Quantification in proteomics through stable isotope coding: A review

Journal of Proteome Research

Volumn 3, Issue 3, 2004, Pages 350-363

  Julka, Samir ^a   Regnier, Fred ^a  

^a PURDUE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

Absolute quantification; Expression; Post translational modifications; Protein:protein interactions; Quantification; Single amino acid polymorphism

Indexed keywords

AMINO ACID SUBSTITUTION; CODING; DERIVATIZATION; GLYCOSYLATION; ISOTOPE LABELING; PEPTIDE ANALYSIS; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN EXPRESSION; PROTEIN POLYMORPHISM; PROTEIN PROCESSING; PROTEIN PROTEIN INTERACTION; PROTEOMICS; QUANTITATIVE ASSAY; REVIEW; STIMULUS RESPONSE; TECHNIQUE;

ISOTOPES; PHOSPHORYLATION; PROTEIN PROCESSING, POST-TRANSLATIONAL; PROTEOMICS; SOFTWARE;

EID: 3543121341     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr0340734     Document Type: Review

References (160)

1. Cho, A. K.; Lindeke, B.; Hodshon, B. J.; Jenden, D. J. Anal. Chem. 1973, 45, 570-574.
2. Horning, M. G.; Stillwell, W. G.; Nowlin, J.; Leltratanangkoon, K.; Carroll, D.; Dzidic, I.; Stillwell, R. N.; Horning, E. C.; Hill, R. M. J. Chromatogr. 1974, 91, 413-423.
3. Cowen, A. E.; Hofmann, A. F.; Hachey, D. L.; Thomas, P. J.; Belobaba, D. T.; Klein, P. D.; Tokes, L. J. Lipid Res. 1976, 17, 231-238.
4. Heck, H.; Buttrill, S. E., Jr.; Flynn, N. W.; Dyer, R. L.; Anbar, M.; Cairns, T.; Dighe, S.; Cabana, B. E. J. Pharmacokinet. Biopharm. 1979, 7, 233-248.
5. Schena, M.; Shalon, D.; Davis, R. W.; Brown, P. O. Science 1995, 270, 467-470.
6. Lashkari, D. A.; DeRisi, J. L.; McCusker, J. H.; Namath, A. F.; Gentile, C.; Hwang, S. Y.; Brown, P. O.; Davis, R. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 13057-13062.
7. DeRisi, J. L.; Iyer, V. R.; Brown, P. O. Science 1997, 270, 680-686.
8. Pratt, J. M.; Petty, J.; Garcia-Riba, I.; Robertson, D. H. L.; Gaskell, S. J.; Oliver, S. G.; Beynon, R. J. Mol. Cell Proteomics 2002, 1, 579-591.
9. Filer, C. N. J. Labeled Compd. Radiopharm. 1999, 42, 169-197.
10. Zhang, R.; Sioma, C.; Wang, S.; Regnier, F. E. Anal. Chem. 2001, 73, 5142-5149.
11. Zhang, R.; Sioma, C.; Thompson, R. A.; Xiong, L.; Regnier, F. E. Anal. Chem. 2002, 74, 3662-3669.
12. Conrads, T. P.; Alving, K.; Veenstra, T. D.; Belov, M. E.; Anderson, G. A.; Anderson, D. J.; Lipton, M. S.; Pasa-Tolic, L.; Udseth, H. R.; Chrisler, W. B.; Thrall, B. D.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2001, 73, 2132-2139.
13. Zhang, R.; Regnier, F. E. J. Proteome. Res. 2002, 1, 139-147.
14. Xiong, L.; Zhang, R.; Regnier, F. E., in preparation.
15. Niwayama, S.; Kurono, S.; Matsumoto, H. Bioorg. Med. Chem Lett. 2003, 13, 2913-2916.
16. Oda, Y.; Owa, T.; Sato, T.; Boucher, B.; Daniels, S.; Yamanaka, H.; Shinohara, Y.; Yokoi, A.; Kuromitsu, J.; Nagasu, T. Anal. Chem. 2003, 75, 2159-2165.
