Mass spectrometry-based proteomics combined with bioinformatic tools for bacterial classification

Journal of Proteome Research

Volumn 5, Issue 1, 2006, Pages 76-87

  Dworzanski, Jacek P ^a   Deshpande, Samir V ^b   Chen, Rui ^c   Jabbour, Rabih E ^a   Snyder, A Peter ^d   Wick, Charles H ^d   Li, Liang ^c  

^a SCIENCE APPLICATIONS INTERNATIONAL CORPORATION   (United States)

^b SCIENCE AND TECHNOLOGY CORPORATION   (United States)

^c UNIVERSITY OF ALBERTA   (Canada)

^d EDGEWOOD CHEMICAL BIOLOGICAL CENTER   (United States)

Author keywords

Bioinformatics; Classification of bacteria; LC MS MS; Proteomics; Tandem mass spectrometry

Indexed keywords

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; BACTERIAL GENOME; BACTERIUM; BACTERIUM IDENTIFICATION; BIOINFORMATICS; CLASSIFICATION; DATA BASE; ELECTROSPRAY MASS SPECTROMETRY; GENE SEQUENCE; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; NONHUMAN; PHYLOGENY; PRIORITY JOURNAL; PROTEOMICS; PUBLIC HEALTH;

AMINO ACID SEQUENCE; BACTERIA; BACTERIAL PROTEINS; COMPUTATIONAL BIOLOGY; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PEPTIDE FRAGMENTS; PEPTIDE MAPPING; PHYLOGENY; PROTEOME; PROTEOMICS;

BACTERIA (MICROORGANISMS);

EID: 30844473529     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr050294t     Document Type: Article

References (31)

