Dissociation techniques in mass spectrometry-based proteomics

Analyst

Volumn 136, Issue 17, 2011, Pages 3419-3429

  Jones, Andrew W ^a   Cooper, Helen J ^a  

^a UNIVERSITY OF BIRMINGHAM   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 80051624221     PISSN: 00032654     EISSN: 13645528     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c0an01011a     Document Type: Review

References (138)

1. J. Godovac-Zimmermann L. Brown Mass Spectrom. Rev. 2001 20 1 57
2. J. Peng S. P. Gygi J. Mass Spectrom. 2001 36 1083 1091
3. M. D. Adams S. E. Celniker R. A. Holt C. A. Evans J. D. Gocayne P. G. Amanatides S. E. Scherer P. W. Li R. A. Hoskins R. F. Galle R. A. George S. E. Lewis S. Richards M. Ashburner S. N. Henderson G. G. Sutton J. R. Wortman M. D. Yandell Q. Zhang L. X. Chen R. C. Brandon Y. H. C. Rogers R. G. Blazej M. Champe B. D. Pfeiffer K. H. Wan C. Doyle E. G. Baxter G. Helt C. R. Nelson G. L. G. Miklos J. F. Abril A. Agbayani H. J. An C. Andrews-Pfannkoch D. Baldwin R. M. Ballew A. Basu J. Baxendale L. Bayraktaroglu E. M. Beasley K. Y. Beeson P. V. Benos B. P. Berman D. Bhandari S. Bolshakov D. Borkova M. R. Botchan J. Bouck P. Brokstein P. Brottier K. C. Burtis D. A. Busam H. Butler E. Cadieu A. Center I. Chandra J. M. Cherry S. Cawley C. Dahlke L. B. Davenport A. Davies B. de Pablos A. Delcher Z. M. Deng A. D. Mays I. Dew S. M. Dietz K. Dodson L. E. Doup M. Downes S. Dugan-Rocha B. C. Dunkov P. Dunn K. J. Durbin C. C. Evangelista C. Ferraz S. Ferriera W. Fleischmann C. Fosler A. E. Gabrielian N. S. Garg W. M. Gelbart K. Glasser A. Glodek F. C. Gong J. H. Gorrell Z. P. Gu P. Guan M. Harris N. L. Harris D. Harvey T. J. Heiman J. R. Hernandez J. Houck D. Hostin D. A. Houston T. J. Howland M. H. Wei C. Ibegwam M. Jalali F. Kalush G. H. Karpen Z. X. Ke J. A. Kennison K. A. Ketchum B. E. Kimmel C. D. Kodira C. Kraft S. Kravitz D. Kulp Z. W. Lai P. Lasko Y. D. Lei A. A. Levitsky J. Y. Li Z. Y. Li Y. Liang X. Y. Lin X. J. Liu B. Mattei T. C. McIntosh M. P. McLeod D. McPherson G. Merkulov N. V. Milshina C. Mobarry J. Morris A. Moshrefi S. M. Mount M. Moy B. Murphy L. Murphy D. M. Muzny D. L. Nelson D. R. Nelson K. A. Nelson K. Nixon D. R. Nusskern J. M. Pacleb M. Palazzolo G. S. Pittman S. Pan J. Pollard V. Puri M. G. Reese K. Reinert K. Remington R. D. C. Saunders F. Scheeler H. Shen B. C. Shue I. Siden-Kiamos M. Simpson M. P. Skupski T. Smith E. Spier A. C. Spradling M. Stapleton R. Strong E. Sun R. Svirskas C. Tector R. Turner E. Venter A. H. H. Wang X. Wang Z. Y. Wang D. A. Wassarman G. M. Weinstock J. Weissenbach S. M. Williams T. Woodage K. C. Worley D. Wu S. Yang Q. A. Yao J. Ye R. F. Yeh J. S. Zaveri M. Zhan G. G. Zhang Q. Zhao L. S. Zheng X. Q. H. Zheng F. N. Zhong W. Y. Zhong X. J. Zhou S. P. Zhu X. H. Zhu H. O. Smith R. A. Gibbs E. W. Myers G. M. Rubin J. C. Venter Science 2000 287 2185 2195
