RNA-cleaving 10-23 deoxyribozyme with a single amino acid-like functionality operates without metal ion cofactors

New Journal of Chemistry

Volumn 34, Issue 5, 2010, Pages 934-948

  Smuga, Damian ^a,c   Majchrzak, Kinga ^b   Sochacka, Elzbieta ^a   Nawrot, Barbara ^b  

^a LODZ UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (Poland)

^b CENTRE OF MOLECULAR AND MACROMOLECULAR STUDIES   (Poland)

^c WROC AW UNIVERSITY OF ENVIRONMENTAL AND LIFE SCIENCES   (Poland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACID; DEOXYRIBOZYME; MAGNESIUM; NUCLEASE; OLIGONUCLEOTIDE; RNA; THYMIDINE;

ARTICLE; PRIORITY JOURNAL; RNA CLEAVAGE; SYNTHESIS;

EID: 77952561689     PISSN: 11440546     EISSN: 13699261     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b9nj00705a     Document Type: Article

References (62)

1. S. K. Silverman Nucleic Acids Res. 2005 33 6151 6163
2. C. Hobartner S. K. Silverman Biopolymers 2007 87 279 292
3. S. K. Silverman Org. Biomol. Chem. 2004 2 2701 2706
4. C. R. Dass Trends Pharmacol. Sci. 2004 25 395 397
5. Y. Isaka Curr. Opin. Mol. Ther. 2007 9 132 136
6. R. Bhindi R. G. Fahmy H. C. Lowe C. N. Chesterman C. R. Dass M. J. Cairns E. G. Saravolac L. Q. Sun L. M. Khachigian Am. J. Pathol. 2007 171 1079 1088
7. S. W. Santoro G. F. Joyce Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997 94 4262 4266
8. C. Tuerk L. Gold Science 1990 249 505 510
9. A. D. Ellington J. W Szostak Nature 1990 346 818 822
10. D. S. Wilson J. W Szostak Annu. Rev. Biochem. 1999 68 611 647
11. S. W. Santoro G. F. Joyce Biochemistry 1998 37 13330 13342
12. G. F. Joyce Methods Enzymol. 2001 341 503 17
13. J. Nowakowski P. J. Shim G. F. Joyce C. D. Stout Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 1999 55 1885 1892
14. J. Nowakowski P. J. Shim G. C. Prasad C. D. Stout G. F. Joyce Nat. Struct. Biol. 1999 6 151 156
15. Z. Zaborowska V. A. Erdmann J. Kurreck J. Biol. Chem. 2002 277 40617 40622
16. Z. Zaborowska S. Schubert J. Kurreck V. A. Erdmann FEBS Lett. 2005 579 554 558
17. N. Sugimoto Y. Okumoto T. Ohmichi J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1999 1381 1386
18. Y. Okumoto Y. Tanabe N. Sugimoto Biochemistry 2003 42 2158 2165
19. Y. Okumoto N. Sugimoto J. Inorg. Biochem. 2000 82 189 195
20. S. Keiper J. S. Vyle Angew. Chem., Int. Ed. 2006 45 3306 3309
21. H. Lusic D. D. Young M. O. Lively A. Deiters Org. Lett. 2007 9 1903 1906
22. H. Asanuma H. Hayashi J. Zhao X. Liang A. Yamazawa T. Kuramochi D. Matsunaga Y. Aiba H. Kashida M. Komiyama Chem. Commun. 2006 5062 5064
23. S. Schubert D. Gül H.-P. Grunert H. Zeichhardt V. A. Erdmann J. Kurreck Nucleic Acids Res. 2003 31 5982 5992
24. B. Vester L. B. Lundberg M. D. Sorensen B. R. Babu S. Douthwaite J. Wengel J. Am. Chem. Soc. 2002 124 13682 13683
25. B. Vester L. H. Hansen L. B. Lundberg B. R. Babu M. D. Sorensen J. Wengel S. Douthwaite BMC Mol. Biol. 2006 7 19
26. C. R. Dass E. G. Saravolac Y. Li L.-Q. Sun Antisense Nucleic Acid Drug Dev. 2002 12 289 299
27. B. Nawrot K. Widera M. Wojcik B. Rebowska G. Nowak W. J. Stec FEBS J. 2007 274 1062 1072
