Targeted online liquid chromatography electron capture dissociation mass spectrometry for the localization of sites of in vivo phosphorylation in human Sprouty2

Analytical Chemistry

Volumn 80, Issue 17, 2008, Pages 6650-6657

  Sweet, Steve M M ^a,b   Mardakheh, Faraz K ^a,b   Ryan, Kevin J P ^a,b   Langton, Amy J ^a,b   Heath, John K ^a,b   Cooper, Helen J ^a  

^a UNIVERSITY OF BIRMINGHAM   (United Kingdom)

^b CR UK Growth Factor Group

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINES; AMINO ACIDS; CHEMICAL REACTIONS; CHROMATOGRAPHIC ANALYSIS; DISSOCIATION; ELECTROCHROMIC DEVICES; HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETERS; MASS SPECTROMETRY; PHOSPHORYLATION; REDUCTION;

ELECTRON CAPTURE DISSOCIATION; MASS SPECTRUM; PHOSPHOPEPTIDES;

ELECTROCHEMICAL SENSORS;

PHOSPHOPEPTIDE; PHOSPHOTYROSINE; PROTEIN TYROSINE KINASE; SPROUTY PROTEIN;

ARTICLE; ELECTRON CAPTURE DETECTION; EMBRYO; HUMAN; HUMAN CELL; IN VIVO STUDY; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN PHOSPHORYLATION; TISSUE DISTRIBUTION;

AMINO ACID SEQUENCE; ANIMALS; CATTLE; CELL LINE; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; ELECTRONS; HUMANS; INTRACELLULAR SIGNALING PEPTIDES AND PROTEINS; MASS SPECTROMETRY; MICE; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PHOSPHOPEPTIDES; PHOSPHORYLATION; SENSITIVITY AND SPECIFICITY;

EID: 51549119338     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac800963a     Document Type: Article

References (46)

