Modular recognition of nucleic acids by PUF, TALE and PPR proteins

Molecular BioSystems

Volumn 8, Issue 3, 2012, Pages 699-708

  Filipovska, Aleksandra ^a   Rackham, Oliver ^a  

^a UNIVERSITY OF WESTERN AUSTRALIA   (Australia)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

HOMEODOMAIN PROTEIN; RNA; RNA BINDING PROTEIN;

ANIMAL; BINDING SITE; BIOLOGICAL MODEL; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; HUMAN; METABOLISM; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE; REVIEW;

ANIMALS; BINDING SITES; HOMEODOMAIN PROTEINS; HUMANS; MODELS, BIOLOGICAL; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; RNA; RNA-BINDING PROTEINS;

EID: 84857198283     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2mb05392f     Document Type: Review

References (122)

1. B. M. Lunde C. Moore G. Varani Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2007 8 479 490
2. S. D. Auweter F. C. Oberstrass F. H. Allain Nucleic Acids Res. 2006 34 4943 4959
3. J. P. Mackay J. Font D. J. Segal Nat. Struct. Mol. Biol. 2011 18 256 261
4. E. R. Main S. E. Jackson L. Regan Curr. Opin. Struct. Biol. 2003 13 482 489
5. T. Z. Grove A. L. Cortajarena L. Regan Curr. Opin. Struct. Biol. 2008 18 507 515
6. J. F. Couture E. Collazo R. C. Trievel Nat. Struct. Mol. Biol. 2006 13 698 703
7. C. Morlot N. M. Thielens R. B. Ravelli W. Hemrika R. A. Romijn P. Gros S. Cusack A. A. McCarthy Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 14923 14928
8. A. L. Cortajarena L. Regan Protein Sci. 2006 15 1193 1198
9. E. R. Main A. R. Lowe S. G. Mochrie S. E. Jackson L. Regan Curr. Opin. Struct. Biol. 2005 15 464 471
10. F. Parmeggiani R. Pellarin A. P. Larsen G. Varadamsetty M. T. Stumpp O. Zerbe A. Caflisch A. Pluckthun J. Mol. Biol. 2008 376 1282 1304
11. H. K. Binz P. Amstutz A. Pluckthun Nat. Biotechnol. 2005 23 1257 1268
12. H. K. Binz A. Pluckthun Curr. Opin. Biotechnol. 2005 16 459 469
13. P. Forrer H. K. Binz M. T. Stumpp A. Pluckthun ChemBioChem 2004 5 183 189
14. T. Matsuura A. Ernst D. L. Zechel A. Pluckthun ChemBioChem 2004 5 177 182
15. T. Quenault T. Lithgow A. Traven Trends Cell Biol. 2011 21 104 112
16. X. Wang J. McLachlan P. D. Zamore T. M. Hall Cell 2002 110 501 512
17. M. Wickens D. S. Bernstein J. Kimble R. Parker Trends Genet. 2002 18 150 157
18. C. Schmitz-Linneweber I. Small Trends Plant Sci. 2008 13 663 670
19. I. D. Small N. Peeters Trends Biochem. Sci. 2000 25 45 47
20. A. A. Antson E. J. Dodson G. Dodson R. B. Greaves X. Chen P. Gollnick Nature 1999 401 235 242
21. P. Babitzke C. Yanofsky Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1993 90 133 137
22. M. J. Moscou A. J. Bogdanove Science 2009 326 1501
23. J. Boch H. Scholze S. Schornack A. Landgraf S. Hahn S. Kay T. Lahaye A. Nickstadt U. Bonas Science 2009 326 1509 1512
24. B. Yang W. Zhu L. B. Johnson F. F. White Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 9807 9812
25. C. G. Cheong T. M. Hall Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 13635 13639
26. R. Geissler H. Scholze S. Hahn J. Streubel U. Bonas S. E. Behrens J. Boch PLoS One 2011 6 e19509
27. M. M. Mahfouz L. Li GM Crops 2011 2 99 103
28. C. Mussolino R. Morbitzer F. Lutge N. Dannemann T. Lahaye T. Cathomen Nucleic Acids Res. 2011 39 9283 9293
