Distinct morphologies for amyloid beta protein monomer: Aβ1-40, Aβ1-42, and Aβ1-40(D23N)

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 7, Issue 8, 2011, Pages 2584-2592

  Côté, Sébastien ^a   Derreumaux, Philippe ^b   Mousseau, Normand ^a  

^a UNIVERSITÉ DE MONTRÉAL   (Canada)

^b INSTITUT UNIVERSITAIRE DE FRANCE   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 80051658781     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct1006967     Document Type: Article

References (71)

1. Selkoe, J. D. Nature 2003, 426, 900-904
2. Haass, C.; Selkoe, D. J. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2007, 8, 101-112
3. Kirkitadze, M. D.; Condron, M. M.; Teplow, D. B. J. Mol. Biol. 2001, 312, 1103-1119
4. Olofsson, A.; Lindhagen-Persson, M.; Sauer-Eriksson, A. E.; Ohman, A. Biochem. J. 2007, 404, 63-70
5. Petkova, A. T.; Leapman, R. D.; Guo, Z.; Yau, W.-M.; Mattson, M. P.; Tycko, R. Science 2005, 307, 262-265
6. Bitan, G.; Kirkitadze, M. D.; Lomakin, A.; Vollers, S. S.; Benedek, G. B.; Teplow, D. B. PNAS 2003, 100, 330-335
7. Chen, Y.-R.; Glabe, C. G. J. Biol. Chem. 2006, 281, 24414-24422
8. Lublin, A. L.; Gandy, S. Mt. Sinai J. Med. 2010, 77, 43-49
9. Sakono, M.; Zako, T. FEBS J. 2010, 277, 1348-1358
10. Faller, P. ChemBioChem 2009, 10, 2837-2845
11. Bokvist, M.; Lindstrom, F.; Watts, A.; Grobner, G. J. Mol. Biol. 2004, 335, 1039-1049
12. Selkoe, J. D. Behav. Brain Res. 2008, 192, 106-113
13. Zhang, S.; Iwata, K.; Lachenmann, M. J.; Peng, J. W.; Li, S.; Stimson, E. R.; Lu, Y.-a.; Felix, A. M.; Maggio, J. E.; Lee, J. P. J. Struct. Biol. 2000, 130, 130-141
14. Lim, K. H.; Collver, H. H.; Le, Y. T. H.; Nagchowdhuri, P.; Kenney, J. M. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2007, 353, 443-449
15. Yan, Y.; Wang, C. J. Mol. Biol. 2006, 364, 853-862
16. Hou, L.; Shao, H.; Zhang, Y.; Li, H.; Menon, N. K.; Neuhaus, E. B.; Brewer, J. M.; Byeon, I.-J. L.; Ray, D.; Vitek, M. P.; Iwashita, T.; Makula, R. A.; Przybyla, A. B.; Zagorski, M. G. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 1992-2005
17. Zhang, A.; Qi, W.; Good, T. A.; Fernandez, E. J. Biophys. J. 2009, 96, 1091-1104
18. Lazo, N. D.; Grant, M. A.; Condron, M. C.; Rigby, A. C.; Teplow, D. B. Protein Sci. 2005, 14, 1581-1596
19. Esler, W. P.; Stimson, E. R.; Jennings, J. M.; Vinters, H. V.; Ghilardi, J. R.; Lee, J. P.; Mantyh, P. W.; Maggio, J. E. Biochemistry 2000, 39, 6288-6295
20. Giuffrida, M. L.; Caraci, F.; Pignataro, B.; Cataldo, S.; De Bona, P.; Bruno, V.; Molinaro, G.; Pappalardo, G.; Messina, A.; Palmigiano, A.; Garozzo, D.; Nicoletti, F.; Rizzarelli, E.; Copani, A. J. Neurosci. 2009, 29, 10582-10587
21. Shankar, G. M.; Li, S.; Mehta, T. H.; Garcia-Munoz, A.; Shepardson, N. E.; Smith, I.; Brett, F. M.; Farrell, M. A.; Rowan, M. J.; Lemere, C. A.; Regan, C. M.; Walsh, D. M.; Sabatini, B. L.; Selkoe, D. J. Nat. Med. 2008, 14, 837-842
22. Xu, Y.; Shen, J.; Luo, X.; Zhu, W.; Chen, K.; Ma, J.; Jiang, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 5403-5407
23. Flock, D.; Colacino, S.; Colombo, G.; Di Nola, A. Proteins 2006, 62, 183-192
24. Raffa, D. F.; Rauk, A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 3789-3799
25. Triguero, L.; Singh, R.; Prabhakar, R. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 7123-7131
26. Reddy, G.; Straub, J. E.; Thirumalai, D. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 1162-1172
27. Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 141-151
28. Sgourakis, N. G.; Yan, Y.; McCallum, S.; Wang, C.; Garcia, A. E. J. Mol. Biol. 2007, 368, 1448-1457
29. Yang, M.; Teplow, D. B. J. Mol. Biol. 2008, 384, 450-464
30. Anand, P.; Nandel, F. S.; Hansmann, U. H. E. J. Chem. Phys. 2008, 129, 195102
31. Takeda, T.; Klimov, D. K. Proteins 2009, 77, 1-13
32. Ono, K.; Condron, M. M.; Teplow, D. B. PNAS 2009, 106, 14745-14750
