. , vol.37 , pp. 4898
- Zirbel, C.L.¹ Šponer, J.E.² Šponer, J.³ Stombaugh, J.⁴ Leontis, N.B.⁵

97
- 84855712578
- A. Mládek J. E. Šponer P. Kulhánek X.-J. Lu W. K. Olson J. Šponer J. Chem. Theory Comput. 2012 8 335
- (2012) J. Chem. Theory Comput. , vol.8 , pp. 335
- Mládek, A.¹ Šponer, J.E.² Kulhánek, P.³ Lu, X.-J.⁴ Olson, W.K.⁵ Šponer, J.⁶

98
- 0033578939
- C. C. Correll I. G. Wool A. Munishkin J. Mol. Biol. 1999 292 275
- (1999) J. Mol. Biol. , vol.292 , pp. 275
- Correll, C.C.¹ Wool, I.G.² Munishkin, A.³

99
- 0020692923
- M. L. Kopka A. V. Fratini H. R. Drew R. E. Dickerson J. Mol. Biol. 1983 163 129
- (1983) J. Mol. Biol. , vol.163 , pp. 129
- Kopka, M.L.¹ Fratini, A.V.² Drew, H.R.³ Dickerson, R.E.⁴

100
- 0023029727
- W. Saenger W. N. Hunter O. Kennard Nature 1986 324 385
- (1986) Nature , vol.324 , pp. 385
- Saenger, W.¹ Hunter, W.N.² Kennard, O.³

101
- 0023708040
- E. Westhof Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1988 17 125
- (1988) Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. , vol.17 , pp. 125
- Westhof, E.¹

102
- 0029956116
- M. Egli S. Portmann N. Usman Biochemistry 1996 35 8489
- (1996) Biochemistry , vol.35 , pp. 8489
- Egli, M.¹ Portmann, S.² Usman, N.³

103
- 0032452402
- P. Auffinger E. Westhof J. Biomol. Struct. Dyn. 1998 16 693
- (1998) J. Biomol. Struct. Dyn. , vol.16 , pp. 693
- Auffinger, P.¹ Westhof, E.²

104
- 15744363770
- M. S. Lee M. A. Olson J. Phys. Chem. B 2005 109 5223
- (2005) J. Phys. Chem. B , vol.109 , pp. 5223
- Lee, M.S.¹ Olson, M.A.²

105
- 42149168977
- G. Brancato N. Rega V. Barone J. Chem. Phys. 2008 128 144501
- (2008) J. Chem. Phys. , vol.128 , pp. 144501
- Brancato, G.¹ Rega, N.² Barone, V.³

106
- 79958816397
- J. A. Wagoner V. S. Pande J. Chem. Phys. 2011 134 214103
- (2011) J. Chem. Phys. , vol.134 , pp. 214103
- Wagoner, J.A.¹ Pande, V.S.²

107
- 0032523296
- P. Hobza J. Sponer Chem. Phys. Lett. 1998 288 7
- (1998) Chem. Phys. Lett. , vol.288 , pp. 7
- Hobza, P.¹ Sponer, J.²

108
- 0033554872
- D. Vlieghe J. Sponer L. Van Meervelt Biochemistry 1999 38 16443
- (1999) Biochemistry , vol.38 , pp. 16443
- Vlieghe, D.¹ Sponer, J.² Van Meervelt, L.³

* 이 정보는 Elsevier사의 SCOPUS DB에서 KISTI가 분석하여 추출한 것입니다.