-
1
-
-
30744471169
-
-
Andreini, C.; Banci, L.; Bertini, I.; Rosato, A. J. Proteome Res. 2006, 5, 196-201.
-
(2006)
J. Proteome Res.
, vol.5
, pp. 196-201
-
-
Andreini, C.1
Banci, L.2
Bertini, I.3
Rosato, A.4
-
5
-
-
1542304635
-
-
Parkin, G. Chem. Rev. 2004, 104, 699-767.
-
(2004)
Chem. Rev.
, vol.104
, pp. 699-767
-
-
Parkin, G.1
-
12
-
-
35448995715
-
-
Tamames, B.; Sousa, S. F.; Tamames, J.; Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2007, 69, 466-475.
-
(2007)
J. Proteins: Struct., Funct., Bioinf.
, vol.69
, pp. 466-475
-
-
Tamames, B.1
Sousa, S.F.2
Tamames, J.3
Fernandes, P.A.4
Ramos, M.5
-
14
-
-
33846840870
-
-
Sousa, S. F.; Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 1378-1385.
-
(2007)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.129
, pp. 1378-1385
-
-
Sousa, S.F.1
Fernandes, P.A.2
Ramos, M.J.3
-
16
-
-
0028892387
-
-
Holland, D. R.; Hausrath, A. C.; Juers, D.; Matthews, B. W. Protein Sci. 1995, 4, 1955-1965.
-
(1995)
Protein Sci.
, vol.4
, pp. 1955-1965
-
-
Holland, D.R.1
Hausrath, A.C.2
Juers, D.3
Matthews, B.W.4
-
17
-
-
0024580983
-
-
Roderick, S. L.; Fourniezaluski, M. C.; Roques, B. P.; Matthews, B. W. Biochemistry 1989, 28, 1493-1497.
-
(1989)
Biochemistry
, vol.28
, pp. 1493-1497
-
-
Roderick, S.L.1
Fourniezaluski, M.C.2
Roques, B.P.3
Matthews, B.W.4
-
18
-
-
0023040231
-
-
Tronrud, D. E.; Monzingo, A. F.; Matthews, B. W. Eur. J. Biochem. 1986, 157, 261-268.
-
(1986)
Eur. J. Biochem.
, vol.157
, pp. 261-268
-
-
Tronrud, D.E.1
Monzingo, A.F.2
Matthews, B.W.3
-
21
-
-
11244321501
-
-
Sousa, S. F.; Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. Biophys. J. 2005, 88, 483-494.
-
(2005)
Biophys. J.
, vol.88
, pp. 483-494
-
-
Sousa, S.F.1
Fernandes, P.A.2
Ramos, M.J.3
-
22
-
-
60749124902
-
-
Szeto, M. W. Y.; Mujika, J. I.; Zurek, J.; Mulholland, A. J.; Harvey, J. N. J. Mol. Struct.: THEOCHEM 2009, 898, 106-114.
-
(2009)
J. Mol. Struct.: Theochem
, vol.898
, pp. 106-114
-
-
Szeto, M.W.Y.1
Mujika, J.I.2
Zurek, J.3
Mulholland, A.J.4
Harvey, J.N.5
-
23
-
-
6344222799
-
-
Vannini, A.; Volpari, C.; Filocamo, G.; Casavola, E. C.; Brunetti, M.; Renzoni, D.; Chakravarty, P.; Paolini, C.; De Francesco, R.; Gallinari, P.; Steinkuhler, C.; Di Marco, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 15064-15069.
-
(2004)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
, vol.101
, pp. 15064-15069
-
-
Vannini, A.1
Volpari, C.2
Filocamo, G.3
Casavola, E.C.4
Brunetti, M.5
Renzoni, D.6
Chakravarty, P.7
Paolini, C.8
De Francesco, R.9
Gallinari, P.10
Steinkuhler, C.11
Di Marco, S.12
-
24
-
-
3142562372
-
-
Somoza, J. R.; Skene, R. J.; Katz, B. A.; Mol, C.; Ho, J. D.; Jennings, A. J.; Luong, C.; Arvai, A.; Buggy, J. J.; Chi, E.; Tang, J.; Sang, B. C.; Verner, E.; Wynands, R.; Leahy, E. M.; Dougan, D. R.; Snell, G.; Navre, M.; Knuth, M. W.; Swanson, R. V.; McRee, D. E.; Tari, L. W. Structure 2004, 12, 1325-1334.
