Counting the zinc-proteins encoded in the human genome

Journal of Proteome Research

Volumn 5, Issue 1, 2006, Pages 196-201

  Andreini, Claudia ^a   Banci, Lucia ^a,b   Bertini, Ivano ^a   Rosato, Antonio ^a  

^a UNIVERSITY OF FLORENCE   (Italy)

^b ProtEra Srl   (Italy)

Author keywords

Metalloprotease; Metalloproteins; Zinc; Zinc finger

Indexed keywords

METALLOPROTEIN; ZINC; ZINC FINGER PROTEIN;

ARTICLE; BIOINFORMATICS; DATA ANALYSIS; DATA BASE; GENE EXPRESSION REGULATION; GENE IDENTIFICATION; GENE SEQUENCE; GENETIC ANALYSIS; IN VIVO STUDY; METAL BINDING; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN BINDING; STRUCTURE ACTIVITY RELATION;

COMPUTATIONAL BIOLOGY; GENOME, HUMAN; HUMANS; METALLOPROTEINS; ZINC; ZINC FINGERS;

EID: 30744471169     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr050361j     Document Type: Article

References (39)

1. Bertini, I.; Sigel, A.; Sigel, H. Handbook on Metalloproteins; Marcel Dekker: New York, 2001; pp 1-1800.
2. Changela, A.; Chen, K.; Xue, Y.; Holshen, J.; Outten, C. E.; O'Halloran, T. V.; Mondragon, A. Science 2003, 301, 1383-1387.
3. Finney, L. A.; O'Halloran, T. V. Science 2003, 300, 931-936.
4. Bertinato, J.; L'Abbe, M. R. J. Biol. Chem. 2003, 278, 35071-35078.
5. Mathe, C.; Sagot, M. F.; Schiex, T.; Rouze, P. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 4103-4117.
6. Milanesi, L.; D'Angelo, D.; Rogozin, I. B. Bioinformatics 1999, 15, 612-621.
7. Wiehe, T.; Gebauer-Jung, S.; Mitchell-Olds, T.; Guigo, R. Genome Res. 2001, 11, 1574-1583.
8. Bertini, I.; Luchinat, C.; Provenzani, A.; Rosato, A.; Vasos, P. R. Proteins Struct. Funct. Genet. 2002, 46, 110-127.
9. Degtyarenko, K.; Contrino, S. BMC. Struct. Biol. 2004, 4, 3.
10. Andreini, C.; Bertini, I.; Rosato, A. Bioinformatics 2004, 20, 1373-1380.
11. Bertini, I.; Rosato, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 3601-3604.
12. Scott, R. A.; Shokes, J. E.; Cosper, N. J.; Jenney, F. E.; Adams, M. W. W. J. Synchrotron Rad. 2005, 12, 19-22.
13. Hogbom, M.; Ericsson, U. B.; Lam, R.; Bakali, H. M.; Kuznetsova, E.; Nordlund, P.; Zamble, D. B. Mol. Cell Proteomics 2005, 4, 827-834.
14. Shi, W.; Zhan, C.; Ignatov, A.; Manjasetty, B. A.; Marinkovic, N.; Sullivan, M.; Huang, R.; Chance, M. R. Structure (Camb.) 2005, 13, 1473-1486.
15. Gaither, L. A.; Eide, D. J. Biometals 2001, 14, 251-270.
16. Hantke, K. Biometals 2001, 14, 239-249.
17. Bateman, A.; Coin, L.; Durbin, R.; Finn, R. D.; Hollich, V.; Griffiths-Jones, S.; Khanna, A.; Marshall, M.; Moxon, S.; Sonnhammer, E. L.; Studholme, D. J.; Yeats, C.; Eddy, S. R. Nucleic Acids Res. 2004, 32 Database issue, D138-D141.
18. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucl. Acids Res. 2000, 28, 235-242.
