Fluorescent labeling techniques in biomolecules: A flashback

RSC Advances

Volumn 2, Issue 18, 2012, Pages 7017-7029

  Sahoo, Harekrushna ^a  

^a DRESDEN UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANALYTICAL METHOD; BASIC PRINCIPLES; CHEMICAL BIOLOGY; CHEMICAL LABELING; FLUORESCENT LABELING; FLUORESCENT MATERIALS; FLUORESCENT PROTEIN; FLUORESCENT TECHNIQUE; GREEN FLUORESCENT PROTEIN; HIGH YIELD; IN-VITRO; IN-VIVO; INTERDISCIPLINARY RESEARCH; LIVING CELL; MOLECULAR EVENTS; NON-SPECIFICITY; ORGANIC CHEMISTRY;

BIOSYNTHESIS; CELL ENGINEERING; CHEMICAL ANALYSIS; MOLECULAR BIOLOGY; PROTEINS;

FLUORESCENCE;

EID: 84864447612     PISSN: None     EISSN: 20462069     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2ra20389h     Document Type: Review

References (112)

1. S. E. Ong M. Mann Nat. Protoc. 2007 1 2650 2660
2. A. Varki Faseb J. 1991 5 226 235
3. H. X. Li L. Rothberg Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 14036 14039
4. J. R. Kumita O. S. Smart G. A. Woolley Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 3803 3808
5. N. Soh K. Yoshida H. Nakajima K. Nakano T. Imato T. Fukaminato M. Irie Chem. Commun. 2007 5206 5208
6. F. Di Benedetto E. Mele A. Camposeo A. Athanassiou R. Cingolani D. Pisignano Adv. Mater. 2008 20 314 318
7. D. R. van Staveren N. Metzler-Nolte Chem. Rev. 2004 104 5931 5985
8. B. N. G. Giepmans S. R. Adams M. H. Ellisman R. Y. Tsien Science 2006 312 217 224
9. M. Zimmer Chem. Rev. 2002 102 759 781
10. N. Johnsson K. Johnsson ACS Chem. Biol. 2007 2 31 38
11. T. L. Foley M. D. Burkart Curr. Opin. Chem. Biol. 2007 11 12 19
12. J. A. Prescher C. R. Bertozzi Nat. Chem. Biol. 2005 1 13 21
13. H. Sahoo J. Photochem. Photobiol., C 2011 12 20 30
14. H. Sahoo A. Hennig M. Florea D. Roth T. Enderle W. M. Nau J. Am. Chem. Soc. 2007 129 15927 15934
15. H. Sahoo W. M. Nau ChemBioChem 2007 8 567 573
16. H. Sahoo D. Roccatano A. Hennig W. M. Nau J. Am. Chem. Soc. 2007 129 9762 9772
17. H. Sahoo D. Roccatano M. Zacharias W. M. Nau J. Am. Chem. Soc. 2006 128 8118 8119
18. B. T. Kurien R. H. Scofield Methods Mol. Biol. 2009 536 557 571
19. T. Miyashita Methods Mol. Biol. 2004 261 399 410
20. Y. Wang J. Y.-J. Shyy S. Chien Annu. Rev. Biomed. Eng. 2008 10 1 38
21. D. Maurel L. Comps-Agrar C. Brock M.-L. Rives E. Bourrier M. A. Ayoub H. Bazin N. Tinel T. Durroux l. Prézeau E. Trinquet J.-P. Pin Nat. Methods 2008 5 561 567
22. J. Yin P. D. Straight S. M. McLaoughlin Z. Zhou A. J. Lin D. E. Go R. Kolter C. T. Walsh Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 15815 15820
23. J. Evans D. T. Yue Neuron 2003 38 145 147
24. D. L. Pan H. O. Qin B. S. Cooperman RNA 2009 15 346 354