17. Kuyama, H.; Watanabe, M.; Toda, C.; Ando, E.; Tanaka, K.; Nishimura, O. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2003, 17, 1642-1650.
18. Julka, S.; Regnier, F. E., in preparation.
19. Ong, S. E.; Kratchmarova, I.; Mann, M. J. Proteome. Res. 2003, 2, 173-181.
20. Wierenga, S. K.; Zocher, M. J.; Mirus, M. M.; Conrads, T. P.; Goshe, M. B.; Veenstra, T. D. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2002, 16, 1404-1408.
21. Berger, S. J.; Lee, S. W.; Anderson, G. A.; Tolic, L. P.; Tolic, N.; Shen, Y.; Zhao, R.; Smith, R.D. Anal Chem. 2002, 74, 4994-5000.
22. Reynolds, K. J.; Yao, X.; Fenselau, C. J. Proteome. Res. 2002, 1, 27-33.
23. Thompson, A.; Schaefer, J.; Kuhn, K.; Kiene, S.; Schwarz, J.; Schmidt, G.; Johnstone, R.; Neumann, T.; Hamon, C. Anal. Chem. 2003, 75, 1895-1904.
24. Olsen, J. V.; Andersen, J. S.; Ong, S.-E.; Mann, M. In Abstracts of the 51st Conference in Mass Spectrometry and Allied Topics, 2003.
25. Wang, S.; Zhang, X.; Regnier, F. E. J. Chromatogr. A 2002, 949, 153-162.
26. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. B.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994-999.
27. Aeberosld, R.; Gygi, S. P.; Griffin, T. J.; Han, D. K. M.; Yelle, M. J. Am. Genom./Proteom. Tech. 2001, 1, 26-27.
28. Washburn, M. P.; Ulaszek, R.; Deciu, C.; Schieltz, D. M.; Yates, J. R., III. Anal. Chem. 2002, 74, 1650-1657.
29. Oda, Y.; Huang, K.; Cross, F. R.; Cowburn, B.; Chait, B. T. Proc. Acad. Nat. Acad. U.S.A. 1999, 96, 6591-6596.
30. Pasa-Tolic, L.; Jensen, P. K.; Anderson, G. A.; Lipton, M. S.; Peden, K. K.; Martinovic, S.; Tolic, N.; Bruce, J. E.; Smith, R. D. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 7949-7950.
31. Smith, R. D.; Anderson, G. A.; Lipton, M. S.; Tolic, L.P.; Shen, Y.; Conrads, T.P.; Veenstra, T. D.; Udseth, H. R. Proteomics 2002, 2, 513-523.
32. Lahm, H. W.; Langen, H. Electrophoresis 2000, 21, 2105-2114.
33. Krijgsveld, J.; Ketting, R. E.; Mahmoudi, T.; Johansen, J.; Sanz, M. A.; Verrijzer, C. P.; Plasterk, R. H. A.; Heck, A. J. R. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 927-931.
34. Wu, C. C.; MacCoss, M. J.; Howell, K. E.; Matthews, D. E.; Yates, J. R. In Abstracts of the 51st Conference in Mass Spectrometry and Allied Topics, 2003.
35. Jiang, H.; English, A. M. J. Proteome Res. 2002, 1, 345-350.
36. Chakroborty, A.; Regnier, F. E. J. Chromatogr. A 2002, 949, 173-184.
37. Wang, S.; Regnier, F. E. J Chromatogr. A 2001, 924, 345-357.
38. Regnier, F. E.; Riggs, L.; Zhang, R.; Li, X.; Liu, P.; Chakraborty, A.; Seeley, E.; Sioma, C.; Thompson, R. A. J. Mass Spectrom. 2002, 37, 133-145.