4. E. S. Lander L. M. Linton B. Birren C. Nusbaum M. C. Zody J. Baldwin K. Devon K. Dewar M. Doyle W. FitzHugh R. Funke D. Gage K. Harris A. Heaford J. Howland L. Kann J. Lehoczky R. LeVine P. McEwan K. McKernan J. Meldrim J. P. Mesirov C. Miranda W. Morris J. Naylor C. Raymond M. Rosetti R. Santos A. Sheridan C. Sougnez N. Stange-Thomann N. Stojanovic A. Subramanian D. Wyman J. Rogers J. Sulston R. Ainscough S. Beck D. Bentley J. Burton C. Clee N. Carter A. Coulson R. Deadman P. Deloukas A. Dunham I. Dunham R. Durbin L. French D. Grafham S. Gregory T. Hubbard S. Humphray A. Hunt M. Jones C. Lloyd A. McMurray L. Matthews S. Mercer S. Milne J. C. Mullikin A. Mungall R. Plumb M. Ross R. Shownkeen S. Sims R. H. Waterston R. K. Wilson L. W. Hillier J. D. McPherson M. A. Marra E. R. Mardis L. A. Fulton A. T. Chinwalla K. H. Pepin W. R. Gish S. L. Chissoe M. C. Wendl K. D. Delehaunty T. L. Miner A. Delehaunty J. B. Kramer L. L. Cook R. S. Fulton D. L. Johnson P. J. Minx S. W. Clifton T. Hawkins E. Branscomb P. Predki P. Richardson S. Wenning T. Slezak N. Doggett J. F. Cheng A. Olsen S. Lucas C. Elkin E. Uberbacher M. Frazier R. A. Gibbs D. M. Muzny S. E. Scherer J. B. Bouck E. J. Sodergren K. C. Worley C. M. Rives J. H. Gorrell M. L. Metzker S. L. Naylor R. S. Kucherlapati D. L. Nelson G. M. Weinstock Y. Sakaki A. Fujiyama M. Hattori T. Yada A. Toyoda T. Itoh C. Kawagoe H. Watanabe Y. Totoki T. Taylor J. Weissenbach R. Heilig W. Saurin F. Artiguenave P. Brottier T. Bruls E. Pelletier C. Robert P. Wincker A. Rosenthal M. Platzer G. Nyakatura S. Taudien A. Rump H. M. Yang J. Yu J. Wang G. Y. Huang J. Gu L. Hood L. Rowen A. Madan S. Z. Qin R. W. Davis N. A. Federspiel A. P. Abola M. J. Proctor R. M. Myers J. Schmutz M. Dickson J. Grimwood D. R. Cox M. V. Olson R. Kaul C. Raymond N. Shimizu K. Kawasaki S. Minoshima G. A. Evans M. Athanasiou R. Schultz B. A. Roe F. Chen H. Q. Pan J. Ramser H. Lehrach R. Reinhardt W. R. McCombie M. de la Bastide N. Dedhia H. Blocker K. Hornischer G. Nordsiek R. Agarwala L. Aravind J. A. Bailey A. Bateman S. Batzoglou E. Birney P. Bork D. G. Brown C. B. Burge L. Cerutti H. C. Chen D. Church M. Clamp R. R. Copley T. Doerks S. R. Eddy E. E. Eichler T. S. Furey J. Galagan J. G. R. Gilbert C. Harmon Y. Hayashizaki D. Haussler H. Hermjakob K. Hokamp W. H. Jang L. S. Johnson T. A. Jones S. Kasif A. Kaspryzk S. Kennedy W. J. Kent P. Kitts E. V. Koonin I. Korf D. Kulp D. Lancet T. M. Lowe A. McLysaght T. Mikkelsen J. V. Moran N. Mulder V. J. Pollara C. P. Ponting G. Schuler J. R. Schultz G. Slater A. F. A. Smit E. Stupka J. Szustakowki D. Thierry-Mieg J. Thierry-Mieg L. Wagner J. Wallis R. Wheeler A. Williams Y. I. Wolf K. H. Wolfe S. P. Yang R. F. Yeh F. Collins M. S. Guyer J. Peterson A. Felsenfeld K. A. Wetterstrand A. Patrinos M. J. Morgan Nature 2001 409 860 921