1. Pawson, T.; Scott, J. D. Trends Biochem. Sci. 2005, 30, 286-290.
2. Larsen, M. R.; Thingholm, T. E.; Jensen, O. N.; Roepstorff, P.; Jorgensen, T. J. D. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 873-886.
3. Collins, M. O.; Yu, L.; Choudhary, J. S. Proteomics 2007, 7, 2751-2768.
4. Edelson-Averbukh, M.; Pipkorn, R.; Lehmann, W. D. Anal. Chem. 2007, 79, 3476-3486.
5. Hunter, A. P.; Games, D. E. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1994, 8, 559-570.
6. Tabb, D. L.; Smith, L. L.; Breci, L. A.; Wysocki, V. H.; Lin, D.; Yates, J. R. Anal. Chem. 2003, 75, 1155-1163.
7. Savitski, M. M.; Kjeldsen, F.; Nielsen, M. L.; Zubarev, R. A. J. Proteome Res. 2007, 6, 2669-2673.
8. Beausoleil, S. A.; Villen, J.; Gerber, S. A.; Rush, J.; Gygi, S. P. Nat. Biotechnol. 2006, 24, 1285-1292.
9. Olsen, J. V.; Blagoev, B.; Gnad, F.; Macek, B.; Kumar, C.; Mortensen, P.; Mann, M. Cell 2006, 127, 635-648.
10. Li, X.; Gerber, S. A.; Rudner, A. D.; Beausoleil, S. A.; Haas, W.; Villen, J.; Elias, J. E.; Gygi, S. P. J. Proteome Res. 2007, 6, 1190-1197.
11. Loyet, K. M.; Stults, J. T.; Arnott, D. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 235-245.
12. Jiang, X.; Han, G.; Feng, S.; Jiang, X.; Ye, M.; Yao, X.; Zou, H. J. Proteome Res. 2008, 7, 1640-1649.
13. Yu, L.-R.; Zhu, Z.; Chan, K. C.; Issaq, H. J.; Dimitrov, D. S.; Veenstra, T. D. J. Proteome Res. 2007, 6, 4150-4162.
14. Gruhler, A.; Olsen, J. V.; Mohammed, S.; Mortensen, P.; Faergeman, N. J.; Mann, M.; Jensen, O. N. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 310-327.
15. Lee, J.; Xu, Y.; Chen, Y.; Sprung, R.; Kim, S. C.; Xie, S.; Zhao, Y. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 669-676.
16. Zubarev, R. A.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3265-3266.
17. Syka, J. E.; Coon, J. J.; Schroeder, M. J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 2004, 101, 9528-9533.
18. Cooper, H. J.; Håkansson, K.; Marshall, A. G. Mass Spectrom. Rev. 2005, 24, 201-222.
19. Shi, S. D. H.; Hemling, M. E.; Carr, S. A.; Horn, D. M.; Lindh, I.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 2001, 73, 19-22.
20. Stensballe, A.; Jensen, O. N.; Olsen, J. V.; Haselmann, K. F.; Zubarev, R. A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000, 14, 1793-1800.
21. Sweet, S. M. M.; Cooper, H. J. Expert Rev. Proteomics 2007, 4, 149-159.
22. Molina, H.; Horn, D. M.; Tang, N.; Mathivanan, S.; Pandey, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 2199-2204.
23. Chi, A.; Huttenhower, C.; Geer, L. Y.; Coon, J. J.; Syka, J. E. P.; Bai, D. L.; Shabanowitz, J.; Burke, D. J.; Troyanskaya, O. G.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 2193-2198.
24. McAlister, G. C.; Phanstiel, D.; Good, D. M.; Berggren, W. T.; Coon, J. J. Anal. Chem. 2007, 79, 3525-3534.
25. Williams, D. K.; McAlister, G. C.; Good, D. M.; Coon, J. J.; Muddiman, D. C. Anal. Chem. 2007, 79, 7916-7919.
26. Sweet, S. M. M.; Creese, A. J.; Cooper, H. J. Anal. Chem. 2006, 78, 7563-7569.
27. Picotti, P.; Aebersold, R.; Domon, B. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 1589-1598.
28. Annan, R. S.; Huddleston, M. J.; Verma, R.; Deshaies, R. J.; Carr, S. A. Anal. Chem. 2001, 73, 393-404.
29. Hanafusa, H.; Torii, S.; Yasunaga, T.; Nishida, E. Nat. Cell Biol. 2002, 4, 850-858.
30. Impagnatiello, M.-A.; Weitzer, S.; Gannon, G.; Compagni, A.; Cotten, M.; Christofori, G. J. Cell Biol. 2001, 152, 1087-1098.
31. Li, X.; Wheldon, L.; Heath, J. K. Biochem. Soc. Trans. 2003, 31, 1445-1446.
32. Lo, T. L.; Yusoff, P.; Fong, C. W.; Guo, K.; McCaw, B. J.; Phillips, W. A.; Yang, H.; Wong, E. S. M.; Leong, H. F.; Zeng, Q.; Putti, T. C.; Guy, G. R. Cancer Res. 2004, 64, 6127-6136.
33. Lao, D.-H.; Yusoff, P.; Chandramouli, S.; Philp, R. J.; Fong, C. W.; Jackson, R. A.; Saw, T. Y.; Yu, C. Y.; Guy, G. R. J. Biol. Chem. 2007, 282, 9117-9126.
34. Lao, D.-H.; Chandramouli, S.; Yusoff, P.; Fong, C. W.; Saw, T. Y.; Tai, L. P.; Yu, C. Y.; Leong, H. F.; Guy, G. R. J. Biol. Chem. 2006, 281, 29993-30000.
35. DaSilva, J.; Xu, L.; Kim, H. J.; Miller, W. T.; Bar-Sagi, D. Mol. Cell. Biol. 2006, 26, 1898-1907.
36. Kocher, T.; Savitski, M. M.; Nielsen, M. L.; Zubarev, R. A. J. Proteome Res. 2006, 5, 659-668.
37. Woodling, K. A.; Eyler, J. R.; Tsybin, Y. O.; Nilsson, C. L.; Marshall, A. G.; Edison, A. S.; Al-Naggar, I. M.; Bubb, M. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007, 18, 2137-2145.
38. Abbott, K. L.; Renfrow, M. B.; Chalmers, M. J.; Nguyen, B. D.; Marshall, A. G.; Legault, P.; Omichinski, J. G. Biochemistry 2005, 44, 2732-2745.
39. Kjeldsen, F.; Savitski, M. M.; Nielsen, M. L.; Shi, L.; Zubarev, R. A. Analyst 2007, 132, 768-776.
40. Zabrouskov, V.; Ge, Y.; Schwartz, J.; Walker, J. W. Mol. Cell. Proteomics. 2008, M700524-MCP700200.
41. Li, X.; Brunton, V. G.; Burgar, H. R.; Wheldon, L. M.; Heath, J. K. J. Cell Sci. 2004, 117, 6007-6017.
42. Chi, A.; Valencia, J. C.; Hu, Z.-Z.; Watabe, H.; Yamaguchi, H.; Mangini, N. J.; Huang, H.; Canfield, V. A.; Cheng, K. C.; Yang, F.; Abe, R.; Yamagishi, S.; Shabanowitz, J.; Hearing, V. J.; Wu, C.; Appella, E.; Hunt, D. F. J. Proteome Res. 2006, 5, 3135-3144.
43. Lopez, L. L.; Tiller, P. R.; Senko, M. W.; Schwartz, J. C. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1999, 13, 663-668.
44. Keil, B. Specificity of Proteolysis; Springer-Verlag: Berlin, Germany, 1992.
45. Olsen, J. V.; Ong, S. E.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 608-614.
46. Pesavento, J. J.; Mizzen, C. A.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2006, 78, 4271-4280.