Local heterogeneous dynamics of water around lysozyme: A computer simulation study

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 14, Issue 2, 2012, Pages 899-913

  Sinha, Sudipta Kumar ^a   Bandyopadhyay, Sanjoy ^a  

^a INDIAN INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (India)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

LYSOZYME; WATER;

ARTICLE; CHEMISTRY; DIFFUSION; HYDROGEN BOND; KINETICS; MOLECULAR DYNAMICS;

DIFFUSION; HYDROGEN BONDING; KINETICS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; MURAMIDASE; WATER;

EID: 83455238078     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1cp22575h     Document Type: Article

References (108)

1. Protein-Solvent Interaction, ed., R. B. Gregory, Marcel Dekker, New York, 1995
2. N. Nandi B. Bagchi J. Phys. Chem. B 1997 101 10954
3. B. Bagchi Chem. Rev. 2005 105 3197
4. S. K. Pal D. Mandal D. Sukul S. Sen K. Bhattacharyya J. Phys. Chem. B 2001 105 1438
5. S. Guha K. Sahu D. Roy S. K. Mondal S. Roy K. Bhattacharyya Biochemistry 2005 44 8940
6. K. Bhattacharyya Chem. Commun. 2008 2848
7. S. K. Pal J. Peon B. Bagchi A. H. Zewail J. Phys. Chem. B 2002 106 12376
8. K. Pal A. H. Zewail Chem. Rev. 2004 104 2099
9. T. Li A. A. Hassanali Y.-T. Kao D. Zhong S. J. Singer J. Am. Chem. Soc. 2007 129 3376
10. O.-H. Kwon T. H. Yoo C. M. Othon J. A. V. Deventer D. A. Tirrell A. H. Zewail Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 17101
11. D. Zhong S. K. Pal A. H. Zewail Chem. Phys. Lett. 2011 503 1
12. P. Abbyad X. Shi W. Childs T. B. McAnaney B. E. Cohen S. G. Boxer J. Phys. Chem. B 2007 111 8269
13. L. Zhang Y. Yang Y.-T. Kao L. Wang D. Zhong J. Am. Chem. Soc. 2009 131 10677
14. A. Jha K. Ishii J. B. Udgaonkar T. Tahara G. Krishnamoorthy Biochemistry 2011 50 397
15. B. Halle Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. B 2004 359 1207
16. B. Halle L. Nilsson J. Phys. Chem. B 2009 113 8210
17. S. Ebbinghaus S. J. Kim M. Heyden X. Yu U. Heugen M. Gruebele D. M. Leitner M. Havenith Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 20749
18. B. Born H. Weingärtner E. Bründermann M. Havenith J. Am. Chem. Soc. 2009 131 3752
19. J. Xu K. W. Plaxco S. J. Allen J. Phys. Chem. B 2006 110 24255
20. K. N. Woods Phys. Rev. E: Stat. Phys., Plasmas, Fluids, Relat. Interdiscip. Top. 2010 81 031915
21. M. A. Bryan J. W. Brauner G. Anderle C. R. Flach B. Brodsky R. Mendelsohn J. Am. Chem. Soc. 2007 129 7877
22. K. Liltorp Y. Maréchal Biopolymers 2005 79 185
23. Y. Maréchal J. Mol. Struct. 2004 700 217
24. S. Bagchi B. T. Nebgen R. F. Loring M. D. Fayer J. Am. Chem. Soc. 2010 132 18367
25. S. Bagchi D. G. Thorpe I. F. Thorpe G. A. Voth M. D. Fayer J. Phys. Chem B 2010 114 17187
26. M. J. Tucker X. S. Gai E. E. Fenlon S. H. Brewer R. M. Hochstrasser Phys. Chem. Chem. Phys. 2011 13 2237
27. N. T. Hunt L. Kattner R. P. Shanks K. Wynne J. Am. Chem. Soc. 2007 129 3168
28. C. Bon A. J. Dianoux M. Ferrand M. S. Lehmann Biophys. J. 2002 83 1578