19. Zhang, Z.; Schaffer, A. A.; Miller, W.; Madden, T. L.; Lipman, D. J.; Koonin, E. V.; Altschul, S. F. Nucl. Acids Res. 1998, 26, 3986-3990.
20. Venter, J. C.; Adams, M. D.; Myers, E. W.; Li, P. W.; Mural, R. J.; et al. Science 2001, 291, 1305-1351.
21. Lander, E. S.; Linton, L. M.; Birren, B.; Nusbaum, C.; Zody, M. C.; Baldwin, J.; Devon, K.; Dewar, K.; Doyle, M.; FitzHugh, W.; Funke, R.; Gage, D.; Harris, K.; Heaford, A.; Howland, J.; Kann, L.; Lehoczky, J.; Levine, R.; McEwan, P.; McKernan, K.; Meldrim, J.; Mesirov, J. P.; Miranda, C.; Morris, W.; Naylor, J.; Raymond, C.; Rosetti, M.; Santos, R.; Sheridan, A.; Sougnez, C.; Stange-Thomann, N.; Stojanovic, N.; Subramanian, A.; Wyman, D.; Rogers, J.; Sulston, J.; Ainscough, R.; Beck, S.; Bentley, D.; Burton, J.; Clee, C.; Carter, N.; Coulson, A.; Deadman, R.; Deloukas, P.; Dunham, A.; Dunham, I.; Durbin, R.; French, L.; Grafham, D.; Gregory, S.; Hubbard, T.; Humphray, S.; Hunt, A.; Jones, M.; Lloyd, C.; McMurray, A.; Matthews, L.; Mercer, S.; Milne, S.; Mullikin, J. C.; Mungall, A.; Plumb, R.; Ross, M.; Shownkeen, R.; Sims, S.; Waterston, R. H.; Wilson, R. K.; Hillier, L. W.; McPherson, J. D.; Marra, M. A.; Mardis, E. R.; Fulton, L. A.; Chinwalla, A. T.; Pepin, K. H.; Gish, W. R.; Chissoe, S. L.; Wendl, M. C.; Delehaunty, K. D.; Miner, T. L.; Delehaunty, A.; Kramer, J. B.; Cook, L. L.; Fulton, R. S.; Johnson, D. L.; Minx, P. J.; Clifton, S. W.; Hawkins, T.; Branscomb, E.; Predki, P.; Richardson, P.; Wenning, S.; Slezak, T.; Doggett, N.; Cheng, J. F.; Olsen, A.; Lucas, S.; Elkin, C.; Uberbacher, E.; Frazier, M.; Gibbs, R. A.; Muzny, D. M.; Scherer, S. E.; Bouck, J. B.; Sodergren, E. J.; Worley, K. C.; Rives, C. M.; Gorrell, J. H.; Metzker, M. L.; Naylor, S. L.; Kucherlapati, R. S.; Nelson, D. L.; Weinstock, G. M.; Sakaki, Y.; Fujiyama, A.; Hattori, M.; Yada, T.; Toyoda, A.; Itoh, T.; Kawagoe, C.; Watanabe, H.; Totoki, Y.; Taylor, T.; Weissenbach, J.; Heilig, R.; Saurin, W.; Artiguenave, F.; Brottier, P.; Bruls, T.; Pelletier, E.; Robert, C.; Wincker, P.; Smith, D. R.; Doucette-Stamm, L.; Rubenfield, M.; Weinstock, K.; Lee, H. M.; Dubois, J.; Rosenthal, A.; Platzer, M.; Nyakatura, G.; Taudien, S.; Rump, A.; Yang, H.; Yu, J.; Wang, J.; Huang, G.; Gu, J.; Hood, L.; Rowen, L.; Madan, A.; Qin, S.; Davis, R. W.; Federspiel, N. A.; Abola, A. P.; Proctor, M. J.; Myers, R. M.; Schmutz, J.; Dickson, M.; Grimwood, J.; Cox, D. R.; Olson, M. V.; Kaul, R.; Shimizu, N.; Kawasaki, K.; Minoshima, S.; Evans, G. A.; Athanasiou, M.; Schultz, R.; Roe, B. A.; Chen, F.; Pan, H.; Ramser, J.; Lehrach, H.; Reinhardt, R.; McCombie, W. R.; de la