Recent developments in proteome informatics for mass spectrometry analysis

Combinatorial Chemistry and High Throughput Screening

Volumn 12, Issue 2, 2009, Pages 194-202

  Wright, James C ^a,b   Hubbard, Simon J ^b  

^a UNIVERSITY OF LIVERPOOL   (United Kingdom)

^b UNIVERSITY OF MANCHESTER   (United Kingdom)

Author keywords

Bioinformatics; Data standards; Mass spectrometry; Miss cleavages; Protein databases; Protein identification; Protein quantification; Proteomics; Proteotypic peptides

Indexed keywords

PEPTIDE DERIVATIVE; PEPTIDE LIBRARY; PROTEOME; PEPTIDE FRAGMENT; PROTEIN;

ANALYTIC METHOD; BIOINFORMATICS; HUMAN; MASS SPECTROMETER; MASS SPECTROMETRY; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN CLEAVAGE; PROTEIN MICROARRAY; PROTEOMICS; QUANTITATIVE ANALYSIS; REVIEW; TRANSCRIPTOMICS; BIOLOGY; CHEMISTRY; COMPUTER PROGRAM; HYDROLYSIS; METHODOLOGY; PROTEIN DATABASE;

COMPUTATIONAL BIOLOGY; DATABASES, PROTEIN; HYDROLYSIS; MASS SPECTROMETRY; PEPTIDE FRAGMENTS; PROTEINS; PROTEOMICS; SOFTWARE;

EID: 64549113465     PISSN: 13862073     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/138620709787315508     Document Type: Review

References (98)