5. R. H. Waterston K. Lindblad-Toh E. Birney J. Rogers J. F. Abril P. Agarwal R. Agarwala R. Ainscough M. Alexandersson P. An S. E. Antonarakis J. Attwood R. Baertsch J. Bailey K. Barlow S. Beck E. Berry B. Birren T. Bloom P. Bork M. Botcherby N. Bray M. R. Brent D. G. Brown S. D. Brown C. Bult J. Burton J. Butler R. D. Campbell P. Carninci S. Cawley F. Chiaromonte A. T. Chinwalla D. M. Church M. Clamp C. Clee F. S. Collins L. L. Cook R. R. Copley A. Coulson O. Couronne J. Cuff V. Curwen T. Cutts M. Daly R. David J. Davies K. D. Delehaunty J. Deri E. T. Dermitzakis C. Dewey N. J. Dickens M. Diekhans S. Dodge I. Dubchak D. M. Dunn S. R. Eddy L. Elnitski R. D. Emes P. Eswara E. Eyras A. Felsenfeld G. A. Fewell P. Flicek K. Foley W. N. Frankel L. A. Fulton R. S. Fulton T. S. Furey D. Gage R. A. Gibbs G. Glusman S. Gnerre N. Goldman L. Goodstadt D. Grafham T. A. Graves E. D. Green S. Gregory R. Guigo M. Guyer R. C. Hardison D. Haussler Y. Hayashizaki L. W. Hillier A. Hinrichs W. Hlavina T. Holzer F. Hsu A. Hua T. Hubbard A. Hunt I. Jackson D. B. Jaffe L. S. Johnson M. Jones T. A. Jones A. Joy M. Kamal E. K. Karlsson D. Karolchik A. Kasprzyk J. Kawai E. Keibler C. Kells W. J. Kent A. Kirby D. L. Kolbe I. Korf R. S. Kucherlapati E. J. Kulbokas D. Kulp T. Landers J. P. Leger S. Leonard I. Letunic R. Levine J. Li M. Li C. Lloyd S. Lucas B. Ma D. R. Maglott E. R. Mardis L. Matthews E. Mauceli J. H. Mayer M. McCarthy W. R. McCombie S. McLaren K. McLay J. D. McPherson J. Meldrim B. Meredith J. P. Mesirov W. Miller T. L. Miner E. Mongin K. T. Montgomery M. Morgan R. Mott J. C. Mullikin D. M. Muzny W. E. Nash J. O. Nelson M. N. Nhan R. Nicol Z. Ning C. Nusbaum M. J. O'Connor Y. Okazaki K. Oliver E. O. Larty L. Pachter G. Parra K. H. Pepin J. Peterson P. Pevzner R. Plumb C. S. Pohl A. Poliakov T. C. Ponce C. P. Ponting S. Potter M. Quail A. Reymond B. A. Roe K. M. Roskin E. M. Rubin A. G. Rust R. Santos V. Sapojnikov B. Schultz J. Schultz M. S. Schwartz S. Schwartz C. Scott S. Seaman S. Searle T. Sharpe A. Sheridan R. Shownkeen S. Sims J. B. Singer G. Slater A. Smit D. R. Smith B. Spencer A. Stabenau N. S. Strange-Thomann C. Sugnet M. Suyama G. Tesler J. Thompson D. Torrents E. Trevaskis J. Tromp C. Ucla A. U. Vidal J. P. Vinson A. C. von Niederhausern C. M. Wade M. Wall R. J. Weber R. B. Weiss M. C. Wendl A. P. West K. Wetterstrand R. Wheeler S. Whelan J. Wierzbowski D. Willey S. Williams R. K. Wilson E. Winter K. C. Worley D. Wyman S. Yang S. P. Yang E. M. Zdobnov M. C. Zody E. S. Lander Nature 2002 420 520 562
6. C. Perez-Iratxeta G. Palidwor M. A. Andrade-Navarro EMBO Rep. 2007 8 1135 1141