29. D. Hockemeyer H. Wang S. Kiani C. S. Lai Q. Gao J. P. Cassady G. J. Cost L. Zhang Y. Santiago J. C. Miller B. Zeitler J. M. Cherone X. Meng S. J. Hinkley E. J. Rebar P. D. Gregory F. D. Urnov R. Jaenisch Nat. Biotechnol. 2011 29 731 734
30. A. J. Wood T. W. Lo B. Zeitler C. S. Pickle E. J. Ralston A. H. Lee R. Amora J. C. Miller E. Leung X. Meng L. Zhang E. J. Rebar P. D. Gregory F. D. Urnov B. J. Meyer Science 2011 333 307
31. N. Rusk Nat. Methods 2011 8 197
32. M. M. Mahfouz L. Li M. Shamimuzzaman A. Wibowo X. Fang J. K. Zhu Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 2623 2628
33. F. Zhang L. Cong S. Lodato S. Kosuri G. M. Church P. Arlotta Nat. Biotechnol. 2011 29 149 153
34. J. C. Miller S. Tan G. Qiao K. A. Barlow J. Wang D. F. Xia X. Meng D. E. Paschon E. Leung S. J. Hinkley G. P. Dulay K. L. Hua I. Ankoudinova G. J. Cost F. D. Urnov H. S. Zhang M. C. Holmes L. Zhang P. D. Gregory E. J. Rebar Nat. Biotechnol. 2010 29 143 148
35. R. Morbitzer P. Romer J. Boch T. Lahaye Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 21617 21622
36. M. Christian T. Cermak E. L. Doyle C. Schmidt F. Zhang A. Hummel A. J. Bogdanove D. F. Voytas Genetics 2010 186 757 761
37. T. Yamada H. Yoshimura A. Inaguma T. Ozawa Anal. Chem. 2011 83 5708 5714
38. J. L. Furman A. H. Badran O. Ajulo J. R. Porter C. I. Stains D. J. Segal I. Ghosh J. Am. Chem. Soc. 2010 132 11692 11701
39. Y. Wang C. G. Cheong T. M. Hall Z. Wang Nat. Methods 2009 6 825 830
40. J. Tilsner O. Linnik N. M. Christensen K. Bell I. M. Roberts C. Lacomme K. J. Oparka Plant J. 2009 57 758 770
41. T. Ozawa Y. Natori M. Sato Y. Umezawa Nat. Methods 2007 4 413 419
42. M. Parisi H. Lin Curr. Biol. 2000 10 R81 83
43. J. Sonoda R. P. Wharton Genes Dev. 1999 13 2704 2712
44. P. D. Zamore J. R. Williamson R. Lehmann RNA 1997 3 1421 1433
45. B. Zhang M. Gallegos A. Puoti E. Durkin S. Fields J. Kimble M. P. Wickens Nature 1997 390 477 484
46. X. Wang P. D. Zamore T. M. Hall Mol. Cell 2001 7 855 865
47. T. A. Edwards S. E. Pyle R. P. Wharton A. K. Aggarwal Cell 2001 105 281 289
48. A. Filipovska M. F. Razif K. K. Nygard O. Rackham Nat. Chem. Biol. 2011 7 425 427
49. D. J. SenGupta B. Zhang B. Kraemer P. Pochart S. Fields M. Wickens Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996 93 8496 8501
50. S. Dong Y. Wang C. Cassidy-Amstutz G. Lu R. Bigler M. R. Jezyk C. Li T. M. Hall Z. Wang J. Biol. Chem. 2011 286 26732 26742
51. J. Boch U. Bonas Annu. Rev. Phytopathol. 2010 48 419 436
52. B. Szurek E. Marois U. Bonas G. Van den Ackerveken Plant J. 2001 26 523 534
53. H. Scholze J. Boch Curr. Opin. Microbiol. 2011 14 47 53
54. T. Lahaye U. Bonas Trends Plant Sci. 2001 6 479 485
55. E. Marois G. Van den Ackerveken U. Bonas Mol. Plant-Microbe Interact. 2002 15 637 646
56. S. Kay S. Hahn E. Marois R. Wieduwild U. Bonas Plant J. 2009 59 859 871
57. P. Romer S. Hahn T. Jordan T. Strauss U. Bonas T. Lahaye Science 2007 318 645 648
58. S. Kay S. Hahn E. Marois G. Hause U. Bonas Science 2007 318 648 651
59. T. Cermak E. L. Doyle M. Christian L. Wang Y. Zhang C. Schmidt J. A. Baller N. V. Somia A. J. Bogdanove D. F. Voytas Nucleic Acids Res. 2011 39 e82
60. T. Li S. Huang X. Zhao D. A. Wright S. Carpenter M. H. Spalding D. P. Weeks B. Yang Nucleic Acids Res. 2011 39 6315 6325
