Two-dimensional infrared spectroscopy of azido-nicotinamide adenine dinucleotide in water

Journal of Chemical Physics

Volumn 135, Issue 5, 2011, Pages

  Dutta, Samrat ^a   Rock, William ^a   Cook, Richard J ^a   Kohen, Amnon ^a   Cheatum, Christopher M ^a  

^a E11 SSH   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANTISYMMETRIC STRETCHING; AZIDO GROUP; COFACTORS; DINUCLEOTIDES; ENVIRONMENTAL FLUCTUATIONS; ENZYME ACTIVE SITES; ENZYME COFACTORS; PROTEIN DYNAMICS; PSEUDO HALIDE; TIME CORRELATION FUNCTIONS; TWO-DIMENSIONAL INFRARED SPECTROSCOPY; WATER MOLECULE;

AMIDES; ENZYMES; INFRARED SPECTROSCOPY; PROBES; STRETCHING; STRUCTURAL DYNAMICS;

DYNAMICS;

AZIDE; NICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE; WATER;

ARTICLE; CHEMISTRY; INFRARED SPECTROPHOTOMETRY; METHODOLOGY;

AZIDES; NAD; SPECTROPHOTOMETRY, INFRARED; WATER;

EID: 80051702554     PISSN: 00219606     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1063/1.3623418     Document Type: Article

References (55)