-
(2004)
Structure
, vol.12
, pp. 1325-1334
-
-
Somoza, J.R.1
Skene, R.J.2
Katz, B.A.3
Mol, C.4
Ho, J.D.5
Jennings, A.J.6
Luong, C.7
Arvai, A.8
Buggy, J.J.9
Chi, E.10
Tang, J.11
Sang, B.C.12
Verner, E.13
Wynands, R.14
Leahy, E.M.15
Dougan, D.R.16
Snell, G.17
Navre, M.18
Knuth, M.W.19
Swanson, R.V.20
McRee, D.E.21
Tari, L.W.22
more..
-
25
-
-
35548947488
-
-
Vannini, A.; Volpari, C.; Gallinari, P.; Jones, P.; Mattu, M.; Carfi, A.; De Francesco, R.; Steinkuhler, C.; Di Marco, S. EMBO Rep. 2007, 8, 879-884.
-
(2007)
EMBO Rep.
, vol.8
, pp. 879-884
-
-
Vannini, A.1
Volpari, C.2
Gallinari, P.3
Jones, P.4
Mattu, M.5
Carfi, A.6
De Francesco, R.7
Steinkuhler, C.8
Di Marco, S.9
-
26
-
-
58149144730
-
-
Dowling, D. P.; Gantt, S. L.; Gattis, S. G.; Fierke, C. A.; Christianson, D. W. Biochemistry 2008, 47, 13554-13563.
-
(2008)
Biochemistry
, vol.47
, pp. 13554-13563
-
-
Dowling, D.P.1
Gantt, S.L.2
Gattis, S.G.3
Fierke, C.A.4
Christianson, D.W.5
-
27
-
-
36148950997
-
-
Mann, B. S.; Johnson, J. R.; Cohen, M. H.; Justice, R.; Pazdur, R. Oncologist 2007, 12, 1247-1252.
-
(2007)
Oncologist
, vol.12
, pp. 1247-1252
-
-
Mann, B.S.1
Johnson, J.R.2
Cohen, M.H.3
Justice, R.4
Pazdur, R.5
-
29
-
-
16244384181
-
-
Park, H.; Brothers, E. N.; Merz, K. M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 4232-4241.
-
(2005)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.127
, pp. 4232-4241
-
-
Park, H.1
Brothers, E.N.2
Merz, K.M.3
-
31
-
-
0141566583
-
-
Elstner, M.; Cui, Q.; Munih, P.; Kaxiras, E.; Frauenheim, T.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 2003, 24, 565-581.
-
(2003)
J. Comput. Chem.
, vol.24
, pp. 565-581
-
-
Elstner, M.1
Cui, Q.2
Munih, P.3
Kaxiras, E.4
Frauenheim, T.5
Karplus, M.6
-
32
-
-
66549119306
-
-
Lopez-Canut, V.; Marti, S.; Bertran, J.; Moliner, V.; Tunon, I. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 7816-7824.
-
(2009)
J. Phys. Chem. B
, vol.113
, pp. 7816-7824
-
-
Lopez-Canut, V.1
Marti, S.2
Bertran, J.3
Moliner, V.4
Tunon, I.5
-
33
-
-
0034717869
-
-
Brauer, M.; Kunert, M.; Dinjus, E.; Klussmann, M.; Doring, M.; Gorls, H.; Anders, E. J. Mol. Struct.: THEOCHEM 2000, 505, 289-301.
-
(2000)
J. Mol. Struct.: Theochem
, vol.505
, pp. 289-301
-
-
Brauer, M.1
Kunert, M.2
Dinjus, E.3
Klussmann, M.4
Doring, M.5
Gorls, H.6
Anders, E.7
-
36
-
-
36549092018
-
-
Dolg, M.; Wedig, U.; Stoll, H.; Preuss, H. J. Chem. Phys. 1987, 86, 866-872.