61. R. Morbitzer J. Elsaesser J. Hausner T. Lahaye Nucleic Acids Res. 2011 39 5790 5799
62. Y. Yu J. Streubel S. Balzergue A. Champion J. Boch R. Koebnik J. Feng V. Verdier B. Szurek Mol. Plant-Microbe Interact. 2011 24 1102 1113
63. S. Schornack A. Meyer P. Romer T. Jordan T. Lahaye J. Plant Physiol. 2006 163 256 272
64. M. T. Murakami M. L. Sforca J. L. Neves J. H. Paiva M. N. Domingues A. L. Pereira A. C. Zeri C. E. Benedetti Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2010 78 3386 3395
65. S. Aubourg N. Boudet M. Kreis A. Lecharny Plant Mol. Biol. 2000 42 603 613
66. C. Lurin C. Andres S. Aubourg M. Bellaoui F. Bitton C. Bruyere M. Caboche C. Debast J. Gualberto B. Hoffmann A. Lecharny M. Le Ret M. L. Martin-Magniette H. Mireau N. Peeters J. P. Renou B. Szurek L. Taconnat I. Small Plant Cell 2004 16 2089 2103
67. A. Barkan Methods Mol. Biol. 2009 553 13 37
68. A. Barkan Methods Mol. Biol. 2011 774 183 197
69. J. Prikryl M. Rojas G. Schuster A. Barkan Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 108 415 420
70. T. Shikanai K. Okuda Methods Mol. Biol. 2011 774 199 208
71. S. Fujii C. S. Bond I. D. Small Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 1723 1728
72. E. Delannoy W. A. Stanley C. S. Bond I. D. Small Biochem. Soc. Trans. 2007 35 1643 1647
73. R. Williams-Carrier T. Kroeger A. Barkan RNA 2008 14 1930 1941
74. K. Kobayashi M. Kawabata K. Hisano T. Kazama K. Matsuoka M. Sugita T. Nakamura Nucleic Acids Res. 2011 10.1093/nar/gkr1084
75. M. R. Karpenahalli A. N. Lupas J. Soding BMC Bioinformatics 2007 8 2
76. K. A. Lipinski O. Puchta V. Surendranath M. Kudla P. Golik Mol. Biol. Evol. 2011 28 2935 2948
77. N. O'Toole M. Hattori C. Andres K. Iida C. Lurin C. Schmitz-Linneweber M. Sugita I. Small Mol. Biol. Evol. 2008 25 1120 1128
78. I. Kuhl L. Dujeancourt M. Gaisne C. J. Herbert N. Bonnefoy Nucleic Acids Res. 2011 39 8029 8041
79. O. Rackham A. Filipovska Biochim. Biophys. Acta 2011 10.1016/j.bbagrm. 2011.10.007
80. M. P. Cooper L. Qu L. M. Rohas J. Lin W. Yang H. Erdjument-Bromage P. Tempst B. M. Spiegelman Genes Dev. 2006 20 2996 3009
81. S. M. Davies M. I. G. Lopez Sanchez R. Narsai A.-M. J. Shearwood M. F. M. Razif I. D. Small J. Whelan O. Rackham A. Filipovska Biochim. Biophys. Acta 2011
82. S. M. Davies O. Rackham A. M. Shearwood K. L. Hamilton R. Narsai J. Whelan A. Filipovska FEBS Lett. 2009 583 1853 1858
83. V. M. Gohil R. Nilsson C. A. Belcher-Timme B. Luo D. E. Root V. K. Mootha J. Biol. Chem. 2010 285 13742 13747
84. R. N. Lightowlers Z. M. Chrzanowska-Lightowlers Biochem. J. 2008 416 e5 6
85. M. I. G. Lopez Sanchez T. R. Mercer S. M. Davies A.-M. J. Shearwood K. K. A. Nygård T. R. Richman J. S. Mattick O. Rackham A. Filipovska Cell Cycle 2011 10 2904 2916
86. S. Mili S. Pinol-Roma Mol. Cell. Biol. 2003 23 4972 4982
87. V. K. Mootha P. Lepage K. Miller J. Bunkenborg M. Reich M. Hjerrild T. Delmonte A. Villeneuve R. Sladek F. Xu G. A. Mitchell C. Morin M. Mann T. J. Hudson B. Robinson J. D. Rioux E. S. Lander Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 605 610
88. O. Rackham S. M. Davies A. M. Shearwood K. L. Hamilton J. Whelan A. Filipovska Nucleic Acids Res. 2009 37 5859 5867