7. K. R. Jennings Int. J. Mass Spectrom. Ion Phys. 1968 1 227 235
8. F. W. McLafferty T. A. Bryce Chem. Commun. 1967 1215
9. R. A. Zubarev N. L. Kelleher F. W. McLafferty J. Am. Chem. Soc. 1998 120 3265 3266
10. H. J. Cooper K. Hakansson A. G. Marshall Mass Spectrom. Rev. 2005 24 201 222
11. J. E. P. Syka J. J. Coon M. J. Schroeder J. Shabanowitz D. F. Hunt Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 9528 9533
12. D. N. Perkins D. J. C. Pappin D. M. Creasy J. S. Cottrell Electrophoresis 1999 20 3551 3567
13. L. Y. Geer S. P. Markey J. A. Kowalak L. Wagner M. Xu D. M. Maynard X. Y. Yang W. Y. Shi S. H. Bryant J. Proteome Res. 2004 3 958 964
14. J. K. Eng A. L. McCormack J. R. Yates J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994 5 976 989
15. A. M. Frank J. J. Pesavento C. A. Mizzen N. L. Kelleher P. A. Pevzner Anal. Chem. 2008 80 2499 2505
16. Y. S. Tsai A. Scherl J. L. Shaw C. L. MacKay S. A. Shaffer P. R. R. Langridge-Smith D. R. Goodlett J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009 20 2154 2166
17. G. K. Taylor Y. B. Kim A. J. Forbes F. Y. Meng R. McCarthy N. L. Kelleher Anal. Chem. 2003 75 4081 4086
18. R. G. Krishna and F. Wold, in Protein Structure - A Practical Approach, ed., T. E. Creighton, Oxford University Press, New York, 1997, p. 91
19. C. T. Walsh, Posttranslational Modification of Proteins: Expanding Nature's Inventory, Roberts and Company Publishers, Greenwood Village, Colorado, 2006
20. M. Bantscheff M. Schirle G. Sweetman J. Rick B. Kuster Anal. Bioanal. Chem. 2007 389 1017 1031
21. S. A. McLuckey D. E. Goeringer J. Mass Spectrom. 1997 32 461 474
22. W. D. Price P. D. Schnier E. R. Williams Anal. Chem. 1996 68 859 866
23. R. L. Woodin D. S. Bomse J. L. Beauchamp J. Am. Chem. Soc. 1978 100 3248 3250
24. A. L. McCormack J. L. Jones V. H. Wysocki J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1992 3 859 862
25. J. W. Gauthier T. R. Trautman D. B. Jacobson Anal. Chim. Acta 1991 246 211 225
26. P. Roepstorff J. Fohlman Biomed. Mass Spectrom. 1984 11 601
27. S. G. Summerfield A. Whiting S. J. Gaskell Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1997 162 149 161
28. A. R. Dongre J. L. Jones A. Somogyi V. H. Wysocki J. Am. Chem. Soc. 1996 118 8365 8374
29. V. H. Wysocki G. Tsaprailis L. L. Smith L. A. Breci J. Mass Spectrom. 2000 35 1399 1406
30. R. Aebersold D. R. Goodlett Chem. Rev. 2001 101 269 295
31. D. L. Lippstreufisher M. L. Gross Anal. Chem. 1985 57 1174 1180
32. K. Eckart H. Schwarz K. B. Tomer M. L. Gross J. Am. Chem. Soc. 1985 107 6765 6769
33. D. F. Hunt J. R. Yates J. Shabanowitz S. Winston C. R. Hauer Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1986 83 6233 6237