29. A. Paciaroni A. Orecchini E. Cornicchi M. Marconi C. Petrillo M. Haertlein M. Moulin H. Schober M. Tarek F. Sacchetti Phys. Rev. Lett. 2008 101 148104
30. J.-M. Zanotti G. Gibart M.-C. Bellissent-Funel Phys. Chem. Chem. Phys. 2008 10 4865
31. D. Russo R. K. Murarka J. R. D. Copley T. Head-Gordon J. Phys. Chem. B 2005 109 12966
32. C. Malardier-Jugroot M. E. Johnson R. K. Murarka T. Head-Gordon Phys. Chem. Chem. Phys. 2008 10 4903
33. C. Rocchi A. R. Bizzarri S. Cannistraro Phys. Rev. E: Stat. Phys., Plasmas, Fluids, Relat. Interdiscip. Top. 1998 57 3315
34. A. R. Bizzarri S. Cannistraro J. Phys. Chem. B 2002 106 6617
35. M. Marchi F. Sterpone M. Ceccarelli J. Am. Chem. Soc. 2002 124 6787
36. V. A. Makarov B. K. Andrews P. E. Smith B. M. Pettitt Biophys. J. 2000 79 2966
37. V. Wong D. A. Case J. Phys. Chem. B 2008 112 6013
38. M. Tarek D. J. Tobias Biophys. J. 2000 79 3244
39. M. Tarek D. J. Tobias Phys. Rev. Lett. 2002 88 138101
40. N. Sengupta S. Jaud D. J. Tobias Biophys. J. 2008 95 5257
41. H. Xu B. J. Berne J. Phys. Chem. B 2001 105 11929
42. L. Nilsson B. Halle Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 13867
43. S. Bandyopadhyay S. Chakraborty B. Bagchi J. Am. Chem. Soc. 2005 127 16660
44. S. Chakraborty S. Bandyopadhyay J. Phys. Chem. B 2007 111 7626
45. S. K. Sinha S. Chakraborty S. Bandyopadhyay J. Phys. Chem. B 2008 112 8203
46. G. Stirnemann J. T. Hynes D. Lagge J. Phys. Chem. B 2010 114 3052
47. F. Sterpone G. Stirnemann J. T. Hynes D. Lagge J. Phys. Chem. B 2010 114 2083
48. F. Merzel J. C. Smith Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 5378
49. F. Merzel J. C. Smith J. Chem. Inf. Model. 2005 45 1593
50. N. Smolin R. Winter J. Phys. Chem. B 2004 108 15928
51. L. Hua X. Huang R. Zhou B. J. Berne J. Phys. Chem. B 2006 110 3704
52. F. Pizzitutti M. Marchi F. Sterpone P. J. Rossky J. Phys. Chem. B 2007 111 7584
53. M. Agarwal H. R. Kushwaha C. Chakravarty J. Phys. Chem. B 2010 114 651
54. H. Acharya S. Vembanur S. N. Jamadagni S. Garde Faraday Discuss. 2010 146 353
55. H. G. Nagendra N. Sukumar M. Vijayan Proteins: Struct., Funct., Genet. 1998 32 229
56. S. K. Sinha S. Bandyopadhyay J. Chem. Phys. 2011 134 115101
57. A. J. Kirby Nat. Struct. Biol. 2001 8 737
58. J. C. Phillips R. Braun W. Wang J. Gumbart E. Tajkhorshid E. Villa C. Chipot R. D. Skeel L. Kale K. Schulten J. Comput. Chem. 2005 26 1781
59. S. E. Feller Y. Zhang R. W. Pastor B. R. Brooks J. Chem. Phys. 1995 103 4613
60. M. P. Allen and D. J. Tildesley, Computer Simulation of Liquids, Clarendon, Oxford, 1987
61. T. Darden D. York L. Pedersen J. Chem. Phys. 1993 98 10089
62. A. D. MacKerell Jr. D. Bashford M. Bellott R. L. Dunbrack Jr. J. D. Evanseck M. J. Field S. Fischer J. Gao H. Guo S. Ha D. Joseph-McCarthy L. Kuchnir K. Kuczera F. T. K. Lau C. Mattos S. Michnick T. Ngo D. T. Nguyen B. Prodhom W. E. Reiher III B. Roux M. Schlenkrich J. C. Smith R. Stote R. J. Straub M. Watanabe J. Wiorkiewicz-Kuczera D. Yin M. Karplus J. Phys. Chem. B 1998 102 3586
63. W. L. Jorgensen J. Chandrasekhar J. D. Madura R. W. Impey M. L. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 926