89. F. Sasarman C. Brunel-Guitton H. Antonicka T. Wai E. A. Shoubridge Mol. Biol. Cell 2010 21 1315 1323
90. N. Sondheimer J. K. Fang E. Polyak M. J. Falk N. G. Avadhani Biochemistry 2010 49 7467 7473
91. F. H. Sterky B. Ruzzenente C. M. Gustafsson T. Samuelsson N. G. Larsson Biochem. Biophys. Res. Commun. 2010 398 759 764
92. F. Xu C. Ackerley M. C. Maj J. B. Addis V. Levandovskiy J. Lee N. Mackay J. M. Cameron B. H. Robinson Biochem. J. 2008 416 15 26
93. B. Ruzzenente M. D. Metodiev A. Wredenberg A. Bratic C. B. Park Y. Cámara D. Milenkovic V. Zickermann R. Wibom K. Hultenby H. Erdjument-Bromage P. Tempst U. Brandt J. B. Stewart C. M. Gustafsson N. G. Larsson EMBO J. 2011 10.1038/emboj.2011.392
94. F. Xu C. Morin G. Mitchell C. Ackerley B. H. Robinson Biochem. J. 2004 382 331 336
95. J. Fujii I. D. Small New Phytol. 2011 191 37 47
96. T. Shikanai Cell. Mol. Life Sci. 2006 63 698 708
97. I. Aphasizheva D. Maslov X. Wang L. Huang R. Aphasizhev Mol. Cell 2011 42 106 117
98. M. K. Mingler A. M. Hingst S. L. Clement L. E. Yu L. Reifur D. J. Koslowsky Mol. Biochem. Parasitol. 2006 150 37 45
99. O. Puchta M. Lubas K. A. Lipinski J. Piatkowski M. Malecki P. Golik Genetics 2010 184 959 973
100. F. Tavares-Carreon Y. Camacho-Villasana A. Zamudio-Ochoa M. Shingu-Vazquez A. Torres-Larios X. Perez-Martinez J. Biol. Chem. 2007 283 1472 1479
101. G. M. Manthey J. E. McEwen EMBO J. 1995 14 4031 4043
102. R. Ringel M. Sologub Y. I. Morozov D. Litonin P. Cramer D. Temiakov Nature 2011 478 269 273
103. Y. Wang L. Opperman M. Wickens T. M. Hall Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 20186 20191
104. Y. K. Gupta D. T. Nair R. P. Wharton A. K. Aggarwal Structure 2008 16 549 557
105. M. T. Miller J. J. Higgin T. M. Hall Nat. Struct. Mol. Biol. 2008 15 397 402
106. D. Gurlebeck B. Szurek U. Bonas Plant J. 2005 42 175 187
107. Y. Y. Koh Y. Wang C. Qiu L. Opperman L. Gross T. M. Tanaka Hall M. Wickens RNA 2011 17 718 727
108. A. C. Goldstrohm B. A. Hook D. J. Seay M. Wickens Nat. Struct. Mol. Biol. 2006 13 533 539
109. A. C. Goldstrohm D. J. Seay B. A. Hook M. Wickens J. Biol. Chem. 2006 282 109 114
110. L. Y. Kadyrova Y. Habara T. H. Lee R. P. Wharton Development 2007 134 1519 1527
111. C. Weidmann A. C. Goldstrohm Mol. Cell Biol. 2011 10.1128/MCB.06052-11
112. J. Pfalz O. A. Bayraktar J. Prikryl A. Barkan EMBO J. 2009 28 2042 2052
113. A. Filipovska O. Rackham RNA Biol. 2011 8 978 983
114. F. D. Urnov E. J. Rebar M. C. Holmes H. S. Zhang P. D. Gregory Nat. Rev. Genet. 2010 11 636 646
115. L. Tesson C. Usal S. Menoret E. Leung B. J. Niles S. Remy Y. Santiago A. I. Vincent X. Meng L. Zhang P. D. Gregory I. Anegon G. J. Cost Nat. Biotechnol. 2011 29 695 696
116. P. Huang A. Xiao M. Zhou Z. Zhu S. Lin B. Zhang Nat. Biotechnol. 2011 29 699 700
117. J. D. Sander L. Cade C. Khayter D. Reyon R. T. Peterson J. K. Joung J. R. Yeh Nat. Biotechnol. 2011 29 697 698
118. F. J. Isaacs D. J. Dwyer J. J. Collins Nat. Biotechnol. 2006 24 545 554
119. T. Glisovic J. L. Bachorik J. Yong G. Dreyfuss FEBS Lett. 2008 582 1977 1986
120. E. A. Davidson A. D. Ellington Trends Biotechnol. 2005 23 109 112
121. J. S. Mattick Nat. Rev. Genet. 2004 5 316 323
122. G. E. Crooks G. Hon J. M. Chandonia S. E. Brenner Genome Res. 2004 14 1188 1190