34. D. F. Hunt R. A. Henderson J. Shabanowitz K. Sakaguchi H. Michel N. Sevilir A. L. Cox E. Appella V. H. Engelhard Science 1992 255 1261 1263
35. M. Wilm A. Shevchenko T. Houthaeve S. Breit L. Schweigerer T. Fotsis M. Mann Nature 1996 379 466 469
36. A. J. Link J. Eng D. M. Schieltz E. Carmack G. J. Mize D. R. Morris B. M. Garvik J. R. Yates Nat. Biotechnol. 1999 17 676 682
37. J. A. Loo C. G. Edmonds R. D. Smith Science 1990 248 201 204
38. B. A. Parks L. Jiang P. M. Thomas C. D. Wenger M. J. Roth M. T. Boyne P. V. Burke K. E. Kwast N. L. Kelleher Anal. Chem. 2007 79 7984 7991
39. R. Feng Y. Konishi Anal. Chem. 1993 65 645 649
40. A. Armirotti U. Benatti G. Damonte Rapid Commun. Mass Spectrom. 2009 23 661 666
41. C. Chanthamontri J. Liu S. A. McLuckey Int. J. Mass Spectrom. 2009 283 9 16
42. M. Mann O. N. Jensen Nat. Biotechnol. 2003 21 255 261
43. U. A. Mirza B. T. Chait H. M. Lander J. Biol. Chem. 1995 270 17185 17188
44. A. W. Jones V. A. Mikhailov J. Iniesta H. J. Cooper J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010 21 268 277
45. S. A. Beausoleil M. Jedrychowski D. Schwartz J. E. Elias J. Villen J. X. Li M. A. Cohn L. C. Cantley S. P. Gygi Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 12130 12135
46. J. V. Olsen B. Blagoev F. Gnad B. Macek C. Kumar P. Mortensen M. Mann Cell 2006 127 635 648
47. S. A. Beausoleil J. Villen S. A. Gerber J. Rush S. P. Gygi Nat. Biotechnol. 2006 24 1285 1292
48. C. M. Bailey S. M. M. Sweet D. L. Cunningham M. Zeller J. K. Heath H. J. Cooper J. Proteome Res. 2009 8 1965 1971
49. J. Villén S. A. Beausoleil S. A. Gerber S. P. Gygi Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 1488 1493
50. A. M. Palumbo G. E. Reid Anal. Chem. 2008 80 9735 9747
51. N. Mischerikow A. F. M. Altelaar J. D. Navarro S. Mohammed A. J. R. Heck Mol. Cell. Proteomics 2010 9 2140 2148
52. M. Aguiar W. Haas S. A. Beausoleil J. Rush S. P. Gygi J. Proteome Res. 2010 9 3103 3107
53. R. E. March A. W. McMahon F. A. Londry R. L. Alfred J. F. J. Todd F. Vedel Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1989 95 119 156
54. E. J. Want B. F. Cravatt G. Siuzdak ChemBioChem 2005 6 1941 1951
55. T. Guo C. S. Gan H. Zhang Y. Zhu O. L. Kon S. K. Sze J. Proteome Res. 2008 7 4831 4840
56. J. V. Olsen B. Macek O. Lange A. Makarov S. Horning M. Mann Nat. Methods 2007 4 709 712
57. N. Nagaraj R. C. J. Da Souza J. Cox J. V. Olsen M. Mann J. Proteome Res. 2010 9 6786 6794
58. S. E. Ong M. Mann Nat. Protoc. 2006 1 2650 2660
59. S. E. Ong B. Blagoev I. Kratchmarova D. B. Kristensen H. Steen A. Pandey M. Mann Mol. Cell. Proteomics 2002 1 376 386
60. P. A. Everley J. Krijgsveld B. R. Zetter S. P. Gygi Mol. Cell. Proteomics 2004 3 729 735
61. P. A. Everley C. E. Bakalarski J. E. Elias C. G. Waghorne S. A. Beausoleil S. A. Gerber B. K. Faherty B. R. Zetter S. P. Gygi J. Proteome Res. 2006 5 1224 1231