33. Ono, K.; Condron, M. M.; Teplow, D. B. J. Biol. Chem. 2010, 285, 23186-23197
34. Mitternacht, S.; Staneva, I.; Hard, T.; Irback, A. Proteins 2010, 78, 2600-2608
35. Sgourakis, N. G.; Merced-Serrano, M.; Boutsidis, C.; Drineas, P.; Du, Z.; Wang, C.; Garcia, A. E. J. Mol. Biol. 2011, 405, 570-583
36. Maupetit, J.; Tuffery, P.; Derreumaux, P. Proteins 2007, 69, 394-408
37. Laghaei, R.; Mousseau, N.; Wei, G. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 7071-7077
38. Grabowski, T. J.; Cho, H. S.; Vonsattel, J. P. G.; Rebeck, G. W.; Greenberg, S. M. Ann. Neurol. 2001, 49, 697-705
39. Tycko, R.; Sciarretta, K. L.; Orgel, J. P. R. O.; Meredith, S. C. Biochemistry 2009, 48, 6072-6084
40. Petkova, A. T.; Ishii, Y.; Balbach, J. J.; Antzutkin, O. N.; Leapman, R. D.; Delaglio, F.; Tycko, R. Proc. Natl. Ac d. Sci. U.S.A. 2002, 99, 16742-16747
41. Luhrs, T.; Ritter, C.; Adrian, M.; Riek-Loher, D.; Bohrmann, B.; Dobeli, H.; Schubert, D.; Riek, R. PNAS 2005, 102, 17342-17347
42. Tycko, R. Q. Rev. Biophys. 2006, 39, 1-55
43. Andersen, H. C. J. Comput. Phys. 1983, 52, 24-34
44. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690
45. Chebaro, Y.; Dong, X.; Laghaei, R.; Derreumaux, P.; Mousseau, N. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 267-274
46. Lu, Y.; Derreumaux, P.; Guo, Z.; Mousseau, N.; Wei, G. Proteins 2009, 75, 954-963
47. Laghaei, R.; Mousseau, N. J. Chem. Phys. 2010, 132, 165102
48. Liang, C.; Derreumaux, P.; Mousseau, N.; Wei, G. Biophys. J. 2008, 95, 510-517
49. Chen, W.; Mousseau, N.; Derreumaux, P. J. Chem. Phys. 2006, 125, 084911
50. Dong, X.; Chen, W.; Mousseau, N.; Derreumaux, P. J. Chem. Phys. 2008, 128, 125108
51. Chebaro, Y.; Mousseau, N.; Derreumaux, P. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 7668-7675
52. Maupetit, J.; Derreumaux, P.; Tuffery, P. J. Comput. Chem. 2010, 31, 726-738
53. Maupetit, J.; Derreumaux, P.; Tuffery, P. Nucleic Acids Res. 2009, Jul 1, 37 (Web Server issue), W498-503.
54. Fukunishi, H.; Watanabe, O.; Takada, S. J. Chem. Phys. 2002, 116, 9058-9067
55. Frishman, D.; Argos, P. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1995, 23, 566-579
56. Daura, X.; Suter, R.; van Gunsteren, W. F. J. Chem. Phys. 1999, 110, 3049-3055
57. Chodera, J. D.; Swope, W. C.; Pitera, J. W.; Seok, C.; Dill, K. A. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 26-41
58. Karplus, M.; Anderson, D. H. J. Chem. Phys. 1959, 30, 6-10
59. Vuister, G. W.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 7772-7777
60. Schmidt, J. M.; Blumel, M.; Lohr, F.; Ruterjans, H. J. Biomol. NMR 1999, 14, 1-12
61. Newman, M. E. J.; Barkema, G. T. Monte Carlo Methods in Statistical Physics; Oxford University Press: Oxford, UK, 1999; 499 pages.
62. Shaw, D. E.; Maragakis, P.; Lindorff-Larsen, K.; Piana, S.; Dror, R. O.; Eastwood, M. P.; Bank, J. A.; Jumper, J. M.; Salmon, J. K.; Shan, Y.; Wriggers, W. Science 2010, 330, 341-346
63. Danielsson, J.; Jarvet, J.; Damberg, P.; Grad'slund, A. FEBS J. 2005, 272, 3938-3949
64. Lam, A. R.; Teplow, D. B.; Stanley, H. E.; Urbanc, B. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 17413-17422
65. Sciarretta, K. L.; Gordon, D. J.; Petkova, A. T.; Tycko, R.; Meredith, S. C. Biochemistry 2005, 44, 6003-6014
66. Liu, R.; McAllister, C.; Lyubchenko, Y.; Sierks, M. J. Neurosci. Res. 2004, 75, 162-171
67. Bernstein, S. L.; Wyttenbach, T.; Baumketner, A.; Shea, J.-E.; Bitan, G.; Teplow, D. B.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 2075-2084
68. Melquiond, A.; Dong, X.; Mousseau, N.; Derreumaux, P. Curr. Alzheimer Res. 2008, 5, 244-250
69. Bitan, G.; Vollers, S. S.; Teplow, D. B. J. Biol. Chem. 2003, 278, 34882-34889
70. Takeda, T.; Klimov, D. K. Biophys. J. 2009, 96, 4428-4437
71. O'Brien, E. P.; Okamoto, Y.; Straub, J. E.; Brooks, B. R.; Thirumalai, D. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 14421-14430