64. S. Bandyopadhyay S. Chakraborty S. Balasubramanian S. Pal B. Bagchi J. Phys. Chem. B 2004 108 12608
65. J. Chanda S. Chakraborty S. Bandyopadhyay J. Phys. Chem. B 2006 110 3791
66. M. Jana S. Bandyopadhyay Langmuir 2009 25 13084
67. Correlations and Connectivity, Geometric Aspects of Physics, Chemistry and Biology, ed., H. E. Stanley, and, N. Ostrowzky, Kluwer Academic, Dordrecht, 1990
68. F. H. Stillinger Science 1980 209 451
69. F. H. Stillinger Adv. Chem. Phys. 1975 31 1
70. A. Luzar D. Chandler Nature 1996 379 55
71. A. Luzar D. Chandler Phys. Rev. Lett. 1996 76 928
72. A. Luzar J. Chem. Phys. 2000 113 10663
73. A. Luzar Chem. Phys. 2000 258 267
74. S. H. Chen J. Teixeira Adv. Chem. Phys. 1986 64 1
75. F. Sciortino P. H. Poole H. E. Stanley S. Havlin Phys. Rev. Lett. 1990 64 1686
76. I. Ohmine H. Tanaka Chem. Rev. 1993 93 2545
77. I. Ohmine S. Saito Acc. Chem. Res. 1999 32 741
78. H. Xu H. A. Stern B. J. Berne J. Phys. Chem. B 2002 106 2054
79. R. Laenen C. Rauscher A. Laubereau Phys. Rev. Lett. 1998 80 2622
80. M. F. Kropman H. J. Bakker Science 2001 291 2118
81. M. F. Kropman H. J. Bakker J. Chem. Phys. 2001 115 8942
82. G. M. Gale G. Gallot F. Hache N. Lascoux S. Bratos J. C. Leickman Phys. Rev. Lett. 1999 82 1068
83. W. Danninger G. Zundel J. Chem. Phys. 1981 74 2769
84. G. E. Walrafen J. Phys. Chem. 1990 94 2237
85. J. L. Rousset E. Duval A. Boukenter J. Chem. Phys. 1990 92 2150
86. T. Steinel J. B. Asbury J. Zheng M. D. Fayer J. Phys. Chem. A 2004 108 10957
87. H. J. C. Berendsen W. F. van Gunsteren H. R. J. Zwinderman R. G. Geurtsen Ann. N. Y. Acad. Sci. 1986 482 269
88. C. K. Reddy A. Das B. Jayaram J. Mol. Biol. 2001 314 619
89. M. Mezei D. L. Beveridge J. Chem. Phys. 1981 74 622
90. F. H. Stillinger A. Rahman J. Chem. Phys. 1974 60 1545
91. A. Chandra Phys. Rev. Lett. 2000 85 768
92. A. Chandra J. Phys. Chem. B 2003 107 3899
93. A. Luzar D. Chandler J. Chem. Phys. 1993 98 8160
94. D. C. Rapaport Mol. Phys. 1983 50 1151
95. S. Paul A. Chandra Chem. Phys. Lett. 2004 386 218
96. J. Marti J. A. Padro E. Guardia J. Chem. Phys. 1996 105 639
97. N. Choudhury B. M. Pettitt J. Phys. Chem. B 2005 109 6422
98. G. E. Walrafen Y. C. Chu J. Phys. Chem. 1995 99 11225
99. G. E. Walrafen Y. C. Chu G. J. Piermarini J. Phys. Chem. 1996 100 10363
100. J. B. Brubach A. Mermet A. Filabozzi A. Gerschel P. Roy J. Chem. Phys. 2005 122 184509
101. J. Li J. Chem. Phys. 1996 105 6733
102. V. Crupi A. J. Dianoux D. Majolino P. Migliardo V. Venuti Phys. Chem. Chem. Phys. 2002 4 2768
103. J. A. Padro J. Marti J. Chem. Phys. 2003 118 452
104. A. Rahman F. H. Stillinger J. Chem. Phys. 1971 55 3336
105. I. M. Svishchev P. G. Kusalik J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1994 90 1405
106. E. W. Knapp I. Muegge J. Phys. Chem. 1993 97 11339
107. I. Muegge E. W. Knapp J. Phys. Chem. 1995 99 1371
108. R. C. Ford S. V. Ruffle A. J. Ramirez-Cuesta I. Michalarias I. Beta A. Miller J. Li J. Am. Chem. Soc. 2004 126 4682