62. A. Gruhler J. V. Olsen S. Mohammed P. Mortensen N. J. Faergeman M. Mann O. N. Jensen Mol. Cell. Proteomics 2005 4 310 327
63. D. L. Cunningham S. M. M. Sweet H. J. Cooper J. K. Heath J. Proteome Res. 2010 9 2317 2328
64. S. P. Gygi B. Rist S. A. Gerber F. Turecek M. H. Gelb R. Aebersold Nat. Biotechnol. 1999 17 994 999
65. D. K. Han J. Eng H. L. Zhou R. Aebersold Nat. Biotechnol. 2001 19 946 951
66. L. DeSouza G. Diehl M. J. Rodrigues J. Z. Guo A. D. Romaschin T. J. Colgan K. W. M. Siu J. Proteome Res. 2005 4 377 386
67. Y. Zhang A. Wolf-Yadlin P. L. Ross D. J. Pappin J. Rush D. A. Lauffenburger F. M. White Mol. Cell. Proteomics 2005 4 1240 1250
68. L. Choe M. D'Ascenzo N. R. Relkin D. Pappin P. Ross B. Williamson S. Guertin P. Pribil K. H. Lee Proteomics 2007 7 3651 3660
69. T. J. Griffin H. Xie S. Bandhakavi J. Popko A. Mohan J. V. Carlis L. Higgins J. Proteome Res. 2007 6 4200 4209
70. M. M. Grant A. J. Creese G. Barr M. R. Ling A. E. Scott J. B. Matthews H. R. Griffiths H. J. Cooper I. L. C. Chapple J. Proteome Res. 2010 9 4732 4744
71. E. S. Boja D. Phillips S. A. French R. A. Harris R. S. Balaban J. Proteome Res. 2009 8 4665 4675
72. H. J. Cooper R. R. Hudgins K. Hakansson A. G. Marshall Int. J. Mass Spectrom. 2003 228 723 728
73. J. Axelsson M. Palmblad K. Hakansson P. Hakansson Rapid Commun. Mass Spectrom. 1999 13 474 477
74. R. A. Zubarev D. M. Horn E. K. Fridriksson N. L. Kelleher N. A. Kruger M. A. Lewis B. K. Carpenter F. W. McLafferty Anal. Chem. 2000 72 563 573
75. R. L. Kelleher R. A. Zubarev K. Bush B. Furie B. C. Furie F. W. McLafferty C. T. Walsh Anal. Chem. 1999 71 4250 4253
76. K. Breuker H. B. Oh B. A. Cerda D. M. Horn F. W. McLafferty Eur. J. Mass Spectrom. 2002 8 177 180
77. R. A. Zubarev K. F. Haselmann B. Budnik F. Kjeldsen F. Jensen Eur. J. Mass Spectrom. 2002 8 337 349
78. M. M. Savitski F. Kjeldsen M. L. Nielsen R. A. Zubarev J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007 18 113 120
79. R. A. Zubarev N. A. Kruger E. K. Fridriksson M. A. Lewis D. M. Horn B. K. Carpenter F. W. McLafferty J. Am. Chem. Soc. 1999 121 2857 2862
80. M. Sobczyk W. Anusiewicz J. Berdys-Kochanska A. Sawicka P. Skurski J. Simons J. Phys. Chem. A 2005 109 250 258
81. E. A. Syrstad F. Turecek J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005 16 208 224
82. J. Simons Chem. Phys. Lett. 2010 484 81 95
83. H. J. Cooper R. R. Hudgins A. G. Marshall Int. J. Mass Spectrom. 2004 234 23 35
84. H. Ben Hamidane A. Vorobyev M. Larregola A. Lukaszuk D. Tourwe S. Lavielle P. Karoyan Y. O. Tsybin Chem.-Eur. J. 2010 16 4612 4622
85. V. Bakken T. Helgaker E. Uggerud Eur. J. Mass Spectrom. 2004 10 625 638
86. H. J. Cooper J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005 16 1932 1940
