Organic functionalization and optimal coverage of a silicon(111) surface in solvent: A computational study

Journal of Physical Chemistry C

Volumn 115, Issue 10, 2011, Pages 4145-4154

  Barone, Vincenzo ^a   Cacelli, Ivo ^b   Ferretti, Alessandro ^c   Monti, Susanna ^c   Prampolini, Giacomo ^a  

^a SCUOLA NORMALE SUPERIORE   (Italy)

^b UNIVERSITY OF PISA   (Italy)

^c CNR   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CLASSICAL MOLECULAR DYNAMICS; COMPUTATIONAL APPROACH; COMPUTATIONAL STUDIES; COVERAGE PERCENTAGE; FAVORABLE INTERACTIONS; FUNCTIONALIZATIONS; FUNCTIONALIZED SURFACES; MOLECULAR DYNAMIC SIMULATIONS; OPTIMAL COVERAGE; ORGANIC CHAINS; ORGANIC FUNCTIONALIZATION; ORGANIC MOLECULES; PAIR CORRELATION FUNCTIONS; POLAR SOLVENTS; PROPYL CHAIN; QUANTUM MECHANICS; QUANTUM-MECHANICAL CALCULATION; SILICON (111) SURFACE;

BINDING ENERGY; COMPUTATIONAL CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; DYNAMICS; FREE ENERGY; OPTIMIZATION; ORGANIC COMPOUNDS; POLYMER BLENDS; QUANTUM THEORY; SOLVENTS;

MOLECULAR DYNAMICS;

EID: 79953206313     PISSN: 19327447     EISSN: 19327455     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp111150d     Document Type: Article

References (62)