1. Sommerer, N.; Centeno, D.; Rossignol, M. Methods Mol. Biol., 2007, 355, 219-234.
2. Thiede, B.; Hohenwarter, W.; Krah, A.; Mattow, J.; Schmid, M.; Schmidt, F.; Jungblut, P. R. Methods, 2005, 35, 237-247.
3. Peng, J.; Gygi, S. P. J. Mass Spectrom., 2001, 36, 1083-1091.
4. Arrigoni, G.; Fernandez, C.; Holm, C.; Scigelova, M.; James, P. J. Proteome Res., 2006, 5, 2294-2300.
5. Nesvizhskii, A I.; Aebersold, R. Mol. Cell. Proteomics, 2005, 4, 1419-1440.
6. Savitski, M. M.; Nielsen, M. L.; Kjeldsen, F.; Zubarev, R. A. J. Proteome Res., 2005, 4, 2348-2354.
7. Kislinger, T.; Emili, A. Expert Rev. Proteomics, 2005, 2, 27-39.
8. Cryan, L. M.; O'Donoghue, N. Proteomics, 2006, 6, 5894-5897.
9. Palcy, S.; Chevet, E. Proteomics, 2006, 6, 5467-5480.
10. Morelle, W.; Canis, K.; Chirat, F.; Faid, V.; Michalski, J. C. Proteomics, 2006, 6, 3993-4015.
11. Reinders, J.; Sickmann, A. Proteomics, 2005, 5, 4052-4061.
12. Julka, S.; Regnier, F. J. Proteome Res., 2004, 3, 350-363.
13. Ivakhno, S.; Kornelyuk, A. Biochemistry, 2006, 71, 1060-1072.
14. Yan, W.; Chen, S. S. Brief Funct. Genomic Proteomic, 2005, 4, 27-38.
15. Tay, T. L.; Lin, Q.; Seow, T. K.; Tan, K, H.; Hew, C. L.; Gong, Z. Proteomics, 2006, 6, 3176-3188.
16. Downard, K. M. Proteomics, 2006, 6, 5374-5384.
17. Kremer, A.; Schneider, R.; Terstappen, G. C. Biosci. Rep., 2005, 25, 95-106.
18. Palagi, P. M.; Hernandez, P.; Walther, D.; Appel, R. D. Proteomics, 2006, 6, 5435-5444.
19. Lisacek, F.; Cohen-Boulakia, S.; Appel, R. D. Proteomics, 2006, 6, 5445-5466.
20. Dworzanski, J. P.; Deshpande, S. V.; Chen, R.; Jabbour, R. E.; Snyder, A. P.; Wick, C. H,; Li, L. J. Proteome Res., 2006, 5, 76-87.
21. Biron, D. G.; Brun, C.; Lefevre, T.; Lebarbenchon, C.; Loxdale, H. D.; Chevenet, F.; Brizard, J. P.; Thomas, F. Proteomics, 2006, 6, 5577-5596.
22. Haoudi, A.; Bensmail, H. Expert Rev. Proteomics, 2006, 3, 333-343.
23. Domon, B.; Aebersold, R. Mol. Cell Proteomics, 2006, 5, 1921-1926.
24. Domon, B.; Aebersold, R. Science, 2006, 312, 212-217.
25. Gygi, S. P.; Aebersold, R. Curr. Opin. Chem. Biol., 2000, 4, 489-494.
26. Barrett, J.; Brophy, P. M.; Hamilton, J. V. Int. J. Parasitol., 2005, 35, 543-553.
27. Chatterjee, D. K.; LaBaer, J. Curr. Opin. Biotech., 2006, 17, 334-336.
28. Topaloglou, T. Drug Discov. Today, 2006, 11, 509-516.
29. Smith, J. C.; Figeys, D. Mol. Biosyst., 2006, 2, 364-370.
30. Chen, S.; Harmon, A. C. Proteomics, 2006, 6, 5504-5516.
31. Formanek, R. Jr. FDA Consum., 2005, 39, 18-27.
32. Kuster, B.; Schirle, M.; Mallick, P.; Aebersold, R. Nat. Rev. Mol. Cell. Biol., 2005, 6, 577-583.
33. Craig, R.; Cortens, J. P.; Beavis, R. C. Rapid Commun. Mass Spec- trom., 2005, 19, 1844-1850.
34. Mallick, P.; Schirle, M.; Chen, S. S.; Flory, M. R.; Lee, H.; Martin, D.; Ranish, J.; Raught, B.; Schmitt, R.; Werner, T.; Kuster, B.; Ae- bersold, R. Nat. Biotechnol., 2007, 25, 125-131.
35. Pratt, J. M.; Simpson, D. M.; Doherty, M. K.; Rivers, J.; Gaskell, S. J.; Beynon, R. J. Nat. Protoc., 2006, 1, 1029-1043.
36. Desiere, F.; Deutsch, E. W.; King, N. L.; Nesvizhskii, A. I.; Mal- lick, P.; Eng, J.; Chen, S.; Eddes, J.; Loevenich, S. N.; Aebersold, R. Nucleic Acids Res., 2006, 34, D655-658.