87. H. C. Liu K. Hakansson J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007 18 2007 2013
88. A. W. Jones H. J. Cooper Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 13394 13399
89. H. J. Cooper R. R. Hudgins K. Hakansson A. G. Marshall J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002 13 241 249
90. Y. O. Tsybin P. Hakansson B. A. Budnik K. F. Haselmann F. Kjeldsen M. Gorshkov R. A. Zubarev Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001 15 1849 1854
91. W. Davidson L. Frego Rapid Commun. Mass Spectrom. 2002 16 993 998
92. M. Palmblad Y. O. Tsybin M. Ramstrom J. Bergquist P. Hakansson Rapid Commun. Mass Spectrom. 2002 16 988 992
93. H. J. Cooper S. Akbarzadeh J. K. Heath M. Zeller J. Proteome Res. 2005 4 1538 1544
94. M. L. Nielsen M. M. Savitski R. A. Zubarev Mol. Cell. Proteomics 2005 4 835 845
95. A. J. Creese H. J. Cooper J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007 18 891 897
96. D. M. Horn Y. Ge F. W. McLafferty Anal. Chem. 2000 72 4778 4784
97. Y. Ge B. G. Lawhorn M. ElNaggar E. Strauss J. H. Park T. P. Begley F. W. McLafferty J. Am. Chem. Soc. 2002 124 672 678
98. K. Hakansson H. J. Cooper M. R. Emmett C. E. Costello A. G. Marshall C. L. Nilsson Anal. Chem. 2001 73 4530 4536
99. E. Mirgorodskaya P. Roepstorff R. A. Zubarev Anal. Chem. 1999 71 4431 4436
100. S. D. H. Shi M. E. Hemling S. A. Carr D. M. Horn I. Lindh F. W. McLafferty Anal. Chem. 2001 73 19 22
101. A. Stensballe O. N. Jensen J. V. Olsen K. F. Haselmann R. A. Zubarev Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000 14 1793 1800
102. Z. Q. Guan J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002 13 1443 1447
103. Z. Q. Guan N. A. Yates R. Bakhtiar J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003 14 605 613
104. H. J. Cooper J. K. Heath E. Jaffray R. T. Hay T. T. Lam A. G. Marshall Anal. Chem. 2004 76 6982 6988
105. H. J. Cooper M. H. Tatham E. Jaffray J. K. Heath T. T. Lam A. G. Marshall R. T. Hay Anal. Chem. 2005 77 6310 6319
106. F. Kjeldsen K. F. Haselmann B. A. Budnik E. S. Sorensen R. A. Zubarev Anal. Chem. 2003 75 2355 2361
107. S. M. M. Sweet A. J. Creese H. J. Cooper Anal. Chem. 2006 78 7563 7569
108. S. M. M. Sweet C. M. Bailey D. L. Cunningham J. K. Heath H. J. Cooper Mol. Cell. Proteomics 2009 8 904 912
109. S. M. M. Sweet F. K. Mardakheh K. J. P. Ryan A. J. Langton J. K. Heath H. J. Cooper Anal. Chem. 2008 80 6650 6657
110. Y. Ge I. N. Rybakova Q. G. Xu R. L. Moss Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 12658 12663
111. A. J. Creese H. J. Cooper J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008 19 1263 1274
112. C. H. Sohn C. K. Chung S. Yin P. Ramachandran J. A. Loo J. L. Beauchamp J. Am. Chem. Soc. 2009 131 5444 5459
