Identification of sites of ubiquitination in proteins: A fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry approach

Analytical Chemistry

Volumn 76, Issue 23, 2005, Pages 6982-6988

  Cooper, Helen J ^a   Heath, John K ^a   Jaffray, Ellis ^c   Hay, Ronald T ^b   Lam, TuKiet T ^c   Marshall, Alan G ^c,d  

^a UNIVERSITY OF BIRMINGHAM   (United Kingdom)

^b UNIVERSITY OF ST ANDREWS   (United Kingdom)

^c FLORIDA STATE UNIVERSITY   (United States)

^d FLORIDA STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CELLS; CYCLOTRON RESONANCE; FOURIER TRANSFORMS; INFRARED RADIATION; MASS SPECTROMETRY; PHOTONS;

BIOLOGICAL PROCESSES; CELLULAR FUNCTIONS; FOURIER TRANSFORMS ION CYCLOTRON RESONANCE (FT-ICR) MASS SPECTROMETRY; UBIQUITINATION;

PROTEINS;

GLUTATHIONE TRANSFERASE; GLYCINE; LYSINE; PEPTIDE; UBIQUITIN;

ARTICLE; CARBOXY TERMINAL SEQUENCE; ELECTRON CAPTURE DETECTION; IN VITRO STUDY; INFRARED SPECTROSCOPY; INTERMETHOD COMPARISON; ION CYCLOTRON RESONANCE MASS SPECTROMETRY; PROTEIN ANALYSIS; TANDEM MASS SPECTROMETRY; UBIQUITINATION;

AMINO ACID SEQUENCE; ELECTROSTATICS; FOURIER ANALYSIS; HUMANS; INFRARED RAYS; LASERS; MAGNETICS; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PROTEINS; SENSITIVITY AND SPECIFICITY; UBIQUITINS;

EID: 10044289273     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac0401063     Document Type: Article

References (62)