1. J. Bandaria, C. M. Cheatum, and A. Kohen, J. Am. Chem. Soc. 131 (29), 10151 (2009). 10.1021/ja902120t
2. L. Wang, N. M. Goodey, S. J. Benkovic, and A. Kohen, Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. B 361 (1472), 1307 (2006). 10.1098/rstb.2006.1871 (Pubitemid 44338491)
3. O. A. Oyeyemi, K. M. Sours, T. Lee, K. A. Resing, N. G. Ahn, and J. P. Klinman, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 107 (22), 10074 (2010). 10.1073/pnas.1003678107
4. J. P. Klinman, Chem. Phys. Lett. 471 (4-6), 179 (2009). 10.1016/j.cplett.2009.01.038
5. S. Hay, C. R. Pudney, T. A. McGrory, J. Y. Pang, M. J. Sutcliffe, and N. S. Scrutton, Angew. Chem., Int. Ed. 48 (8), 1452 (2009). 10.1002/anie.200805502
6. J. Y. Pang, S. Hay, N. S. Scrutton, and M. J. Sutcliffe, J. Am. Chem. Soc. 130 (22), 7092 (2008). 10.1021/ja800471f (Pubitemid 351770152)
7. A. Dybala-Defratyka, P. Paneth, R. Banerjee, and D. G. Truhlar, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 104 (26), 10774 (2007). 10.1073/pnas.0702188104 (Pubitemid 47175177)
8. S. D. Schwartz and V. L. Schramm, Nat. Chem. Biol. 5 (8), 552 (2009). 10.1038/nchembio.202
9. D. Antoniou, J. Basner, S. Nunez, and S. D. Schwartz, Adv. Phys. Org. Chem. 41, 315 (2006). 10.1016/S0065-3160(06)41006-6 (Pubitemid 44522685)
10. H. Ishikawa, S. Kim, K. Kwak, K. Wakasugi, and M. D. Fayer, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 104 (49), 19309 (2007). 10.1073/pnas.0709760104
11. H. Ishikawa, I. J. Finkelstein, S. Kim, K. Kwak, J. K. Chung, K. Wakasugi, A. M. Massari, and M. D. Fayer, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 104 (41), 16116 (2007). 10.1073/pnas.0707718104 (Pubitemid 350099371)
12. I. J. Finkelstein, H. Ishikawa, S. Kim, A. M. Massari, and M. D. Fayer, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 104 (8), 2637 (2007). 10.1073/pnas.0610027104 (Pubitemid 46327932)
13. A. M. Massari, I. J. Finkelstein, and M. D. Fayer, J. Am. Chem. Soc. 128 (12), 3990 (2006). 10.1021/ja058745y
14. I. J. Finkelstein, A. Goj, B. L. McClain, A. M. Massari, K. A. Merchant, R. F. Loring, and M. D. Fayer, J. Phys. Chem. B 109 (35), 16959 (2005). 10.1021/jp0517201 (Pubitemid 41372079)
15. B. L. McClain, I. J. Finkelstein, and M. D. Fayer, Chem. Phys. Lett. 392 (4-6), 324 (2004). 10.1016/j.cplett.2004.05.080
16. B. L. McClain, I. J. Finkelstein, and M. D. Fayer, J. Am. Chem. Soc. 126 (48), 15702 (2004). 10.1021/ja0454790
17. M. H. Lim, P. Hamm, and R. M. Hochstrasser, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 95 (26), 15315 (1998). 10.1073/pnas.95.26.15315 (Pubitemid 29018696)
18. S. E. Hill, J. Bandaria, M. Fox, E. Vanderaugh, A. Kohen, and C. M. Cheatum, J. Phys. Chem. B 113 (33), 11505 (2009). 10.1021/jp901321m
19. J. N. Bandaria, S. Dutta, S. E. Hill, A. Kohen, and C. M. Cheatum, J. Am. Chem. Soc. 130 (1), 22 (2008). 10.1021/ja077599o
20. C. Fang, J. D. Bauman, K. Das, A. Remorino, E. Arnold, and R. M. Hochstrasser, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105 (5), 1472 (2008). 10.1073/pnas.0709320104 (Pubitemid 351346538)
21. S. S. Andrews and S. G. Boxer, J. Phys. Chem. A 104 (51), 11853 (2000). 10.1021/jp002242r
22. J. K. Chin, R. Jimenez, and F. E. Romesberg, J. Am. Chem. Soc. 123, 2426 (2001). 10.1021/ja0033741 (Pubitemid 32904779)
23. M. J. Tucker, Z. Getahun, V. Nanda, W. F. DeGrado, and F. Gai, J. Am. Chem. Soc. 126 (16), 5078 (2004). 10.1021/ja032015d (Pubitemid 38509459)
24. Z. Getahun, C. Y. Huang, T. Wang, B. De Leon, W. F. DeGrado, and F. Gai, J. Am. Chem. Soc. 125 (2), 405 (2003). 10.1021/ja0285262 (Pubitemid 36077861)
25. M. M. Waegele, M. J. Tucker, and F. Gai, Chem. Phys. Lett. 478 (4-6), 249 (2009). 10.1016/j.cplett.2009.07.058
26. K. C. Schultz, L. Supekova, Y. Ryu, J. Xie, R. Perera, and P. G. Schultz, J. Am. Chem. Soc. 128 (43), 13984 (2006). 10.1021/ja0636690 (Pubitemid 44657464)