39. Ji, J.; Chakraborty, A.; Geng, M.; Zhang, X.; Amini, A.; Bina, M.; Regnier, F. E. J. Chromatogr. B 2000, 745, 197-210.
40. Munchbach, M.; Quadroni, M.; Miotto, G.; James, P. Anal. Chem. 2000, 72, 4047-4057.
41. Valentine, S. J.; Kulchania, M.; Srebalus Barnes, C. A.; Clemmer, D. E. Int. J. Mass Spectrom. 2001, 212, 97-109.
42. Srebalus Barnes, C. A.; Hilderbrand, A. E.; Valentine, S. J.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 2002, 74, 26-36.
43. Lee, Y. J.; Hoaglund-Hyzer, C. S.; Srebalus Barnes, C. A.; Hilderbrand, A. E.; Valentine, S. J.; Clemmer, D. E. J. Chromatogr. B 2002, 702, 343-351.
44. Hoaglund-Hyzer, C. S.; Lee, Y. J.; Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 2002, 74, 992-1006.
45. Kindy, J. M.; Taraszka, J. A.; Regnier, F. E.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 2002, 74, 950-958.
46. Ren, D.; Penner, N. A.; Slentz, B. E.; Mirzaei, H.; Regnier, F. E. J. Proteome. Res. 2003, 2, 321-329.
47. Che, F.-Y.; Fricker, L. D. Anal. Chem. 2002, 74, 3190-3198.
48. Riggs, L.; Seeley, E. H.; Regnier, F. E., in preparation.
49. Xiong, L.; Regnier, F. E. J. Chromatogr. B 2002, 782, 405-418.
50. Liu, P.; Regnier, F. E. Anal. Chem. 2003, 75, 4956-4963.
51. Chen, X. H.; Chen, Y. H.; Anderson, V. E. Anal. Biochem. 1999, 273, 192-203.
52. Muller, D.R.; Schindler, P.; Towbin, H.; Wirth, U.; Voshol, H.; Hoving, S.; Steinmetz, M. O. Anal. Chem. 2001, 73, 1927-1934.
53. Zhang, X.; Jin, Q.K.; Carr, S.A. Annan, R. S. Rapid. Commun. Mass Spectrom. 2002, 16, 2325-2332.
54. Mason, D. E.; Liebler, D. C. J. Proteome. Res. 2003, 2, 265-272.
55. Zhang, H.; Bart, B. M.; Eng, J.; Aebersold, R. In Mass Spectrometry and Allied Topics, 2003.
56. Desiderio, D. M.; Kai, M. Biomed. Mass Spectrom. 1983, 10, 471-479.
57. Kosaka, T.; Takazawa, T.; Nakamura, T. Anal. Chem. 2000, 72, 1179-1185.
58. Yao; X.; Freas, A.; Ramirez, J.; Demirev, P. A.; Fenselau, C. Anal. Chem. 2001, 73, 2836-2842.
59. Qin, J.; Herring, C. J.; Zhang, X. Rapid Commun Mass Spectrom. 1998, 12, 209-216.
60. Back, J. W.; Notenboom, V.; de Koning, L. J.; Muijsers, A. O.; Sixma, T. K.; de Koster, C. G.; de Jong, L. Anal. Chem. 2002, 74, 4417-4422.
61. Wallis, T. P.; Pitt, J. J.; Gorman, J. J. Protein Sci. 2001, 10, 2251-2271.
62. Schnolzer, M.; Jedrzejewski, P.; Lehmann, D. Electrophoresis, 1996, 17, 945-953.
63. Schevchenko, A.; Schevchenko, A. Anal. Biochem. 2001, 296, 279-283.
64. Yao, X.; Afonso, C.; Fenselau, C. J. Proteome Res. 2003, 2, 147-152.
65. Stewart, I.; Thomson, T.; Figeys, D. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 2456-2465.
66. Liu, P.; Regnier, F. E. J. Proteome. Res. 2002, 1, 443-450.
67. Falick, A. M.; Matlby, D. A. Anal. Biochem. 1989, 182, 165-169.
68. Goodlett, D. R.; Keller, A.; Watts, J. D.; Newitt, R.; Yi, E. C.; Purvine, S.; Eng, J. K Haller, P.-V.; Aebersold, R.; Kolker, E. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 1214-1221.