113. V. A. Mikhailov J. Iniesta H. J. Cooper Anal. Chem. 2010 82 7283 7292
114. J. J. Pesavento C. A. Mizzen N. L. Kelleher Anal. Chem. 2006 78 4271 4280
115. T. Baba Y. Hashimoto H. Hasegawa A. Hirabayashi I. Waki Anal. Chem. 2004 76 4263 4266
116. O. A. Silivra F. Kjeldsen I. A. Ivonin R. A. Zubarev J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005 16 22 27
117. L. Ding F. L. Brancia Anal. Chem. 2006 78 1995 2000
118. A. Chi D. L. Bai L. Y. Geer J. Shabanowitz D. F. Hunt Int. J. Mass Spectrom. 2007 259 197 203
119. J. V. Olsen J. C. Schwartz J. Griep-Raming M. L. Nielsen E. Damoc E. Denisov O. Lange P. Remes D. Taylor M. Splendore E. R. Wouters M. Senko A. Makarov M. Mann S. Horning Mol. Cell. Proteomics 2009 8 2759 2769
120. J. P. Williams J. M. Brown I. Campuzano P. J. Sadler Chem. Commun. 2010 46 5458 5460
121. R. Hartmer M. Lubeck LC GC Eur. 2005 11 13
122. D. L. Swaney G. C. McAlister M. Wirtala J. C. Schwartz J. E. P. Syka J. J. Coon Anal. Chem. 2007 79 477 485
123. A. R. Ledvina G. C. McAlister M. W. Gardner S. I. Smith J. A. Madsen J. C. Schwartz G. C. Stafford J. E. P. Syka J. S. Brodbelt J. J. Coon Angew. Chem., Int. Ed. 2009 48 8526 8528
124. D. L. Swaney G. C. McAlister J. J. Coon Nat. Methods 2008 5 959 964
125. J. J. Coon B. Ueberheide J. E. P. Syka D. D. Dryhurst J. Ausio J. Shabanowitz D. F. Hunt Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 9463 9468
126. L. M. Mikesh B. Ueberheide A. Chi J. J. Coon J. E. P. Syka J. Shabanowitz D. F. Hunt Biochim. Biophys. Acta, Proteins Proteomics 2006 1764 1811 1822
127. A. Chi C. Huttenhower L. Y. Geer J. J. Coon J. E. P. Syka D. L. Bai J. Shabanowitz D. J. Burke O. G. Troyanskaya D. F. Hunt Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 2193 2198
128. H. Molina D. M. Horn N. Tang S. Mathivanan A. Pandey Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 2199 2204
129. D. L. Swaney C. D. Wenger J. A. Thomson J. J. Coon Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 995 1000
130. R. J. Chalkley A. Thalhammer R. Schoepfer A. L. Burlingame Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 8894 8899
131. V. Zabrouskov Y. Ge J. Schwartz J. W. Walker Mol. Cell. Proteomics 2008 7 1838 1849
132. H. L. Han D. J. Pappin P. L. Ross S. A. McLuckey J. Proteome Res. 2008 7 3643 3648
133. D. Phanstiel R. Unwin G. C. McAlister J. J. Coon Anal. Chem. 2009 81 1693 1698
134. R. I. Viner T. Zhang T. Second V. Zabrouskov J. Proteomics 2009 72 874 885
135. D. M. Good M. Wirtala G. C. McAlister J. J. Coon Mol. Cell. Proteomics 2007 6 1942 1951
136. H. Molina R. Matthiesen K. Kandasamy A. Pandey Anal. Chem. 2008 80 4825 4835
137. Y. Chen J. M. Zhang G. Xing Y. M. Zhao J. Proteome Res. 2009 8 3141 3147
138. F. M. White Sci. Signal. 2011 4 3