28. B. Nawrot K. Widera M. Sobczak M. Wojcik W. J. Stec Curr. Org. Chem. 2008 12 1004 1009
29. M. Hollenstein Ch. Hipolito C. Lam D. Perrin Nucleic Acids Symp. Ser. 2008 52 73 74
30. M. Hollenstein C. J. Hipolito C. H. Lam D. M. Perrin Nucleic Acids Res. 2009 37 1638 1649
31. R. Ting R. M. Thomas L. Lermer D. M. Perrin Nucleic Acids Res. 2004 32 6660 6672
32. D. M. Perrin T. Garestier C. Helene Nucleosides, Nucleotides Nucleic Acids 1999 18 377 391
33. L. Lermer Y. Roupioz R. Ting D. M. Perrin J. Am. Chem. Soc. 2002 124 9960 9961
34. K. Sakthivel C. F. Barbas Angew. Chem., Int. Ed. 1998 37 2872 2875
35. S. W. Santoro G. F. Joyce K. Sakthivel S. Gramatikowa C. F. Barbas J. Am. Chem. Soc. 2000 122 2433 2439
36. S. E. Lee A. Sidorov T. Gourlain N. Mignet S. J. Thorpe J. A. Brazier M. J. Dickman D. P. Hornby J. A. Grasby D. M. Williams Nucleic Acids Res. 2001 29 1565 1573
37. T. Ohbayashi M. Kuwahara M. Hasegawa T. Kasamatsu T. Tamura H. Sawai Org. Biomol. Chem. 2005 3 2463 2468
38. M. Kuwahara K. Hanawa K. Ohsawa R. Kitagata H. Ozaki H. Sawai Bioorg. Med. Chem. 2006 14 2518 2526
39. S. Verma F. Eckstein Annu. Rev. Biochem. 1998 67 99 134
40. S. Verma S. Jager O. Thum M. Famulok Chem. Rec. 2003 3 51 60
41. S. L. Beaucage R. P. Iyer Tetrahedron 1992 48 2223 2311
42. N. Venkatesan S. J. Kim B. H. Kim Curr. Med. Chem. 2003 10 1973 1991
43. D. M. Perrin T. Garestier C. Helene J. Am. Chem. Soc. 2001 123 1556 1563
44. M. Hollenstein C. Hipolito C. Lam D. M. Perrin ChemBioChem 2009 10 1988 1992
45. A. Sidorov J. A. Grasby D. M. Williams Nucleic Acids Res. 2004 32 1591 1601
46. P. F. Agris F. A. P. Vendeix W. D. Graham J. Mol. Biol. 2007 366 1 13
47. P. F. Agris Nucleic Acids Res. 2004 32 223 238
48. R. W. Adamiak E. Biała K. Grześkowiak R. Kierzek A. Kraszewski W. T. Markiewicz J. Okupniak J. Stawinski M. Wiewiórowski Nucleic Acids Res. 1978 5 1889 1905
49. F. Himmelsbach B. S. Schultz T. Trichtinger R. Charubala W. Pfleiderer Tetrahedron 1984 40 59 72
50. M. Marszałek, PhD thesis, Technical University of Lodz, Lodz, 2001
51. B. Verbeure C. J. Lacey M. Froyen J. Rozenski P. Herdewijn Bioconjugate Chem. 2002 13 333 350
52. A. Ono T. Okamoto M. Inada H. Nara A. Matsuda Chem. Pharm. Bull. 1994 42 2231 2237
53. K. Sato, W. Hirose and A. Matsuda, Curr. Protoc. Nucleic Acid Chem., 2008, ch. 1, unit 1.21
54. E. Sochacka D. Smuga Tetrahedron Lett. 2007 48 1363 1367
55. E. Sochacka D. Smuga Nucleosides, Nucleotides Nucleic Acids 2008 27 1045 1060
56. G. Zon and W. J. Stec, in Oligonucleotides and Analogues: A Practical Approach, ed., F. Eckstein, IRL Press, London, 1991, pp. 87-108
57. N. Ota M. Warashina K. Hirano K. Hatanaka K. Taira Nucleic Acids Res. 1998 26 3385 3391
58. J. G. Mesu T. Viser F. Soulimani B. M. Weckhuysen Vib. Spectrosc. 2005 39 114 125
59. R. R. Breaker G. M. Emilsson D. Lazarev S. Nakamura I. J. Puskarz A. Roth N. Sudarsan RNA 2003 9 949 957
60. A. Roth R. R. Breaker Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 6027 6031
61. Z. Liu S. H. J. Mei J. D. Brennan Y. Li J. Am. Chem. Soc. 2003 125 7539 7545
62. C. R. Geyer D. Sen Chem. Biol. 1997 4 579 593