69. Kim, T.-Y.; Reilly, J. P. In Abstracts of the 51st Conference in Mass Spectrometry and Allied Topics, 2003.
70. Shevchenko, A.; Chernushevich, I.; Ens, W.; Standing, K. G.; Thomson, B.; Wilm, M.; Mann, M. Rapid. Commun. Mass Spectrom. 1997, 11, 1015-1024.
71. Pan, S.; Gu, S.; Bradbury, E. M.; Chen, X. Anal.Chem. 2003, 75, 1316-1324.
72. Ong, S. E.; Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Kristensen, D. B.; Steen, H.; Pandey, A.; Mann, M. Mol. Cell Proteomics 2002, 1, 376-386.
73. Gu, S.; Pan, S.; Bradbury, E. M.; Chen, X. Anal. Chem. 2002, 74, 5774-5785.
74. Pratt, J. M.; Robertson, D. H. L.; Gaskell, S. J.; Garcia, I. R.; Hubbard, S. J.; Siddhu, K.; Oliver, S. G.; Butler, P.; Hayes, A.; Petty, J.; Beynon, R. J. Proteomics 2002, 2, 157-163.
75. Martinovic, S.; Veenstra, T. D.; Anderson, G. A.; Tolic, L. P.; Smith, R. D. J. Mass Spectrom. 2002, 37, 99-107.
76. Zhu, H.; Pan, S, Gu, S.; Bradbury, E. M.; Chen, X. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2002, 16, 2115-2123.
77. Chen, X.; Smith, L. M.; Bradbury, E. M. Anal. Chem. 2000, 72, 1134-1143.
78. Engen, J. R.; Bradbury, E. M.; Chen, X. Anal. Chem. 2002, 74, 1680-1686.
79. Yabuki, T.; Kigawa, T.; Dohmae, N.; Takio, K.; Terada, T.; Ito, Y.; Laue, E. D.; Cooper, J. A.; Kainosho, M.; Yokoyama, S. J. Biomol. NMR 1998, 11, 295-306.
80. Spahr, C. S., Susin, S. A.; Bures, E. J.; Robinson, J. H.; Davis, M. T.; McGinley, M. D.; Kroemer, G.; Patterson, S. D. Electerphoresis 2000, 21, 1635-1650.
81. Deziel, M. R.; Mau, M. M. Anal. Biochem. 1990, 190, 297-303.
82. Chollet, A.; Bonnefoy, J. Y.; Oderlatt, N. J. Immunol. Methods 1990, 127, 179-185.
83. Sechi, S.; Chait, B. Anal. Chem. 1998, 70, 5150-5158.
84. Smolka, M. B.; Zhou, H.; Purkayastha, S.; Aebersold, R. Anal. Biochem. 2001, 297, 25-31.
85. Von Haller, P. D.; Yi, E.; Donohoe, S.; Vaughn, K.; Keller, A.; Nesvizhskii, A.I.; Eng, J.; Li, X.-J.; Goodlett, D. R.; Aebersold, R.; Watts, J. D Mol. Cell Proteomics 2003, 2, 428-442.
86. Goodlett, D. R.; Bruce, J. E. Anderson, G. A. Rist, B.; Pasa-Tolic, L.; Fiehn, O.; Smith, R. D.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2000, 72, 1112-1118.