37. Craig, R.; Beavis, R. C. Bioinformatics, 2004, 20, 1466-1467.
38. Craig, R.; Cortens, J. P.; Beavis, R. C. J. Proteome Res., 2004, 3, 1234-1242.
39. Habermann, B.; Oegema, J.; Sunyaev, S.; Shevchenko, A. Mol. Cell. Proteomics, 2004, 3, 238-249.
40. Monigatti, F.; Berndt, P. J. Am. Soc. Mass Spectrom., 2005, 16, 13-21.
41. Hubbard, S. J. Biochim. Biophys. Acta, 1998, 1382, 191-206.
42. Olsen, J. V.; Ong, S. E.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics, 2004, 3, 608-614.
43. Thiede, B.; Lamer, S.; Mattow, J.; Siejak, F.; Dimmler, C.; Rudel, T.; Jungblut, P. R. Rapid Commun. Mass Spectrom., 2000, 14, 496-502.
44. Keil, B. Specificity of Proteolysis; Springer-Verlag: New York, 1992.
45. Siepen, J. A.; Keevil, E. J.; Knight, D.; Hubbard, S. J. J. Proteome Res., 2007, 6, 399-408.
46. Pappin, D. J.; Hojrup, P.; Bleasby, A. J. Curr. Biol., 1993, 3, 327-332.
47. Link, A. J.; Eng, J.; Schieltz, D. M.; Carmack, E.; Mize, G. J.; Morris, D. R.; Garvik, B. M.; Yates, J. R. Nat. Biotechnol., 1999, 17, 676-682.
48. Colinge, J.; Masselot, A.; Giron, M.; Dessingy, T.; Magnin, J. Proteomics, 2003, 3, 1454-1463.
49. Zhang, W.; Chait, B. T. Anal. Chem., 2000, 72, 2482-2489.
50. Hernandez, P.; Muller, M.; Appel, R. D. Mass Spectrom. Rev., 2006, 25, 235-254.
51. Chalkley, R. J.; Hansen, K. C.; Baldwin, M. A. Methods Enzymol., 2005, 402, 289-312.
52. Shadforth, I.; Crowther, D.; Bessant, C. Proteomics., 2005, 5, 4082-95.
53. Siuzdak, G.; Lewis, J. K. Biotechnol. Bioeng., 1998, 61, 127-134.
54. Harrison, A. G.; Csizmadia, I. G.; Tang, T. H. J. Am. Soc. Mass Spectrom., 2000, 11, 427-36.
55. Wysocki, V. H.; Resing, K. A.; Zhang, Q.; Cheng, G. Methods., 2005, 35, 211-22.
56. Craig, R.; Cortens, J. C.; Fenyo, D.; Beavis, R. C. J. Proteome Res., 2006, 5, 1843-1849.
57. Frewen, B. E.; Merrihew, G. E.; Wu, C. C.; Noble, W. S.; Mac- Coss, M. J. Anal. Chem., 2006, 78, 5678-5684.
58. Lam, H.; Deutsch, E. W.; Eddes, J. S.; Eng, J. K.; King, N.; Stein, S. E.; Aebersold, R. Proteomics, 2007, 7, 655-667.
59. Keller, A.; Eng, J.; Zhang, N.; Li, X. J.; Aebersold, R. Mol. Syst. Biol., 2005, 1, 0017
60. Song, Z.; Chen, L.; Ganapathy, A.; Wan, X. F.; Brechenmacher, L.; Tao, N.; Emerich, D.; Stacey, G.; Xu, D. Electrophoresis, 2007, 28, 864-870.
61. Tabb, D. L.; Fernando, C. G.; Chambers, M. C. J. Proteome Res., 2007, 6, 654-661.
62. Florens, L.; Washburn, M. P. Methods Mol. Biol., 2006, 328, 159-175.
63. Elias, J. E.; Gygi, S. P. Nat. Methods, 2007, 4, 207-214.
64. Xue, X.; Wu, S.; Wang, Z.; Zhu, Y.; He, F. Proteomics, 2006, 6, 6134-6145.
65. Shadforth, I.; Dunkley, T.; Lilley, K.; Crowther, D.; Bessant, C. Rapid Commun. Mass Spectrom., 2005, 19, 3363-3368.
66. Peng, J.; Elias, J. E.; Thoreen, C. C.; Licklider, L. J.; Gygi, S. P. J. Proteome Res., 2003, 2, 43-50.
67. Chepanoske, C. L.; Richardson, B. E.; von Rechenberg, M.; Peltier, J. M. Rapid Commun. Mass Spectrom., 2005, 19, 9-14.
68. Shadforth, I.; Xu, W.; Crowther, D.; Bessant, C. J. Proteome Res., 2006, 5, 2849-2852.
69. Nesvizhskii, A. I.; Keller, A.; Kolker, E.; Aebersold, R. Anal. Chem., 2003, 75, 4646-4658.