27. A. T. Fafarman and S. G. Boxer, J. Phys. Chem. B 114 (42), 13536 (2010). 10.1021/jp106406p
28. A. T. Fafarman, P. A. Sigala, D. Herschlag, and S. G. Boxer, J. Am. Chem. Soc. 132 (37), 12811 (2010). 10.1021/ja104573b
29. K. I. Oh, J. H. Lee, C. Joo, H. Han, and M. Cho, J. Phys. Chem. B 112 (33), 10352 (2008). 10.1021/jp801558k
30. J. H. Choi, K. I. Oh, and M. H. Cho, J. Chem. Phys. 129 (17), 174512 (2008). 10.1063/1.3001915
31. H. Taskent-Sezgin, J. Chung, P. S. Banerjee, S. Nagarajan, R. B. Dyer, I. Carrico, and D. P. Raleigh, Angew. Chem. Int. Ed. 49 (41), 7473 (2010). 10.1002/anie.201003325
32. A. T. Fafarman, L. J. Webb, J. I. Chuang, and S. G. Boxer, J. Am. Chem. Soc. 128 (41), 13356 (2006). 10.1021/ja0650403 (Pubitemid 44583010)
33. H. A. McMahon, K. N. Alfieri, C. A. A. Clark, and C. H. Londergan, J. Phys. Chem. Lett. 1 (5), 850 (2010). 10.1021/jz1000177
34. L. Edelstein, M. A. Stetz, H. A. McMahon, and C. H. Londergan, J. Phys. Chem. B 114 (14), 4931 (2010). 10.1021/jp101447r
35. J. Zimmermann, K. Gundogdu, M. E. Cremeens, J. N. Bandaria, G. T. Hwang, M. C. Thielges, C. M. Cheatum, and F. E. Romesberg, J. Phys. Chem. B 113 (23), 7991 (2009). 10.1021/jp900516c
36. S. R. G. Naraharisetty, V. M. Kasyanenko, J. Zimmermann, M. C. Thielges, F. E. Romesberg, and I. V. Rubtsov, J. Phys. Chem. B 113 (14), 4940 (2009). 10.1021/jp8112446
37. M. E. Cremeens, J. Zimmermann, W. Yu, P. E. Dawson, and F. E. Romesberg, J. Am. Chem. Soc. 131 (16), 5726 (2009). 10.1021/ja900505e
38. M. C. Thielges, D. A. Case, and F. E. Romesberg, J. Am. Chem. Soc. 130 (20), 6597 (2008). 10.1021/ja0779607 (Pubitemid 351706124)
39. C. S. Kinnaman, M. E. Cremeens, F. E. Romesberg, and S. A. Corcelli, J. Am. Chem. Soc. 128 (41), 13334 (2006). 10.1021/ja064468z (Pubitemid 44582999)
40. M. E. Cremeens, H. Fujisaki, Y. Zhang, J. Zimmermann, L. B. Sagle, S. Matsuda, P. E. Dawson, J. E. Straub, and F. E. Romesberg, J. Am. Chem. Soc. 128 (18), 6028 (2006). 10.1021/ja061328g
41. I. T. Suydam and S. G. Boxer, Biochemistry 42 (41), 12050 (2003). 10.1021/bi0352926 (Pubitemid 37280655)
42. B. M. Anderson and C. D. Anderson, Anal. Biochem. 140 (1), 250 (1984). 10.1016/0003-2697(84)90161-1
43. J. R. Barrio, J. A. Secrist, and N. J. Leonard, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 69 (8), 2039 (1972). 10.1073/pnas.69.8.2039
44. A. F. Hartog and J. A. Berden, FEBS Lett. 261 (1), 161 (1990). 10.1016/0014-5793(90)80661-2 (Pubitemid 20064797)
45. V. N. Hingorani, L. F. H. Chang, and Y. K. Ho, Biochemistry 28 (18), 7424 (1989). 10.1021/bi00444a041
46. H. Kim and B. E. Haley, J. Biol. Chem. 265 (7), 3636 (1990).
47. F. Schuber, P. Travo, and M. Pascal, Bioorg. Chem. 8 (1), 83 (1979). 10.1016/0045-2068(79)90039-7
48. S. Dutta, R. J. Cook, J. C. D. Houtman, A. Kohen, and C. M. Cheatum, Anal. Biochem. 407 (2), 241 (2010). 10.1016/j.ab.2010.08.008
49. S. H. Shim, D. B. Strasfeld, Y. L. Ling, and M. T. Zanni, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 104 (36), 14197 (2007). 10.1073/pnas.0700804104 (Pubitemid 350003240)
50. S. H. Shim, D. B. Strasfeld, and M. T. Zanni, Opt. Express 14 (26), 13120 (2006). 10.1364/OE.14.013120 (Pubitemid 46013391)
51. H. Sawanishi, K. Tajima, and T. Tsuchiya, Chem. Pharm. Bull. 35, 4101 (1987).
52. K. Kwak, S. Park, I. J. Finkelstein, and M. D. Fayer, J. Chem. Phys. 127 (12), 124503 (2007). 10.1063/1.2772269 (Pubitemid 47502673)
53. K. Kwak, D. E. Rosenfeld, and M. D. Fayer, J. Chem. Phys. 128 (20), 204505 (2008). 10.1063/1.2927906 (Pubitemid 351770634)
54. P. Hamm, M. Lim, and R. M. Hochstrasser, Phys. Rev. Lett. 81 (24), 5326 (1998). 10.1103/PhysRevLett.81.5326
55. S. Z. Li, J. R. Schmidt, A. Piryatinski, C. P. Lawrence, and J. L. Skinner, J. Phys. Chem. B 110 (38), 18933 (2006). 10.1021/jp057568k (Pubitemid 44547278)