87. Adamczyk, N.; Gebler, J. C.; Wu, J. Rapid. Commun. Mass Spectrom. 1999, 13, 1813-1817.
88. Sechi, S. Rapid Commun. Mass. Spectrom. 2002, 16, 1416-1424.
89. Gehanne, S.; Cecconi, D.; Carboni, L.; Righetti, P. G.; Domenici, E.; Hamdan, M. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2002, 16, 1692-1698.
90. Niwayama, S.; Kurono, S.; Matsumoto, H. Bioorg. Med. Chem Lett. 2001, 11, 2257-2261.
91. Gygi, S. P.; Rist, B.; Griffin, T. J.; Eng, J.; Aebersold, R. J. Proteome Res. 2002, 1, 47-54.
92. Han, D. K.; Eng, J.; Zhou, H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 946-951.
93. Gulna, T.; Purvine, S. O.; Yi, E. C.; Eng, J.; Goodlett, D. R.; Aebersold, R.; Miller, S. I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 2771-2776.
94. Rabilloud, T. Proteomics 2002, 2, 3-10.
95. Galvani, M.; Rovatti, L.; Hamdan, M.; Herbert, B.; Righetti, P. G. Electrophoresis 2001, 22, 2066-2074.
96. Galvani, M.; Hamdan, M.; Herbert, B.; Righetti, P. G. Electrophoresis 2001, 22, 2058-2065.
97. Mahmoud, H.; Righetti, P. G. Mass Spectrom. Rev. 2002, 21, 287-302.
98. Patton, W. F.; Schulenberg, B.; Steinberg, T. H. Curr. Opin. Biotech. 2002, 13, 321-328.
99. Hansen, K. C.; Schmitt-Ulms, G.; Chalkley, R.; Hirsch, J.; Baldwin, M. A.; Burlingame, A. L. Mol. Cell Proteomics 2003, 2, 299-314.
100. Shen, M.; Guo, L.; Wallace, A.; Fitzner, J.; Eisenman, J.; Jacobson, E.; Johnson, R.S. Mol. Cell Proteomics, 2003, 2, 315-324.
101. th ASMS Conference in Mass Spectrometry and Allied Topics, 2001.
102. Qiu, Y.; Sousa, E. A.; Hewick, R. M.; Wang, J. H. Anal. Chem. 2002, 74, 4969-4979.
103. Zhou, H.; Ranish, J. A.; Watts, J. D.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 512-515.
104. Krause, E.; Wenschuh, H.; Jungblut, P. R. Anal. Chem. 1999, 71, 4160-4165.
105. Kimmel, J. R. Methods Enzymol. 1967, 11, 584-589.
106. Brancia, F. L.; Oliver, S. G.; Gaskell, S. J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000, 14, 2070-2073.
107. Hale, J. E.; Butler, J. P.; Knierman, M. D.; Becker, G. W. Anal. Biochem. 2000, 287, 110-117.
108. Beardsley, R. L.; Karty, J. A.; Reilly, J. P. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000, 14, 2147-2153.
109. Karty, J. A.; Ireland, M. M. E.; Brun, Y. V.; Reilly, J. P. J. Proteome. Res. 2002, 1, 325-335.
110. Cagney, G.; Emili, A. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 163-170.
111. Beardsley, R. L.; Reilly, J. P. J. Proteome Res. 2003, 2, 15-21.
112. Keough, T.; Lacey, M. P.; Youngquist, R. S. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000, 14, 2348-2356.
113. Brancia, F. L.; Butt, A.; Beynon, R. J.; Hubbard, S.; Gaskell, S. J.; Oliver, S. G. Electrophoresis 2001, 22, 552-559.