25. A. R. Katritzky T. Narindoshvili Org. Biomol. Chem. 2009 7 627 634
26. M. Margittai J. Widengren E. Schweinberger G. F. Schröder S. Felekyan E. Haustein M. König D. Fasshauer H. Grubmüller R. Jahn C. A. M. Seidel Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 15516 15521
27. C. Eggeling P. Kask D. Winkler S. Jäger Biophys. J. 2005 89 605 618
28. B. K. Müller E. Zaychikov C. Bräuchle D. C. Lamb Biophys. J. 2005 89 3508 3522
29. H. Sahoo P. Schwille ChemPhysChem 2011 12 532 541
30. N. Mochizuki S. Yamashita K. Kurokawa Y. Ohba T. Nagai A. Miyawaki M. Matsuda Nature 2001 411 1065 1068
31. N. Zuleger D. A. Kelly A. C. Richardson A. R. W. Kerr M. W. Goldberg A. B. Goryachev E. C. Schirmer J. Cell Biol. 2011 193 109 123
32. G. Gaietta T. J. Deerinck S. R. Adams J. Bouwer O. Tour D. W. Laird G. E. Sosinsky R. Y. Tsien M. H. Ellisman Science 2002 296 503 507
33. M. Fernandez-Suarez A. Y. Ting Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2008 9 929 943
34. C. Bustamante W. Cheng Y. X. Mejia Cell 2011 145 160 160
35. G. T. Hermanson, in Bioconjugate Techniques, Academic Press, Inc., 2008, 1202
36. A. J. Lomant G. Fairbanks J. Mol. Biol. 1976 104 243 261
37. L. Bing J. M. Davidson S. A. Guelcher Biomaterials 2009 30 3486 3494
38. M. D. Partis D. G. Griffiths G. C. Roberts R. B. Beechey J. Protein Chem. 1983 2 263 277
39. P. M. E. Gramlich C. T. Wirges A. Manetto T. Carell Angew. Chem., Int. Ed. 2008 47 8350 8358
40. M. Fernandez-Suarez H. Baruah L. Martinez-Hernandez K. T. Xie J. M. Baskin C. R. Bertozzi A. Y. Ting Nat. Biotechnol. 2007 25 1483 1487
41. A. E. Speers G. C. Adam B. F. Cravatt J. Am. Chem. Soc. 2003 125 4686 4687
42. J. M. Baskin C. R. Bertozzi QSAR Comb. Sci. 2007 26 1211 1219
43. E. Saxon C. R. Bertozzi Science 2000 287 2007 2010
44. H. C. Kolb M. G. Finn K. B. Sharpless Angew. Chem., Int. Ed. 2001 40 2004 2021
45. J. Dommerholt S. Schmidt R. Temming L. J. A. Hendriks F. Rutjes J. C. M. van Hest D. J. Lefeber P. Friedl F. L. van Delft Angew. Chem., Int. Ed. 2010 49 9422 9425
46. J. M. Baskin J. A. Prescher S. T. Laughlin N. J. Agard P. V. Chang I. A. Miller A. Lo J. A. Codelli C. R. Bertozzi Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 16793 16797
47. S. T. Laughlin C. R. Bertozzi Nat. Protoc. 2007 2 2930 2944
48. A. E. Speers G. C. Adams B. F. Cravatt J. Am. Chem. Soc. 2003 125 4686 4687
49. N. K. Devaraj R. Weissleder S. A. Hilderbrand Bioconjugate Chem. 2008 19 2297 2299
50. H.-S. Han N. K. Devaraj J. Lee S. A. Hilderbrand R. Weissleder M. G. Bawendi J. Am. Chem. Soc. 2010 132 7838 7839
51. N. K. Devaraj R. Weissleder Accounts of Chemical Research 2011 44 816 827
52. M. Griffin R. Casadio C. M. Bergamini Biochem. J. 2002 368 377 396
