Designable DNA functions toward new nanobiotechnology

Bulletin of the Chemical Society of Japan

Volumn 82, Issue 1, 2009, Pages 1-10

  Sugimoto, Naoki ^a  

^a KONAN UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

APTAMER; BASE PAIRINGS; BASE PAIRS; BIPYRIDINE UNITS; DNA INTERACTIONS; MOLECULAR DESIGNS; NANOBIODEVICES; OLIGONUCLEOTIDE SEQUENCES; QUANTITATIVE DATUMS; RATIONAL DESIGNS; SECONDARY AND TERTIARY STRUCTURES; STRUCTURAL POLYMORPHISMS; THERMODYNAMIC PARAMETERS;

DNA; FLOW INTERACTIONS; NUCLEIC ACIDS; NUCLEOTIDES; OLIGONUCLEOTIDES; ORGANIC ACIDS; STRUCTURAL DESIGN; THERMODYNAMICS;

GENES;

EID: 58349085733     PISSN: 00092673     EISSN: 13480634     Source Type: Journal    
DOI: 10.1246/bcsj.82.1     Document Type: Article

References (66)

1. C. A. Mirkin, Inorg. Chem. 2000, 39, 2258.
2. D. Cui, H. Gao, Biotechnol. Prog. 2003, 19, 683.
3. N. C. Seeman, Chem. Biol. 2003, 10, 1151.
4. S. Nakano, N. Sugimoto, Chem. Lett. 2005, 34, 1206.
5. W. Saenger, Principles of Nucleic Acid Structure, Springer-Verlag, NY, USA, 1983.
6. D. H. Turner, N. Sugimoto, S. M. Freier, Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1988, 17, 167.
7. D. H. Turner, in Nucleic Acids: Structures, Properties, and Functions, ed. by V. A. Bloomfield, D. M. Crothers, I. Tinoco, Jr., University Science Books, CA, 2000, p. 259.
8. D. H. Turner, N. Sugimoto, R. Kierzek, S. D. Dreiker, J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 3783.
9. J. SantaLucia, Jr., R. Kierzek, D. H. Turner, Science 1992, 256, 217.
10. E. M. Moody, P. C. Bevilacqua, J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 2032.
11. N. Sugimoto, S. Nakano, M. Katoh, A. Matsumura, H. Nakamuta, T. Ohmichi, M. Yoneyama, M. Sasaki, Biochemistry 1995, 34, 11211.
12. S. Nakano, T. Kanzaki, N. Sugimoto, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 1088.
13. P. Auffinger, E. Westhof, J. Mol. Biol. 1997, 274, 54.
14. N. Sugimoto, M. Nakano, S. Nakano, Biochemistry 2000, 39, 11270.
15. H. T. Allawi, J. SantaLucia, Jr., Biochemistry 1997, 36, 10581.
16. R. Kierzek, M. E. Burkard, D. H. Turner, Biochemistry 1999, 38, 14214.
17. R. W. Roberts, D. M. Crothers, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 4320.
18. Y. Wang, D. J. Patel, J. Mol. Biol. 1995, 251, 76.
19. F. Aboul-ela, A. I. H. Murchie, D. G. Norman, D. M. J. Lilley, J. Mol. Biol. 1994, 243, 458.
20. V. Juan, C. Wilson, J. Mol. Biol. 1999, 289, 935.
21. D. H. Mathews, M. E. Burkard, S. M. Freier, J. R. Wyatt, D. H. Turner, RNA 1999, 5, 1458.
22. E. T. Kool, J. C. Morales, K. M. Guckian, Angew. Chem., Int. Ed. 2000, 39, 990.
23. D. Loakes, Nucleic Acids Res. 2001, 29, 2437.
24. A. A. Henry, F. E. Romesberg, Curr. Opin. Chem. Biol. 2003, 7, 727.
25. E. T. Kool, Chem. Rev. 1997, 97, 1473.
26. H. Liu, J. Gao, S. R. Lynch, Y. D. Saito, L. Maynard, E. T. Kool, Science 2003, 302, 868.
27. S. Smirnov, T. J. Matray, E. T. Kool, C. de los Santos, Nucleic Acids Res. 2002, 30, 5561.
28. H. Morales-Rojas, E. T. Kool, Org. Lett. 2002, 4, 4377.
29. S. Nakano, Y. Uotani, S. Nakashima, Y. Anno, M. Fujii, N. Sugimoto, J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8086.
30. S. Nakano, Y. Uotani, K. Uenishi, M. Fujii, N. Sugimoto, Nucleic Acids Res. 2005, 33, 7111.