1. Weissman, A. M. Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2001, 2, 169-178.
2. Pickart, C. M. Annu. Rev. Biochem. 2001, 70, 503-533.
3. Desterro, J. M. P.; Rodriguez, M. S.; Hay, R. T. Cell. Mol. Life Sci. 2000, 57, 1207-1219.
4. Hershko, A.; Ciechanover, A. Annu. Rev. Biochem. 1998, 67, 425-479.
5. Koepp, D. M.; Harper, J. W.; Elledge, S. J. Cell 1999, 97, 431-434.
6. Ghosh, S.; May, M. J.; Kopp, E. B. Annu. Rev. Immunol. 1998, 16, 225-260.
7. Rock, K. L.; Goldberg, A. L. Annu. Rev. Immunol. 1999, 17, 739-779.
8. Hershko, A.; Ciechanover, A. Annu. Rev. Biochem. 1992, 61, 761-807.
9. Hochstrasser, M. Nat. Cell Biol. 2000, 2, E153-E157.
10. Hay, R. T. Trends Biochem. Sci. 2001, 26, 332-333.
11. Jentsch, S.; Pyrowolakis, G. Trends Cell Biol. 2000, 10, 335-342.
12. Treier, M.; Staszewski, L. M.; Bohmann, D. Cell 1994, 78, 787-798.
13. Hou, D.; Cenciarelli, C.; Jensen, J. P.; Nguyen, H. B.; Weissman, A. M. J. Biol. Chem. 1994, 269, 14244-14247.
14. Lawson, T. G.; Gronros, D. L.; Evans, P. E.; Bastien, M. C.; Michalewich, K. M.; Clark, J. K.; Edmonds, J. H.; Graber, K. H.; Werner, J. A.; Lurvey, B. A.; Cate, J. M. J. Biol. Chem. 1999, 274, 9871-9880.
15. Rodriguez, M. S.; Wright, J.; Thompson, J.; Thomas, D.; Baleux, F.; Virelizier, J. L.; Hay, R. T.; ArenzanaSeisdedos, F. Oncogene 1996, 12, 2425-2435.
16. Scherer, D. C.; Brockman, J. A.; Chen, Z. J.; Maniatis, T.; Ballard, D. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 11259-11263.
17. Peng, J.; Schwartz, D.; Elias, J. E.; Thoreen, C. C.; Cheng, D.; Marisischky, G.; Roelofs, J.; Finley, D.; Gygi, S. P. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 921-926.
18. Baboshina, O. V.; Haas, A. L. J. Biol. Chem. 1996, 271, 2823-2831.
19. Wu-Baer, F.; Lagrazon, K.; Yuan, W.; Baer, R. J. Biol. Chem. 2003, 278, 34743-34746.
20. Chau, V.; Tobias, J. W.; Bachmair, A.; Marriott, D.; Ecker, D. J.; Gonda, D. K.; Varshavsky, A. Science 1989, 243, 1576-1583.
21. Gregori, L.; Poosch, M. S.; Cousins, G.; Chau, V. J. Biol. Chem. 1990, 265, 8354-8357.
22. Arnason, T.; Ellison, M. J. Mol. Cell. Biol. 1994, 14, 7876-7883.
23. Spence, J.; Gali, R. R.; Dittmar, G.; Sherman, F.; Karin, M.; D., F. Cell 2000, 102, 67-76.
24. Spence, J.; Sadis, S.; Haas, A. L.; Finley, D. Mol. Cell. Biol. 1995, 15, 1265-1273.
25. Hofmann, R. M.; Pickart, C. M. Cell 1999, 96, 645-653.
26. Deng, L.; Wang, C.; Spencer, E.; Yang, L.; A., B., J. X., Y., Slaughter, C., Pickart, C.; Chen, Z. J. Cell 2000, 103, 351-361.
27. Kaiser, P.; Flick, K.; Wittenberg, C.; Reed, S. I. Cell 2000, 102, 303-314.
28. Hicke, L. Trends Cell. Biol. 1999, 9, 107-112.
29. Hoege, C.; Pfander, B.; Moldovan, G. L.; Pyrowolakis, G.; Jentsch, S. Nature 2002, 419, 135-141.
30. Sun, Z. W.; Allis, C. D. Nature 2002, 418, 104-108.
31. Eng, J.; McCormack, A. L.; Yates, J. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976-989.
32. Marshall, A. G., Hendrickson, C. L.; Jackson, G. S. Mass Spectrom. Rev. 1998, 17, 1-35.
33. Cooper, H. J.; Marshall, A. G. J. Agric. Food Chem. 2001, 49, 5710-5718.
34. Nilsson, C. L.; Cooper, H. J.; Hakansson, K.; Marshall, A. G.; Ostberg, Y.; Lavrinovicha, M.; Bergstrom, S. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2001, 13, 295-299.
35. Qian, K.; Robbins, W. K.; Hughey, C. A.; Cooper, H. J.; Rodgers, R. P.; Marshall, A. G. Energy Fuels 2001, 15, 1505-1511.
36. Emmett, M. R.; Caprioli, R. M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 605-613.
37. Horn, D. M.; Ge, Y.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 2000, 72, 4778-4784.
38. Little, D. P.; Speir, J. P.; Senko, M. W.; O'Connor, P. B.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 1994, 66, 2809-2815.
39. Rolfe, M.; Beerromero, P.; Glass, S.; Eckstein, J.; Berdo, I.; Theodoras, A.; Pagano, M.; Draetta, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 3264-3268.
40. Rodriguez, M. S.; Desterro, J. M. P.; Lain, S.; Lane, D. P.; Hay, R. T. Mol. Cell. Biol. 2000, 20, 8458-8467.
41. Desterro, J. M. P.; Thomson, J.; Hay, R. T. FEBS Lett. 1997, 417, 297-300.
42. Chalmers, M. J.; Quinn, J. P.; Blakney, G. T.; Emmett, M. R.; Mischak, H.; Gaskell, S. J.; Marshall, A. G. J. Proteome Res. 2003, 2, 373-382.
43. Senko, M. W.; Hendrickson, C. L.; Pasa-Tolic, L.; Marto, J. A.; White, F. M.; Guan, S.; Marshall, A. G. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1996, 10, 1824-1828.
44. Senko, M. W.; Hendrickson, C. L.; Emmett, M. R.; Shi, S. D.-H.; Marshall, A. G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1997, 8, 970-976.
45. Quinn, J. P.; Emmett, M. R.; Marshall, A. G. In Proc. 46th ASMS Conference on Mass Spectrometty and Allied Topics; Orlando, FL, 1998.
46. Chowdhury, S. K.; Katta, V.; Chait, B. T. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1990, 4, 81-87.
47. Beu, S. C.; Laude, D. A., Jr. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1992, 112, 215-230.
48. Malmberg, J. H.; O'Neil, T. M. Phys. Rev. Lett. 1977, 39, 1333-1336.
49. Senko, M. W.; Canterbury, J. D.; Guan, S.; Marshall, A. G. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1996, 10, 1839-1844.
50. Ledford, E. B., Jr.; Rempel, D. L.; Gross, M. L. Anal. Chem. 1984, 56, 2744-2748.
51. Shi, S. D.-H.; Drader, J. J.; Freitas, M. A.; Hendrickson, C. L.; Marshall, A. G. Int. J. Mass Spectrom. 2000, 195/196, 591-598.
52. Blakney, G. T.; van der Rest, G.; Johnson, J. R.; Freitas, M. A.; Drader, J. J.; Shi, S. D.-H.; Hendrickson, C. L.; Kelleher, N. L.; Marshall, A. G. in Proc. 49th Am. Soc. Mass Spectrom. Conf. Mass Spectrom. Allied Topics; Chicago, IL, 2001.
53. Hendrickson, C. L.; Quinn, J. P.; Emmett, M. R.; Marshall, A. G. in Proc. 49th ASMS Conf. on Mass Spectrometry and Allied Topics; Chicago, IL, 2001.
54. Guan, S.; Marshall, A. G, Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1996, 157/158, 5-37.
55. Marshall, A. G.; Wang, T.-C. L.; Ricca, T. L. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 7893-7897.
56. Tsybin, Y. O.; Håkansson, P.; Budnik, B. A.; Haselmann, K. F.; Kjeldsen, F.; Gorshkov, M.; Zubarev, R. A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 1849-1854.
57. Zubarev, R. A.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3265-3266.
58. Cooper, H. J.; Hudgins, R. R.; Marshall, A. G. Int. J. Mass Spectrom., in press.
59. McLuckey, S. A.; Goeringer, D. E. J. Mass Spectrom. 1997, 35, 461-474.
60. Roepstorff, P.; Fohlman, J. Biol. Mass Spectrom. 1984, 11, 601.
61. Biemann, K. Biomed. Environ. Mass 1988, 16, 99-111.
62. Cooper, H. J.; Hudgins, R. R.; Håkansson, K.; Marshall, A. G. Int. J. Mass Spectrom. 2003, 228, 723-728.