53. C. W. Lin A. Y. Ting J. Am. Chem. Soc. 2006 128 4542 4543
54. Y. Sugimura M. Hosono F. Wada T. Yoshimura M. Maki K. Hitomi J. Biol. Chem. 2006 281 17699 17706
55. A. M. Perry H. Ton-That S. K. Mazmanian O. Schneewind J. Biol. Chem. 2002 277 16241 16248
56. S. K. Mazmanian G. Liu T. T. Hung O. Schneewind Science 1999 285 760 763
57. H. Y. Mao S. A. Hart A. Schink B. A. Pollok J. Am. Chem. Soc. 2004 126 2670 2671
58. T. Tanaka T. Yamamoto S. Tsukiji T. Nagamune ChemBioChem 2008 9 802 807
59. M. W. Popp H. L. Ploegh Angew. Chem., Int. Ed. 2011 50 5024 5032
60. M. L. M. Mannesse R. C. Cox B. C. Koops H. M. Verheij G. H. Dehaas M. R. Egmond H. Vanderhijden J. Devlieg Biochemistry 1995 34 6400 6407
61. M. L. M. Mannesse J. W. P. Boots R. Dijkman A. J. Slotboom H. Vanderhijden M. R. Egmond H. M. Verheij G. H. Dehaas Biochim. Biophys. Acta-Lipids 1995 1259 56 64
62. R. Bonasio C. V. Carman E. Kim P. T. Sage K. R. Love T. R. Mempel T. A. Springer U. H. von Andrian Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 14753 14758
63. C. D. Hodneland Y. S. Lee D. H. Min M. Mrksich Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 5048 5052
64. M. Q. Xu M. W. Southworth F. B. Mersha L. J. Hornstra F. B. Perler Cell 1993 75 1371 1377
65. C. J. Noren J. M. Wang F. B. Perler Angew. Chem., Int. Ed. 2000 39 450 466
66. T. W. Muir Annu. Rev. Biochem. 2003 72 249 289
67. P. E. Dawson S. B. H. Kent Annu. Rev. Biochem. 2000 69 923 960
68. F. Pries J. Kingma G. H. Krooshof C. M. Jeronimusstratingh A. P. Bruins D. B. Janssen J. Biol. Chem. 1995 270 10405 10411
69. K. H. G. Verschueren F. Seljee H. J. Rozeboom K. H. Kalk B. W. Dijkstra Nature 1993 363 693 698
70. H. Q. Yao Y. Zhang F. Xiao Z. Y. Xia J. H. Rao Angew. Chem., Int. Ed. 2007 46 4346 4349
71. Y. Zhang M. K. So A. M. Loening H. Q. Yao S. S. Gambhir J. H. Rao Angew. Chem., Int. Ed. 2006 45 4936 4940
72. G. V. Los K. V. Wood Methods Mol. Biol. 2007 356 195 208
73. P. Reche R. N. Perham EMBO J. 1999 18 2673 2682
74. S. Sueda S. Yoneda H. Hayashi ChemBioChem 2011 12 1367 1375
75. I. Chen M. Howarth W. Lin A. Y. Ting Nat. Methods 2005 2 99 104
76. X. Zhao J. R. Miller Y. F. Jiang M. A. Marletta J. E. Cronan Chem. Biol. 2003 10 1293 1302
77. M. Sunbul K. Zhang J. Yin Methods Enzymol. 2009 458 255 275
78. J. Yin A. J. Lin D. E. Golan C. T. Walsh Nat. Protoc. 2006 1 280 285
79. Y. Zou J. Yin J. Am. Chem. Soc. 2009 131 7548 7549
80. R. S. Flugel Y. Hwangbo R. H. Lambalot J. E. Cronan C. T. Walsh J. Biol. Chem. 2000 275 959 968
81. R. H. Lambalot A. M. Gehring R. S. Flugel P. Zuber M. LaCelle M. A. Marahiel R. Reid C. Khosla C. T. Walsh Chem. Biol. 1996 3 923 936