31. S. Nakano, Y. Uotani, K. Uenishi, M. Fujii, N. Sugimoto, J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 518.
32. J. A. Cowan, Curr. Opin. Chem. Biol. 2001, 5, 634.
33. D. M. J. Lilley, Genetica 1999, 106, 95.
34. G. A. Soukup, R. R. Breaker, RNA 1999, 5, 1308.
35. A. Kuzuya, R. Mizoguchi, F. Morisawa, K. Machida, M. Komiyama, J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 6887.
36. H. Asanuma, H. Hayashi, J. Zhao, X. Liang, A. Yamazawa, T. Kuramochi, D. Matsunaga, Y. Aiba, H. Kashida, M. Komiyama, Chem. Commun. 2006, 5062.
37. Y. L. Jiang, J. T. Stivers, F. Song, Biochemistry 2002, 41, 11248.
38. M. A. Keniry, Biopolymers 2001, 56, 123.
39. D. Miyoshi, A. Nakao, T. Toda, N. Sugimoto, FEBS Lett. 2001, 496, 128.
40. D. Miyoshi, A. Nakao, N. Sugimoto, Nucleic Acids Res. 2003, 31, 1156.
41. D. Miyoshi, A. Nakao, N. Sugimoto, Biochemistry 2002, 41, 15017.
42. D. Miyoshi, S. Matsumura, S. Nakano, N. Sugimoto, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 165.
43. W. Li, D. Miyoshi, S. Nakano, N. Sugimoto, Biochemistry 2003, 42, 11736.
44. D. Miyoshi, S. Matsumura, W. Li, N. Sugimoto, Nucleosides, Nucleotides Nucleic Acids 2003, 22, 203.
45. B. Yurke, A. J. Turberfield, A. P. Mills, Jr., F. C. Simmel, J. L. Neumann, Nature 2000, 406, 605.
46. H. Yan, X. Zhang, Z. Shen, N. C. Seeman, Nature 2002, 415, 62.
47. M. N. Stojanovic, D. Stefanovic, Nat. Biotechnol. 2003, 21, 1069.
48. D. Miyoshi, M. Inoue, N. Sugimoto, Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 7716.
49. H. Klauk, U. Zschieschang, J. Pflaum, M. Halik, Nature 2007, 445, 745.
50. K. Terabe, T. Hasegawa, T. Nakayama, M. Aono, Nature 2005, 433, 47.
51. D. Miyoshi, H. Karimata, N. Sugimoto, Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 3740.
52. H.-Q. Yu, D. Miyoshi, N. Sugimoto, J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 15461.
53. D. Porath, A. Bezryadin, S. de Vries, C. Dekker, Nature 2000, 403, 635.
54. A. Calzolari, R. D. Felice, E. Molinari, A. Garbesi, Appl. Phys. Lett. 2002, 80, 3331.
55. H.-A. Wagenknecht, Nat. Prod. Rep. 2006, 23, 973.
56. T. Carell, C. Behrens, J. Gierlich, Org. Biomol. Chem. 2003, 1, 2221.
57. D. Miyoshi, H. Karimata, Z.-M. Wang, K. Koumoto, N. Sugimoto, J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 5919.
58. S. B. Zimmerman, A. P. Minton, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1993, 22, 27.
59. S. Nakano, H. Karimata, T. Ohmichi, J. Kawakami, N. Sugimoto, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 14330.
60. D. Miyoshi, H. Karimata, N. Sugimoto, J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 7957.
61. H. Karimata, S. Nakano, N. Sugimoto, Bull. Chem. Soc. Jpn. 2007, 80, 1987.
62. S. Nakano, L. Wu, H. Oka, H. T. Karimata, T. Kirihata, Y. Sato, S. Fujii, H. Sakai, M. Kuwahara, H. Sawai, N. Sugimoto, Mol. BioSyst. 2008, 4, 579.
63. T. Yamauchi, D. Miyoshi, T. Kubodera, A. Nishimura, S. Nakai, N. Sugimoto, FEBS Lett. 2005, 579, 2583.
64. T. Ohmichi, Y. Kawamoto, P. Wu, D. Miyoshi, H. Karimata, N. Sugimoto, Biochemistry 2005, 44, 7125.
65. S. Nakano, T. Kirihata, N. Sugimoto, Chem. Commun. 2008, 700.
66. G. Song, C. Chen, X. Qu, D. Miyoshi, J. Ren, N. Sugimoto, Adv. Mater. 2008, 20, 706.