-
(1987)
J. Chem. Phys.
, vol.86
, pp. 866-872
-
-
Dolg, M.1
Wedig, U.2
Stoll, H.3
Preuss, H.4
-
37
-
-
41149125431
-
-
Hu, P.; Wang, S.; Zhang, Y. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 3806-3813.
-
(2008)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.130
, pp. 3806-3813
-
-
Hu, P.1
Wang, S.2
Zhang, Y.3
-
38
-
-
57549110245
-
-
Hu, P.; Wang, S.; Zhang, Y. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 16721-16728.
-
(2008)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.130
, pp. 16721-16728
-
-
Hu, P.1
Wang, S.2
Zhang, Y.3
-
39
-
-
34248219463
-
-
Wang, S. L.; Hu, P.; Zhang, Y. K. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 3758-3764.
-
(2007)
J. Phys. Chem. B
, vol.111
, pp. 3758-3764
-
-
Wang, S.L.1
Hu, P.2
Zhang, Y.K.3
-
40
-
-
70349266325
-
-
Ke, Z. H.; Zhou, Y. Z.; Hu, P.; Wang, S. L.; Xie, D. Q.; Zhang, Y. K. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 12750-12758.
-
(2009)
J. Phys. Chem. B
, vol.113
, pp. 12750-12758
-
-
Ke, Z.H.1
Zhou, Y.Z.2
Hu, P.3
Wang, S.L.4
Xie, D.Q.5
Zhang, Y.K.6
-
42
-
-
23144457576
-
-
Gordon, J. C.; Myers, J. B.; Folta, T.; Shoja, V.; Heath, L. S.; Onufriev, A. Nucleic Acids Res. 2005, 33, W368-W371.
-
(2005)
Nucleic Acids Res.
, vol.33
-
-
Gordon, J.C.1
Myers, J.B.2
Folta, T.3
Shoja, V.4
Heath, L.S.5
Onufriev, A.6
-
43
-
-
0032475433
-
-
Antonczak, S.; Monard, G.; Ruiz-Lopez, M. F.; Rivail, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 8825-8833.
-
(1998)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.120
, pp. 8825-8833
-
-
Antonczak, S.1
Monard, G.2
Ruiz-Lopez, M.F.3
Rivail, J.L.4
-
44
-
-
35948980030
-
-
Blumberger, J.; Lamoureux, G.; Klein, M. L. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1837-1850.
-
(2007)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.3
, pp. 1837-1850
-
-
Blumberger, J.1
Lamoureux, G.2
Klein, M.L.3
-
45
-
-
0029115487
-
-
Stote, R. H.; Karplus, M. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1995, 23, 12-31.
-
(1995)
Proteins: Struct., Funct., Genet.
, vol.23
, pp. 12-31
-
-
Stote, R.H.1
Karplus, M.2
-
47
-
-
77950125433
-
-
Pang, Y. P. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2001, 45, 183189.
-
(2001)
Proteins: Struct., Funct., Genet.
, vol.45
, pp. 183189
-
-
Pang, Y.P.1
-
48
-
-
50849136880
-
-
Yan, C. L.; Xiu, Z. L.; Li, X. H.; Li, S. M.; Hao, C.; Teng, H. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2008, 73, 134-149.
-
(2008)
Proteins: Struct., Funct., Bioinf.
, vol.73
, pp. 134-149
-
-
Yan, C.L.1
Xiu, Z.L.2
Li, X.H.3
Li, S.M.4
Hao, C.5
Teng, H.6
-
49
-
-
77950123206
-
-
Karjiban, R. A.; Rahman, M. B. A.; Basri, M.; Salleh, A. B.; Jacobs, D.; Wahab, H. A. Protein J. 2009, 28, 14-23.
-
(2009)
Protein J.
, vol.28
, pp. 14-23
-
-
Karjiban, R.A.1
Rahman, M.B.A.2
Basri, M.3
Salleh, A.B.4
Jacobs, D.5
Wahab, H.A.6
-
50
-
-
33750587438
-
-
Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Vangunsteren, W. F.; Dinola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690.