Bastide, M.; Dedhia, N.; Blocker, H.; Hornischer, K.; Nordsiek, G.; Agarwala, R.; Aravind, L.; Bailey, J. A.; Bateman, A.; Batzoglou, S.; Birney, E.; Bork, P.; Brown, D. G.; Burge, C. B.; Cerutti, L.; Chen, H. C.; Church, D.; Clamp, M.; Copley, R. R.; Doerks, T.; Eddy, S. R.; Eichler, E. E.; Furey, T. S.; Galagan, J.; Gilbert, J. G.; Harmon, C.; Hayashizaki, Y.; Haussler, D.; Hermjakob, H.; Hokamp, K.; Jang, W.; Johnson, L. S.; Jones, T. A.; Kasif, S.; Kaspryzk, A.; Kennedy, S.; Kent, W. J.; Kitts, P.; Koonin, E. V.; Korf, I.; Kulp, D.; Lancet, D.; Lowe, T. M.; McLysaght, A.; Mikkelsen, T.; Moran, J. V.; Mulder, N.; Pollara, V. J.; Ponting, C. P.; Schuler, G.; Schultz, J.; Slater, G.; Smit, A. F.; Stupka, E.; Szustakowski, J.; Thierry-Mieg, D.; Thierry-Mieg, J.; Wagner, L.; Wallis, J.; Wheeler, R.; Williams, A.; Wolf, Y. I.; Wolfe, K. H.; Yang, S. P.; Yeh, R. F.; Collins, F.; Guyer, M. S.; Peterson, J.; Felsenfeld, A.; Wetterstrand, K. A.; Patrinos, A.; Morgan, M. J.; Szustakowki, J.; de Jong, P.; Catanese, J. J.; Osoegawa, K.; Shizuya, H.; Choi, S.; Chen, Y. J. Nature 2001, 409, 860-921.
22. Eddy, S. R. Bioinformatics 1998, 14, 755-763.
23. Altschul, S. F.; Madden, T. L.; Schaeffer, A.; Zhang, J.; Zhang, Z.; Miller, W.; Lipman, D. J. Nucl. Acids Res. 1997, 25, 3389-3402.
24. Ashburner, M.; Ball, C. A.; Blake, J. A.; Botstein, D.; Butler, H.; Cherry, J. M.; Davis, A. P.; Dolinski, K.; Dwight, S. S.; Eppig, J. T.; Harris, M. A.; Hill, D. P.; Issel-Tarver, L.; Kasarskis, A.; Lewis, S.; Matese, J. C.; Richardson, J. E.; Ringwald, M.; Rubin, G. M.; Sherlock, G. Nat. Genet. 2000, 25, 25-29.
25. Pruitt, K. D.; Maglott, D. R. Nucl. Acids Res. 2001, 29, 137-140.
26. Andreini, C.; Banci, L.; Bertini, I.; Elmi, S.; Rosato, A. J. Proteome Res. 2005, 4, 881-888.
27. Swingle, M. R.; Honkanen, R. E.; Ciszak, E. M. J. Biol. Chem. 2004, 279, 33992-33999.
28. Ullrich, V.; Namgaladze, D.; Frein, D. Toxicol. Lett. 2003, 139, 107-110.
29. Namgaladze, D.; Hofer, H. W.; Ullrich, V. J. Biol. Chem. 2002, 277, 5962-5969.
30. Hofmann, I.; Mucke, N.; Reed, J.; Herrmann, H.; Langowski, J. Ear. J. Biochem. 2000, 267, 4381-4389.
31. Lee, M. S.; Gippert, G. P.; Soman, K. V.; Case, D. A.; Wright, P. E. Science 1989, 245, 635-637.
32. Coleman, J. E. Curr. Opin. Chem. Biol. 1998, 2, 222-234.
33. Nanao, M. H.; Zhou, W.; Pfaffinger, P. J.; Choe, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003, 100, 8670-8675.
34. Bixby, K. A.; Nanao, M. H.; Shen, N. V.; Kreusch, A.; Bellamy, H.; Pfaffinger, P. J.; Choe, S. Nat. Struct. Biol. 1999, 6, 38-43.
35. Krishna, S. S.; Majumdar, A.; Grishin, N. V. Nucl. Acid Res. 2003, 31, 532-550.
36. Tupler, R.; Perini, G.; Green, M. R. Nature 2001, 409, 832-833.
37. Banci, L.; Rosato, A. Acc. Chem. Res. 2003, 36, 215-221.
38. Outten, C. E.; O'Halloran, T. V. Science 2001, 292, 2488-2492.
39. Schmidt, M.; Meier, B.; Parak, F. J. Biol. Inorg. Chem. 1996, 1, 532-531.