114. Brancia, F. L.; Openshaw, M. E.; Kumashiro, S. Rapid Commun Mass Spectrom. 2002, 16, 2255-2259.
115. Beardshley, R. L.; Reilly, J. P. Anal. Chem. 2002, 74, 1884-1890.
116. Peters, E. C.; Horn, D. M.; Tully, D. C.; Brock, A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 2387-2392.
117. Chelius, D.; Shaler, T. A. Bioconjugate Chem. 2003, 14, 205-211.
118. Schoffone, E.; Fontana, A.; Rocchi, R. Biochemistry 1968, 7, 971-979.
119. Kharash, N.; Gleason, G.I.; Buess, C.M. J. Am. Chem. Soc. 1950, 72, 1796-1798.
120. Havlik, A. J.; Kharash, N. J. Am. Chem. Soc. 1955, 77, 1150-1152.
121. Rademacher, T. W.; Parekh, R. B.; Dwek, R. A. Annu. Rev. Biochem. 1988, 57, 785-838.
122. Koscielak, J. Acta Biochim. Pol. 1995, 42, 1-10.
123. Bhavanandan, V. P. Glycobiology 1991, 1, 493-503.
124. Masters, C. L.; Beyreuther, K. Arzneim.-Forsch. 1995, 45, 410-412.
125. Durand, G.; Seta, N. Clin. Chem. 2000, 46 (6, Pt. 1), 795-805.
126. Rudd, P. M.; Dwek, R. A. Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 1997, 32, 1-100.
127. Xiong, Li.; Andrews, D.; Regnier, F. E. J. Proteome. Res., ASAP.
128. Zhang, H.; Li, X.-J.; Martin, D. B.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 660-666.
129. West, I.; Goldring, O. Methods Mol. Biol. 1996, 59, 177-185.
130. Kobata, A.; Endo, T. J. Chromatogr. 1992, 597, 111-122.
131. Jack, C. M. Diabetologia 1988, 31, 126-127.
132. Gould, B. J.; Hall, P. M. Clin. Chim. Acta 1987, 163, 225-230.
133. Napper, S.; Kindrachuk, J.; Olson, D.J. H.; Ambrose, S. J.; Dereniwsky, C.; Ross, A. R. S. Anal. Chem. 2003, 75, 1741-1747.
134. Zolodz, M.D.; Wood, K.V. J. Mass Spectrom. 2003, 38, 257-264.
135. Ignatoski, K. M. Methods Mol. Biol. 2001, 124, 39-48.
136. Kaufmann, H.; Bailey, J. E.; Fussenegger M. Proteomics 2001, 1, 194-199.
137. Ficarro, S.; Chertihin, O.; Westbrook, V. E.; White, F.; Jayes, F.; Kalab, P.; Marto, J. A.; Shananowitz, J.; Herr, J. C.; Hunt, D. F.; Visconti, P. E. J. Biol. Chem. 2003, 278, 11579-11589.
138. Posewitz, M. C.; Tempst, P. Anal. Chem. 1999, 71, 2883-2892.
139. Ficarro, S. B.; McCleland, M. L.; Stukenberg, P. T.; Burke, D. J.; Ross, M. M.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F.; White, F. M. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 301-305.
140. Seeley, E. H.; Riggs, L.; Regnier, F. E., in preparation.
141. Goshe, M. B.; Veenstra, T. D.; Panisko, E. A.; Conrads, T. P.; Angell, N. H.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2002, 74, 607-616.
142. Goshe, M. B.; Conrads, T. P.; Panisko, E. A.; Angell, N. H.; Veenstra, T. D.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2001, 73, 2578-2586.