82. A. C. Mercer M. D. Burkart Nat. Prod. Rep. 2007 24 750 773
83. B. A. Griffin S. R. Adams R. Y. Tsien Science 1998 281 269 272
84. S. R. Adams R. E. Campbell L. A. Gross B. R. Martin G. K. Walkup Y. Yao J. Llopis R. Y. Tsien J. Am. Chem. Soc. 2002 124 6063 6076
85. B. Liu C. T. Archer L. Burdine T. G. Gillette T. Kodadek J. Am. Chem. Soc. 2007 129 12348 12349
86. X. Y. Zhang A. C. Bishop J. Am. Chem. Soc. 2007 129 3812 3813
87. A. C. Hearps M. J. Pryor H. V. Kuusisto S. M. Rawlinson S. C. Piller D. A. Jans J. Fluoresc. 2007 17 593 597
88. B. A. Griffin S. R. Adam J. Jones R. Y. Tsien Methods Enzymol. 2000 327 565 578
89. T. Machleidt M. Robers G. Hanson Methods Mol. Biol. 2007 356 209 220
90. C. C. Spagnuolo R. J. Vermeij E. A. Jares-Erijman J. Am. Chem. Soc. 2006 128 12040 12041
91. H. S. Cao Y. J. Xiong T. Wang B. W. Chen T. C. Squier M. U. Mayer J. Am. Chem. Soc. 2007 129 8672 8673
92. A. N. Kapanidis Y. W. Ebright R. H. Ebright J. Am. Chem. Soc. 2001 123 12123 12125
93. E. G. Guignet R. Hovius H. Vogel Nat. Biotechnol. 2004 22 440 444
94. S. Lata M. Gavutis R. Tampe J. Piehler J. Am. Chem. Soc. 2006 128 2365 2372
95. A. Ojida K. Honda D. Shinmi S. Kiyonaka Y. Mori I. Hamachi J. Am. Chem. Soc. 2006 128 10452 10459
96. K. Honda E. Nakata A. Ojida I. Hamachi Chem. Commun. 2006 4024 4026
97. K. Honda S. H. Fujishima A. Ojida I. Hamachi ChemBioChem 2007 8 1370 1372
98. K. J. T. Venken J. Kasprowicz S. Kuenen J. Yan B. A. Hassan P. Verstreken Nucleic Acids Res. 2008 36 e114 10.1093/nar/gkn486
99. A. Gautier E. Nakata G. Lukinavicius T. K. T K. Johnsson J. Am. Chem. Soc. 2009 131 17954 17962
100. R. Y. Tsien Annu. Rev. Biochem. 1998 67 509 544
101. K. E. Sapsford L. Berti I. L. Medintz Angew. Chem., Int. Ed. 2006 45 4562 4588
102. D. A. Zacharias J. D. Violin A. C. Newton R. Y. Tsien Science 2002 296 913 916
103. A. Dragulescu-Andrasi J. H. Rao ChemBioChem 2007 8 1099 1101
104. K. L. Kiick R. Weberskirch D. A. Tirrell FEBS Lett. 2001 502 25 30
105. I. Chen A. Y. Ting Curr. Opin. Biotechnol. 2005 16 35 40
106. D. Mendel V. W. Cornish P. G. Schultz Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1995 24 435 462
107. V. W. Cornish K. M. Hahn P. G. Schultz J. Am. Chem. Soc. 1996 118 8150 8151
108. V. W. Cornish D. R. Benson C. A. Altenbach K. Hideg W. L. Hubbell P. G. Schultz Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1994 91 2910 2914
109. J. Fei P. Kosuri D. D. MacDougall R. L. Gonzalez Mol. Cell 2008 30 348 359
110. J. B. Munro R. B. Altman N. O'Connor S. C. Blanchard Mol. Cell 2007 25 505 517
111. L. Wang A. Brock B. Herberich P. G. Schultz Science 2001 292 498 500
112. L. Wang A. Brock P. G. Schultz J. Am. Chem. Soc. 2002 124 1836 1837