1. Rotz, L. D.; Khan, A. S.; Lillibridge, S. R.; Ostroff, S. M.; Hughes, J. M. Emerg. Infect. Dis. 2002, 8, 225-230.
2. Rossello-Mora, R.; Amann, R. FEMS Microbiol. Rev. 2001, 25, 39-67.
3. Pershing, D. H.; Tenover, F. C.; Versalovic, J.; Tang, Y.-W.; Unger, E. R.; Relman, D. A.; White, T. J. Molecular Microbiology: Diagnostic Principles and Practice, American Society for Microbiology, Washington, D. C., 2003.
4. Woese, C. R.; Stackebrandt, E.; Macke, T. J.; Fox, G. E. Syst. Appl. Microbiol. 1985, 6, 143-151.
5. Maiden, M. C. J.; Bygraves, J. A.; Feil, E.; Morelli, G.; Russell, J. E.; Urwin, R.; Zhang, Q.; Zhou, J.; Zurth, K.; Caugant, D. A.; Feavers, I. M.; Achtman, M.; Spratt, B. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 3140-3145.
6. Selander, R. K.; Caugant, D. A.; Ochman, H.; Musset, J. M.; Gilmour, M. N.; Whittam, T. S. Appl. Environ. Microbiol. 1986, 51, 873-84.
7. Scortichini, M.; Natalini, E.; Angelucci, L. Microbiology 2003, 149, 2891-2900.
8. Helgason, E.; Økstad, O. A.; Caugant, D. A.; Johansen, H. A.; Fouet, A.; Mock, M.; Hegna, I.; Kolstø, A-B. Appl. Environ. Microbiol. 2000, 66, 2627-2630.
9. Chen, W.; Laidig, K. E.; Park, Y.; Park, K.; Yates, J. R., III2E; Lamont, R. J.; Hackett, M. Analyst 2001, 126, 52-57.
10. Harris, W. A.; Reilly, J. P. Anal. Chem. 2002, 74, 4410-4416.
11. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R., III. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242-247.
12. Wolters, D. A.; Washburn, M. P.; Yates, J. R., 3rd. Anal. Chem. 2001, 73, 5683-5690.
13. Yao, Z.-P.; Alfonso, C.; Fenselau, C. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2002, 16, 1953-1956.
14. Warscheid, B.; Fenselau, C. Anal. Chem. 2003, 75, 5618-5627.
15. Warscheid, B.; Fenselau, C. Proteomics 2004, 4, 2877-2892.
16. Pribil, P. A.; Patton, E.; Black, G.; Doroshenko, V.; Fenselau, C. J. Mass Spectrom. 2005, 40, 464-474.
17. Hu, A.; Tsai, P.-J.; Ho, Y.-P. Anal. Chem. 2005, 77, 1488-1495.
18. VerBerkmoes, N. C.; Hervey, W. J.; Shah, M.; Land, M.; Hauser, L.; Larimer, F. W.; Van Berkel, G. J.; Goeringer, D. E. Anal. Chem. 2005, 77, 923-932.
19. Dworzanski, J. P.; Snyder, A. P.; Chen, R.; Zhang, H.; Wishart, D.; Li, L. Anal. Chem. 2004, 76, 2355-2366.
20. Altschul, S. F.; Madden, T. L.; Schäffer, A. Á.; Zhang, J.; Zhang, Z.; Miller, W.; Lipman, D. J. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 3389-3402.
21. Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Yates, J. R. 3rd. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976-989.
22. Keller, A.; Nesvizhskii, A. I.; Kolker, I.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2002, 74, 5383-5392.
23. Wheeler D. L.; Chappey, C.; Lash, A. E.; Leipe, D. D.; Madden, T. L.; Schuler, G. D.; Tatusova, T. A.; Rapp, B. A. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 10-14.
24. Everitt, B. S. Cluster Analysis, 3rd ed.; Edward Arnold: London, 1993.
25. Ivanova, N.; Sorokin, A.; Anderson, I.; Galleron, N.; Candelon, B.; Kapatral, V.; Bhattacharyya, A.; Reznik, G.; Mikhailova, N.; Lapidus, A.; Chu, L.; Mazur, M.; Goltsman, E.; Larsen, N.; D'Souza, M.; Walunas, T.; Grechkin, Y.; Pusch, G.; Haselkorn, R.; Fonstein, M.; Ehrlich, D. S. D.; Overbeek, R.; Kyrpides, N. Nature 2003, 423, 87-91.
26. Blattner, F. R.; Plunkett, G., 3rd.; Bloch, C. A.; Perna, N. T.; Burland, V.; Riley, M.; Collado-Vides, J.; Glasner, J. D.; Rode, C. K.; Mayhew, G. F.; Gregor, J.; Davis, N. W.; Kirkpatrick, H. A.; Goeden, M. A.; Rose, D. J.; Mau, B.; Shao, Y. Science 1997, 277, 1453-1462.
27. Jin, Q.; Yuan, Z.; Xu, J.; Wang, Y.; Shen, Y.; Lu, W.; Wang, J.; Liu, H.; Yang, J.; Yang, F.; Zhang, X.; Zhang, J.; Yang, G.; Wu, H.; Qu, D.; Dong, J.; Sun, L.; Xue, Y.; Zhao, A.; Gao, Y.; Zhu, J.; Kan, B.; Ding, K.; Chen, S.; Cheng, H.; Yao, Z.; He, B.; Chen, R.; Ma, D.; Qiang, B.; Wen, Y.; Hou, Y.; Yu, J. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 4432-4441.
28. Wei, J.; Goldberg, M. B.; Burland, V.; Venkatesan, M. M.; Deng, W.; Fournier, G.; Mayhew, G. F.; Plunkett, G., III.; Rose, D. J.; Darling, A.; Mau, B.; Perna, N. T.; Payne, S. M.; Runyen-Janecky, L. J.; Zhou, S.; Schwartz, D. C.; Blattner, F. R. Infect. Immun. 2003, 71, 2775-86.
29. Hengge-Aronis, R. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2002, 66, 373-395.
30. Welch, R. A.; Burland, V.; Plunkett, G., 3rd; Redford, P.; Roesch, P.; Rasko, D.; Buckles, E. L.; Liou, S. R.; Boutin, A.; Hackett, J.; Stroud, D.; Mayhew, G. F.; Rose, D. J.; Zhou, S.; Schwartz, D. C.; Perna, N. T.; Mobley, H. L.; Donnenberg, M. S.; Blattner, F. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 17020-17024.
31. Fukiya, S.; Mizoguchi, H.; Tobe, T.; Mori, H. J. Bacteriol. 2004, 186, 3911-3921.