1. Patolsky, F.; Lieber, C. M. Mater. Today 2005, 8, 20
2. Ziegler, C. Anal. Bioanal. Chem. 2004, 379, 946
3. Lasseter, T. L.; Cai, W.; Hamers, R. J. Analyst 2004, 129, 3
4. Star, A.; Tu, E.; Niemann, J.; Gabriel, J.-C. P.; Joiner, S.; Valcke, C. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 921
5. Li, Z.; Chen, Y.; Chen, X.; Kamis, Y. I.; Nauka, K.; Williams, R. S. Nano Lett. 2004, 4, 245
6. Li, C.; Curreli, M.; Lin, H.; Lei, B.; Ishikawa, F. N.; Datar, R.; Cote, R. J.; Thompson, M. E.; Zhou, C. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 12484
7. Service, R. F. Science 2001, 294, 2080
8. Zhu, H.; Bilgin, M.; Bangham, R.; Hall, D.; Casamayor, A.; Bertone, P.; Lan, N.; Jansen, R.; Bidlingmaier, S.; Houfek, T.; Mitchell, T.; Miller, P.; Dean, R. A.; Gerstein, M.; Snyder, M. Science 2001, 293, 2101
9. Lauer, L.; Klein, C.; Offenhausser, A.; Knoll, W. Biomaterials 2001, 22, 1925
10. Yeung, C. K.; Lauer, L.; Offenhausser, A.; Knoll, W. Neurosci. Lett. 2001, 301, 147
11. Rosei, F.; Schunack, M.; Naitoh, Y.; Jiang, P.; Gourdon, A.; Laegsgaard, E.; Steusgaard, I.; Joachim, C.; Besenbacher, F. Prog. Surf. Sci. 2003, 71, 95
12. Zhang, H. L.; Chen, W.; Huang, H.; Chen, L.; Lee, A. T. S. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 2720
13. Langner, A.; Tai, S. L.; Lin, N.; Chandrasekar, R.; Ruben, M.; Kern, K. Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47, 8835
14. Sung, M. M.; Kluth, G. J.; Yauw, O. W.; Maboudian, R. Langmuir 1997, 13, 6164
15. Sieval, A. B.; Optiz, R.; Maas, H. P. A.; Schoeman, M. G.; Frank, G. M.; Vergeldt, F. J.; Zuilhof, H.; Sudgolter, E. J. R. Langmuir 2000, 16, 10356
16. Linford, M. R.; Fenter, P.; Eisenberger, P. M.; Chidsey, C. E. D. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 3145
17. Linford, M. R.; Chidsey, C. E. D. Langmuir 2002, 18, 6217-6221
18. Lopinski, G. P.; Wayner, D. D. M.; Wolkow, R. A. Nature 2000, 406, 48-51
19. Eves, B. J.; Sun, Q.; Lopinski, G. P.; Zuilhof, H. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 14318-14319
20. Zhang, J.; Zhang, M.; Li, W.; Zhai, Y. AIChE J. 2007, 53, 2957-2967
21. Nelles, J.; Sendor, D.; Ebbers, A.; Petrat, F.; Wiggers, H.; Schulz, C.; Simon, U. Colloid Polym. Sci. 2007, 285, 729
22. Yamada, T. Curr. Appl. Phys. 2006, 6S1, e26
23. Yamada, T.; Noto, M.; Shirasaka, K.; Kato, H. S.; Kawai, M. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 6740
24. Yu, H.; Webb, L. J.; Ries, R. S.; Solares, S. D.; Goddard, W. A., III; Heath, J. R.; Lewis, N. S. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 671
25. Yu, H.; Webb, L. J.; Heath, J. R.; Lewis, N. S. Appl. Phys. Lett. 2006, 88, 252111
26. Yu, H.; Webb, L. J.; Solares, S. D.; Cao, P.; Goddard, W. A., III; Heath, J. R.; Lewis, N. S. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 23898
27. Rohde, R. D.; Agnew, H. D.; Yeo, W.; Bailey, R. C.; Heath, J. R. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 9518
28. Johansson, E.; Hurley, P. T.; Brunschwig, B. S.; Lewis, N. S. J. Phys. Chem. C 2009, 113, 15239
29. Ito, E.; Konno, K.; Noh, J.; Kanai, K.; Ouchi, Y.; Seki, K.; Hara, M. Appl. Surf. Sci. 2005, 244, 584
30. Wei, B. J.; Himmel, H. J.; Fischer, R. A.; Woöll, C. Chem. Vap. Deposition 1998, 4, 17
31. Lahiri, J.; Ostuni, E.; Whiltesides, G. M. Langmuir 1999, 15, 2055
32. Bunimovich, Y. L.; Shin, Y. S.; Yeo, W.-S.; Amori, M.; Kwong, G.; Heath, J. R. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 16323
33. Sieval, A. B.; Linke, R.; Zuilhof, H.; Sudgolter, E. J. R. Adv. Mater. 2000, 12, 1457
34. Stewart, M. P.; Buriak, J. M. Adv. Mater. 2000, 12, 859
35. Sieval, A. B.; van der Hout, B.; Zuilhof, H.; Sudgolter, E. J. R. Langmuir 2000, 16, 2987
36. Zhang, L.; Wesley, K.; Jiang, S. Langmuir 2001, 17, 6275
37. Pei, Y.; Ma, J.; Jiang, Y. Langmuir 2003, 19, 7652
38. Festa, G.; Cossi, M.; Barone, V.; Cantele, G.; Ninno, D.; Iadonisi, G. J. Chem. Phys. 2005, 122, 184714
39. Borriello, I.; Cantele, G.; Ninno, D.; Iadonisi, G.; Cossi, M.; Barone, V. Phys. Rev. B 2007, 76, 035430
40. Sieval, A. B.; van der Hout, B.; Zuilhof, H.; Sudgolter, E. J. R. Langmuir 2001, 17, 2172
41. Nelles, J.; Sendor, D.; Petrat, F.; Simon, U. J Nanopart. Res. 2010, 12, 1367
42. Radi, A.; Ebrahimi, M.; Leung, K. Surf. Sci. 2010, 604, 1073
43. Effenberger, F.; Gotz, G.; Bidlingmaier, B.; Wezstein, M. Angew. Chem., Int. Ed. 1998, 37, 2462
44. Terry, J.; Mo, R.; Wigren, C.; Cao, R. Y.; Mount, G.; Pianetta, P.; Linford, M. R.; Chidsey, C. E. D. Nucl. Instrum. Methods Phys. Res., Sect. B 1997, 133, 94
45. Boukherroub, R.; Wayner, D. D. M. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 11513
46. Cicero, R. L.; Linford, M. R.; Chidsey, C. E. D. Langmuir 2000, 16, 5688
47. Streifer, J. A.; Kim, H.; Nichols, B. M.; Hamers, R. J. Nanotechnology 2005, 16, 1868
48. Pack, S. P.; Kamisetty, N. K.; Nonogawa, M.; Devarayapalli, K. C.; Ohtani, K.; Yamada, K.; Yoshida, Y.; Kodaki, T.; Makino, K. Nucleic Acids Res. 2007, 35, e110
49. Barone, V.; Cacelli, I.; Ferretti, A.; Monti, S.; Prampolini, G. Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 16, 4201
50. Yuan, S.; Cai, Z.; Jiang, Y. New J. Chem. 2003, 27, 626
51. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648
52. Sun, H. J. Chem. Phys. 1985, 82, 284
53. Jorgensen, W.; Maxwell, D.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225
54. Damm, W.; Frontera, A.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1955
55. Thomas, L.; Christakis, T.; Jorgensen, W. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 21198
56. Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 335
57. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435
58. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gusteren, W. F.; Di Nola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684
59. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089
60. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M.; Darden, A.; Lee, H.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577
61. Allen, M.; Tildesley, D. Computer Simulation of Liquids; Clarendon: Oxford, 1987.
62. van der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; van Buuren, A.; Apol, E.; Muelenhoff, P.; Tieleman, D.; Sijbers, A.; Feenstra, K.; van der Drunen, R.; Berendsen, H. Gromacs User Manual, version 4.0; 2005, www.gromacs.org.