70. Keller, A.; Nesvizhskii, A. I.; Kolker, E.; Aebersold, R. Anal. Chem., 2002, 74, 5383-5392.
71. Stead, D. A.; Preece, A.; Brown, A. J. Mol. Cell. Proteomics, 2006, 5, 1205-1211.
72. Russeth, K. P.; Higgins, L.; Andrews, M. T. J. Proteome Res., 2006, 5, 829-839.
73. Ostrowski, M.; Fegatella, F.; Wasinger, V.; Guilhaus, M.; Corthals, G. L.; Cavicchioli, R. Proteomics, 2004, 4, 1779-1788.
74. Geer, L. Y.; Markey, S. P.; Kowalak, J. A.; Wagner, L.; Xu, M.; Maynard, D. M.; Yang, X.; Shi, W.; Bryant, S. H. J. Proteome Res., 2004, 3, 958-964.
75. Wilkins, M. R.; Gasteiger, E.; Bairoch, A.; Sanchez, J. C.; Wil- liams, K. L.; Appel, R. D.; Hochstrasser, D. F. Methods Mol. Biol., 1999, 112, 531-552.
76. Qin, J.; Fenyo, D.; Zhao, Y.; Hall, W. W.; Chao, D. M.; Wilson, C. J.; Young, R. A.; Chait, B. T. Anal. Chem., 1997, 69, 3995-4001.
77. Chalkley, R. J.; Baker, P. R.; Huang, L.; Hansen, K. C.; Allen, N. P.; Rexach, M.; Burlingame, A. L. Mol. Cell. Proteomics, 2005, 4, 1194-1204.
78. Shiio, Y.; Aebersold, R. Nat. Protoc., 2006, 1, 139-145.
79. Wiese, S.; Reidegeld, K. A.; Meyer, H. E.; Warscheid, B. Proteomics, 2007, 7, 1004.
80. Ong, S. E.; Mann, M. Nat. Protoc., 2006, 1, 2650-2660.
81. Snijders, A. P.; de Koning, B.; Wright, P. C. J. Proteome Res., 2007, 6, 97-104.
82. Kirkpatrick, D. S.; Gerber, S. A.; Gygi, S. P. Methods, 2005, 35, 265-273.
83. Shadforth, I. P.; Dunkley, T. P.; Lilley, K. S.; Bessant, C. BMC Genomics., 2005, 6, 145.
84. Lin, W. T.; Hung, W. N.; Yian, Y. H.; Wu, K, P.; Han, C. L.; Chen, Y. R.; Chen, Y. J.; Sung, T. Y.; Hsu, W. L. J. Proteome Res., 2006, 5, 2328-38.
85. Schulze, W. X.; Mann, M. J. Biol. Chem., 2004, 279, 10756-64.
86. Marzolf, B.; Deutsch, E. W.; Moss, P.; Campbell, D.; Johnson, M. H.; Galitski, T. BMC Bioinformatics, 2006, 7, 286.
87. Garwood, K.; McLaughlin, T.; Garwood, C.; Joens, S.; Morrison, N.; Taylor, C. F.; Carroll, K.; Evans, C.; Whetton, A. D.; Hart, S.; Stead, D.; Yin, Z.; Brown, A. J.; Hesketh, A.; Chater, K.; Hansson, L.; Meweissen, M.; Ghazal, P.; Howard, J.; Lilley, J. S.; Gaskell, S. J.; Brass, A.; Hubbard, S. J.; Oliver, S. G.; Paton, N. W. BMC Genomics, 2004, 5, 68.
88. McLaughlin, T.; Siepen, J. A.; Selley, J.; Lynch, J. A.; Lau, K. W.; Yin, H.; Gaskell, S. J.; Hubbard, S. J. Nucleic Acids Res., 2006, 34, D649-654.
89. Jones, P.; Cote, R. G.; Martens, L.; Quinn, A. F.; Taylor, C. F.; Derache, W.; Hermjakob, H.; Apweiler, R. Nucleic Acids Res., 2006, 34, D659-663.
90. Hanash, S. Drug Discov. Today, 2002, 7, 797-801.
91. Prince, J. T.; Carlson, M. W.; Wang, R.; Lu, P.; Marcotte, E. M. Nat. Biotechnol., 2004, 22, 471-2.
92. Hermjakob, H. Proteomics, 2006, 6, 34-38.
93. Lin, S. M.; Zhu, L.; Winter, A. Q.; Sasinowski, M.; Kibbe, W. A.; Expert Rev. Proteomics, 2005, 2, 839-845.
94. Orchard, S.; Taylor, C.; Hermjakob, H.; Zhu, W.; Julian, R.; Ap- weiler, R. Expert Rev. Proteomics, 2004, 1, 179-183.
95. Bradshaw, R. A. Mol. Cell. Proteomics, 2005, 4, 1223-1225.
96. Bradshaw, R. A.; Burlingame, A. L.; Carr, S.; Aebersold, R. Mol. Cell. Proteomics, 2006, 5, 787-788.
97. Taylor, C. F. Proteomics, 2006, 6, 39-44.
98. Burgoon, L. D. Nat. Biotechnol., 2006, 24, 1369-1373.