-
(1984)
J. Chem. Phys.
, vol.81
, pp. 3684-3690
-
-
Berendsen, H.J.C.1
Postma, J.P.M.2
Vangunsteren, W.F.3
Dinola, A.4
Haak, J.R.5
-
51
-
-
77950109084
-
-
10 University of California: San Francisco, CA
-
Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Crowley, M.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Merz, K. M.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Kolossváry, I.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Vanicek, J.; Wu, X.; Brozell, S. R.; Steinbrecher, T.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Mathews, D. H.; Seetin, M. G.; Sagui, C.; Babin, V. Kollman, P. A. AMBER 10 University of California: San Francisco, CA, 2008.
-
(2008)
-
-
Case, D.A.1
Darden, T.A.2
Cheatham III, T.E.3
Simmerling, C.L.4
Wang, J.5
Duke, R.E.6
Luo, R.7
Crowley, M.8
Walker, R.C.9
Zhang, W.10
Merz, K.M.11
Wang, B.12
Hayik, S.13
Roitberg, A.14
Seabra, G.15
Kolossváry, I.16
Wong, K.F.17
Paesani, F.18
Vanicek, J.19
Wu, X.20
Brozell, S.R.21
Steinbrecher, T.22
Gohlke, H.23
Yang, L.24
Tan, C.25
Mongan, J.26
Hornak, V.27
Cui, G.28
Mathews, D.H.29
Seetin, M.G.30
Sagui, C.31
Babin, V.K.32
Amber, P.A.33
more..
-
52
-
-
0029011701
-
-
Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197.
-
(1995)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.117
, pp. 5179-5197
-
-
Cornell, W.D.1
Cieplak, P.2
Bayly, C.I.3
Gould, I.R.4
Merz, K.M.5
Ferguson, D.M.6
Spellmeyer, D.C.7
Fox, T.8
Caldwell, J.W.9
Kollman, P.A.10
-
53
-
-
0001398008
-
-
Wang, J. M.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1049-1074.
-
(2000)
J. Comput. Chem.
, vol.21
, pp. 1049-1074
-
-
Wang, J.M.1
Cieplak, P.2
Kollman, P.A.3
-
54
-
-
33748518255
-
-
Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2006, 65, 712-725.
-
(2006)
Proteins: Struct., Funct., Bioinf.
, vol.65
, pp. 712-725
-
-
Hornak, V.1
Abel, R.2
Okur, A.3
Strockbine, B.4
Roitberg, A.5
Simmerling, C.6
-
55
-
-
0004016501
-
-
Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.
-
(1983)
J. Chem. Phys.
, vol.79
, pp. 926-935
-
-
Jorgensen, W.L.1
Chandrasekhar, J.2
Madura, J.D.3
Impey, R.W.4
Klein, M.L.5
-
56
-
-
2942532422
-
-
Wang, J. M.; Wolf, R. M.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1157-1174.
-
(2004)
J. Comput. Chem.
, vol.25
, pp. 1157-1174
-
-
Wang, J.M.1
Wolf, R.M.2
Caldwell, J.W.3
Kollman, P.A.4
Case, D.A.5
-
57
-
-
33646940952
-
-
Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341.
-
(1977)
J. Comput. Phys.
, vol.23
, pp. 327-341
-
-
Ryckaert, J.P.1
Ciccotti, G.2
Berendsen, H.J.C.3
-
58
-
-
33646021957
-
-
Corminboeuf, C.; Hu, P.; Tuckerman, M. E.; Zhang, Y. K. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 4530-4531.
-
(2006)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.128
, pp. 4530-4531
-
-
Corminboeuf, C.1
Hu, P.2
Tuckerman, M.E.3
Zhang, Y.K.4
-
60
-
-
33845671721
-
-
Sousa, S. F.; Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2007, 66, 205-218.
-
(2007)
Ramos, M. J. Proteins: Struct., Funct., Bioinf.
, vol.66
, pp. 205-218
-
-
Sousa, S.F.1
Fernandes, P.A.2
-
62
-
-
0001582558
-
-
Zhang, Y. K.; Lee, T. S.; Yang, W. T. J. Chem. Phys. 1999, 110, 46-54.