143. Drew B.; Leeuwenburgh, C. Ann. N. Y. Acad. Sci. 2002, 959, 66-81.
144. Greenacre, S. A.; Ischiropoulos H. Free Radical Res. 2001, 34, 541-581.
145. Oldreive, C.; Rice-Evans C. Free Radical Res. 2001, 35, 215-231.
146. Stadtman, E. R. Ann. N. Y. Acad. Sci. 2001, 928, 22-38.
147. Figeys, D.; McBroom, L. D.; Moran, M. F. Methods 2001, 24, 230-239.
148. Ho, Y.; Gruhler, A.; Heilbut, A.; Bader, G. D.; Moore, I.; Adams, S.-L.; Millar, A.; Taylor, P.; Bennett, K.; Boutilier, K.; Yang, L.; Wolting, C.; Donaldson, I.; Schandorff, S.; Shewnarane, J.; Vo, M.; Taggart, J.; Goudreault, M.; Muskat, B.; Alfarano, C.; Dewar, D.; Lin, Z.; Michalickova, K.; Willems, A. R.; Sassi, H.; Nielsen, P. A.; Rasmussen, K. J.; Andersen, I.R.; Johansen, L. E.; Hansen, I.H.; Jespersen, H.; Podtelejnikov, A.; Nielsen, E.; Crawford, J.; Poulsen, V.; Sørensen, B. D.; Matthiesen, J.; Hendrickson, R. C.; Gleeson, F.; Pawson, T.; Moran, M. F.; Durocher, D.; Mann, M.; Hogue, C. W. V.; Figeys, D.; Tyers, M. Nature, 2002, 415, 180-183.
149. Gavin, A.-C., Boesche, M.; Krause, R.; Grandi, P.; Marzioch, M.; Bauer, A.; Schultz, J.; Rick, J.M.; Michon, M.-M.; Crucial, C.-M.; Remor, M.; Höfert, C Schelder, M.; Brajenovic, M.; Ruffner, H merino, A.; Klein, K.; Hudak, M.; Dickson, D.; Rudi, T.; Gnau, V.; Bauch, A.; Bastuck, S.; Huhse, B.; Leutwein, C.; Heurtier, M.-A.; Copley, R. R.; Edelmann, A.; Querfurth, E.; Rybin, V.; Drewes, G.; Raida, M.; Bouwmeester, T.; Bork, P.; Seraphin, B.; Kuster, B.; Neubauer, G.; Superti-Furga, G. Nature 2002, 415, 141-147.
150. Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Ong, S.-E.; Nielsen, M.; Foster, L. J.; Mann, M. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 315-318.
151. Ranish, J. A.; Yi, E. C.; Leslie, D. M.; Purvine, S. O.; Goodlett, D. R.; Eng, J.; Aebersold, R. Nat. Genetics 2003, 33, 349-355.
152. Salisbury, B. A.; Pungliya, M.; Choi, J. Y.; Jiang, R.; Sun, X. J.; Stephens, J. C. Mutat. Res. 2003, 526, 53-61.
153. Zhao, Z.; Fu, Y. X.; Hewett-Emmett, D.; Boerwinkle, E. Gene 2003, 312, 207-213.
154. Shastry, B. S. Int. J. Mol. Med. 2003, 11, 379-382.
155. Gatlin, C. L.; Eng, J. K.; Cross, S. T.; Detter, J. C.; Yates, J. R., III. Anal. Chem. 2000, 72, 757-763.
156. Lim, A.; Prokaeva, T.; McComb, M. E.; O'Connor, P. B.; Theberge, R.; Connors, L. H.; Skinner, M.; Costello, C. E. Anal. Chem. 2002, 74, 741-751.
157. Kusmierz, J. J.; Sumrada, R.; Desiderio, D. M. Anal. Chem. 1990, 62, 2395-2400.
158. Barr, J. R.; Maggio, V. L.; Patterson, D. G., Jr; Cooper, G. R.; Henderson, L.O.; Turner, W. E.; Smith, S. J.; Hannon, W. H.; Needham, L. L.; Sampson, E. J. Clin. Chem. 1996, 42, 1676-1682.
159. Barnidge, D. R.; Dratz, E. A.; Martin, T.; Bonilla, L. E.; Moran, L. B.; Lindall, A. Anal. Chem. 2003, 75, 445-451.
160. Gerber, S. A.; Rush, J.; Stemman, O.; Kirschner, M. W.; Gygi, S. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 6940-6945.