-
(1999)
J. Chem. Phys.
, vol.110
, pp. 46-54
-
-
Zhang, Y.K.1
Lee, T.S.2
Yang, W.T.3
-
63
-
-
0000145441
-
-
Zhang, Y. K.; Liu, H. Y.; Yang, W. T. J. Chem. Phys. 2000, 112, 3483-3492.
-
(2000)
J. Chem. Phys.
, vol.112
, pp. 3483-3492
-
-
Zhang, Y.K.1
Liu, H.Y.2
Yang, W.T.3
-
66
-
-
67549083548
-
-
version 3.0; Q-Chem, Inc.: Pittsburgh, PA
-
Shao, Y.; Molnar, L. F.; Jung, Y.; Kussmann, J.; Ochsenfeld, C.; Brown, S. T.; Gilbert, A. T. B.; Slipchenko, L. V.; Levchenko, S. V.; O'Neill, D. P.; DiStasio, R. A.; Lochan, R. C.; Wang, T.; Beran, G. J. O.; Besley, N. A.; Herbert, J. M.; Lin, C. Y.; Van Voorhis, T.; Chien, S. H.; Sodt, A.; Steele, R. P.; Rassolov, V. A.; Maslen, P. E.; Korambath, P. P.; Adamson, R. D.; Austin, B.; Baker, J.; Byrd, E. F. C.; Dachsel, H.; Doerksen, R. J.; Dreuw, A.; Dunietz, B. D.; Dutoi, A. D.; Furlani, T. R.; Gwaltney, S. R.; Heyden, A.; Hirata, S.; Hsu, C. P.; Kedziora, G.; Khalliulin, R. Z.; Klunzinger, P.; Lee, A. M.; Lee, M. S.; Liang, W.; Lotan, I.; Nair, N.; Peters, B.; Proynov, E. I.; Pieniazek, P. A.; Rhee, Y. M.; Ritchie, J.; Rosta, E.; Sherrill, C. D.; Simmonett, A. C.; Subotnik, J. E.; Woodcock, H. L.; Zhang, W.; Bell, A. T.; Chakraborty, A. K.; Chipman, D. M.; Keil, F. J.; Warshel, A.; Hehre, W. J.; Schaefer, H. F.; Kong, J.; Krylov, A. I.; Gill, P. M. W.; HeadGordon, M. Q-Chem, version 3.0; Q-Chem, Inc.: Pittsburgh, PA, 2006.
-
(2006)
Q-Chem
-
-
Shao, Y.1
Molnar, L.F.2
Jung, Y.3
Kussmann, J.4
Ochsenfeld, C.5
Brown, S.T.6
Gilbert, A.T.B.7
Slipchenko, L.V.8
Levchenko, S.V.9
O'neill, D.P.10
Distasio, R.A.11
Lochan, R.C.12
Wang, T.13
Beran, G.J.O.14
Besley, N.A.15
Herbert, J.M.16
Lin, C.Y.17
Van Voorhis, T.18
Chien, S.H.19
Sodt, A.20
Steele, R.P.21
Rassolov, V.A.22
Maslen, P.E.23
Korambath, P.P.24
Adamson, R.D.25
Austin, B.26
Baker, J.27
Byrd, E.F.C.28
Dachsel, H.29
Doerksen, R.J.30
Dreuw, A.31
Dunietz, B.D.32
Dutoi, A.D.33
Furlani, T.R.34
Gwaltney, S.R.35
Heyden, A.36
Hirata, S.37
Hsu, C.P.38
Kedziora, G.39
Khalliulin, R.Z.40
Klunzinger, P.41
Lee, A.M.42
Lee, M.S.43
Liang, W.44
Lotan, I.45
Nair, N.46
Peters, B.47
Proynov, E.I.48
Pieniazek, P.A.49
Rhee, Y.M.50
Ritchie, J.51
Rosta, E.52
Sherrill, C.D.53
Simmonett, A.C.54
Subotnik, J.E.55
Woodcock, H.L.56
Zhang, W.57
Bell, A.T.58
Chakraborty, A.K.59
Chipman, D.M.60
Keil, F.J.61
Warshel, A.62
Hehre, W.J.63
Schaefer, H.F.64
Kong, J.65
Krylov, A.I.66
Gill, P.M.W.67
Headgordon, M.68
more..
|